genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  12  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3352814--3352838	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
3352816--3352926	45	2.5	45	79	2	125	22	18	18	41	1.90
3352906--3352949	6	7.2	6	79	5	52	15	15	15	52	1.75
3353351--3353404	20	2.7	20	91	0	90	12	5	24	57	1.57
3360924--3360961	13	2.8	13	88	11	51	57	0	2	39	1.12
3363686--3363914	117	2.0	116	86	0	323	34	13	23	29	1.92
3366772--3366994	85	2.6	85	83	8	240	30	7	12	49	1.67
3367007--3367468	176	2.6	176	80	7	438	26	12	15	45	1.82
3367314--3368236	90	10.4	89	71	12	434	29	10	13	46	1.77
3367422--3367761	181	1.9	181	82	9	433	27	8	15	48	1.74
3367728--3367893	86	1.9	87	87	3	246	29	12	12	45	1.79
3367910--3368248	178	1.9	180	82	6	431	30	10	12	45	1.77
3367670--3368332	89	7.4	90	72	13	294	29	11	13	45	1.78
3368948--3369122	88	2.0	88	97	0	332	41	11	21	25	1.87
3370347--3370934	90	6.6	87	73	11	317	27	10	14	47	1.77
3370340--3370934	91	6.7	86	73	9	321	27	10	14	47	1.77
3370737--3371002	90	2.9	90	81	5	266	27	8	13	50	1.70
3372468--3372556	21	4.3	21	84	2	101	46	16	21	15	1.84
3372468--3372553	42	2.1	42	84	4	113	44	17	22	16	1.87
3374228--3374378	43	3.5	42	78	8	153	32	23	18	25	1.97
3376974--3377135	89	1.8	87	84	4	216	31	9	10	48	1.69
3377171--3377404	86	2.7	86	79	8	242	25	5	12	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3377012--3377404	176	2.2	176	79	7	413	26	6	12	53	1.63
3381519--3381560	23	1.9	22	90	9	68	30	0	2	66	1.04
3384188--3384316	44	3.0	44	92	3	201	31	21	24	22	1.98
3397613--3397646	17	2.0	17	88	11	52	76	2	14	5	1.09
3399116--3399140	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
3401093--3401314	113	2.0	113	98	0	426	28	28	14	27	1.96
3408178--3408228	23	2.1	23	85	7	66	37	1	3	56	1.29
3408213--3408244	12	2.7	12	90	0	55	40	0	9	50	1.35
3408331--3408391	26	2.3	27	83	16	83	31	0	8	60	1.26
3408224--3408493	144	1.8	145	84	3	326	30	5	6	58	1.45
3419694--3419866	46	3.9	45	85	4	217	49	13	22	14	1.78
3419742--3419818	25	3.2	24	64	14	61	53	14	22	10	1.71
3420629--3421052	76	5.5	76	79	3	420	29	16	19	34	1.93
3420635--3421007	76	4.9	77	82	4	423	29	16	20	33	1.95
3420615--3421034	155	2.7	150	77	8	432	29	15	18	36	1.92
3421188--3421236	19	2.6	19	100	0	98	30	16	28	24	1.96
3422744--3422794	23	2.1	25	85	7	70	35	1	5	56	1.35
3422887--3422947	26	2.3	27	83	16	83	31	0	8	60	1.26
3423125--3423171	23	2.0	22	84	15	60	14	48	21	14	1.80
3424587--3424626	21	2.0	20	90	5	62	40	10	0	50	1.36
3425288--3425318	15	2.1	15	93	0	53	19	16	6	58	1.59
3425659--3425995	132	2.6	132	84	2	401	28	19	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3432838--3432883	5	9.0	5	86	9	58	78	2	0	19	0.86
3432832--3432873	8	5.0	8	86	11	57	73	0	0	26	0.83
3432832--3432885	26	2.1	26	92	0	90	74	1	0	24	0.92
3432832--3432875	13	3.4	13	84	12	63	75	0	0	25	0.81
3438613--3438720	26	4.2	26	91	2	164	33	6	23	37	1.80
3440330--3440469	27	5.2	27	82	11	180	17	23	23	35	1.96
3440330--3440469	54	2.6	54	93	2	237	17	23	23	35	1.96
3440330--3440487	27	5.9	26	83	7	147	18	24	22	34	1.96
3442084--3442141	29	2.0	29	100	0	116	17	0	17	65	1.27
3445246--3445292	20	2.3	20	92	0	76	19	8	4	68	1.33
3460061--3460089	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
3462378--3462409	13	2.5	13	100	0	64	37	0	12	50	1.41
3463678--3463728	15	3.5	14	73	26	52	56	3	1	37	1.29
3465237--3465275	15	2.4	16	87	8	53	28	0	2	69	1.02
3472619--3472837	46	4.7	46	75	10	171	22	29	20	28	1.98
3472619--3472842	94	2.4	92	78	8	224	22	29	19	28	1.98
3475471--3475653	67	2.7	67	82	3	217	36	14	24	25	1.93
