genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.409.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124750752--124750938	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
124750775--124750938	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
124750775--124750972	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
124753227--124753377	44	3.5	44	79	10	141	33	7	12	47	1.69
124756608--124756641	17	2.0	17	100	0	68	29	11	23	35	1.90
124761656--124761842	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
124761679--124761842	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
124761679--124761876	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
124764130--124764280	44	3.5	44	79	10	141	33	7	12	47	1.69
124772548--124772734	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
124772571--124772734	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
124772571--124772768	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
124775023--124775173	44	3.5	44	79	10	141	33	7	12	47	1.69
124778408--124778441	17	2.0	17	100	0	68	29	11	23	35	1.90
124780948--124780995	16	2.8	16	78	9	51	54	4	4	37	1.39
124783996--124784030	18	1.9	18	88	0	52	37	0	2	60	1.12
124786747--124786795	17	2.7	18	78	15	57	26	10	14	48	1.75
124790454--124790509	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
124793173--124793405	126	1.8	127	83	2	308	29	15	16	39	1.89
124797975--124798018	19	2.3	19	92	4	70	47	20	4	27	1.69
124798453--124798480	13	2.2	13	100	0	56	32	21	14	32	1.93
124807041--124807084	19	2.3	19	92	4	70	47	20	4	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124810997--124811058	32	1.9	33	83	9	83	53	0	1	45	1.10
124812589--124812644	21	2.8	21	74	15	55	57	5	3	33	1.39
124814733--124815053	165	1.9	165	99	0	633	43	16	10	28	1.82
124816315--124816347	7	4.7	7	100	0	66	15	0	0	84	0.61
124818162--124818191	15	2.0	15	100	0	60	53	20	6	20	1.67
124820409--124820434	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
124820852--124820880	12	2.4	12	100	0	58	6	27	6	58	1.50
124822235--124822288	26	2.1	26	100	0	108	38	14	3	42	1.64
124836660--124836826	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
124836655--124836826	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
124844140--124844306	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
124844135--124844306	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
124846981--124847028	19	2.5	18	77	12	51	54	0	2	43	1.12
124848755--124848970	3	73.3	3	66	16	51	57	2	7	31	1.41
124848710--124848770	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
124848726--124848807	25	3.4	26	75	17	72	63	6	4	25	1.38
124848816--124848854	13	3.1	13	85	7	53	61	0	5	33	1.18
124848970--124849001	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
124849105--124849147	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
124849354--124849379	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
124849839--124849910	27	2.7	27	93	0	117	51	18	4	26	1.64
124864591--124864663	11	6.6	11	70	14	53	31	1	1	65	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124877313--124877346	18	1.9	18	88	5	52	29	0	2	67	1.05
124885239--124885283	23	2.0	23	86	4	65	46	0	0	53	1.00
124885309--124885369	29	2.1	29	82	11	72	70	0	1	27	0.97
124885835--124885889	21	2.5	22	77	11	60	43	1	3	50	1.30
124890433--124890493	30	2.0	30	90	0	95	39	18	9	32	1.83
124890471--124890514	21	2.1	21	91	0	70	38	25	4	31	1.76
124893821--124893847	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
124899105--124899143	8	4.9	8	80	0	51	82	0	2	15	0.79
124900366--124900418	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
124901901--124902010	26	4.2	26	95	0	175	37	23	5	33	1.78
124903597--124903634	21	1.9	20	84	10	51	55	0	2	42	1.14
124914676--124914856	39	4.6	39	84	0	200	24	23	23	28	1.99
124914675--124914858	78	2.3	79	83	1	226	25	22	23	28	2.00
124929310--124929334	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
