genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97731590--97731627	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97733256--97733324	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
97739575--97739612	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97741239--97741306	27	2.5	28	90	7	113	44	26	10	19	1.82
97744367--97744404	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97746031--97746099	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
97748894--97749069	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
97748891--97749062	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
97765913--97766026	48	2.4	48	92	0	192	23	20	22	33	1.97
97767739--97767798	27	2.3	26	82	2	66	36	21	21	20	1.95
97767808--97767841	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
97768510--97768756	27	9.2	27	85	3	302	27	19	17	36	1.94
97768511--97768756	107	2.3	107	87	2	350	27	19	17	36	1.93
97768741--97768892	27	5.7	26	70	13	103	32	9	19	38	1.84
97768711--97769018	81	3.8	81	76	8	187	31	11	19	37	1.88
97768794--97769037	27	9.0	27	82	0	227	31	10	20	38	1.86
97768833--97769037	54	3.8	54	87	2	270	31	10	19	39	1.85
97771853--97771954	28	3.5	28	81	6	87	30	14	25	29	1.95
97775653--97775688	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
97775640--97775680	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
97775842--97775907	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
97776279--97776320	15	2.9	14	89	10	66	50	11	0	38	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97777638--97777666	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
97779578--97779640	31	2.0	31	87	6	92	25	19	15	39	1.91
97779849--97779932	26	3.4	25	85	6	100	26	21	22	29	1.99
97784573--97784674	27	3.6	28	86	5	134	33	26	12	27	1.93
97787335--97787435	31	2.9	35	80	17	120	22	22	15	38	1.92
97787358--97787452	31	3.1	31	93	0	154	25	22	14	37	1.92
97787644--97787786	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
97787644--97787785	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
97787643--97787786	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
97787837--97787896	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
97787939--97787986	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
97789144--97789208	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
97789262--97789317	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
97789270--97789805	27	19.8	27	79	5	188	36	8	20	34	1.84
97789361--97789680	54	5.9	54	81	4	322	38	9	22	29	1.85
97789361--97789653	81	3.6	81	84	2	374	39	8	22	29	1.84
97789363--97789707	81	4.3	80	81	3	300	38	9	22	30	1.85
97789702--97789818	53	2.2	54	86	3	157	34	7	17	40	1.79
97790698--97790861	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
97794857--97794956	31	2.9	35	80	18	120	23	23	15	39	1.92
97794880--97794972	31	3.1	31	95	3	163	23	22	15	38	1.92
97795164--97795306	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97795164--97795305	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
97795163--97795306	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
97795357--97795416	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
97795459--97795506	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
97796662--97796726	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
97796787--97796952	27	6.2	26	73	13	95	32	8	20	38	1.83
97796868--97796925	26	2.2	27	87	3	82	27	3	27	41	1.72
97796903--97797167	27	9.9	27	86	4	347	40	9	22	27	1.84
97797118--97797314	27	7.3	27	80	2	173	31	9	21	37	1.85
97797216--97797323	53	2.0	53	89	1	144	33	8	19	38	1.82
97797245--97797331	26	3.3	26	81	1	111	32	6	18	42	1.77
97798628--97798724	27	3.6	27	91	1	149	26	14	25	32	1.94
97814695--97814843	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
97814736--97814843	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
