genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  114  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33748500--33748736	96	2.5	96	92	2	379	25	18	28	27	1.98
33750106--33750174	34	2.0	34	97	0	129	23	39	8	28	1.84
33759350--33759574	40	5.7	40	87	6	266	25	26	20	27	1.99
33759376--33759574	80	2.5	79	87	7	294	25	26	20	27	1.99
33761539--33761670	39	3.4	39	91	2	194	29	21	25	24	1.99
33761663--33761907	39	6.3	39	88	0	346	20	22	27	28	1.99
33761539--33761907	78	4.7	76	81	6	260	23	21	26	27	1.99
33761584--33761883	117	2.6	116	81	5	309	23	22	26	27	2.00
33761663--33761907	117	2.1	117	89	0	382	20	22	27	28	1.99
33767065--33767196	39	3.4	39	91	2	203	29	19	25	25	1.99
33767189--33767443	39	6.5	39	88	0	366	19	23	28	28	1.98
33767517--33767551	17	2.1	17	100	0	70	22	5	25	45	1.74
33774771--33774988	40	5.5	40	90	2	298	24	28	23	22	1.99
33775858--33775892	18	1.9	18	100	0	70	31	22	5	40	1.78
33784244--33784338	29	3.3	29	88	2	102	29	24	16	29	1.97
33786499--33786636	40	3.5	40	83	8	174	23	28	23	23	1.99
33790581--33790684	52	2.0	52	100	0	208	40	11	9	38	1.74
33790593--33790673	25	3.2	25	62	25	60	43	9	9	37	1.71
33802519--33802614	24	4.0	24	90	6	151	30	20	20	28	1.98
33802519--33802614	47	2.0	49	90	8	153	30	20	20	28	1.98
33802663--33802729	20	3.3	20	91	0	107	34	19	11	34	1.88
33802766--33802813	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33810346--33810409	31	2.1	31	94	5	112	23	25	15	35	1.94
33810603--33810698	24	4.0	24	86	6	133	30	21	20	27	1.98
33810624--33810696	23	3.1	23	94	2	119	31	20	20	27	1.97
33810747--33810813	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
33810747--33810802	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
33813660--33813725	32	2.1	32	100	0	132	25	21	28	24	1.99
33820726--33820791	32	2.1	32	100	0	132	25	21	28	24	1.99
33820805--33820967	71	2.3	71	98	1	319	35	17	28	19	1.94
33824561--33824721	84	1.9	83	83	8	209	31	21	18	28	1.97
33825304--33825365	27	2.3	27	80	2	79	35	1	14	48	1.54
33826541--33826581	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
33831158--33831200	19	2.3	19	80	4	52	16	34	9	39	1.80
33837449--33837608	29	5.5	29	81	4	171	25	30	16	26	1.97
33845517--33845676	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
33847658--33847804	73	2.0	73	94	2	260	38	18	8	34	1.82
33851818--33851842	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
33852946--33853107	43	3.8	43	77	6	157	25	16	27	30	1.97
33855954--33856126	43	4.0	43	75	6	163	30	26	15	27	1.96
33858885--33859005	42	2.8	43	75	5	120	26	18	25	29	1.98
33858847--33858966	43	2.9	41	75	13	109	23	18	27	30	1.97
33858847--33859005	85	1.9	85	81	5	196	25	18	26	29	1.98
33861406--33861478	37	2.0	37	100	0	146	32	19	15	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33873244--33873354	43	2.6	42	78	7	134	25	18	25	31	1.97
33875372--33875474	29	3.6	29	78	2	109	24	16	31	28	1.96
33888292--33888359	34	2.0	35	97	2	129	41	8	17	32	1.80
33888889--33888925	18	2.1	18	100	0	74	45	16	0	37	1.47
33891395--33891602	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
33891396--33891602	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
33899548--33899755	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
33899549--33899755	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
33905908--33905945	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
33907562--33907714	28	5.5	28	97	0	281	45	25	11	18	1.82
33915095--33915163	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
33925393--33925552	43	3.8	42	76	8	144	31	25	17	26	1.97
33925394--33925552	86	1.9	85	80	4	185	31	25	17	25	1.97
33934675--33934758	39	2.2	39	91	6	136	41	14	16	27	1.87
33949155--33949255	43	2.3	43	81	6	116	30	13	22	32	1.93
33957128--33957164	19	1.9	19	88	0	56	32	0	24	43	1.55
33966394--33966463	27	2.5	28	88	2	106	30	12	25	31	1.93
