genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  15  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4165163--4165251	46	1.9	46	86	4	126	57	6	4	31	1.45
4165548--4165785	41	5.8	41	88	0	334	28	22	22	26	1.99
4166075--4166247	7	23.6	7	66	11	60	24	1	27	46	1.63
4166130--4166187	22	2.6	22	77	0	62	22	0	31	46	1.52
4166150--4166184	15	2.4	14	90	4	52	17	0	37	45	1.48
4166228--4166319	44	2.1	43	82	9	107	26	1	36	35	1.64
4166570--4166623	16	3.8	16	70	27	57	38	9	3	48	1.53
4167756--4167788	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
4167873--4167902	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
4171129--4171178	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
4172059--4172168	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
4173657--4173705	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
4173952--4174237	137	2.1	136	97	0	536	24	18	25	31	1.98
4175479--4175521	12	3.6	12	100	0	86	9	25	51	13	1.71
4180379--4180488	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
4183648--4183775	9	13.6	9	75	12	114	46	20	0	32	1.56
4183665--4183742	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
4183661--4183773	57	2.0	57	91	0	181	46	22	0	30	1.58
4189782--4189941	43	3.7	43	84	6	198	26	31	21	21	1.98
4189925--4190121	99	2.0	100	93	1	342	23	18	22	35	1.96
4192666--4192701	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
4193058--4193090	17	2.0	17	94	5	59	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4195969--4196069	49	2.1	52	81	10	124	43	12	6	36	1.70
4203366--4203416	22	2.5	21	84	15	63	45	1	0	52	1.12
4203381--4203443	29	2.1	31	82	11	78	50	1	0	47	1.10
4206822--4206922	51	2.0	52	92	2	168	36	24	5	32	1.80
4206822--4206922	26	3.9	26	94	2	168	36	24	5	32	1.80
4210340--4210789	3	149.0	3	69	14	187	31	7	2	58	1.40
4210561--4210670	43	2.6	42	76	13	100	31	7	6	54	1.53
4213724--4214055	131	2.6	130	86	2	447	35	18	17	28	1.94
4215249--4215295	24	2.0	24	87	8	69	59	6	8	25	1.50
4215333--4215386	25	2.2	24	83	3	63	57	1	9	31	1.41
4215541--4215623	10	8.3	10	72	10	53	50	2	3	43	1.32
4215571--4215623	2	27.5	2	83	7	65	50	1	1	45	1.23
4217209--4217289	42	1.9	42	89	0	126	25	23	20	29	1.99
4217463--4217669	85	2.4	86	91	0	326	21	23	21	34	1.97
4217634--4218119	132	3.7	131	78	11	559	21	23	20	34	1.96
4217612--4218220	259	2.3	259	94	1	1071	21	23	21	34	1.97
4217859--4218362	215	2.3	211	80	8	480	20	22	22	35	1.96
4218117--4218532	128	3.2	128	81	6	480	19	22	21	35	1.96
4217472--4218532	43	24.6	43	66	12	300	20	23	21	34	1.96
4217472--4218532	86	12.3	86	70	13	388	20	23	21	34	1.96
4218011--4218434	214	2.0	216	84	5	556	20	22	21	35	1.96
4218589--4218713	61	2.0	64	87	7	186	35	13	17	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4223012--4223050	6	6.8	6	97	2	64	46	17	17	17	1.85
4226246--4226284	6	6.8	6	97	2	64	46	17	17	17	1.85
4228321--4228367	24	2.0	24	87	8	69	59	6	8	25	1.50
4228405--4228458	25	2.2	24	83	3	63	57	1	9	31	1.41
4230453--4230490	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
4234607--4234750	39	3.7	39	88	0	225	27	21	29	22	1.99
4234608--4234790	78	2.3	79	87	1	260	25	22	28	22	1.99
4240610--4240677	27	2.5	27	97	0	127	22	19	11	47	1.81
4240799--4240862	13	5.0	13	75	12	62	18	6	1	73	1.12
4244662--4244706	19	2.4	19	85	7	56	31	17	4	46	1.68
4244669--4244706	19	1.9	19	89	5	58	34	15	2	47	1.60
4248378--4248447	37	1.9	36	94	5	124	28	22	0	48	1.51
4252978--4253041	13	5.2	12	81	10	60	37	0	4	57	1.19
4252988--4253021	13	2.6	13	100	0	68	44	0	5	50	1.26
4254240--4254359	51	2.4	51	94	0	204	40	12	21	25	1.89
4255114--4255185	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
