genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.357.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  357  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110254600--110254661	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
110254767--110254879	27	4.2	28	86	5	144	19	23	21	36	1.95
110254765--110254879	55	2.1	54	84	7	153	19	22	21	36	1.95
110256861--110257099	114	2.1	114	92	3	401	34	21	13	30	1.92
110258085--110258128	22	2.0	24	82	13	58	43	25	13	18	1.86
110260769--110260839	28	2.5	28	90	0	124	29	25	9	35	1.88
110275239--110275283	23	2.0	22	87	12	65	28	8	40	22	1.84
110276821--110276871	25	2.0	25	96	0	93	17	17	19	45	1.86
110278721--110278787	23	2.9	23	86	0	89	40	2	26	29	1.71
110280324--110280588	27	9.9	27	88	0	361	24	21	19	34	1.96
110280326--110280588	81	3.3	80	89	2	402	24	21	19	34	1.96
110294246--110294391	40	3.7	40	82	9	156	23	21	27	26	1.99
110294246--110294414	80	2.1	80	80	9	186	25	21	26	26	1.99
110294247--110294410	40	4.1	40	80	10	122	25	21	27	25	2.00
110298020--110298118	25	4.0	24	73	2	81	23	33	11	32	1.90
110302071--110302114	22	2.0	22	100	0	88	22	4	18	54	1.61
110305525--110305645	37	3.2	37	97	1	224	25	33	19	22	1.97
110305685--110305788	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
110305780--110306113	49	6.9	49	92	2	550	29	27	9	34	1.88
110305780--110306113	96	3.5	96	94	0	569	29	27	9	34	1.88
110305780--110306113	145	2.3	146	92	3	557	29	27	9	34	1.88
110311538--110311585	21	2.3	21	85	7	62	33	18	25	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110318073--110318101	14	2.1	14	100	0	58	34	34	0	31	1.58
110320017--110320126	54	2.0	54	98	0	211	40	20	14	23	1.90
110322439--110322503	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
110322479--110322508	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
110322498--110322537	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
110322829--110322869	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
110322904--110322950	22	2.0	22	84	15	60	25	2	2	70	1.10
110322977--110323037	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
110328639--110328710	32	2.3	32	95	2	128	25	26	5	43	1.76
110333252--110333327	39	2.1	35	86	13	102	59	2	10	27	1.44
110334031--110334080	10	5.0	10	83	9	66	70	0	6	24	1.10
110334094--110334130	13	2.8	13	87	4	56	43	13	0	43	1.44
110335547--110335590	23	1.9	23	100	0	88	54	13	4	27	1.58
110335825--110335860	18	1.9	19	88	5	56	58	0	8	33	1.28
110337244--110337522	139	2.0	139	92	1	461	25	18	19	37	1.94
110338996--110339057	10	6.3	10	75	7	56	61	9	3	25	1.42
110338984--110339056	39	2.0	36	86	10	103	61	9	2	26	1.40
110339209--110339250	16	2.7	16	77	3	50	23	28	9	38	1.86
110342157--110342211	14	3.6	14	75	17	56	47	1	1	49	1.23
110355959--110355997	20	1.9	21	84	5	53	66	2	2	28	1.18
110359095--110359143	19	2.5	19	93	3	80	36	14	4	44	1.64
110370747--110370797	22	2.4	22	80	3	59	25	21	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110371334--110371364	8	3.9	8	100	0	62	38	0	0	61	0.96
110379048--110379136	34	2.6	34	87	0	142	35	7	16	39	1.78
110384992--110385142	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
110385029--110385158	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
110384991--110385158	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
110392975--110393125	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
110393012--110393141	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
110396170--110396326	48	3.3	48	84	3	138	30	24	17	28	1.97
110396192--110396336	48	3.0	47	87	4	193	29	24	18	27	1.98
110397667--110397696	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
110412060--110412174	43	2.7	42	86	5	142	31	25	16	26	1.96
110416147--110416248	50	2.0	50	84	0	132	41	21	7	29	1.81
110419324--110419444	55	2.2	55	86	5	165	30	33	14	21	1.93
110420312--110420434	44	2.8	44	80	10	142	26	30	18	25	1.98
110423309--110423549	68	3.7	64	79	9	238	29	16	28	25	1.97
