genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23897160--23897357	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
23904722--23904885	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
23904722--23904919	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
23908266--23908580	158	2.0	158	97	0	594	24	23	22	29	1.99
23911086--23911110	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23914493--23914524	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
23928527--23928558	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
23936679--23936747	36	1.9	36	85	5	95	26	23	15	34	1.95
23938996--23939025	15	2.0	15	93	0	51	50	0	6	43	1.28
23947519--23947696	46	3.8	46	76	4	178	29	27	19	23	1.98
23947527--23947698	93	1.8	93	89	0	272	28	28	19	23	1.98
23947570--23947713	46	3.1	46	72	14	134	30	28	18	22	1.97
23973706--23973730	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
23976060--23976160	28	3.5	29	87	6	134	29	26	13	29	1.94
23980351--23980517	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
23980367--23980517	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
23981339--23981384	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
23988341--23988507	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
23988357--23988507	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
23989333--23989378	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
23992545--23992592	15	3.3	15	72	21	57	22	16	25	35	1.95
23992529--23992593	28	2.3	28	94	0	112	24	15	26	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23995872--23996036	43	3.8	43	77	10	185	32	23	17	26	1.97
23999275--23999319	19	2.4	18	85	10	56	28	17	8	44	1.79
23999758--23999961	53	3.8	54	76	1	194	21	23	17	37	1.94
24002105--24002175	37	1.9	37	94	2	126	28	9	18	43	1.81
24005439--24005707	94	2.9	93	75	12	248	23	28	18	28	1.98
24005439--24005709	46	5.8	47	73	15	163	23	28	18	29	1.98
24012252--24012331	42	1.9	42	94	2	144	23	31	27	17	1.97
24013058--24013163	47	2.3	47	82	8	119	25	28	18	27	1.98
24013091--24013310	46	4.7	46	75	8	151	24	29	18	28	1.98
24014861--24015130	135	2.0	135	99	0	531	22	23	27	25	2.00
24018060--24018103	23	2.0	22	82	13	54	45	4	0	50	1.22
24019327--24019378	19	2.6	20	77	17	54	42	0	0	57	0.98
24019327--24019375	20	2.4	21	76	10	57	40	0	0	59	0.98
24019329--24019379	21	2.4	21	76	23	54	41	0	0	58	0.98
24020562--24020675	39	3.1	37	75	9	110	57	4	4	33	1.38
24020955--24020998	18	2.4	18	84	0	52	61	0	38	0	0.96
24022113--24022279	91	1.8	91	84	2	228	33	19	19	27	1.96
24022205--24023955	319	5.5	312	82	10	1667	32	18	16	32	1.93
24022695--24022935	75	3.2	75	79	5	265	34	17	16	31	1.92
24022930--24023173	74	3.3	74	85	5	332	33	18	16	31	1.93
24022449--24023962	239	6.4	238	83	9	1496	33	18	15	32	1.93
24023168--24023325	73	2.2	73	86	2	219	33	18	16	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24023004--24023949	158	5.9	160	82	8	1083	33	19	15	31	1.93
24023326--24023793	76	6.1	74	84	7	508	32	19	15	31	1.93
24022201--24023949	632	2.7	626	82	9	1924	32	18	16	32	1.93
24023718--24023881	90	1.8	89	90	3	267	33	18	15	31	1.93
24023803--24023962	75	2.2	75	89	2	243	34	18	16	30	1.93
24023645--24023955	165	1.9	164	86	2	444	32	18	15	33	1.92
24032290--24032325	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
24032286--24032317	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
24038053--24038099	23	2.0	23	87	0	67	12	17	25	44	1.84
24039623--24040533	453	2.0	454	96	0	1698	32	13	19	35	1.90
24041267--24041300	16	2.2	15	94	5	59	41	14	14	29	1.86
24044849--24044880	5	6.2	5	96	3	55	43	0	0	56	0.99
24044785--24044880	39	2.4	41	73	13	103	48	3	3	44	1.34
24054272--24054374	38	2.7	38	86	3	127	22	23	25	29	1.99
24054372--24054453	43	1.9	43	92	0	137	14	25	31	28	1.95