4255113--4255240	46	2.8	46	91	0	193	42	13	22	21	1.88
4255170--4255324	80	1.9	80	85	2	213	41	16	23	18	1.89
4256187--4256635	44	10.0	43	73	9	258	31	18	21	27	1.97
4256189--4256629	89	4.9	89	71	7	318	30	18	22	28	1.97
4256189--4256629	183	2.5	176	78	9	424	30	18	22	28	1.97
4256748--4257683	467	2.0	467	96	0	1728	44	23	13	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4261196--4261670	35	13.5	35	82	3	393	31	13	24	31	1.94
4261194--4261670	105	4.5	105	83	3	496	31	13	24	31	1.93
4261271--4261673	173	2.3	172	82	1	455	30	14	24	31	1.94
4261767--4261827	31	2.0	31	86	0	86	26	18	27	27	1.98
4269886--4269939	22	2.6	22	80	16	62	50	3	3	42	1.38
4270172--4270198	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
4273333--4273380	9	5.6	9	80	16	57	27	0	18	54	1.44
4273344--4273374	15	2.1	15	93	0	53	29	0	9	61	1.28
4273334--4273380	24	1.9	25	91	4	78	27	0	17	55	1.42
4274360--4274393	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
4276446--4276502	29	2.0	29	82	6	71	36	1	1	59	1.18
4282032--4282203	89	1.9	90	84	2	229	39	17	9	33	1.82
4282290--4282340	18	2.7	20	81	12	70	70	0	3	25	1.04
4282282--4282347	28	2.5	27	83	9	75	69	0	3	27	1.03
4282593--4282642	19	2.6	19	83	3	64	40	2	0	58	1.10
4282601--4282636	18	1.9	18	88	5	54	38	2	0	58	1.13
4293065--4293122	31	1.9	30	86	10	82	37	0	1	60	1.07
4293897--4293939	19	2.3	19	84	8	52	25	4	2	67	1.22
4293932--4293980	24	2.0	24	84	7	64	48	0	2	48	1.12
4293943--4294008	19	3.3	19	82	8	78	45	0	4	50	1.22
4295672--4295726	29	1.9	28	89	10	85	65	9	1	23	1.31
4306426--4306467	19	2.2	19	83	8	50	30	16	4	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4306994--4307061	33	2.1	33	100	0	136	41	16	19	23	1.90
4312993--4313297	55	5.6	54	83	7	386	22	24	17	35	1.95
4312993--4313290	108	2.8	108	92	0	488	22	24	18	34	1.96
4313276--4313397	47	2.6	47	94	2	210	25	23	13	37	1.91
4317369--4317425	28	2.0	28	100	0	114	28	28	10	33	1.90
4324790--4324814	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
4327027--4327090	3	21.3	3	100	0	128	32	0	0	67	0.91
4328158--4328196	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
4328520--4328550	12	2.7	12	95	5	55	64	0	0	35	0.94
4329066--4329181	30	3.9	30	95	0	205	25	7	51	15	1.70
4329098--4329180	18	5.3	18	66	31	73	25	8	51	14	1.70
4329699--4330333	86	7.4	87	83	6	711	19	21	21	37	1.94
4329711--4330162	44	10.5	44	66	12	217	19	21	21	37	1.94
4329699--4330333	173	3.7	174	83	6	758	19	21	21	37	1.94
4329959--4330376	86	4.8	86	78	10	406	19	21	22	36	1.95
4330906--4331162	123	2.1	122	98	0	496	21	16	17	44	1.86
4331365--4331478	52	2.2	53	88	1	167	53	9	14	21	1.70
4334690--4334797	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
4337515--4337555	5	8.4	5	82	15	50	46	14	19	19	1.84
4337506--4337555	24	2.1	24	85	7	66	48	14	18	20	1.82
4339292--4339350	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
4339404--4339444	20	2.0	20	86	9	57	56	9	0	34	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4339670--4339730	12	4.5	13	74	24	54	62	1	3	32	1.21
4340769--4340794	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
4341427--4341583	84	1.9	84	87	2	235	22	13	17	46	1.83
4344144--4344175	16	2.0	16	100	0	64	31	6	37	25	1.81
4352028--4352065	4	9.5	4	83	11	51	31	0	23	44	1.54
4356659--4356717	21	2.6	22	81	10	66	44	0	3	52	1.17
4356801--4356876	9	8.1	9	73	17	66	36	1	1	60	1.13
4356800--4356855	16	3.0	19	78	21	73	37	0	3	58	1.15
4356817--4356876	30	2.1	28	87	12	86	36	1	1	60	1.17
4356848--4356885	19	2.1	19	85	9	53	31	2	0	65	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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