genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  226  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68638197--68638381	40	4.6	40	84	0	244	24	25	22	26	2.00
68643997--68644041	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
68644070--68644183	28	3.9	28	71	19	81	26	21	27	25	1.99
68644062--68644206	61	2.4	61	85	8	179	26	20	26	26	1.99
68646551--68646579	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
68646999--68647080	21	3.9	21	79	3	94	28	14	51	6	1.66
68647404--68647564	43	3.7	43	78	8	175	26	17	26	29	1.97
68668139--68668191	28	2.0	27	85	7	72	50	5	13	30	1.64
68668240--68668267	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
68681038--68681202	37	4.4	37	94	0	276	26	30	17	25	1.97
68681242--68681393	48	3.2	48	86	0	223	31	26	6	34	1.82
68684129--68684161	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
68689515--68689555	6	6.8	6	88	0	64	14	2	2	80	0.92
68692447--68692610	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
68692447--68692644	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
68699495--68699681	71	2.7	68	92	5	272	18	28	18	34	1.95
68699518--68699681	71	2.3	71	98	0	319	18	28	18	34	1.95
68699518--68699715	71	2.8	70	90	3	258	20	28	17	33	1.96
68700655--68700687	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
68716526--68716598	30	2.4	30	93	0	119	19	30	34	16	1.94
68717186--68717264	12	6.2	13	75	17	69	22	7	3	65	1.34
68718820--68718923	6	17.3	6	94	0	118	16	7	1	74	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68719122--68719163	22	2.0	21	86	13	61	23	0	14	61	1.32
68721065--68721124	30	2.0	30	96	0	111	38	15	10	36	1.80
68725874--68725903	15	2.0	15	100	0	60	46	6	13	33	1.69
68726816--68726856	16	2.5	17	80	15	50	43	2	0	53	1.13
68740515--68740695	98	1.8	98	83	2	238	24	24	17	33	1.96
68740635--68740686	27	1.9	27	84	0	68	23	25	21	30	1.99
68740514--68740740	98	2.4	97	79	8	232	24	22	17	35	1.95
68745118--68745144	13	2.1	13	100	0	54	7	14	0	77	0.97
68757963--68758063	50	2.0	50	100	0	202	34	17	3	43	1.68
68764067--68764123	21	2.7	21	86	5	80	17	33	31	17	1.93
68769702--68769824	49	2.5	49	82	2	149	25	28	18	27	1.98
68769644--68769824	98	1.9	97	83	3	238	24	28	20	26	1.99
68773689--68773895	40	5.2	40	84	1	218	25	22	26	25	2.00
68773690--68773895	79	2.6	77	83	5	241	25	22	26	25	2.00
68781707--68781914	40	5.2	40	81	2	184	25	23	26	25	2.00
68781709--68781914	80	2.6	80	82	3	218	25	23	26	24	2.00
68788636--68788806	49	3.5	48	76	5	157	25	26	19	28	1.99
68788629--68788846	98	2.3	95	81	6	237	27	28	19	24	1.98
68791471--68791506	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
68793989--68794033	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
68796217--68796264	3	16.0	3	100	0	96	0	33	0	66	0.92
68799370--68799440	13	5.5	13	87	0	79	36	28	8	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68799370--68799440	26	2.7	26	82	0	88	36	28	8	26	1.86
68799364--68799440	39	2.0	39	86	0	109	33	28	7	29	1.85
68799492--68799784	50	5.8	50	81	2	336	26	18	25	29	1.98
68799542--68799723	101	1.8	101	90	2	294	25	18	25	30	1.98
68799455--68799781	151	2.2	151	94	0	573	25	18	25	30	1.98
68799984--68800015	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
68811890--68811928	21	1.9	20	84	5	51	20	2	28	48	1.62
68816281--68816323	20	2.2	20	86	0	59	32	4	23	39	1.75
68816289--68816328	20	2.0	20	85	0	53	32	2	20	45	1.64
68821034--68821240	53	3.8	54	80	4	220	22	23	17	36	1.95
68821045--68821233	55	3.5	54	80	7	215	21	23	18	36	1.95
68821220--68821341	47	2.6	47	93	0	199	25	26	13	35	1.92
68821481--68821564	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
68826338--68826541	40	5.1	40	90	2	295	25	29	23	22	1.99
68836190--68836407	40	5.5	40	88	2	289	25	27	23	23	2.00
68843016--68843166	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
