genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  169  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51187411--51187534	44	2.8	44	87	2	176	46	16	16	20	1.84
51187412--51187788	45	8.3	46	76	6	231	44	16	19	20	1.87
51192247--51192674	44	9.7	44	66	14	146	26	27	16	29	1.97
51192215--51192755	177	3.0	177	86	1	726	27	27	16	28	1.97
51195476--51196387	49	18.1	49	86	7	1213	34	9	26	28	1.89
51195676--51195726	22	2.3	22	100	0	102	27	15	31	25	1.96
51195627--51195775	71	2.1	71	97	0	280	32	12	28	27	1.92
51195578--51195824	120	2.1	120	96	0	449	33	10	27	28	1.90
51195529--51195873	169	2.0	169	98	0	663	33	10	27	28	1.90
51195480--51195922	218	2.0	218	96	0	823	33	10	27	28	1.90
51195867--51195998	27	5.3	27	59	23	72	35	8	25	30	1.86
51223617--51223661	22	2.0	22	100	0	90	22	17	8	51	1.73
51231676--51231704	11	2.6	11	100	0	58	44	13	0	41	1.44
51235175--51235273	46	2.2	46	81	7	112	30	18	29	22	1.97
51236412--51236453	22	2.0	22	90	4	68	16	40	21	21	1.91
51239407--51239455	26	2.0	25	84	8	64	10	24	26	38	1.87
51243114--51243342	29	7.9	29	73	8	160	36	14	27	21	1.93
51243108--51243331	58	3.8	58	74	5	209	36	14	27	21	1.92
51243086--51243267	87	2.1	87	82	6	217	36	14	26	22	1.92
51243231--51243342	59	1.9	59	83	0	143	37	14	27	20	1.91
51245825--51245863	20	2.0	20	89	0	60	51	2	10	35	1.50
51251475--51251589	29	4.0	29	86	4	90	25	21	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51251487--51251589	29	3.5	29	92	2	170	23	23	15	37	1.93
51251487--51251619	59	2.2	59	86	1	185	24	24	15	36	1.94
51252925--51252963	21	2.0	20	85	14	55	7	15	0	76	0.99
51256037--51256071	18	1.9	18	88	0	52	8	34	5	51	1.56
51260664--51260703	15	2.7	15	88	0	62	62	20	10	7	1.50
51260634--51260702	30	2.3	30	82	2	86	57	17	14	10	1.63
51270803--51270917	29	4.0	29	86	4	90	25	21	15	37	1.93
51270815--51270917	29	3.5	29	92	2	170	23	23	15	37	1.93
51270815--51270947	59	2.2	59	86	1	185	24	24	15	36	1.94
51272253--51272293	22	2.0	21	86	13	59	7	14	0	78	0.96
51273064--51273217	27	5.5	27	81	4	146	31	24	14	29	1.95
51273064--51273167	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
51273065--51273220	29	5.6	28	78	7	111	32	23	14	29	1.95
51273851--51273894	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
51277337--51277374	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
51278083--51278227	40	3.6	40	79	4	157	26	22	24	25	2.00
51294212--51294248	18	2.1	18	100	0	74	10	16	16	56	1.66
51299554--51299696	56	2.5	56	75	9	141	32	18	22	26	1.97
51301813--51301872	27	2.2	27	79	5	68	35	5	30	30	1.79
51302741--51302801	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
51314818--51314917	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
51315756--51315780	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51322674--51322773	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
51323617--51323641	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
51324660--51324686	9	3.0	9	100	0	54	33	22	22	22	1.97
51330699--51330748	25	2.0	25	100	0	100	40	20	8	32	1.81
51339259--51339301	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
51347402--51347461	30	2.0	30	83	3	77	40	6	23	30	1.80
51349668--51349767	27	3.5	28	89	5	130	30	28	14	28	1.95
51350212--51350239	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
51351377--51351524	67	2.2	66	80	8	165	32	18	27	21	1.97
51351400--51351585	67	2.9	64	76	10	191	29	17	30	23	1.97
51358928--51359057	40	3.3	39	81	9	147	22	26	24	26	2.00
51358926--51359106	79	2.3	81	81	7	210	23	27	23	25	2.00
51366352--51366451	40	2.4	41	81	8	112	30	27	17	26	1.97
51379053--51379165	39	2.8	39	85	9	140	29	22	25	23	1.99
51387165--51387318	40	3.8	40	79	1	148	26	20	26	25	1.99
51389886--51390047	43	3.6	44	88	6	211	28	27	17	26	1.97
