genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  281  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86962607--86962643	19	1.9	19	94	0	65	24	16	32	27	1.96
86969936--86970202	46	5.7	45	78	12	211	28	17	29	23	1.97
86969936--86970202	140	1.9	142	81	9	332	28	17	29	23	1.97
86972395--86972462	21	3.3	20	80	8	75	45	16	23	14	1.84
86974342--86974480	40	3.5	39	83	4	147	25	23	28	23	2.00
86974341--86974506	79	2.1	79	78	4	174	25	22	27	24	2.00
86983103--86983132	12	2.5	12	94	0	51	50	6	26	16	1.70
86986609--86986692	33	2.8	28	72	16	78	27	25	22	25	2.00
86988787--86988893	40	2.7	40	82	8	128	24	23	26	26	2.00
86992234--86992261	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
86993679--86993884	40	5.2	40	89	1	308	22	20	27	29	1.99
86997082--86997137	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
86997073--86997142	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
86997080--86997132	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
86997109--86997334	49	4.7	47	89	4	353	30	29	7	32	1.85
86997109--86997334	96	2.4	94	91	5	373	30	29	7	32	1.85
87001075--87001294	43	5.1	43	95	1	379	32	32	21	13	1.92
87001277--87001488	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
87003469--87003524	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
87003460--87003529	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
87003467--87003519	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
87003418--87003578	81	2.0	82	85	4	218	28	32	6	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87003496--87003721	49	4.7	47	91	4	371	30	30	7	31	1.85
87003496--87003721	96	2.4	94	91	5	373	30	30	7	31	1.85
87007623--87007678	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
87007614--87007683	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
87007621--87007673	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
87007650--87007875	49	4.7	47	90	4	362	30	30	7	32	1.85
87007572--87007732	81	2.0	82	85	4	218	28	32	6	32	1.82
87007650--87007875	96	2.4	94	92	5	382	30	30	7	32	1.85
87015261--87015288	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
87016684--87016929	40	6.2	40	93	2	399	22	21	27	28	1.99
87035502--87035587	27	3.2	26	72	6	82	37	19	20	22	1.95
87040694--87040815	42	2.9	42	85	1	145	29	22	16	31	1.96
87042984--87043016	14	2.5	13	90	9	50	33	27	0	39	1.57
87056341--87056548	40	5.2	39	83	1	218	25	25	22	25	2.00
87056341--87056546	80	2.6	81	84	4	249	25	26	22	25	2.00
87063210--87063280	23	3.1	23	81	4	90	38	18	21	22	1.94
87067144--87067394	48	5.3	48	80	6	298	27	17	26	29	1.98
87075007--87075202	48	4.1	48	87	0	284	26	20	26	27	1.99
87078223--87078347	43	2.9	44	88	4	166	33	23	16	27	1.95
87083376--87083547	43	4.0	43	71	6	132	25	15	25	33	1.95
87086620--87086709	27	3.3	27	85	3	128	25	21	11	42	1.85
87086743--87086855	27	4.2	27	75	9	106	42	19	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87086821--87086928	27	3.9	27	78	13	105	41	17	8	32	1.79
87086969--87087046	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
87087856--87087951	26	3.8	26	91	2	144	23	25	22	28	2.00
87087856--87087964	26	4.4	25	86	7	118	26	22	22	27	1.99
87088099--87088190	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
87088214--87088297	31	2.7	31	90	1	134	26	16	28	28	1.97
87092088--87092192	43	2.4	44	80	3	115	32	21	15	30	1.94
87095355--87095392	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
87095621--87095788	46	3.6	45	76	12	171	29	29	20	21	1.98
87095622--87095792	93	1.8	93	91	2	281	29	29	20	21	1.98
87098050--87098418	48	7.9	49	72	10	265	28	24	17	28	1.97
87098050--87098410	138	2.6	138	87	0	517	28	24	17	28	1.97
87099841--87099880	21	1.9	21	94	0	71	30	17	17	35	1.93
87107161--87107202	19	2.3	18	87	4	57	21	9	7	61	1.50
87108336--87108396	30	2.0	30	100	0	122	29	26	6	37	1.81
87112585--87112767	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
