genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78405951--78406496	129	4.2	128	77	5	442	36	20	15	27	1.93
78422696--78422791	48	2.0	48	100	0	192	27	20	25	27	1.99
78426206--78426244	20	2.0	20	84	0	51	53	2	2	41	1.28
78426232--78426275	10	4.2	11	77	11	56	68	2	2	27	1.14
78429411--78429477	6	11.0	6	87	3	89	34	17	17	29	1.94
78432336--78432413	39	2.0	39	94	0	138	21	37	21	19	1.95
78438079--78438229	42	3.6	42	79	7	180	27	26	15	30	1.96
78443920--78444036	48	2.6	44	78	8	130	29	26	17	27	1.97
78443920--78444084	90	1.8	90	84	2	224	29	26	17	27	1.98
78448515--78448567	20	2.7	20	87	0	79	35	24	18	20	1.95
78448590--78448632	22	2.0	22	95	0	77	39	16	9	34	1.80
78449181--78449210	13	2.4	13	94	5	53	63	6	0	30	1.20
78450061--78450102	18	2.4	18	80	11	52	42	4	0	52	1.22
78463511--78463641	29	4.6	29	82	1	138	26	16	32	25	1.96
78463511--78463603	29	3.2	29	90	1	143	31	16	26	25	1.96
78463507--78463637	57	2.3	57	77	6	133	28	15	31	25	1.95
78471374--78471505	29	4.6	29	82	0	138	26	16	31	25	1.96
78475587--78475633	6	7.5	6	86	9	58	76	6	0	17	0.98
78475652--78475711	9	6.7	9	84	7	68	28	10	18	43	1.82
78476614--78476638	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
78478441--78478498	30	1.9	30	96	0	107	36	25	6	31	1.83
78482152--78482414	132	2.0	133	84	3	352	36	20	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78482694--78482749	3	18.7	3	96	0	103	67	0	0	32	0.91
78483072--78483126	18	3.0	18	72	2	56	58	10	3	27	1.49
78483385--78483427	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
78484335--78484407	26	2.7	26	89	4	110	17	26	0	56	1.42
78485638--78485812	89	2.0	89	94	2	307	22	19	24	33	1.97
78485822--78485900	41	1.9	40	85	10	106	27	22	18	30	1.98
78498146--78498198	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
78498522--78498576	18	3.0	18	72	2	56	58	10	3	27	1.49
78498820--78498860	3	13.3	3	94	5	73	65	0	0	34	0.93
78499299--78499361	18	3.4	18	71	26	51	73	4	4	17	1.19
78499772--78499844	26	2.7	26	89	4	110	17	26	0	56	1.42
78507081--78507138	30	1.9	31	86	10	84	60	0	1	37	1.07
78512321--78512349	5	5.8	5	100	0	58	37	0	0	62	0.96
78513991--78514031	22	2.0	21	90	9	66	36	14	12	36	1.84
78514086--78514128	17	2.5	18	88	7	63	53	4	4	37	1.43
78514091--78514129	18	2.2	18	90	0	60	58	5	5	30	1.41
78516353--78516388	2	18.0	2	94	0	63	47	50	2	0	1.15
78518407--78518458	26	2.0	26	100	0	104	38	3	34	23	1.73
78519298--78519334	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
78520044--78520207	72	2.3	73	87	3	242	12	32	4	50	1.60
78522746--78522803	26	2.2	26	87	0	80	32	6	24	36	1.82
78525709--78525746	15	2.4	16	86	4	51	23	5	15	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78526143--78526182	21	1.9	21	84	0	53	22	2	22	52	1.59
78529156--78529277	43	2.9	42	81	7	165	27	24	16	31	1.96
78533264--78533302	17	2.2	19	86	9	55	28	0	0	71	0.86
78533354--78533391	20	1.9	20	88	0	58	34	0	5	60	1.19
78533665--78533701	6	6.5	6	96	3	60	89	0	10	0	0.49
78536030--78536218	24	8.0	24	91	4	287	27	21	22	28	1.99
78536051--78536217	23	7.1	23	94	2	271	28	20	22	28	1.99
78536051--78536218	47	3.6	47	92	3	284	27	20	22	28	1.99
78536276--78536332	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
78536264--78536334	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
78536269--78536323	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
78537630--78537970	27	12.7	27	82	8	365	40	7	23	28	1.82
78537631--78537968	107	3.1	107	83	5	423	40	7	23	28	1.82
78537631--78537970	134	2.5	134	93	1	585	40	7	23	28	1.82
78541079--78541266	24	8.0	24	91	5	287	27	21	22	28	1.99
78541079--78541266	70	2.7	71	91	4	301	27	21	22	28	1.99
78541324--78541380	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
78541312--78541382	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