33968811--33969020	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
33976943--33977152	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
33983268--33983477	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
33990732--33990800	29	2.4	29	82	0	84	23	34	15	26	1.95
33990736--33990808	29	2.5	29	81	0	83	23	34	15	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33994664--33996287	810	2.0	810	99	0	3230	28	27	16	27	1.97
33999016--33999093	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
34003443--34003512	27	2.5	28	93	2	115	30	14	25	30	1.95
34016213--34016436	40	5.7	40	88	6	273	26	21	26	25	2.00
34016213--34016436	78	2.8	80	84	9	280	26	21	26	25	2.00
34022131--34022166	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
34023508--34023636	29	4.5	29	95	3	226	37	14	24	24	1.93
34023508--34023636	56	2.3	57	94	2	224	37	14	24	24	1.93
34029865--34029900	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
34031211--34031343	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
34031241--34031343	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
34036058--34036123	16	4.0	15	74	14	51	56	1	0	42	1.08
34036055--34036108	28	2.0	26	82	13	65	57	1	0	40	1.09
34036100--34036136	15	2.4	16	86	8	51	51	2	0	45	1.15
34037083--34037127	20	2.2	20	84	0	54	44	2	13	40	1.56
34038094--34038123	15	2.0	15	100	0	60	46	13	26	13	1.80
34039791--34039883	40	2.3	40	83	0	105	21	12	29	36	1.91
34039874--34039936	28	2.2	28	91	0	99	25	12	30	31	1.93
34039890--34039954	28	2.3	28	83	0	76	24	12	32	30	1.92
34041911--34041984	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
34041911--34041984	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
34045278--34045390	39	2.9	39	86	1	154	24	21	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34045277--34045421	79	1.8	79	82	4	186	24	22	29	23	1.99
34053087--34053160	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
34053087--34053160	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
34055088--34055238	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
34055124--34055254	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
34063037--34063186	40	3.8	40	75	7	137	28	22	26	22	1.99
34063073--34063202	40	3.3	40	77	4	147	25	23	27	23	2.00
34065822--34065881	31	2.0	30	86	3	84	20	25	20	35	1.96
34069083--34069149	33	2.0	33	100	0	134	28	26	17	26	1.98
34078263--34078288	9	2.9	9	100	0	52	34	0	30	34	1.58
34082543--34082921	49	7.7	49	95	0	641	28	8	32	30	1.86
34083025--34083108	37	2.3	37	91	0	132	26	19	32	22	1.97
34084865--34084949	40	2.1	40	84	0	107	27	21	28	23	1.99
34085180--34085311	29	4.6	29	96	0	237	26	16	31	25	1.96
34085148--34085311	58	2.8	58	89	3	215	26	17	30	25	1.97
34085838--34085935	40	2.5	40	75	12	94	27	26	25	20	1.99
34088762--34089092	49	6.8	49	93	0	536	29	8	32	30	1.87
34089194--34089315	37	3.3	37	95	0	208	25	18	32	22	1.97
34105600--34105645	6	7.8	6	85	4	58	76	6	0	17	1.00
34108406--34108454	17	2.9	17	76	11	55	32	8	0	59	1.27
34108446--34108517	7	9.7	7	71	11	54	40	4	0	55	1.19
34108463--34108508	2	23.5	2	78	12	51	41	4	0	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34108431--34108527	25	4.0	24	72	16	65	39	6	0	54	1.25
34108467--34108539	30	2.4	30	86	8	96	36	5	0	57	1.22
34108607--34108648	20	2.0	20	86	4	57	23	0	7	69	1.13
34118728--34118834	42	2.5	42	93	0	187	29	14	32	22	1.94
34118842--34118911	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
34125352--34125421	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
34132542--34132611	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
34134019--34134582	205	2.7	206	88	2	823	31	17	21	29	1.96
34137805--34137959	39	3.9	39	92	0	256	22	32	20	23	1.98
34139514--34139551	14	2.7	15	88	8	53	39	2	0	57	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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