genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  235  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71616611--71616635	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
71617312--71617379	25	2.7	25	88	0	100	10	2	26	60	1.43
71625553--71625620	35	1.9	35	85	8	93	2	42	0	54	1.15
71631486--71631676	93	2.1	93	97	0	364	31	26	4	37	1.77
71632026--71632101	31	2.4	31	82	6	91	59	5	0	35	1.20
71637141--71637187	23	2.0	23	87	0	67	36	14	21	27	1.93
71647587--71647636	27	1.9	25	95	0	73	42	34	12	12	1.79
71652079--71652112	17	2.0	17	100	0	68	35	17	17	29	1.93
71652101--71652195	43	2.2	43	83	3	111	25	14	25	34	1.94
71667971--71668133	71	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
71672358--71672458	27	3.8	27	84	1	123	38	22	9	28	1.86
71672476--71672565	27	3.3	27	95	0	153	37	18	17	25	1.93
71672734--71672784	26	1.9	26	88	4	75	23	21	19	35	1.96
71685744--71685809	34	1.9	34	82	11	82	25	28	21	24	1.99
71686096--71686149	27	2.0	27	88	0	81	37	18	16	27	1.93
71696947--71697012	34	1.9	34	82	11	82	24	27	22	25	2.00
71697438--71697472	17	2.0	18	94	5	63	11	40	31	17	1.85
71707703--71707876	46	3.7	46	78	6	136	29	20	27	22	1.99
71707704--71707970	47	5.7	46	75	9	181	28	20	28	22	1.98
71707768--71707970	93	2.2	93	80	12	220	27	20	29	23	1.99
71714978--71715149	47	3.7	48	80	9	178	26	18	30	24	1.97
71714925--71715147	47	4.8	48	79	7	174	28	17	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71714884--71715149	140	1.9	141	82	3	331	27	18	30	24	1.98
71727119--71727314	53	3.6	54	75	8	175	21	22	17	37	1.94
71734004--71734077	26	2.8	26	81	0	94	22	22	17	36	1.95
71744580--71744656	26	3.0	26	84	0	100	18	19	23	38	1.93
71748595--71748656	10	6.1	10	83	9	54	33	0	8	58	1.28
71749915--71749974	29	2.1	29	96	0	111	28	11	13	46	1.78
71752054--71752095	19	2.2	20	95	4	77	38	4	4	52	1.44
71753919--71753948	14	2.1	14	93	0	51	33	26	23	16	1.96
71758390--71758578	39	4.8	40	89	5	278	25	28	22	23	1.99
71758377--71758578	79	2.6	78	88	5	275	25	27	22	24	2.00
71766696--71766886	40	4.8	40	89	5	271	26	28	22	23	1.99
71769570--71769671	42	2.4	42	83	1	114	35	24	14	25	1.94
71769551--71769709	43	3.7	43	79	1	149	33	25	15	25	1.95
71771271--71771354	42	2.0	42	85	0	114	41	13	9	35	1.76
71778619--71778688	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71786650--71786719	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71793621--71793687	33	2.0	33	94	0	116	37	23	11	26	1.90
71798438--71798476	16	2.4	16	100	0	78	66	10	12	10	1.44
71805461--71805644	40	4.6	40	91	4	293	25	28	22	23	2.00
71809540--71809570	13	2.5	13	94	5	55	51	6	12	29	1.65
71810192--71810225	17	2.1	16	94	5	59	79	14	0	5	0.91
71811451--71811622	43	4.0	42	76	8	150	26	16	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71811453--71811616	86	1.9	85	80	6	188	27	15	23	33	1.95
71828925--71829087	43	3.9	41	79	4	157	25	16	24	33	1.96
71828925--71829069	43	3.4	41	81	9	159	26	16	23	33	1.96
71838458--71838519	15	4.4	15	83	16	80	61	12	14	11	1.57
71838458--71838521	28	2.3	28	87	12	96	59	15	14	10	1.61
71841440--71841611	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
71841432--71841607	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
71846017--71846129	39	2.8	39	78	7	113	26	21	28	23	1.99
71846032--71846129	39	2.5	40	83	3	135	26	20	28	24	1.99
71845978--71846162	79	2.3	80	81	7	207	24	23	27	24	2.00
71846032--71846170	40	3.5	40	81	5	131	25	23	28	23	2.00
71851238--71851294	19	3.0	19	75	7	62	26	5	14	54	1.61
71867594--71867761	46	3.6	46	81	7	180	29	19	27	23	1.98
71870295--71870576	51	5.7	47	82	6	240	29	25	19	25	1.98
71870346--71870576	51	4.6	51	83	5	251	29	24	19	27	1.98
71874558--71874632	37	2.0	37	97	0	141	34	20	12	33	1.89
71877360--71877590	49	4.7	48	80	8	223	29	27	19	24	1.98