124930357--124930423	2	34.5	2	82	5	84	56	0	0	43	0.99
124931423--124931456	16	2.1	17	88	5	52	41	2	8	47	1.50
124932068--124932116	25	1.9	25	84	12	64	46	42	0	10	1.37
124943382--124943437	28	2.0	28	100	0	112	35	21	17	25	1.95
124944205--124944570	131	2.8	132	82	3	452	36	19	19	25	1.95
124946842--124946874	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
124948474--124948811	83	4.1	83	93	0	550	28	19	18	33	1.96
124948735--124949168	119	3.6	119	87	2	584	29	19	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124949098--124949342	83	3.0	83	89	0	355	28	20	19	31	1.97
124961641--124962029	117	3.4	117	88	5	548	29	20	16	33	1.95
124961958--124962182	79	2.8	82	88	8	333	28	20	20	32	1.97
124974185--124974221	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
124974908--124974940	12	2.8	12	95	0	57	12	60	27	0	1.32
124975889--124975918	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
124978256--124978282	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
124979702--124979731	9	3.3	9	95	0	51	3	13	30	53	1.56
124981976--124982022	21	2.3	20	85	3	58	53	2	4	40	1.32
124982063--124982133	28	2.6	26	76	12	72	63	4	1	30	1.22
124982060--124982134	31	2.3	33	77	22	88	62	4	2	30	1.27
124982185--124982227	3	14.0	3	81	13	52	65	0	2	32	1.06
124982185--124982241	23	2.5	22	83	11	62	63	1	5	29	1.27
124982436--124982484	22	2.2	23	89	10	84	61	4	4	30	1.33
124983064--124983321	133	1.9	133	88	0	390	28	18	25	28	1.98
124985038--124985067	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
124985065--124985089	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
124986139--124986501	131	2.8	130	83	3	442	24	19	19	36	1.95
124987751--124987829	19	4.2	19	88	9	117	36	10	16	36	1.82
124987741--124987828	36	2.4	35	78	17	99	37	10	15	36	1.82
124987751--124987846	19	4.9	21	87	8	82	34	10	17	37	1.84
124989498--124989708	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124989464--124989750	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
124991537--124991698	26	6.2	26	95	0	270	38	24	4	33	1.75
125000503--125001226	45	17.0	44	69	19	340	30	19	24	26	1.98
125000503--125000805	127	2.4	127	88	2	439	30	18	24	26	1.98
125000585--125001104	172	3.0	172	89	1	794	30	18	24	26	1.98
125000751--125001271	127	4.1	126	74	14	467	31	19	23	25	1.98
125000796--125001186	82	4.7	82	78	8	392	30	19	23	25	1.98
125002694--125002750	25	2.2	27	82	17	68	28	3	1	66	1.18
125002832--125002956	23	5.7	22	70	23	77	32	4	3	60	1.31
125002864--125002907	18	2.2	20	84	11	56	27	4	2	65	1.23
125002883--125002925	18	2.6	16	82	17	52	32	2	0	65	1.06
125002839--125002926	32	2.7	31	77	13	90	30	3	2	63	1.23
125002884--125002973	16	5.8	16	72	19	57	31	3	3	62	1.28
125002946--125002988	16	2.6	17	82	10	54	27	2	2	67	1.15
125004391--125005181	44	18.2	44	70	14	436	32	17	23	27	1.96
125004387--125005181	132	6.1	132	88	4	1159	32	16	23	27	1.96
125004456--125005181	384	1.9	384	91	0	1200	32	16	23	27	1.96
125005787--125005848	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
125006205--125006236	14	2.3	14	94	0	55	37	6	0	56	1.25
125007685--125007802	31	3.8	31	95	0	209	27	27	18	26	1.98
125007778--125007906	50	2.5	51	87	5	181	24	20	18	35	1.95
125012663--125012723	20	3.1	19	77	13	70	36	11	11	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125012753--125012797	24	1.9	23	86	13	65	42	11	4	42	1.60
125014911--125014948	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
125018355--125018513	27	5.9	26	78	8	140	21	23	19	35	1.96
125018355--125018499	54	2.7	54	86	9	206	20	23	20	35	1.96
125019694--125019718	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
125019836--125019869	15	2.2	16	90	10	54	67	5	5	20	1.33
125019862--125020168	3	102.3	3	66	11	67	59	4	9	26	1.48
125019880--125019959	15	5.5	15	76	8	76	55	2	12	30	1.50
125020119--125020168	11	4.5	11	76	2	55	62	2	2	34	1.18
125021702--125021846	45	3.1	47	83	7	147	29	22	15	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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