genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  168  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50919620--50919651	6	4.9	7	92	7	50	25	0	0	75	0.81
50923657--50923871	28	7.7	28	84	5	247	33	18	25	23	1.97
50923690--50923873	56	3.3	56	90	3	282	30	19	26	22	1.98
50923690--50923929	111	2.2	109	80	9	256	31	20	24	23	1.98
50924948--50924987	21	1.9	21	90	10	64	47	5	10	37	1.59
50926828--50926852	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
50928062--50928161	51	2.0	51	84	7	132	36	28	15	21	1.93
50928124--50928205	43	1.9	43	84	0	110	30	30	18	20	1.96
50934939--50935203	48	5.5	46	73	11	160	30	20	27	22	1.98
50934937--50935164	94	2.4	95	82	7	257	29	20	27	22	1.98
50935081--50935205	49	2.5	49	83	8	148	29	22	26	21	1.99
50942557--50942596	18	2.2	18	95	0	71	32	17	7	42	1.77
50944106--50944142	20	1.9	19	89	10	58	8	37	10	43	1.69
50954241--50954271	16	1.9	16	100	0	62	51	12	16	19	1.76
50955247--50955445	46	4.2	46	79	7	188	30	17	27	25	1.97
50955247--50955508	94	2.8	93	86	4	343	30	17	27	24	1.97
50955513--50955569	30	1.9	30	100	0	114	33	17	24	24	1.96
50960342--50960380	21	1.9	21	89	5	62	15	35	25	23	1.94
50964476--50964630	74	2.1	74	97	1	294	33	19	20	27	1.96
50968397--50968448	27	1.9	27	88	0	77	36	17	17	28	1.92
50984053--50984201	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
50984094--50984201	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50991361--50991509	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
50991402--50991509	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
50995905--50996023	44	2.8	43	80	13	145	31	29	16	22	1.96
51010560--51010702	23	6.1	23	90	2	214	27	20	23	28	1.99
51010560--51010702	47	3.1	47	92	3	227	27	20	23	28	1.99
51010761--51010817	9	5.9	9	76	15	51	35	21	8	35	1.84
51010749--51010819	20	3.5	20	90	0	106	32	21	11	35	1.89
51016895--51017023	39	3.3	38	83	4	159	33	19	24	22	1.97
51023337--51023535	51	3.9	51	90	2	294	30	24	13	32	1.93
51023583--51023670	24	3.5	24	79	14	106	22	22	13	40	1.89
51023559--51023681	52	2.4	52	86	2	176	26	22	13	37	1.92
51024129--51024162	8	4.1	8	88	3	50	50	35	2	11	1.54
51025380--51025422	16	2.7	16	77	0	50	51	20	18	9	1.74
51025658--51025747	29	3.1	29	79	1	101	25	16	28	28	1.97
51030213--51030276	32	2.0	32	90	0	101	35	12	10	40	1.78
51038441--51038699	68	3.9	64	76	14	233	30	16	29	24	1.96
51041477--51041646	51	3.3	51	90	1	261	29	25	14	30	1.95
51041670--51041793	52	2.4	52	89	2	196	25	22	12	38	1.90
51041670--51041783	24	4.4	26	80	14	137	25	23	13	37	1.91
51044696--51044919	40	5.6	40	87	4	319	25	28	23	23	2.00
51051662--51051915	39	6.5	39	91	2	384	28	27	23	20	1.99
51051908--51052039	39	3.4	39	92	2	203	26	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51051686--51051994	117	2.6	116	83	6	329	28	28	21	22	1.99
51056802--51056882	31	2.6	31	94	0	135	28	11	11	49	1.72
51064994--51065057	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
51065238--51065380	24	6.0	24	89	5	202	26	21	21	30	1.99
51065238--51065380	47	3.0	47	88	5	198	26	21	21	30	1.99
51065437--51065493	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
51065433--51065495	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
51065530--51065579	25	2.0	25	84	0	64	26	14	24	36	1.93
51066737--51066804	25	2.7	26	88	6	95	20	25	25	29	1.99
51066737--51066814	26	3.1	25	83	10	88	20	24	21	33	1.97
51066842--51067428	27	22.0	27	77	6	162	34	9	20	35	1.85
51066948--51067078	26	4.9	27	77	13	130	29	7	20	41	1.80
51066850--51067056	53	3.8	53	77	10	159	31	9	18	40	1.83
51066955--51067078	53	2.3	52	84	9	153	28	7	20	43	1.78
51067044--51067327	79	3.6	78	79	11	272	39	8	21	30	1.83
51067097--51067330	54	4.4	53	85	6	285	40	8	22	28	1.84
51067086--51067330	106	2.3	106	82	4	305	40	8	22	28	1.83