97821776--97821874	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
97823382--97823568	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
97823405--97823568	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
97823405--97823602	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
97825786--97825915	40	3.2	40	80	4	147	23	27	25	23	2.00
97836881--97836952	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
97845599--97845698	29	3.5	30	82	8	118	30	15	26	29	1.95
97848612--97848744	55	2.4	54	80	10	146	15	26	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97848659--97848762	55	1.9	55	84	4	129	17	30	24	27	1.97
97855048--97855255	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
97855049--97855255	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
97860030--97860081	25	2.1	25	92	0	86	53	13	9	23	1.68
97860363--97860468	51	2.1	51	87	7	153	30	30	16	22	1.96
97863447--97863622	46	3.8	46	78	10	196	21	21	27	29	1.98
97863444--97863615	93	1.8	93	92	0	290	22	21	27	28	1.99
97867194--97867397	40	5.1	39	83	4	230	25	26	22	25	2.00
97872218--97872393	46	3.8	45	78	14	198	23	19	27	29	1.98
97872215--97872384	93	1.8	93	92	2	288	23	20	27	28	1.99
97875843--97875916	35	2.1	36	82	7	89	21	29	18	29	1.97
97881306--97881381	40	1.9	40	81	5	91	35	31	13	19	1.90
97883906--97884055	41	3.7	41	85	1	221	28	28	23	20	1.99
97892162--97892347	81	2.3	81	90	1	284	28	29	23	19	1.98
97892162--97892347	40	4.6	41	87	2	286	28	29	23	19	1.98
97896411--97896561	40	3.8	40	75	13	132	27	23	27	21	1.99
97896410--97896593	40	4.6	39	74	6	129	27	23	27	22	1.99
97900615--97900712	48	2.0	48	86	3	135	27	29	15	27	1.96
97903421--97903477	28	2.0	28	86	6	80	31	31	7	29	1.84
97911468--97911619	41	3.8	40	83	2	178	25	27	21	26	1.99
97919696--97919846	41	3.7	40	78	6	160	25	26	20	27	1.99
97925956--97925990	18	1.9	18	100	0	70	40	5	25	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97929943--97929992	22	2.3	22	96	0	91	34	6	28	32	1.81
97932354--97932420	31	2.2	31	89	2	100	46	7	10	35	1.66
97934525--97934606	43	1.9	43	87	0	119	24	19	30	25	1.98
97943961--97944083	48	2.6	48	86	0	165	34	29	17	18	1.94
97944625--97944663	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
97946515--97946583	21	3.3	21	66	22	63	10	23	1	65	1.31
97946515--97946601	42	2.1	42	95	0	156	9	25	1	64	1.30
97947151--97947222	29	2.5	29	77	4	74	29	27	25	18	1.98
97952713--97952957	40	6.2	40	88	2	343	26	26	22	24	2.00
97954881--97954927	24	2.0	24	100	0	94	27	29	17	25	1.97
97957655--97957715	28	2.1	28	87	9	86	49	14	1	34	1.54
97958790--97958827	20	1.9	20	84	10	51	47	2	0	50	1.15
97958956--97959336	126	3.0	126	88	2	552	35	18	19	27	1.94
97962278--97962338	32	1.9	32	100	0	122	60	4	6	27	1.42
97963324--97963348	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
97964351--97964484	48	2.8	48	80	13	143	52	5	8	32	1.55
97970803--97970844	21	2.0	22	85	4	59	47	0	2	50	1.14
97971584--97971639	16	3.9	15	75	15	55	48	0	0	51	1.00
97971588--97971638	14	3.7	14	76	5	50	50	0	0	49	1.00
97971587--97971641	27	2.0	27	92	0	92	47	0	0	52	1.00
97972163--97972211	20	2.7	18	77	17	57	55	4	0	40	1.19
97975137--97975225	29	3.0	29	90	8	128	24	48	8	17	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97975184--97975237	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
97975145--97975242	30	3.3	30	90	7	148	25	51	7	16	1.70
97975786--97975857	25	2.8	26	81	6	94	36	6	2	54	1.42
97975873--97975939	22	2.9	23	78	10	73	29	7	5	56	1.51
97976002--97976057	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
97979211--97979361	40	3.8	39	79	8	135	22	26	24	26	2.00
97981336--97981420	24	3.6	24	73	9	84	36	17	9	36	1.82
97981605--97981647	20	2.2	20	86	0	59	48	23	20	6	1.73
97985338--97985455	38	3.1	38	80	2	121	30	21	17	30	1.96
97987582--97987712	57	2.3	58	84	6	169	28	19	4	47	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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