genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7853205--7853319	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
7853205--7853338	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
7853499--7853531	16	1.9	18	88	11	52	60	0	24	15	1.35
7859344--7859390	6	7.8	6	100	0	94	68	14	0	17	1.22
7862717--7862751	18	1.9	18	88	0	52	48	5	2	42	1.41
7867397--7867444	22	2.2	22	85	7	62	72	6	8	12	1.26
7868569--7868643	10	7.4	10	77	12	73	36	4	1	58	1.25
7868569--7868639	21	3.4	21	77	14	76	35	4	1	59	1.26
7868569--7868643	31	2.5	30	78	10	82	36	4	1	58	1.25
7870666--7870835	56	3.0	56	88	0	223	27	21	10	40	1.86
7870617--7870818	112	1.8	112	85	2	289	27	21	11	39	1.88
7871485--7871526	17	2.3	18	80	8	50	21	0	42	35	1.53
7899081--7899131	18	2.7	19	80	14	70	52	5	0	41	1.25
7899141--7899181	22	1.9	21	90	5	64	65	0	2	31	1.05
7899135--7899182	21	2.3	21	85	7	71	58	0	2	39	1.10
7899214--7899259	16	2.6	18	80	16	60	34	10	8	45	1.70
7899824--7899873	21	2.4	21	93	0	82	2	20	0	78	0.86
7907305--7907372	16	4.3	15	85	7	82	41	4	25	29	1.75
7907301--7907372	32	2.3	32	85	7	94	41	4	25	29	1.74
7907533--7907588	26	2.2	26	80	6	60	62	0	0	37	0.95
7925472--7925522	27	1.9	27	92	4	86	62	5	3	27	1.36
7925573--7925628	27	2.1	27	86	3	78	58	0	1	39	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7925738--7925777	17	2.4	17	86	0	53	60	5	2	32	1.32
7930386--7930427	16	2.6	16	84	0	66	52	0	0	47	1.00
7937585--7937649	31	2.1	31	94	0	112	35	12	15	36	1.85
7937682--7937776	38	2.5	37	79	5	109	31	12	21	34	1.91
7940083--7940180	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
7940683--7940718	16	2.3	15	95	4	63	5	0	33	61	1.19
7940714--7940749	16	2.3	15	90	4	54	0	8	2	88	0.59
7941563--7941624	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
7941720--7941754	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
7941772--7942303	72	6.8	73	74	13	395	33	18	17	30	1.94
7941969--7942446	165	2.9	168	88	4	709	31	20	18	29	1.96
7942142--7942286	74	1.9	75	88	5	222	28	22	18	31	1.97
7942307--7942446	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
7942511--7942676	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
7942676--7942939	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
7942676--7942939	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
7942514--7943106	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93
7952451--7952536	16	5.7	16	73	15	67	3	3	23	69	1.19
7952444--7952530	43	2.0	42	84	2	111	3	4	19	72	1.17
7953909--7953948	18	2.2	18	86	8	55	67	10	0	22	1.20
7954029--7954093	30	2.2	30	94	0	112	60	12	1	26	1.41
7960166--7960193	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7960261--7960304	23	1.9	23	90	0	70	50	0	6	43	1.29
7960465--7960580	61	1.9	61	96	0	214	45	8	15	30	1.76
7961325--7961372	21	2.2	22	85	7	62	31	0	6	62	1.20
7961344--7961396	6	8.2	6	76	15	52	26	1	0	71	0.96
7963242--7963288	12	4.2	12	84	15	64	70	2	0	27	0.99
7963196--7963259	26	2.6	24	79	11	76	64	1	0	34	1.03
7963199--7963288	21	4.2	20	74	21	67	67	2	0	30	1.02
7963335--7963375	15	2.7	16	82	17	52	70	0	0	29	0.87
7963746--7963806	11	5.3	11	75	9	50	45	3	0	50	1.17
7964148--7964191	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
7965647--7965973	38	8.9	35	71	13	135	37	12	20	29	1.90
7965750--7965953	75	2.7	75	80	3	221	39	13	17	29	1.88
7965658--7965991	150	2.2	148	80	6	347	35	13	20	30	1.91
7965807--7966001	38	5.3	36	73	14	114	37	11	21	29	1.89
7966528--7966567	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7970332--7970365	17	2.0	17	100	0	68	70	23	5	0	1.09
7978353--7978416	29	2.2	29	88	5	94	45	34	1	18	1.59