78541317--78541371	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
78542612--78542697	27	3.2	27	72	0	82	29	6	25	38	1.82
78542676--78543017	27	12.7	27	84	3	402	40	6	23	29	1.80
78542612--78542755	54	2.7	54	80	0	126	35	8	22	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78542676--78543017	135	2.5	135	94	0	594	40	6	23	29	1.80
78545599--78545696	45	2.2	46	83	7	121	28	20	8	42	1.80
78547313--78547374	30	2.1	30	84	0	79	33	11	27	27	1.91
78550636--78550687	21	2.5	21	84	9	79	30	1	9	57	1.42
78550636--78550689	22	2.4	23	78	9	76	31	1	9	57	1.41
78556692--78556845	42	3.6	42	87	1	209	29	24	16	29	1.97
78562356--78562411	28	2.0	28	96	0	103	28	16	10	44	1.80
78568866--78568899	17	2.0	17	100	0	68	29	29	5	35	1.81
78570496--78570613	43	2.8	42	83	2	146	32	11	22	33	1.91
78574805--78574913	41	2.6	43	81	7	134	23	20	27	28	1.99
78574798--78574921	41	3.0	42	78	12	130	22	18	29	29	1.97
78586401--78586552	42	3.6	42	84	1	196	29	23	15	31	1.95
78587402--78587430	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
78589099--78589139	22	1.9	21	85	5	55	29	2	14	53	1.54
78590063--78590088	12	2.2	12	100	0	52	50	0	23	26	1.50
78596259--78596443	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
78596258--78596464	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
78596257--78596464	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
78599504--78599647	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
78599541--78599670	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
78608616--78608785	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
78616709--78616878	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78621579--78621660	37	2.2	37	88	0	119	35	8	25	30	1.86
78621616--78621771	48	3.2	48	93	0	267	35	6	25	32	1.81
78621902--78622011	37	3.0	37	93	0	193	23	19	31	25	1.98
78623705--78623871	43	3.9	43	91	1	273	14	23	29	32	1.94
78623705--78623883	86	2.1	86	93	0	304	15	22	29	32	1.95
78624039--78624197	29	5.5	29	70	12	96	22	18	28	29	1.98
78624068--78624222	29	5.4	28	67	9	71	21	17	31	29	1.96
78624036--78624204	58	2.9	58	90	2	261	22	18	30	28	1.97
78627596--78627677	37	2.2	37	88	0	119	35	8	25	30	1.86
78627633--78627790	48	3.2	48	91	1	253	36	6	24	32	1.81
78627921--78628030	37	3.0	37	93	0	193	23	19	31	25	1.98
78631815--78632022	40	5.2	40	85	2	231	25	23	26	24	2.00
78636744--78636834	32	2.8	33	75	14	82	43	3	1	51	1.25
78637721--78637832	41	2.8	40	71	11	97	28	19	22	29	1.98
78641608--78641677	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
78649510--78649578	27	2.5	27	92	2	111	30	28	14	26	1.95
78660622--78660696	37	2.1	37	97	2	143	46	6	16	30	1.72
78663136--78663350	39	5.5	39	85	5	283	45	21	3	29	1.69
78663136--78663350	78	2.8	77	88	3	315	45	21	3	29	1.69
78667564--78667761	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78667630--78667747	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78667598--78667761	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78675053--78675250	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78675119--78675236	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78675087--78675250	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78676859--78676895	19	1.9	19	89	10	58	45	16	13	24	1.83
78692956--78693117	82	2.0	82	93	0	279	39	19	20	20	1.93
78696789--78696845	6	9.3	6	78	5	53	14	7	3	75	1.14
78702686--78702855	45	3.8	45	78	7	132	42	16	20	20	1.89
78702728--78702893	90	1.8	91	81	3	210	46	15	19	18	1.84
78702774--78702988	45	4.7	45	78	2	169	43	16	19	20	1.88
78702861--78702979	46	2.6	46	81	1	132	42	15	20	22	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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