24071351--24071411	23	2.5	24	78	5	70	8	9	3	78	1.06
24071351--24071396	12	3.9	12	82	5	58	8	8	2	80	0.99
24075035--24075114	11	6.5	12	71	22	51	21	7	0	71	1.10
24075075--24075105	13	2.4	13	94	0	53	19	6	0	74	1.03
24075042--24075105	27	2.4	28	75	21	66	18	9	0	71	1.12
24075364--24075389	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
24079545--24079617	34	2.1	34	100	0	146	28	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24081414--24081454	3	13.7	3	100	0	82	34	0	34	31	1.58
24095383--24095592	64	3.3	62	80	9	190	31	10	11	46	1.75
24095424--24095572	67	2.3	64	88	5	210	38	10	10	40	1.74
24095424--24095592	64	2.6	64	84	6	216	35	10	11	42	1.75
24100578--24100723	43	3.4	43	77	11	131	26	27	21	24	1.99
24102275--24102304	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24103051--24103087	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
24103750--24103784	18	1.9	18	88	11	54	40	5	0	54	1.24
24105724--24105889	77	2.2	75	80	2	179	28	6	3	62	1.34
24105672--24105955	26	11.2	24	70	16	130	29	6	3	60	1.39
24106037--24106121	26	3.3	26	81	4	100	30	1	7	61	1.30
24106037--24106117	27	3.0	27	83	3	101	29	1	7	61	1.31
24106178--24106235	22	2.5	25	81	10	61	27	1	5	65	1.23
24108322--24108346	12	2.1	12	100	0	50	16	0	44	40	1.47
24110626--24110654	4	7.2	4	100	0	58	51	0	24	24	1.48
24112431--24112459	5	5.8	5	100	0	58	82	17	0	0	0.66
24114267--24114293	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24114537--24114590	21	2.6	19	76	18	63	53	9	3	33	1.50
24114665--24115002	164	2.1	164	99	0	667	56	4	7	31	1.47
24114944--24115018	9	7.3	10	77	18	66	61	1	4	33	1.23
24114860--24115018	18	8.6	18	68	20	80	56	4	4	34	1.39
24115076--24115100	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24115174--24115238	22	3.1	22	77	18	61	56	3	1	38	1.24
24115201--24115277	24	3.1	24	77	15	84	53	3	3	38	1.38
24115165--24115245	37	2.2	38	84	6	103	55	4	1	38	1.29
24115313--24115404	18	5.8	16	68	22	52	59	5	2	32	1.32
24115879--24115926	2	24.0	2	95	0	87	52	0	47	0	1.00
24131151--24131368	40	5.5	40	86	2	271	25	27	21	24	1.99
24135968--24136075	26	4.2	26	95	0	189	36	24	7	32	1.83
24136774--24137146	94	3.9	95	83	8	443	27	18	29	23	1.98
24136774--24137146	50	7.7	49	76	10	324	27	18	29	23	1.98
24140259--24140303	21	2.2	20	84	4	54	42	13	11	33	1.79
24140403--24140603	106	1.9	105	82	6	228	40	9	10	39	1.73
24143345--24143489	74	2.0	74	89	6	224	38	8	13	38	1.77
24143569--24143595	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
24144788--24144814	6	4.5	6	100	0	54	55	0	29	14	1.40
24146478--24146538	26	2.3	26	86	8	88	40	3	21	34	1.69
24148406--24148512	54	2.0	54	85	3	144	17	29	18	33	1.94
24148418--24148520	27	3.8	26	75	11	91	18	28	18	34	1.94
24161458--24161507	21	2.4	20	80	9	55	60	4	8	28	1.43
24161474--24161548	10	7.7	9	76	19	55	62	0	5	32	1.17
24161480--24161548	9	7.2	10	72	23	51	62	0	5	31	1.19
24161557--24161614	10	6.2	10	82	8	52	43	1	0	55	1.10
24161564--24161589	8	3.2	8	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24161898--24161935	18	2.2	17	86	9	51	23	7	2	65	1.32
24161967--24162006	20	1.9	22	90	10	66	32	10	0	57	1.32
24163738--24163900	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
24169819--24170028	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24177952--24178161	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24182742--24182905	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
24186600--24186646	10	4.6	10	80	12	51	36	2	2	59	1.21
24188180--24188263	42	2.0	42	92	0	141	35	15	4	44	1.68
24195554--24195738	40	4.7	40	79	7	191	24	20	27	27	1.99
24195610--24195761	79	1.9	79	81	7	184	26	18	26	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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