110423354--110423507	67	2.3	65	85	7	193	33	16	28	22	1.95
110429988--110430107	55	2.2	55	86	3	161	24	32	21	21	1.98
110431012--110431326	47	6.7	47	75	12	234	24	28	19	27	1.98
110431009--110431326	141	2.2	140	81	5	354	23	29	19	27	1.98
110450169--110450335	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
110458177--110458343	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
110462723--110462806	42	2.0	42	97	0	159	30	17	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110464604--110464682	29	2.7	28	80	7	95	20	18	27	32	1.96
110474698--110474735	20	1.9	20	88	0	58	36	2	5	55	1.37
110478256--110478287	16	2.0	16	93	0	55	71	0	28	0	0.86
110478573--110478650	35	2.4	33	85	10	99	20	1	10	67	1.27
110478590--110478660	35	2.1	34	92	7	119	16	0	14	69	1.20
110480552--110480664	43	2.6	42	79	6	120	29	25	17	27	1.98
110480969--110481210	119	2.0	120	97	0	459	31	21	4	41	1.73
110484267--110484394	47	2.7	48	81	1	159	34	29	14	21	1.93
110486220--110486247	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
110487452--110487543	48	1.9	48	86	6	134	55	8	5	30	1.53
110490271--110490390	40	3.0	41	87	4	165	33	26	17	22	1.96
110502718--110502776	27	2.2	27	90	0	91	18	25	27	28	1.98
110507689--110507748	18	3.3	18	80	15	70	68	1	1	28	1.09
110507678--110507720	22	2.0	22	86	9	61	67	0	2	30	1.03
110507696--110507749	17	3.1	17	79	12	65	68	1	1	27	1.10
110508477--110508515	20	2.0	20	94	0	69	35	0	2	61	1.10
110508876--110509507	132	4.8	132	90	1	973	25	15	25	33	1.95
110508876--110509507	263	2.4	264	90	1	991	25	15	25	33	1.95
110509839--110509871	15	2.1	16	88	5	50	27	0	18	54	1.44
110510509--110510615	47	2.3	47	98	0	205	35	18	14	31	1.91
110513391--110513425	12	2.8	12	86	4	52	28	0	2	68	1.04
110513545--110513868	73	4.4	73	78	5	316	25	22	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110513585--110513964	73	5.3	73	76	7	339	26	23	14	36	1.93
110513585--110513968	38	10.6	37	73	12	273	26	22	14	35	1.93
110513650--110513775	34	3.6	33	78	13	110	24	25	16	33	1.96
110513600--110513868	145	1.9	144	82	3	344	25	22	15	36	1.93
110518235--110518265	6	5.2	6	96	0	53	35	16	29	19	1.93
110527948--110528129	40	4.6	39	78	7	145	23	26	23	26	2.00
110529241--110529277	18	2.1	18	100	0	74	40	21	5	32	1.76
110535296--110535446	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
110535333--110535462	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
110543118--110543339	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
110543298--110543448	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
110543299--110543448	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
110545101--110545266	53	3.1	53	86	6	203	26	15	27	30	1.96
110549409--110549582	46	3.7	46	79	17	189	28	20	28	22	1.99
110549412--110549677	47	5.7	46	78	10	236	27	19	29	22	1.98
110549412--110549677	140	1.9	140	85	8	371	27	19	29	22	1.98
110549827--110549854	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
110550809--110550847	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
110556988--110557036	20	2.5	20	96	0	89	42	0	28	28	1.56
110557104--110557270	46	3.6	46	77	13	164	28	20	28	22	1.99
110557104--110557369	47	5.7	46	73	12	179	28	19	29	22	1.98
110557103--110557365	94	2.8	94	79	10	254	28	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110561895--110561983	34	2.6	34	94	0	160	33	6	16	42	1.75
110561995--110562041	9	4.9	9	82	14	58	17	0	21	61	1.34
110561995--110562041	20	2.4	19	89	3	67	17	0	21	61	1.34
110578730--110578823	46	2.0	46	93	0	161	26	31	20	21	1.98
110604630--110604670	21	2.0	21	85	4	57	24	9	24	41	1.85
110605188--110605217	15	2.0	15	100	0	60	26	0	6	66	1.16
110611554--110611760	68	3.0	67	77	9	213	25	21	15	37	1.93
110611579--110611795	68	3.2	68	77	6	215	25	21	15	37	1.93
110612852--110613231	188	2.0	188	98	0	742	30	23	12	33	1.91
110616526--110616600	20	3.6	21	76	16	68	38	2	4	54	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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