51389932--51390145	46	4.7	45	78	7	200	25	28	17	28	1.98
51389885--51390148	94	2.9	92	80	9	249	26	28	17	28	1.97
51390477--51390536	30	2.0	30	86	0	84	31	25	13	30	1.93
51398520--51398555	18	2.0	18	100	0	72	55	5	5	33	1.46
51399684--51399722	14	2.8	14	88	0	60	17	2	12	66	1.35
51399750--51399808	29	2.0	30	86	3	84	27	6	10	55	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51399929--51399956	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
51401715--51401890	46	3.8	46	80	12	216	19	21	30	28	1.98
51401711--51401883	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
51408985--51409106	57	2.1	58	92	1	201	28	15	29	26	1.96
51408985--51409106	29	4.2	29	92	2	201	28	15	29	26	1.96
51417015--51417137	29	4.2	29	92	0	201	28	15	30	26	1.96
51425740--51425800	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
51432953--51432983	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
51432950--51432989	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
51433176--51433429	53	4.8	55	81	8	253	22	24	16	36	1.94
51438903--51439075	40	4.3	40	87	3	154	24	25	21	28	1.99
51438931--51439093	40	4.1	40	92	3	249	22	24	21	31	1.98
51445306--51445531	40	5.7	40	90	3	280	25	26	20	28	1.99
51451040--51451194	27	5.7	27	81	8	190	28	21	8	41	1.82
51451040--51451194	81	1.9	81	90	2	249	28	21	8	41	1.82
51451173--51451367	27	7.2	27	80	8	184	40	22	8	28	1.84
51451035--51451210	81	2.2	81	84	2	246	30	22	8	39	1.84
51451073--51451231	81	2.0	81	80	5	178	33	22	8	36	1.84
51451173--51451367	81	2.4	79	79	9	223	40	22	8	28	1.84
51451214--51451431	27	8.0	27	77	8	158	39	19	9	31	1.83
51451182--51451423	54	4.5	54	80	4	222	40	20	8	30	1.81
51451469--51451542	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51451482--51451546	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
51452355--51452424	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
51452354--51452437	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
51452572--51452663	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
51452687--51452769	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
51453818--51453864	24	1.9	24	91	4	76	21	21	10	46	1.81
51453935--51454190	55	4.8	53	77	8	227	23	25	16	35	1.95
51461204--51461233	11	2.6	12	89	10	53	36	0	0	63	0.95
51465870--51465956	44	2.0	44	100	0	174	52	24	9	13	1.69
51474158--51474364	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
51476838--51476876	17	2.2	17	86	4	51	17	43	23	15	1.87
51479049--51479118	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51486204--51486273	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51490432--51490535	35	2.9	35	84	1	127	27	10	19	42	1.84
51494024--51494222	39	5.1	39	90	0	236	24	31	21	22	1.98
51494060--51494222	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
51502002--51502164	39	4.2	39	88	0	236	24	31	20	23	1.98
51508514--51508718	24	8.6	24	94	2	324	20	17	24	36	1.94
51515279--51515382	35	2.9	35	84	1	127	27	10	19	42	1.84
51520978--51521017	21	2.0	20	85	5	53	35	0	20	45	1.51
51527666--51527753	34	2.5	35	78	10	92	46	14	6	31	1.71
51529741--51529908	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51529757--51529906	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
51537761--51537888	40	3.2	40	81	0	139	23	27	22	26	2.00
51543366--51543486	40	3.0	40	84	2	136	33	19	14	32	1.92
51554612--51554711	28	3.5	28	84	5	103	29	27	15	29	1.96
51561696--51561795	28	3.5	28	84	5	103	29	27	15	29	1.96
51568776--51568904	46	2.8	46	80	10	156	23	19	27	30	1.98
51577936--51578021	27	3.2	27	77	8	86	16	22	22	39	1.92
51579736--51579879	41	3.5	41	81	3	175	22	15	6	54	1.66
51580034--51580114	41	2.0	41	90	0	126	34	6	20	38	1.78
51582411--51582512	23	4.4	24	75	6	77	23	20	17	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425