genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  239  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73064403--73064488	28	3.2	28	62	18	74	24	30	8	37	1.84
73064396--73064499	52	2.0	52	100	0	208	26	28	11	32	1.91
73068128--73068333	40	5.2	40	91	1	317	29	26	20	23	1.99
73071618--73071799	40	4.6	40	85	4	235	24	27	21	26	1.99
73080605--73080645	22	1.9	21	85	14	57	63	2	9	24	1.37
73081426--73081488	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
73081455--73081484	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
73093387--73093616	39	5.9	39	93	0	388	22	30	25	21	1.99
73097444--73097581	27	5.1	27	90	0	213	33	21	22	23	1.97
73098307--73098348	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
73102635--73102805	45	3.7	47	79	14	169	22	19	28	29	1.98
73103034--73103071	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
73113915--73113981	34	2.0	34	96	0	125	43	14	22	19	1.87
73126989--73127098	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
73128997--73129119	47	2.6	47	81	5	131	25	29	20	25	1.99
73130180--73130217	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
73130446--73130616	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
73130441--73130613	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
73146727--73146947	40	5.6	40	86	2	277	27	22	26	23	1.99
73149525--73149562	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
73151198--73151331	46	3.0	44	80	8	110	23	29	19	27	1.98
73151212--73151387	46	3.8	47	79	10	186	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73156034--73156098	16	4.4	16	66	25	52	20	27	0	52	1.47
73156018--73156103	43	2.0	43	95	0	154	23	25	0	51	1.49
73157331--73157363	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
73157391--73157442	26	2.1	24	82	7	59	48	7	1	42	1.43
73164182--73164221	16	2.5	16	83	0	53	27	12	12	47	1.77
73165763--73166006	131	1.9	131	93	0	425	22	18	20	38	1.93
73167910--73168072	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
73167910--73168106	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
73175486--73175649	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
73175486--73175683	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
73178114--73178206	30	3.1	30	84	0	123	26	18	36	18	1.94
73178658--73178888	61	3.8	61	78	5	182	33	13	23	29	1.93
73180778--73180838	30	2.0	30	87	0	86	37	6	24	31	1.81
73191725--73191798	25	3.0	25	79	0	76	31	16	22	29	1.96
73193017--73193160	77	1.9	75	80	12	168	20	18	27	34	1.95
73195565--73195749	40	4.7	40	82	7	234	26	27	22	23	1.99
73195565--73195749	79	2.3	82	83	8	238	26	27	22	23	1.99
73201014--73201195	48	3.8	48	82	2	204	25	19	28	26	1.99
73208017--73208093	30	2.6	30	91	0	127	23	29	29	16	1.96
73213899--73213954	28	2.0	28	96	0	103	55	0	17	26	1.43
73214828--73214889	30	2.1	30	96	0	115	16	29	12	41	1.85
73218688--73218787	7	14.1	7	91	2	164	17	0	40	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73221385--73221514	40	3.3	39	75	8	127	23	26	23	25	2.00
73221401--73221550	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	28	1.99
73227820--73227851	16	2.0	16	100	0	64	0	50	31	18	1.48
73229395--73229524	40	3.3	39	75	8	127	23	26	23	25	2.00
73229411--73229560	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	28	1.99
73231251--73231304	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
73231497--73231732	20	11.8	20	80	0	247	14	21	23	40	1.90
73231501--73231732	60	3.9	60	84	0	275	14	21	23	40	1.90
73231741--73231808	26	2.6	26	83	0	73	17	22	22	38	1.93
73236788--73236861	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
73236845--73236920	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
73236788--73236920	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
73244654--73244785	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
73249733--73249907	40	4.4	40	89	2	255	25	23	26	24	2.00
73257744--73257881	40	3.5	40	89	3	199	26	24	26	22	2.00
73261836--73262059	46	4.8	46	80	6	256	22	21	27	28	1.99
73265358--73265507	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73265382--73265565	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73266844--73266903	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
73266874--73266932	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
73271520--73271649	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73278984--73279112	40	3.2	40	83	5	165	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73282781--73282910	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73285588--73285803	46	4.8	46	74	10	167	25	18	25	30	1.98
73287058--73287222	40	4.2	40	77	8	151	23	26	22	27	2.00
73291351--73291514	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
73291351--73291548	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
73297826--73297955	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
73297842--73297993	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
73297842--73297991	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
73307275--73307313	17	2.2	18	86	13	55	38	0	15	46	1.46
73312940--73312967	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
73317323--73317539	46	4.7	47	77	7	160	24	19	29	26	1.98
73317325--73317539	94	2.3	91	81	8	240	24	18	30	26	1.98
73317325--73317583	90	2.8	92	76	9	219	24	18	30	27	1.98
73320136--73320318	40	4.6	40	82	9	198	25	26	22	25	2.00
73320136--73320317	79	2.3	80	85	8	246	25	26	22	24	2.00
73325756--73325825	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
73332725--73332794	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
73338246--73338425	40	4.6	39	81	8	213	26	28	20	25	1.99
73338246--73338425	78	2.3	80	84	6	233	26	28	20	25	1.99
73346271--73346331	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
73348432--73348603	46	3.7	46	75	10	170	23	19	26	30	1.98
73348425--73348595	93	1.8	93	91	0	279	22	20	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73352719--73352900	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
73352749--73352901	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
73360789--73360970	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
73360819--73360973	39	3.9	39	93	0	256	24	31	20	23	1.98
73362383--73362512	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
73366217--73366346	40	3.3	39	86	4	181	22	23	29	24	1.99
73369055--73369278	46	4.8	46	77	10	215	25	20	24	30	1.98
73371087--73371261	96	1.8	96	89	0	278	22	29	21	26	1.99
73371086--73371276	48	4.0	48	82	5	224	24	29	19	26	1.98
73373874--73373986	43	2.7	42	72	13	104	23	18	27	30	1.97
73375484--73375691	40	5.2	40	80	3	231	25	26	22	25	2.00
73383626--73383833	40	5.2	40	80	3	231	25	26	22	25	2.00
73387839--73387875	18	2.1	19	85	10	51	10	27	43	18	1.83
73402216--73402246	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
73402248--73402337	46	2.0	46	86	0	126	28	30	6	34	1.83
73402311--73402573	47	5.6	47	96	0	463	26	31	12	30	1.92
73402342--73402628	141	2.1	138	83	7	357	29	28	11	30	1.91
73408119--73408340	40	5.6	40	91	1	358	23	22	25	27	2.00
73415170--73415299	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
73415186--73415337	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
73415186--73415335	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
73422328--73422455	40	3.2	39	81	6	141	24	26	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73430253--73430419	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	26	2.00
73433466--73433554	42	2.1	42	91	0	142	32	32	16	17	1.93
73436559--73436590	12	2.7	12	95	0	55	12	25	40	21	1.88
73438444--73438599	42	3.7	43	82	5	174	31	25	15	28	1.96
73438859--73438901	14	3.4	14	70	29	51	48	0	4	46	1.22
73438857--73438902	23	2.0	23	100	0	92	47	0	4	47	1.21
73440622--73440676	27	2.0	27	96	0	101	29	29	10	30	1.91
73444446--73444605	50	3.1	50	63	24	125	40	25	9	25	1.85
73444433--73444632	103	1.9	103	100	0	400	39	23	11	26	1.88
73448219--73448301	43	1.9	43	85	0	112	31	24	18	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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