3475662--3475713	27	1.9	27	92	0	86	30	19	30	19	1.96
3478786--3478844	23	2.6	23	80	0	64	40	23	18	16	1.91
3482577--3482616	15	2.6	16	84	7	57	80	0	2	17	0.83
3484220--3484254	18	1.9	18	88	11	54	54	11	0	34	1.37
3484300--3484334	18	1.9	18	88	0	52	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3491493--3491520	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
3491780--3491878	35	2.8	36	79	8	107	23	15	14	47	1.81
3495214--3495287	20	3.9	19	75	21	84	48	13	5	32	1.65
3495241--3495272	16	2.0	16	93	0	55	50	18	3	28	1.62
3500191--3500300	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
3512109--3512157	11	4.5	11	82	12	66	28	0	2	69	1.00
3512109--3512147	20	2.1	19	85	9	53	28	0	2	69	1.02
3512114--3512193	40	1.9	42	82	12	103	33	1	3	61	1.22
3519841--3519970	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
3519857--3520007	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
3519841--3520007	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
3527875--3528003	40	3.3	39	82	5	154	24	27	23	24	2.00
3527890--3528040	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
3527889--3528040	80	1.9	79	84	6	200	22	26	23	27	1.99
3535433--3536018	176	3.3	176	88	2	842	33	19	19	27	1.96
3535531--3536116	87	6.7	87	71	13	432	32	18	20	28	1.96
3537743--3537791	11	4.5	11	82	12	66	28	0	2	69	1.00
3537743--3537781	20	2.1	19	85	9	53	28	0	2	69	1.02
3537719--3537828	41	2.7	42	72	18	97	35	2	3	58	1.30
3542507--3542543	17	2.3	17	86	9	51	75	8	2	13	1.13
3543881--3543924	23	2.0	22	86	4	61	45	13	20	20	1.85
3548102--3548147	8	6.1	7	87	7	56	78	4	0	17	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3548102--3548147	15	3.1	15	82	17	60	78	4	0	17	0.91
3547824--3548353	281	1.9	281	90	1	848	52	11	9	26	1.68
3548722--3548816	19	4.8	19	85	6	127	35	10	16	36	1.84
3555324--3555518	44	4.4	44	73	13	159	33	17	22	26	1.96
3555532--3556144	44	14.1	44	71	11	401	31	16	23	28	1.96
3555414--3555614	101	2.0	101	96	0	366	30	15	25	27	1.96
3555729--3556140	132	3.1	132	91	0	662	33	15	23	27	1.95
3555515--3556140	255	2.4	257	90	2	968	31	16	23	28	1.96
3556719--3556816	19	5.2	19	91	7	155	37	9	16	36	1.80
3556709--3556794	36	2.4	35	85	14	115	38	10	15	36	1.81
3556725--3556796	36	2.0	36	100	0	144	38	11	13	36	1.81
3556719--3556833	19	5.9	21	89	7	97	35	9	17	37	1.82
3568933--3568971	13	3.0	13	96	0	69	35	33	23	7	1.83
3571145--3571194	12	3.9	13	79	10	59	34	2	0	64	1.05
3571163--3571208	21	2.2	21	88	7	67	34	4	0	60	1.16
3571204--3571240	19	1.9	19	88	0	56	35	5	2	56	1.36
3584028--3584209	46	4.0	46	89	1	258	21	24	14	39	1.91
3586085--3586123	19	2.0	20	90	5	62	0	20	0	79	0.73
3591813--3592610	44	18.1	44	86	1	1046	31	14	26	26	1.95
3594136--3594182	12	3.9	11	86	13	58	34	2	0	63	1.06
3594151--3594196	21	2.2	21	88	7	67	34	4	0	60	1.16
3594734--3594889	71	2.3	69	84	9	203	29	6	12	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3597373--3597469	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
3597457--3597540	41	2.0	41	100	0	168	29	21	20	28	1.98
3598102--3598163	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
3598120--3598269	54	2.8	54	85	2	149	30	9	18	42	1.81
3598117--3598269	81	1.9	81	83	5	202	31	9	18	41	1.82
3598146--3598269	27	4.6	27	82	6	153	31	7	18	42	1.77
3598253--3598323	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
3610971--3611058	43	2.1	42	95	2	158	40	14	19	25	1.89
3619707--3619795	43	2.1	43	100	0	178	40	13	20	25	1.89
3628440--3628528	43	2.1	43	97	0	169	39	13	20	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425