genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  124  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36786614--36786665	23	2.3	23	78	15	54	23	1	3	71	1.13
36800710--36800751	21	2.0	21	85	0	57	23	42	11	21	1.86
36807650--36807829	39	4.6	38	87	4	218	21	31	23	23	1.99
36807680--36807829	39	3.9	39	91	4	232	22	31	22	24	1.98
36807680--36807829	76	1.9	79	89	4	234	22	31	22	24	1.98
36811906--36812048	39	3.6	39	95	0	241	21	32	21	24	1.98
36816083--36816263	39	4.6	38	88	3	227	21	31	23	23	1.98
36816113--36816263	39	3.9	39	92	2	241	21	31	22	23	1.98
36816113--36816263	77	1.9	79	90	2	243	21	31	22	23	1.98
36823571--36823751	39	4.6	38	88	3	227	21	31	23	23	1.98
36823601--36823751	39	3.9	39	92	2	241	21	31	22	23	1.98
36823601--36823751	77	1.9	79	90	2	243	21	31	22	23	1.98
36834553--36834629	40	1.9	40	89	5	120	37	15	20	25	1.92
36837937--36838049	40	2.8	39	84	5	136	22	23	30	24	1.99
36840490--36840569	40	2.0	40	90	4	126	35	16	21	27	1.94
36848346--36848497	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
36856398--36856543	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
36856430--36856581	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
36861453--36861554	27	3.6	28	85	5	125	28	12	25	33	1.93
36884159--36884207	19	2.5	19	78	15	55	40	4	12	42	1.61
36884376--36884418	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
36910136--36910197	30	2.0	31	96	3	117	37	11	22	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36918900--36919121	46	4.8	46	79	8	202	28	20	28	22	1.98
36924124--36924604	47	10.1	47	92	3	746	28	30	8	32	1.87
36924174--36924252	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
36924124--36924695	49	11.7	49	89	6	772	28	30	8	32	1.86
36924124--36924695	94	5.8	96	89	5	769	28	30	8	32	1.86
36924546--36924665	61	2.0	60	93	3	206	25	30	10	33	1.89
36931444--36931483	21	2.0	21	85	5	55	12	32	27	27	1.93
36935033--36935078	19	2.4	19	85	0	65	8	30	34	26	1.86
36940337--36940497	29	5.6	29	80	2	164	24	15	32	26	1.95
36947219--36947244	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
36950315--36950450	56	2.4	56	80	2	155	30	13	21	34	1.92
36971038--36971105	35	1.9	35	82	5	84	26	22	23	27	1.99
36972929--36973031	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
36981277--36981512	39	6.1	39	92	1	402	21	25	29	24	1.99
36984852--36985190	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
36985159--36985362	40	5.1	40	82	0	201	25	23	26	25	2.00
36985159--36985362	80	2.5	80	84	3	241	25	23	26	25	2.00
36990758--36991095	123	2.8	123	96	0	606	29	10	25	33	1.90
36991064--36991267	40	5.1	40	81	2	194	25	22	26	26	2.00
36993607--36993774	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
36993623--36993772	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
37007337--37007532	39	5.1	39	90	2	315	21	25	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37007337--37007532	77	2.5	76	90	2	302	21	25	29	23	1.99
37018246--37018423	40	4.5	40	91	2	270	23	23	28	24	2.00
37019887--37019917	14	2.2	14	94	0	53	48	3	0	48	1.17
37023671--37023715	22	2.0	22	91	0	72	28	24	15	31	1.96
37023620--37023764	71	2.0	73	85	2	195	28	24	19	27	1.99
37024000--37024053	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
37025011--37025105	25	3.8	25	87	0	118	27	23	22	27	1.99
37025011--37025105	50	1.9	50	86	0	136	27	23	22	27	1.99
37025297--37025409	54	2.1	54	79	0	118	29	21	19	30	1.97
37025337--37025606	82	3.3	81	90	2	396	25	20	18	35	1.95
37025336--37025606	27	9.9	27	86	3	380	25	20	19	35	1.96
37025612--37025777	54	3.1	54	82	3	174	29	9	19	41	1.82
37025628--37025753	27	4.7	27	87	0	171	29	9	19	41	1.83
37025652--37025777	27	4.7	26	88	2	135	26	7	23	42	1.81
37035510--37035613	46	2.3	46	91	0	163	31	17	22	28	1.96
37037693--37037855	45	3.7	45	86	4	217	25	21	28	24	1.99
