genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.356.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  356  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109929924--109930146	79	2.8	80	84	8	292	25	21	27	25	2.00
109929924--109930148	119	1.9	120	83	8	298	24	21	27	25	1.99
109929925--109930148	40	5.6	39	83	8	249	25	21	27	25	1.99
109936443--109936530	27	3.3	26	82	7	104	36	22	22	18	1.95
109942504--109942618	55	2.1	56	83	8	146	35	22	23	18	1.95
109942518--109942618	28	3.6	27	83	4	121	32	22	24	19	1.97
109942724--109942788	28	2.3	28	89	0	94	30	7	27	33	1.85
109945883--109945951	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
109947579--109947616	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
109953893--109953961	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
109955590--109955627	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
109956129--109956324	27	7.3	27	79	4	200	27	23	9	39	1.85
109956128--109956324	54	3.7	54	82	5	222	27	23	9	39	1.86
109956338--109956482	27	5.4	27	81	4	105	39	21	11	28	1.87
109956338--109956504	54	3.1	53	77	4	165	41	20	9	28	1.84
109956356--109956504	27	5.6	27	84	4	176	42	20	8	28	1.81
109956484--109956568	27	3.1	27	78	18	95	42	15	7	35	1.74
109957394--109957460	20	3.3	20	89	0	89	40	10	17	31	1.84
109957510--109957645	52	2.7	51	87	7	190	29	18	23	28	1.98
109957510--109957645	26	5.3	26	85	3	172	29	18	23	28	1.98
109957778--109957871	42	2.2	42	90	0	143	29	13	20	36	1.91
109957893--109958002	31	3.5	31	93	0	184	30	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109960244--109960437	27	7.2	27	84	3	212	30	22	8	38	1.83
109960244--109960437	80	2.4	80	86	2	255	30	22	8	38	1.83
109960282--109960437	53	2.9	53	83	3	190	30	25	7	37	1.82
109960441--109960595	27	5.7	27	83	4	125	40	21	9	28	1.84
109960436--109960619	54	3.4	53	78	4	181	40	20	9	28	1.84
109960469--109960618	81	1.9	81	87	5	223	42	21	8	28	1.81
109960469--109960633	27	6.1	27	83	4	172	41	21	7	29	1.80
109960469--109960676	54	3.8	54	79	5	179	41	20	7	30	1.80
109960631--109960682	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
109961508--109961574	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
109961624--109961757	26	5.3	26	79	8	138	29	18	22	29	1.97
109961624--109961752	52	2.6	51	88	9	187	30	18	21	29	1.97
109961890--109961981	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
109962008--109962082	31	2.4	31	95	0	132	28	20	25	26	1.99
109963034--109963205	49	3.7	47	80	11	194	27	30	18	23	1.98
109963177--109963307	46	2.8	46	81	4	156	23	26	19	30	1.98
109963034--109963342	47	6.6	46	70	17	142	25	28	19	26	1.98
109971898--109971963	33	2.0	33	96	0	123	40	9	13	36	1.76
109972717--109972774	26	2.2	25	82	11	64	25	3	3	67	1.22
109974414--109974505	6	15.5	6	85	5	98	16	3	4	76	1.08
109974414--109974490	24	3.2	24	86	0	109	15	3	5	75	1.13
109974414--109974518	30	3.5	30	85	6	126	18	3	4	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109974426--109974516	24	4.1	22	75	16	73	17	3	4	74	1.12
109983496--109983569	33	2.2	33	88	4	105	47	18	16	17	1.83
109991253--109991486	81	2.9	81	80	5	276	28	23	8	39	1.83
109991255--109991487	27	8.6	27	81	7	231	28	22	8	40	1.83
109991465--109991631	27	6.2	27	76	6	117	38	21	8	31	1.83
109991255--109991486	54	4.3	54	80	7	265	28	22	8	40	1.83
109991465--109991631	54	3.1	54	84	1	192	38	21	8	31	1.83
109991479--109991661	81	2.3	81	81	3	208	39	19	9	30	1.84
109991614--109991675	27	2.3	27	88	0	88	41	16	14	27	1.87
109991479--109991658	54	3.3	53	80	4	155	40	20	9	30	1.84
109992296--109992392	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
109994219--109994310	44	2.1	44	87	4	132	20	21	23	33	1.97
109999813--109999859	24	2.1	23	88	11	71	70	2	12	14	1.26
109999819--109999871	24	2.2	24	83	9	65	73	1	9	15	1.17
110006153--110006203	14	3.6	14	76	7	50	3	43	0	52	1.19
110008654--110008732	39	2.0	39	97	0	149	26	16	17	39	1.91