87120020--87120202	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
87123511--87123568	23	2.6	22	75	20	57	24	24	17	34	1.96
87126442--87126511	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
87126442--87126523	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
87130791--87131082	48	6.0	48	88	6	451	36	6	26	30	1.82
87130791--87131082	100	3.0	98	92	4	482	36	6	26	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87130791--87131079	148	1.9	147	92	2	463	36	6	26	30	1.82
87131229--87131336	37	2.9	37	91	0	162	25	19	28	25	1.99
87133221--87133598	48	8.1	48	75	10	336	30	24	17	27	1.97
87133236--87133590	90	3.9	90	76	12	321	29	24	17	27	1.97
87133221--87133590	138	2.7	138	90	2	571	30	24	17	27	1.97
87133286--87133513	42	5.1	42	78	12	231	29	24	17	28	1.97
87135542--87135590	20	2.5	20	96	0	89	12	20	32	34	1.90
87157753--87157812	27	2.3	26	85	2	75	38	20	20	21	1.94
87159035--87159516	258	1.9	258	86	1	689	34	11	20	32	1.89
87160950--87161091	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	23	1.99
87160989--87161117	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
87164850--87165328	47	10.2	47	90	0	733	33	9	29	27	1.88
87174882--87175013	27	4.9	27	82	5	160	44	20	4	30	1.71
87176284--87176454	93	1.8	93	87	0	252	23	20	27	28	1.99
87176291--87176459	46	3.7	46	73	13	157	23	19	27	29	1.98
87181452--87181521	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
87189527--87189596	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
87191873--87191934	27	2.3	27	91	0	97	24	14	17	43	1.86
87192206--87192273	27	2.6	27	76	2	66	23	19	27	29	1.98
87195161--87195285	39	3.2	39	87	0	187	25	24	27	23	2.00
87200271--87200314	21	2.1	20	83	8	52	34	27	4	34	1.77
87203315--87203365	14	3.4	16	74	20	65	39	21	3	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87203313--87203370	28	2.1	28	100	0	116	39	20	3	36	1.70
87203722--87203842	45	2.7	45	85	0	161	32	28	15	23	1.95
87204264--87204332	31	2.4	27	77	20	68	26	17	4	52	1.63
87206231--87206331	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
87214141--87214241	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
87218666--87218703	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
87222349--87222389	20	2.0	20	100	0	82	34	26	14	24	1.94
87230064--87230230	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
87233641--87234108	241	1.9	241	83	3	611	35	18	11	35	1.87
87244015--87244054	19	2.1	19	90	0	62	35	10	10	45	1.71
87244928--87244963	17	2.1	17	100	0	72	27	27	33	11	1.91
87245954--87245998	23	2.0	23	90	0	72	33	4	0	62	1.15
87246927--87247031	24	4.2	24	78	6	86	36	16	20	27	1.93
87248837--87248866	13	2.3	13	100	0	60	10	23	33	33	1.88
87251092--87251158	28	2.3	29	80	12	84	29	11	28	29	1.92
87256020--87256183	40	4.1	40	88	3	179	21	22	29	26	1.99
87256020--87256183	80	2.0	80	84	4	215	21	22	29	26	1.99
87256805--87256903	49	2.0	49	100	0	198	30	16	19	34	1.93
87258805--87258914	55	2.0	55	94	0	193	23	15	21	39	1.92
87259674--87259928	55	4.8	53	79	8	261	34	17	26	21	1.95
87259684--87259930	108	2.3	110	81	9	307	34	17	26	21	1.96
87265583--87265624	18	2.3	18	91	0	66	38	16	26	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87267238--87267492	55	4.8	54	79	9	260	35	17	25	21	1.95
87267248--87267445	108	1.8	110	89	4	312	33	17	25	22	1.96
87267684--87267714	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
87271091--87271265	40	4.4	39	91	1	251	22	24	28	25	1.99
87279397--87279568	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
87279390--87279565	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
87286974--87287145	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
87286967--87287142	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
87289635--87289845	40	5.3	40	85	2	248	21	21	27	28	1.99
87289635--87289845	80	2.7	80	86	3	275	21	21	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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