51067319--51067421	26	3.9	26	80	7	102	30	10	21	37	1.87
51067336--51067423	26	3.3	26	82	7	106	31	10	18	39	1.84
51067336--51067438	26	3.9	26	81	7	73	33	9	17	38	1.83
51070200--51070263	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
51070529--51070631	24	4.3	24	95	2	181	24	22	22	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51070688--51070744	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
51070685--51070746	20	3.1	20	95	0	115	32	19	12	35	1.90
51071980--51072065	27	3.3	27	85	10	108	22	25	19	32	1.97
51072116--51072166	27	1.9	27	88	11	79	35	11	11	41	1.78
51072114--51072325	53	4.0	53	76	11	152	31	9	18	40	1.83
51072205--51072325	26	4.7	26	85	7	167	28	7	21	42	1.80
51072205--51072339	53	2.6	51	83	8	175	29	7	22	40	1.81
51072318--51072433	27	4.3	26	83	6	151	42	7	19	30	1.80
51079167--51079267	28	3.5	29	85	6	116	29	26	14	28	1.95
51082336--51082372	19	1.9	19	94	0	65	8	32	21	37	1.83
51082340--51082384	19	2.3	19	84	3	54	13	33	17	35	1.89
51083146--51083183	20	1.9	20	94	0	67	47	0	21	31	1.51
51084597--51084627	12	2.6	12	89	0	53	6	25	38	29	1.81
51095945--51096046	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
51100305--51100365	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
51101073--51101244	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
51101097--51101280	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
51102354--51102380	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
51104028--51104130	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
51108475--51108657	63	2.8	63	76	11	183	28	16	31	23	1.96
51109733--51109757	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
51112031--51112109	29	2.8	28	81	9	88	26	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51118220--51118247	14	2.0	14	100	0	56	7	28	28	35	1.84
51121118--51121183	26	2.6	25	82	15	75	19	6	4	69	1.27
51126417--51126515	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
51133485--51133539	20	2.8	20	74	0	56	30	34	14	20	1.92
51136890--51137043	38	3.8	42	73	12	149	27	30	18	22	1.98
51141842--51141889	22	2.2	22	85	7	62	20	2	0	77	0.88
51141839--51141887	20	2.3	22	75	6	57	22	4	0	73	1.00
51141976--51142017	21	2.0	21	85	0	57	40	2	2	54	1.26
51143201--51143310	41	2.8	40	80	12	118	28	19	24	28	1.98
51143375--51143543	80	2.1	80	80	5	180	28	20	22	28	1.99
51143435--51143585	41	3.7	40	81	5	160	27	21	18	31	1.97
51143435--51143585	80	1.9	82	85	2	216	27	21	18	31	1.97
51145375--51145451	23	3.2	23	72	13	64	38	6	2	51	1.41
51147940--51148003	32	2.0	32	93	0	110	31	1	17	50	1.55
51148645--51148815	43	4.0	43	75	11	161	26	18	22	32	1.97
51149963--51150041	41	1.9	41	89	0	122	17	20	31	30	1.96
51149972--51150052	41	2.0	41	87	0	117	17	22	30	29	1.96
51156023--51156062	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
51156288--51156320	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
51157115--51157149	16	2.2	16	94	0	61	74	5	8	11	1.22
51157545--51157601	22	2.5	22	97	2	105	10	5	35	49	1.60
51159915--51160001	37	2.4	38	81	9	103	60	1	1	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51160106--51160179	18	4.4	17	70	11	62	62	4	0	33	1.14
51160297--51160345	21	2.4	21	86	3	64	22	4	8	65	1.37
51160297--51160336	20	2.0	20	90	5	62	25	5	10	60	1.49
51161413--51161439	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
51165520--51165561	21	2.0	21	100	0	84	38	4	9	47	1.57
51178074--51178177	26	4.0	26	93	0	181	35	24	7	32	1.84
51183576--51183628	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
51185116--51185271	26	6.0	26	85	0	222	34	22	7	35	1.83
51185116--51185271	52	3.0	52	92	0	249	34	22	7	35	1.83
51187411--51187761	46	7.8	45	74	12	202	43	15	20	20	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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