genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11959233--11959363	37	3.5	36	79	7	111	51	14	17	16	1.77
11960444--11960477	16	2.1	16	88	0	50	67	2	8	20	1.31
11962117--11962156	20	2.0	19	85	9	53	37	20	7	35	1.81
11965131--11965258	37	3.5	37	75	7	111	48	13	17	20	1.81
11968143--11968207	28	2.3	28	84	7	87	41	0	4	53	1.21
11968146--11968192	15	3.1	16	72	12	53	40	0	2	57	1.11
11968237--11968302	11	6.0	11	69	25	50	39	3	6	51	1.42
11968238--11968302	24	2.6	25	83	7	71	40	3	6	50	1.43
11968358--11968394	19	1.9	19	89	10	58	29	2	2	64	1.21
11968852--11968911	26	2.4	23	77	17	66	35	1	6	56	1.35
11970826--11970905	37	2.2	37	88	4	117	47	10	23	18	1.79
11978958--11979064	53	2.0	53	100	0	214	42	24	22	11	1.86
11979233--11979288	20	2.8	20	71	15	53	64	3	5	26	1.32
11983650--11983690	14	3.2	13	90	10	66	75	0	24	0	0.80
11985761--11985785	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
11989847--11989914	21	3.2	21	67	8	57	17	19	17	45	1.86
11989842--11989935	42	2.2	41	83	5	116	19	21	17	42	1.89
11989912--11989962	21	2.4	21	96	0	93	15	33	15	35	1.90
11991936--11991980	24	1.9	23	82	13	56	40	20	0	40	1.52
11992387--11992439	23	2.3	24	83	6	65	39	11	5	43	1.64
11992467--11992495	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
11992466--11992513	22	2.1	23	84	3	62	29	6	0	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11998641--11998684	23	1.9	23	81	9	54	38	13	4	43	1.65
11998708--11998736	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
12000468--12000500	11	2.8	12	86	9	50	36	12	0	51	1.39
12006194--12006231	9	4.3	9	81	18	53	73	0	0	26	0.83
12006184--12006225	17	2.3	19	88	8	61	71	0	0	28	0.86
12024326--12025272	2	491.0	2	75	9	610	40	1	55	2	1.21
12027091--12027130	19	2.0	19	85	9	53	52	2	20	25	1.59
12032709--12032774	29	2.2	30	86	2	89	16	16	28	37	1.91
12038647--12038694	25	2.0	25	87	4	71	37	22	22	16	1.94
12038768--12038828	26	2.3	26	86	5	79	42	24	16	16	1.88
12042903--12043076	45	3.9	45	82	6	192	36	14	21	27	1.93
12042900--12043118	90	2.4	90	80	3	244	38	15	21	25	1.92
12042929--12043118	45	4.2	44	84	2	184	35	16	21	26	1.94
12045123--12045206	42	2.0	42	92	0	141	25	23	20	30	1.98
12050363--12050672	46	6.7	46	88	1	424	42	13	24	19	1.88
12050363--12050672	93	3.3	93	89	1	480	42	13	24	19	1.88
12052487--12052640	52	2.9	52	79	8	177	26	16	26	29	1.97
12061014--12061166	46	3.3	44	80	12	150	26	19	30	23	1.98
12061014--12061125	46	2.4	45	86	7	154	26	20	29	23	1.99
12067520--12067753	115	2.0	115	89	0	360	30	25	11	32	1.91
12067811--12067891	41	2.0	41	92	0	135	43	13	17	25	1.86
12068915--12068951	11	3.4	11	84	0	56	75	8	8	8	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12068904--12068953	22	2.3	22	85	0	73	74	10	6	10	1.23
12068969--12068994	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
12077649--12077694	23	2.0	23	100	0	92	52	8	17	21	1.71
12077729--12077772	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
12077785--12077838	4	13.5	4	100	0	108	0	24	0	75	0.80
12084811--12084873	18	3.6	18	68	12	58	46	14	1	38	1.54
12084814--12084885	35	2.1	35	100	0	144	45	13	2	37	1.59
12103909--12103950	21	2.0	21	90	9	68	23	9	28	38	1.86
12121354--12121379	12	2.2	12	100	0	52	34	15	15	34	1.89
12129313--12129407	26	4.0	25	73	18	78	47	0	1	51	1.07
12129336--12129375	20	2.0	20	90	0	62	40	0	2	57	1.12
12129368--12129405	19	2.0	19	100	0	76	47	0	0	52	1.00
12129372--12129412	19	2.2	19	86	4	57	51	0	0	48	1.00
12150855--12150912	17	3.3	18	74	11	57	55	3	0	41	1.17
12152831--12152978	71	2.0	76	87	7	216	42	6	10	41	1.63
12156843--12157015	93	1.9	93	92	0	292	27	30	21	20	1.98
12156836--12157014	46	3.9	46	80	10	211	27	29	21	20	1.98
