genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  171  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51817122--51817340	40	5.5	39	83	5	217	24	26	22	26	2.00
51817122--51817341	80	2.7	79	81	2	260	25	25	22	26	2.00
51822831--51822899	13	4.9	14	73	16	63	60	4	2	31	1.31
51822834--51822899	26	2.4	27	82	12	80	59	4	3	33	1.33
51822867--51822903	19	1.9	19	89	10	58	54	2	8	35	1.44
51824437--51824462	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
51824912--51824961	13	3.7	13	81	5	55	40	0	4	56	1.18
51831182--51831231	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
51831251--51831283	16	2.0	17	94	5	59	69	6	0	24	1.10
51831509--51831547	15	2.6	15	88	8	53	61	0	10	28	1.28
51834151--51834193	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
51838070--51838113	21	2.1	21	95	0	79	0	56	22	20	1.42
51841646--51841762	9	12.3	9	77	10	117	31	0	22	46	1.52
51841650--51841762	39	3.0	38	75	20	119	30	0	22	46	1.52
51841648--51841760	57	2.0	57	89	0	172	30	0	23	46	1.52
51842748--51842776	10	2.9	10	100	0	58	31	20	0	48	1.50
51842965--51843333	183	2.0	183	98	0	720	42	15	15	26	1.86
51843404--51843433	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
51844637--51844756	36	3.2	37	83	5	152	24	14	45	15	1.83
51844783--51844832	24	2.1	24	88	0	73	28	4	30	38	1.75
51845700--51845733	17	1.9	17	88	5	50	47	35	2	14	1.60
51846741--51846948	40	5.2	40	86	1	249	26	26	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51846764--51846948	79	2.3	80	85	0	255	26	27	23	23	2.00
51850398--51850603	40	5.1	40	87	0	259	26	22	26	24	2.00
51850398--51850630	80	2.9	80	81	1	198	26	22	26	24	2.00
51850398--51850630	120	1.9	121	83	4	301	26	22	26	24	2.00
51857108--51857315	40	5.2	40	89	1	276	25	27	23	24	2.00
51857131--51857315	79	2.3	80	88	0	273	24	27	23	23	2.00
51859400--51859425	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
51862076--51862114	13	2.8	14	80	11	53	23	2	10	64	1.37
51862942--51862998	22	2.7	21	78	10	62	63	12	7	17	1.50
51867460--51867492	17	1.9	17	93	0	57	24	27	33	15	1.95
51869571--51869711	46	3.0	44	75	14	126	29	29	19	21	1.98
51877155--51877346	47	4.1	47	92	0	294	32	10	30	26	1.90
51877320--51877456	46	3.0	46	86	0	193	35	8	29	25	1.86
51883198--51883271	22	3.3	22	63	22	55	35	22	6	35	1.81
51883188--51883271	44	1.9	44	97	0	159	36	25	5	32	1.80
51885371--51885513	37	3.9	37	95	0	241	26	32	17	23	1.97
51885662--51885846	99	1.9	96	88	5	282	31	25	6	36	1.82
51885662--51885847	48	3.8	48	87	5	275	31	25	6	36	1.82
51885770--51885916	47	3.1	47	80	4	118	28	28	8	34	1.86
51890341--51890381	20	2.0	20	90	0	64	39	19	2	39	1.65
51890479--51890536	25	2.3	25	77	8	64	27	18	24	29	1.98
51890516--51890629	47	2.4	47	86	2	158	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51890518--51890631	24	4.8	24	76	9	119	36	14	21	26	1.93
51891816--51891842	8	3.4	8	100	0	54	74	0	0	25	0.83
51903158--51903201	20	2.3	19	88	7	63	27	0	20	52	1.47
51903989--51904198	45	4.6	45	84	5	171	41	13	19	25	1.88
51904074--51904142	22	3.1	22	68	24	63	47	13	15	23	1.80
51904036--51904339	46	6.7	45	85	4	355	39	15	20	24	1.91
51904031--51904339	91	3.4	91	83	4	356	39	14	21	24	1.91
51908228--51908257	12	2.5	12	94	0	51	53	0	10	36	1.35
51912184--51912217	12	3.0	12	91	8	54	41	0	14	44	1.45
51913592--51913651	6	10.0	6	98	0	111	16	31	0	51	1.45
51932718--51932754	19	1.9	19	89	10	58	37	2	13	45	1.58
51936261--51936320	13	4.9	14	72	25	55	73	0	0	26	0.84
51936273--51936319	22	2.1	21	88	7	67	74	0	0	25	0.82
51940667--51940889	79	2.8	80	85	8	301	25	21	27	25	2.00
51940667--51940891	119	1.9	120	84	8	307	24	21	27	25	1.99
51940668--51940891	40	5.6	39	85	8	267	25	21	27	25	1.99
