genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  152  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46198622--46198650	14	2.1	14	100	0	58	27	20	13	37	1.91
46200882--46200942	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
46206484--46206850	47	7.7	49	92	4	572	32	7	30	29	1.86
46206484--46206850	96	3.8	96	91	3	580	32	7	30	29	1.86
46208993--46209275	40	7.2	40	94	3	486	25	20	28	25	1.99
46208971--46209275	79	3.9	79	93	4	503	26	20	27	25	1.99
46212914--46213306	47	8.7	47	85	11	440	33	7	30	28	1.86
46213015--46213306	47	6.1	47	95	1	460	32	8	30	28	1.87
46213015--46213306	93	3.1	94	92	3	460	32	8	30	28	1.87
46216634--46216847	39	5.6	39	90	2	335	21	21	26	30	1.98
46216634--46216847	76	2.8	77	87	3	333	21	21	26	30	1.98
46216634--46216847	115	1.9	115	92	2	358	21	21	26	30	1.98
46224429--46224528	39	2.6	39	88	0	155	22	22	27	29	1.99
46224905--46224934	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
46236166--46236206	20	2.2	20	86	8	59	58	0	2	39	1.11
46240666--46241041	131	2.9	130	80	4	364	37	18	18	26	1.93
46243795--46243858	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
46244071--46244241	24	7.2	24	90	2	256	26	19	23	30	1.98
46244073--46244241	47	3.6	47	91	1	275	26	19	23	30	1.98
46244071--46244242	71	2.4	71	89	1	265	26	19	23	30	1.98
46244300--46244376	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
46244296--46244378	20	4.2	20	95	0	148	31	19	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46244296--46244367	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
46244415--46244462	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
46245704--46246230	27	19.7	27	85	7	619	40	9	22	27	1.84
46249056--46249119	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
46249313--46249502	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
46249312--46249503	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
46249313--46249503	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
46249558--46249634	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
46249555--46249636	20	4.1	20	95	0	146	31	19	13	35	1.90
46249555--46249625	11	7.0	11	68	16	55	30	19	14	35	1.91
46250958--46251486	27	19.6	27	86	5	658	40	9	22	27	1.85
46255497--46255667	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
46263525--46263695	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
46272798--46273042	49	4.9	50	80	3	253	24	17	27	29	1.98
46272805--46273042	101	2.4	100	81	2	266	24	17	27	30	1.97
46276903--46276929	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
46277561--46277800	49	4.8	50	82	4	288	25	17	27	30	1.97
46283777--46283909	47	2.7	50	84	10	177	26	28	16	28	1.97
46285646--46285908	46	5.6	47	73	12	163	27	19	28	25	1.98
46289332--46289356	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
46293456--46293538	41	2.0	41	92	0	139	37	18	20	24	1.94
46308920--46308944	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46310059--46310225	43	3.9	43	82	8	207	23	17	28	30	1.97
46310060--46310219	42	3.8	43	84	5	193	23	16	28	31	1.96
46310060--46310219	86	1.9	84	89	5	250	23	16	28	31	1.96
46312116--46312160	20	2.2	20	96	0	81	24	31	26	17	1.97
46318331--46318383	15	3.5	15	76	5	54	11	15	13	60	1.59
46327245--46327281	17	2.2	17	90	4	58	32	16	2	48	1.60
46332481--46332520	20	2.0	20	95	4	73	62	12	10	15	1.54
46336454--46336509	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
46344738--46344863	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
46344677--46344863	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
46352796--46352921	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
46352735--46352921	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
46358562--46358648	27	3.2	27	82	9	115	18	24	22	34	1.96
46358562--46358666	27	3.9	27	82	14	110	20	24	20	34	1.96
46358978--46359168	93	2.1	93	97	0	364	19	17	27	35	1.94
46361162--46361378	39	5.6	39	92	0	353	21	21	26	30	1.98