12156887--12157030	46	3.1	45	74	11	139	29	29	20	20	1.98
12163157--12163181	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12165305--12166077	386	2.0	386	99	0	1519	35	16	15	32	1.90
12167007--12167065	30	1.9	31	89	3	93	18	1	25	54	1.53
12168296--12168370	39	1.9	39	89	5	116	33	28	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12168345--12168391	22	2.1	22	92	0	76	42	25	17	14	1.87
12173009--12173058	24	2.1	24	92	0	82	50	18	6	26	1.69
12173980--12174140	87	1.8	87	84	4	216	47	11	5	35	1.63
12174959--12175078	48	2.5	48	100	0	240	38	19	0	42	1.51
12177472--12177496	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12180464--12180554	40	2.3	40	88	3	130	52	4	3	39	1.38
12180648--12180718	29	2.7	25	73	25	65	47	1	0	50	1.09
12184650--12184697	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
12185148--12185229	40	2.0	40	84	9	105	56	3	0	40	1.17
12185187--12185241	19	3.1	18	75	17	60	58	3	0	38	1.16
12185191--12185249	19	3.1	19	74	13	50	59	3	0	37	1.14
12185864--12185952	31	3.0	31	77	6	85	24	8	8	57	1.58
12185896--12185950	28	1.9	29	88	3	85	23	7	9	60	1.52
12186323--12186493	60	2.9	57	78	8	184	47	11	16	23	1.79
12186323--12186493	58	2.9	59	76	8	179	47	11	16	23	1.79
12187110--12187155	23	2.0	23	87	4	67	10	4	21	63	1.44
12189300--12189614	46	6.7	47	72	11	184	24	30	18	26	1.98
12189297--12189651	48	7.6	47	72	11	214	25	29	18	27	1.98
12191897--12192067	46	3.7	46	81	7	204	21	28	19	29	1.98
12191900--12192070	94	1.8	92	86	9	249	22	28	19	29	1.98
12191802--12192065	140	1.9	140	82	7	338	23	29	18	28	1.98
12200277--12200325	11	4.4	11	77	12	55	40	20	0	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12201343--12201389	20	2.3	20	82	14	60	48	4	0	46	1.21
12207111--12207567	144	3.2	142	85	4	568	27	19	28	24	1.99
12207111--12207567	48	9.7	48	74	8	337	27	19	28	24	1.99
12208211--12208252	21	2.0	21	81	9	50	30	14	30	23	1.94
12209232--12209266	18	1.9	18	88	0	52	40	20	8	31	1.82
12216436--12216484	11	4.4	11	77	12	55	40	20	0	38	1.53
12219188--12219308	43	2.9	42	79	7	145	29	14	27	28	1.95
12220023--12220047	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12230165--12230214	25	2.0	26	84	11	68	10	44	24	22	1.83
12230166--12230222	26	2.2	26	81	12	64	12	45	21	21	1.83
12237244--12237351	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
12238400--12238431	13	2.5	13	94	0	55	21	0	3	75	0.95
12254430--12254533	52	2.0	52	98	0	199	36	29	7	25	1.84
12258106--12258197	28	3.4	28	83	10	129	34	13	25	27	1.92
12258214--12258368	51	3.0	51	91	1	249	30	13	23	32	1.93
12261181--12261581	201	2.0	201	91	1	653	30	21	22	24	1.99
12265402--12265442	21	2.1	18	86	13	55	34	14	7	43	1.73
12269783--12269847	23	3.0	22	76	13	71	40	24	21	13	1.90
12270198--12270235	13	2.8	13	85	14	51	28	10	0	60	1.30
12270514--12270658	72	2.0	72	97	0	272	45	9	8	36	1.67
12270520--12270636	35	3.3	35	65	9	92	48	6	6	37	1.57
12271690--12271724	5	7.0	5	93	0	61	60	2	0	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12276753--12276804	27	1.9	27	96	0	95	23	15	0	61	1.33
12277950--12277988	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
12282659--12282690	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
12288628--12288688	32	1.9	32	83	6	79	32	14	0	52	1.42
12290374--12290409	18	2.1	18	89	5	56	36	8	0	55	1.30
12293092--12293210	32	3.8	32	84	1	159	35	20	13	31	1.91
12299520--12299848	163	2.0	161	93	1	559	36	14	18	30	1.91
12307616--12308585	483	2.0	483	92	1	1604	24	24	15	35	1.94
12309245--12312216	855	3.4	846	84	5	3289	26	23	14	34	1.94
12310096--12312227	885	2.4	885	85	2	2800	26	24	14	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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