110015624--110015662	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
110021665--110021722	31	1.9	30	89	10	91	17	12	8	62	1.54
110022256--110022304	18	2.7	18	78	12	55	18	18	6	57	1.61
110027325--110027367	3	14.7	3	95	4	79	69	0	0	30	0.88
110028959--110029004	23	2.0	23	87	8	67	78	2	4	15	1.01
110036850--110036975	55	2.3	55	80	4	139	26	26	28	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110041545--110041662	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
110041513--110041676	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
110051321--110051450	46	2.8	49	79	12	155	30	26	20	23	1.98
110051323--110051466	46	3.1	45	72	18	127	29	27	19	22	1.98
110061734--110061760	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
110080312--110080337	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
110086444--110086481	18	2.1	19	90	5	60	73	0	2	23	0.95
110092791--110092998	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
110100891--110101098	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
110104923--110104948	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
110109543--110109691	25	5.9	25	88	3	194	26	22	20	31	1.98
110109901--110109961	31	2.0	31	86	0	86	32	14	22	29	1.94
110118901--110119023	42	2.9	42	78	7	131	22	16	25	35	1.94
110118906--110119008	43	2.4	43	85	4	138	24	17	25	33	1.96
110118906--110119023	43	2.8	41	77	12	121	23	16	25	34	1.95
110122710--110122762	27	2.0	27	88	0	79	39	13	15	32	1.85
110125349--110125488	51	2.8	51	93	3	241	28	28	7	35	1.85
110130445--110130562	61	1.9	61	86	3	166	44	11	15	28	1.82
110135106--110135275	43	4.0	42	76	9	139	23	16	26	33	1.96
110135114--110135275	42	3.8	42	76	9	125	24	16	26	32	1.96
110155993--110156018	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
110159554--110159643	44	2.0	44	86	0	126	36	11	3	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110167877--110167971	40	2.4	40	84	3	122	37	34	12	14	1.84
110170148--110170224	29	2.7	29	87	0	100	28	25	18	27	1.98
110170448--110170490	8	5.4	8	83	10	61	4	20	23	51	1.66
110170448--110170490	16	2.7	16	92	0	77	4	20	23	51	1.66
110172077--110172117	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
110172621--110172653	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
110175620--110175646	14	1.9	14	100	0	54	29	7	0	62	1.22
110175616--110175689	23	3.1	23	72	20	62	31	8	1	59	1.35
110175788--110175913	3	41.3	3	69	15	55	29	7	3	60	1.39
110175951--110176003	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
110178689--110178752	27	2.3	28	86	5	94	32	26	9	31	1.88
110178858--110178947	27	3.2	28	79	7	103	18	23	24	33	1.97
110178872--110178958	27	3.1	28	80	5	86	21	25	20	32	1.98
110178858--110178972	55	2.1	56	80	8	128	18	23	22	35	1.95
110191378--110191705	43	7.6	42	66	14	182	35	21	22	20	1.96
110191371--110191762	87	4.5	87	84	4	520	34	20	23	20	1.96
110191420--110191574	44	3.5	44	66	12	129	36	21	23	18	1.95
110191371--110191753	43	8.8	44	64	15	161	34	21	24	20	1.97
110191775--110191852	21	3.5	22	65	11	61	33	17	28	20	1.96
110191772--110191859	45	2.0	45	95	0	158	31	19	26	22	1.98
110193240--110193266	14	1.9	14	100	0	54	29	7	0	62	1.22
110193427--110193575	3	48.7	3	69	14	74	28	6	3	61	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110194066--110194120	24	2.3	24	96	0	101	20	14	9	56	1.65
110196266--110196316	17	3.1	16	83	10	59	76	0	3	19	0.94
110196266--110196316	5	9.4	5	85	8	57	76	0	3	19	0.94
110204979--110205094	58	2.0	57	86	3	162	28	29	15	26	1.96
110204979--110205094	29	4.1	29	80	7	130	28	29	15	26	1.96
110205318--110205360	16	2.7	16	92	0	68	9	23	16	51	1.73
110216200--110216247	24	2.0	24	96	4	89	43	4	8	43	1.53
110248532--110248591	29	2.1	29	100	0	120	20	23	35	21	1.96
110252836--110252877	3	14.3	3	90	5	68	30	2	0	66	1.04
110254321--110254351	16	2.0	15	93	6	53	51	12	19	16	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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