71878452--71878631	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
71885663--71885833	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
71891025--71891070	19	2.4	19	96	0	83	52	4	15	28	1.61
71894485--71894622	43	3.3	42	80	6	154	33	16	21	28	1.95
71896838--71896920	24	3.5	24	96	0	157	21	16	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71903376--71903628	40	6.3	40	89	3	373	22	28	23	25	1.99
71903388--71903627	82	3.0	82	91	2	369	22	28	23	25	1.99
71903376--71903628	122	2.1	120	89	2	382	22	28	23	25	1.99
71904909--71905130	40	5.6	40	86	5	297	24	23	26	25	2.00
71904909--71905130	81	2.8	80	87	8	301	24	23	26	25	2.00
71913126--71913349	40	5.6	40	84	3	279	23	22	26	26	2.00
71913130--71913349	83	2.7	80	86	5	275	23	23	27	26	2.00
71917091--71917409	48	6.6	48	71	12	190	28	18	28	24	1.98
71917078--71917412	96	3.5	96	76	8	283	28	18	28	25	1.98
71917078--71917361	144	2.0	144	85	0	388	27	16	28	26	1.97
71917090--71917408	144	2.2	144	81	0	368	28	18	27	24	1.98
71929422--71929577	85	1.8	83	81	9	190	29	24	16	30	1.96
71932438--71932553	24	4.4	27	82	15	154	36	14	23	25	1.93
71932438--71932553	52	2.2	52	95	0	205	36	14	23	25	1.93
71932577--71932826	51	4.9	51	93	1	412	32	13	24	30	1.93
71940134--71940201	31	2.2	31	94	0	118	13	32	36	17	1.89
71940477--71940529	27	2.0	27	100	0	106	26	45	0	28	1.54
71945073--71945240	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
71945073--71945240	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
71954645--71954787	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
71954646--71954826	77	2.3	79	89	2	267	24	22	29	23	1.99
71956293--71956460	40	4.2	40	84	8	198	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71956293--71956460	80	2.1	79	85	4	221	23	21	27	27	1.99
71966707--71966869	42	3.9	42	82	3	184	30	23	15	30	1.95
71967576--71967642	33	2.0	33	97	0	125	44	8	16	29	1.78
71978482--71978823	182	1.9	182	99	0	675	44	11	5	37	1.66
71991582--71991617	9	3.8	9	92	7	54	47	8	0	44	1.33
71993729--71993855	40	3.2	40	77	12	136	23	27	25	23	2.00
71997075--71997241	53	3.1	55	77	5	166	20	23	17	37	1.94
72001722--72001758	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
72004125--72004296	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
72004118--72004293	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
72006905--72006987	26	2.9	29	79	18	102	24	22	34	18	1.96
72006962--72007042	38	2.1	40	90	4	130	20	25	30	22	1.98
72013255--72014107	434	2.0	427	87	7	1240	35	12	21	29	1.91
72015315--72015444	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
72023313--72023390	38	2.0	39	87	7	115	21	25	29	23	1.99
72027022--72027198	40	4.5	40	97	2	340	22	28	23	25	1.99
72027022--72027198	79	2.2	80	97	2	340	22	28	23	25	1.99
72035123--72035372	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
72052294--72052376	33	2.5	33	82	2	94	24	24	24	27	2.00
72069660--72069728	34	2.0	34	88	0	102	27	21	23	27	1.99
72080453--72080505	28	2.0	26	92	7	88	45	3	0	50	1.19
72080453--72080495	14	3.1	14	75	24	54	44	4	0	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72080592--72080641	26	2.0	26	88	4	75	52	6	0	42	1.26
72080784--72080845	16	3.9	16	78	0	70	30	27	3	38	1.72
72080786--72080846	32	1.9	32	86	0	86	31	26	4	37	1.77
72086980--72087014	3	11.7	3	93	0	61	37	62	0	0	0.95
72087024--72087085	3	20.7	3	93	0	106	1	33	29	35	1.67
72101674--72101703	15	1.9	16	93	6	53	16	26	0	56	1.40
72102555--72102700	53	2.7	53	81	4	177	24	23	17	34	1.96
72102556--72102722	55	3.1	54	76	9	178	24	23	16	35	1.95
72102725--72102838	47	2.4	47	92	0	183	27	21	13	37	1.91
72103273--72103318	13	3.5	13	100	0	92	56	21	6	15	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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