68843053--68843182	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
68846987--68847194	40	5.2	40	85	0	227	25	22	25	25	2.00
68850247--68850450	40	5.2	40	90	2	281	24	22	27	25	1.99
68850247--68850450	79	2.6	80	88	4	281	24	22	27	25	1.99
68853482--68853635	55	2.8	55	79	6	179	24	24	16	35	1.95
68853614--68853735	47	2.6	47	89	0	190	27	24	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68853875--68853958	44	1.9	44	85	4	116	25	25	11	38	1.90
68857931--68857992	30	2.1	30	93	0	106	37	14	9	38	1.79
68858276--68858340	32	2.0	32	100	0	130	43	3	12	41	1.58
68867757--68867899	39	3.6	38	84	4	160	23	31	22	23	1.98
68867787--68867900	39	2.9	39	87	6	167	23	32	21	22	1.98
68870528--68870639	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
68870528--68870639	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
68878247--68878358	27	4.2	26	83	7	134	38	23	23	15	1.92
68878247--68878358	54	2.1	54	86	3	154	38	23	23	15	1.92
68884934--68884999	28	2.3	29	73	17	68	48	1	1	48	1.20
68899233--68899436	40	5.1	40	86	2	250	25	28	22	24	1.99
68905345--68905408	34	1.9	33	84	9	85	23	25	23	28	2.00
68905788--68905821	17	1.9	17	88	5	50	14	47	26	11	1.79
68908083--68908258	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68908079--68908250	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68911188--68911256	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
68911179--68911266	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
68917003--68917115	43	2.7	42	76	2	127	29	26	15	29	1.96
68920332--68920375	21	2.1	21	95	0	79	52	18	0	29	1.46
68929915--68929970	20	2.7	21	86	5	78	42	23	23	10	1.85
68929939--68929989	19	2.6	19	87	3	66	45	23	23	7	1.79
68933893--68933936	19	2.3	20	80	11	56	25	2	6	65	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68940491--68940542	26	2.0	25	85	14	70	30	26	3	38	1.74
68944841--68944991	78	1.9	80	82	8	193	23	27	23	25	2.00
68944810--68944991	40	4.6	39	77	9	156	23	27	24	24	2.00
68952809--68952944	40	3.5	39	75	11	100	22	27	25	23	2.00
68956786--68956846	17	3.6	17	97	0	113	31	16	21	31	1.95
68957327--68957381	22	2.5	22	96	0	101	41	5	25	27	1.77
68961999--68962037	21	1.9	20	89	5	60	28	2	23	46	1.65
68966155--68966389	48	4.9	48	88	3	330	27	30	18	24	1.98
68966800--68966857	29	2.0	29	83	6	73	31	25	1	41	1.66
68975529--68975588	27	2.1	28	93	6	104	21	11	15	51	1.74
68975541--68975599	27	2.1	27	87	3	82	20	15	13	50	1.77
68978314--68978370	30	1.9	29	89	3	87	15	1	21	61	1.43
68979816--68979875	28	2.1	28	87	0	84	33	13	26	26	1.93
68981523--68981557	17	2.0	18	88	5	54	71	0	20	8	1.11
68998046--68998106	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
68998156--68998298	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	27	1.99
68998156--68998298	47	3.0	47	88	5	198	28	21	22	27	1.99
68998156--68998299	71	2.0	72	87	4	211	29	21	22	27	1.99
68998490--68998553	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
68999507--68999592	44	2.0	44	84	9	113	38	12	23	25	1.90
69003485--69003606	47	2.6	47	92	0	208	36	13	23	26	1.93
69003579--69003781	54	3.8	54	77	4	194	37	17	23	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69003652--69003793	53	2.6	53	82	6	162	34	18	25	21	1.96
69003593--69003816	108	2.1	109	81	2	254	37	17	23	21	1.93
69014196--69014462	133	2.0	133	100	0	534	32	17	16	33	1.92
69020614--69020644	12	2.6	12	94	0	53	0	9	0	90	0.46
69023338--69023497	29	5.5	30	87	8	213	28	25	13	33	1.93
69023338--69023468	59	2.3	57	93	5	219	26	25	13	34	1.93
69035473--69035542	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
69042533--69042602	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
69047205--69047235	11	2.8	11	90	0	53	61	0	3	35	1.12
69050868--69051059	50	3.9	49	82	5	215	29	25	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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