51940674--51940924	79	3.2	79	82	10	289	26	20	26	25	1.99
51945579--51946021	224	2.0	224	97	0	841	34	20	11	33	1.89
51947187--51947402	46	4.6	47	78	9	219	28	18	29	23	1.98
51947328--51947453	47	2.7	48	84	6	161	32	16	26	24	1.96
51947192--51947449	140	1.8	140	80	4	306	29	17	28	24	1.97
51954430--51954600	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51954425--51954597	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
51955257--51955296	19	2.1	19	100	0	80	37	15	0	47	1.45
51955260--51955304	19	2.3	19	92	3	72	42	17	0	40	1.50
51971580--51971620	19	2.2	18	86	4	55	24	7	4	63	1.40
51972684--51972869	40	4.7	40	89	2	259	24	26	22	26	2.00
51974125--51974165	21	2.0	21	85	9	57	34	26	4	34	1.78
51974136--51974175	21	1.9	21	84	0	53	35	25	5	35	1.78
51976770--51976988	46	4.7	45	74	11	174	28	20	28	22	1.98
51981072--51981127	29	1.9	28	82	13	69	14	33	28	23	1.94
51988253--51988283	13	2.4	13	94	0	53	6	45	22	25	1.76
51990463--51990737	142	1.9	145	82	7	346	26	17	32	24	1.97
51990470--51990737	47	5.6	49	74	15	224	26	17	32	24	1.97
51992288--51992602	95	3.3	93	81	7	323	22	28	21	27	1.99
51992286--51992602	48	6.6	48	77	7	288	22	28	21	27	1.99
51994102--51994146	20	2.2	20	96	0	81	40	6	4	48	1.49
51996871--51997095	48	4.7	48	75	4	188	28	18	28	24	1.98
51996873--51997095	96	2.3	94	81	7	245	28	18	28	24	1.98
52001020--52001144	60	2.1	60	89	0	187	10	24	36	28	1.89
52005220--52005255	18	2.0	18	88	0	54	22	13	44	19	1.86
52007729--52007792	26	2.4	27	76	5	69	20	20	20	39	1.93
52023936--52024064	46	2.8	46	89	0	186	20	18	28	31	1.97
52026827--52026927	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52030431--52030665	51	4.7	52	77	6	259	26	19	26	28	1.99
52030419--52030665	101	2.5	101	91	2	426	25	19	27	27	1.98
52031939--52032125	50	3.7	50	84	7	209	28	29	17	24	1.97
52031939--52032125	101	1.9	99	85	2	257	28	29	17	24	1.97
52034894--52034937	15	2.9	15	77	12	54	11	15	15	56	1.66
52034900--52034952	15	3.6	14	75	7	52	9	15	16	58	1.62
52034894--52034951	30	2.0	30	93	3	100	10	15	15	58	1.62
52037352--52037475	46	2.7	45	91	2	185	19	20	30	29	1.97
52041323--52041410	37	2.4	37	98	0	167	15	17	35	31	1.91
52043710--52043753	21	2.1	21	91	8	72	36	4	11	47	1.60
52052384--52052415	16	2.0	16	100	0	64	37	18	18	25	1.94
52053251--52053373	41	3.0	41	92	2	203	27	34	21	16	1.94
52065168--52065360	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
52065198--52065360	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
52072249--52072433	39	4.7	40	88	0	205	23	30	21	23	1.99
52072280--52072441	39	4.1	38	91	4	225	24	30	20	24	1.98
52072280--52072430	78	1.9	79	94	1	268	23	30	21	24	1.99
52073594--52073705	27	4.2	26	83	10	127	16	24	23	36	1.94
52073594--52073705	54	2.1	54	86	6	156	16	24	23	36	1.94
52075047--52075175	46	2.8	46	82	10	165	23	20	27	29	1.99
52081837--52082009	45	3.8	46	80	13	196	21	21	28	28	1.99
52081841--52082011	46	3.7	45	80	12	213	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52088663--52088791	46	2.8	46	82	10	165	23	20	27	29	1.99
52097407--52097480	29	2.6	29	91	0	121	28	16	31	24	1.96
52105245--52105308	28	2.2	29	88	2	103	31	18	28	21	1.97
52108651--52108695	23	2.0	23	82	8	56	31	4	13	51	1.61
52110579--52110750	93	1.8	93	88	2	265	28	28	20	22	1.99
52110572--52110747	46	3.8	46	74	11	162	29	28	20	21	1.98
52113131--52113186	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
52115474--52115655	80	2.3	80	79	11	203	22	27	23	26	2.00
52115474--52115655	40	4.6	40	80	5	174	22	27	23	26	2.00
52119293--52119464	93	1.8	93	90	4	276	29	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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