37037789--37037895	41	2.6	41	83	8	128	30	19	27	22	1.98
37038372--37038404	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
37043078--37043129	14	3.2	16	84	13	54	50	1	0	48	1.12
37044998--37045100	52	2.0	52	94	0	179	43	6	11	37	1.68
37049220--37049298	5	15.4	5	94	5	140	59	0	0	40	0.97
37050541--37050600	26	2.3	26	82	0	84	18	20	21	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37050730--37050783	25	2.2	25	83	6	65	27	35	11	25	1.90
37050960--37050991	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
37056344--37056446	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
37064613--37064715	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
37068561--37068659	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
37075842--37075942	25	4.0	26	81	7	102	18	22	21	36	1.95
37075842--37075934	26	3.7	26	82	7	111	17	21	23	37	1.94
37077892--37078099	41	5.1	41	77	0	191	32	16	28	22	1.95
37080740--37080879	40	3.5	40	83	1	120	27	23	27	22	1.99
37080777--37080903	40	3.2	39	84	6	148	24	22	26	25	2.00
37082477--37082534	21	2.7	21	89	2	89	53	0	3	43	1.17
37083028--37083071	22	2.0	22	86	0	61	40	0	15	43	1.47
37083090--37083218	69	1.9	68	83	1	168	42	8	14	34	1.76
37087231--37087255	13	1.9	13	100	0	50	24	20	32	24	1.98
37093527--37093932	185	2.2	184	87	1	589	41	7	25	25	1.81
37094269--37094318	18	2.5	20	84	12	68	34	0	6	60	1.21
37094432--37094476	7	6.6	7	92	2	74	40	28	13	17	1.88
37096710--37096754	22	2.0	22	83	8	56	46	4	0	48	1.22
37097569--37097617	26	2.0	26	84	8	66	36	0	8	55	1.30
37114679--37114736	29	2.2	25	77	19	64	18	17	24	39	1.92
37119044--37119113	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
37126998--37127104	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37127113--37127182	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
37129712--37129871	68	2.4	67	79	10	170	28	29	15	27	1.96
37132322--37132381	31	1.9	31	86	6	86	38	16	1	43	1.58
37133857--37134139	50	5.6	50	77	3	275	31	27	16	24	1.96
37133851--37134122	150	1.8	151	87	6	408	31	27	16	24	1.96
37133857--37134137	101	2.8	101	79	2	280	31	27	16	24	1.96
37143083--37143123	18	2.2	19	91	4	66	60	2	31	4	1.30
37152300--37152638	41	8.2	41	91	3	531	35	25	20	18	1.95
37152300--37152638	122	2.7	123	90	3	531	35	25	20	18	1.95
37152322--37152638	163	1.9	164	92	1	537	35	25	20	17	1.95
37160899--37160958	25	2.4	26	79	17	74	56	1	6	35	1.35
37161750--37161808	30	2.0	30	83	6	75	47	13	6	32	1.69
37163511--37163694	43	4.3	43	86	2	210	29	24	21	24	1.99
37163787--37163880	47	2.0	47	95	0	170	48	25	6	19	1.72
37164083--37164122	21	1.9	21	94	0	71	12	30	20	37	1.89
37164515--37164542	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
37166850--37166919	25	2.8	25	93	0	113	27	22	22	27	1.99
37167141--37167249	31	3.5	31	93	1	184	33	21	26	19	1.97
37169315--37169348	3	11.3	3	93	0	59	35	2	0	61	1.11
37171512--37171559	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
37171688--37171757	25	2.8	25	80	10	81	30	22	22	24	1.99
37171954--37172062	31	3.5	31	86	1	148	33	19	25	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37173564--37173602	17	2.4	17	95	4	71	12	25	10	51	1.71
37181250--37181325	38	2.0	38	100	0	152	34	10	26	28	1.90
37183849--37183874	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
37185691--37185846	9	17.6	9	68	13	83	36	1	17	44	1.58
37185705--37185861	36	4.0	41	85	10	165	36	1	16	45	1.56
37185752--37185861	36	3.1	36	95	0	202	35	1	16	46	1.58
37193659--37193829	23	7.4	23	74	7	123	33	19	22	23	1.97
37193658--37193829	46	3.7	46	82	1	202	34	19	22	23	1.97
37193660--37193829	92	1.8	92	84	2	234	34	19	22	23	1.97
37193743--37193839	23	4.2	23	75	10	83	35	18	22	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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