46368969--46369062	38	2.4	38	86	11	138	22	19	27	30	1.98
46376634--46376853	40	5.6	41	84	10	289	24	22	26	26	2.00
46376634--46376824	79	2.4	80	90	4	289	24	23	26	26	2.00
46376634--46376853	119	1.8	119	91	3	363	24	22	26	26	2.00
46377081--46377122	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
46382935--46382992	27	2.1	27	96	0	107	29	36	18	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46383037--46383259	43	5.2	43	90	1	322	26	28	19	26	1.99
46383037--46383259	85	2.6	86	90	2	333	26	28	19	26	1.99
46388190--46388237	24	2.0	24	96	4	89	41	4	0	54	1.20
46388196--46388241	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
46388853--46388989	41	3.4	40	87	2	193	20	23	22	33	1.97
46388853--46389009	41	3.9	39	85	5	170	21	24	22	32	1.98
46391082--46391259	40	4.5	40	91	2	270	24	28	23	24	2.00
46395933--46395981	24	2.0	24	100	0	98	34	12	12	40	1.80
46409517--46409580	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
46409772--46409960	24	8.0	23	89	4	272	27	22	22	28	1.99
46409771--46409959	47	4.0	47	91	6	285	28	22	22	27	1.99
46410018--46410074	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
46410006--46410076	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
46410011--46410065	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
46410113--46410160	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
46411401--46411693	27	10.9	27	86	5	351	39	8	24	27	1.83
46411403--46411693	54	5.4	54	87	1	388	39	8	24	28	1.84
46411402--46411693	81	3.6	81	91	1	426	39	8	24	28	1.84
46411700--46411764	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
46411673--46411884	81	2.6	78	77	8	201	31	8	20	39	1.83
46411743--46411894	27	5.7	27	86	5	184	30	7	20	41	1.79
46411771--46411911	27	5.3	26	84	2	138	31	7	19	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46427003--46427212	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
46431513--46431623	39	2.8	39	81	8	118	26	30	22	20	1.98
46431594--46431653	30	2.0	30	100	0	120	26	33	20	20	1.97
46435401--46435425	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
46438273--46438420	39	3.8	40	74	10	110	28	27	21	22	1.99
46438391--46438450	30	2.0	30	100	0	120	26	33	20	20	1.97
46438353--46438489	69	2.0	69	95	0	247	26	30	21	21	1.98
46443069--46443147	34	2.4	34	78	8	81	22	26	26	24	2.00
46460504--46460567	13	4.9	13	81	7	85	35	26	7	29	1.85
46463351--46463388	14	2.5	16	87	8	53	44	2	21	31	1.66
46463687--46463883	49	4.0	49	82	7	202	24	18	28	27	1.98
46463690--46463883	50	3.9	49	81	6	203	24	19	28	27	1.98
46487010--46487153	72	2.0	72	94	0	252	31	18	20	29	1.96
46494181--46494222	21	2.0	21	100	0	84	28	38	23	9	1.86
46499367--46499415	19	2.6	19	81	12	64	16	36	30	16	1.91
46502860--46502960	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
46510811--46510911	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
46524190--46524364	40	4.4	39	77	10	160	28	21	26	24	1.99
46533908--46534082	46	3.8	45	78	14	196	21	21	27	29	1.98
46533905--46534074	92	1.8	92	93	0	295	21	21	27	28	1.99
46535512--46535608	47	2.1	47	100	0	194	24	27	8	39	1.84
46536326--46536389	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46536581--46536746	47	3.5	48	87	6	232	26	21	22	29	1.99
46536603--46536745	23	6.1	23	90	2	214	27	20	23	29	1.99
46536582--46536746	70	2.3	71	89	5	253	26	21	23	29	1.99
46536801--46536843	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
46536880--46536927	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
46538165--46538524	27	13.3	27	86	3	366	41	9	21	28	1.84
46538166--46538516	54	6.5	54	84	1	452	41	9	22	27	1.84
46541214--46541397	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
46541254--46541442	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
46542891--46542959	28	2.5	28	92	2	113	20	10	27	42	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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