7978364--7978416	14	3.7	14	76	14	54	47	33	1	16	1.58
7978570--7978613	7	6.0	7	82	10	52	43	38	0	18	1.50
7978735--7979313	132	4.3	135	81	8	366	34	23	14	27	1.94
7978941--7979313	132	2.8	131	90	2	586	35	24	14	26	1.93
7979209--7979404	91	2.2	91	90	1	304	33	23	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7979322--7979543	120	1.9	120	86	3	322	32	23	16	27	1.96
7981452--7981491	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
7985104--7985212	26	4.2	26	91	2	175	33	5	23	36	1.78
7985104--7985212	51	2.1	52	96	1	202	33	5	23	36	1.78
7986689--7986740	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
7990891--7990997	25	4.2	25	93	4	180	34	4	24	36	1.76
7992469--7992520	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
7996323--7996428	24	4.2	25	95	4	171	33	4	24	36	1.77
7996323--7996428	49	2.1	51	93	6	182	33	4	24	36	1.77
8001740--8001847	50	2.1	52	94	3	193	33	5	25	36	1.79
8001740--8001847	26	4.2	26	94	4	184	33	5	25	36	1.79
8003327--8003374	24	2.0	25	83	4	62	39	20	14	25	1.91
8006163--8006219	30	1.9	30	88	0	87	38	19	21	21	1.93
8006163--8006227	30	2.2	30	82	0	76	38	20	20	21	1.94
8008888--8009022	26	5.2	26	93	0	227	33	5	24	37	1.78
8018581--8018649	27	2.6	27	76	0	75	24	30	33	11	1.91
8021257--8021307	24	2.1	25	82	10	61	23	1	3	70	1.14
8023468--8023927	3	155.3	3	65	13	96	30	9	2	57	1.44
8023483--8023586	25	4.2	25	74	8	81	27	7	1	62	1.33
8023673--8023731	19	3.1	19	81	16	52	28	10	0	61	1.29
8023740--8023788	25	1.9	25	87	4	71	32	10	0	57	1.32
8027474--8027628	28	5.6	28	70	8	93	29	19	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8027499--8027633	56	2.5	54	83	2	171	30	19	28	22	1.98
8027676--8027772	32	3.0	32	84	3	97	38	9	23	28	1.86
8033778--8033931	28	5.5	29	71	11	124	31	19	27	21	1.97
8033750--8033959	56	3.8	56	85	2	271	29	18	29	22	1.97
8034009--8034085	32	2.4	32	86	0	100	35	9	27	28	1.87
8034027--8034107	32	2.5	32	84	4	101	35	8	25	29	1.86
8036700--8036764	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
8036837--8037095	39	6.6	39	94	0	455	18	22	29	29	1.97
8050175--8050358	45	4.1	44	68	2	125	32	22	22	22	1.98
8050042--8050365	134	2.4	133	83	4	368	31	21	22	23	1.98
8051084--8051119	18	1.9	19	88	5	56	47	0	2	50	1.15
8054288--8054388	24	4.4	24	70	19	81	30	2	3	62	1.28
8054776--8054828	26	2.1	25	82	3	61	33	13	9	43	1.76
8066739--8066783	15	3.0	15	78	12	56	57	17	15	8	1.63
8076381--8076441	30	2.0	30	93	6	106	42	11	9	36	1.74
8077481--8077507	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8078245--8078286	5	8.4	5	100	0	84	38	0	19	42	1.51
8078578--8078628	19	2.6	20	81	12	61	43	0	21	35	1.53
8083586--8083612	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8092598--8092647	17	3.4	17	65	35	51	24	6	0	70	1.10
8092596--8092649	27	2.0	27	100	0	108	22	7	0	70	1.12
8092880--8092925	18	2.3	20	75	17	51	47	8	2	41	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8092889--8092923	18	1.9	18	88	0	52	45	2	2	48	1.32
8092898--8092946	18	2.6	18	84	12	55	53	4	2	40	1.32
8095148--8095233	43	2.0	43	100	0	172	53	11	11	23	1.69
8096699--8096749	13	3.8	13	75	10	57	47	1	0	50	1.12
8096686--8096744	28	2.1	28	100	0	118	52	3	0	44	1.17
8099392--8099417	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8109731--8109765	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8111088--8111129	21	2.0	21	86	9	59	28	0	0	71	0.86
8111163--8111240	19	3.9	19	75	15	59	60	11	1	26	1.39
8111163--8111227	22	3.1	20	76	10	67	64	10	1	23	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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