genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97088025--97088107	27	3.1	26	84	5	103	18	21	22	37	1.94
97088202--97088253	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
97088426--97088491	27	2.5	27	82	7	73	18	24	22	34	1.96
97088634--97088819	6	30.8	6	80	13	213	18	16	15	49	1.80
97088609--97088819	97	2.2	97	94	1	370	18	16	15	49	1.80
97090830--97091133	27	11.3	27	80	6	348	26	21	10	41	1.85
97090801--97091133	54	6.2	54	85	2	384	27	22	10	40	1.86
97090835--97091133	81	3.7	81	83	4	388	26	21	10	41	1.84
97091138--97091332	27	7.2	27	81	4	205	35	16	18	28	1.93
97091138--97091304	54	3.1	54	87	0	226	37	16	18	28	1.92
97091146--97091331	81	2.3	81	87	0	255	36	16	19	27	1.93
97091532--97091614	27	3.1	26	82	5	94	21	20	20	37	1.95
97091702--97091760	22	2.7	22	78	0	64	22	23	20	33	1.97
97091927--97091993	27	2.5	27	82	4	73	20	23	17	37	1.94
97092116--97092320	6	33.8	6	76	16	183	20	17	13	48	1.80
97098485--97098835	67	5.1	66	61	20	155	45	6	6	41	1.54
97098456--97099014	138	4.1	138	94	1	953	45	5	7	41	1.56
97106973--97107112	75	1.9	76	89	1	219	29	11	10	48	1.73
97108548--97108605	27	2.1	27	81	6	64	29	17	20	32	1.95
97111278--97111302	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
97120973--97121087	27	4.3	27	78	3	99	23	22	16	37	1.94
97120973--97121087	55	2.1	54	80	6	135	23	22	16	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97125378--97125404	12	2.2	12	100	0	54	18	14	25	40	1.89
97127663--97127806	39	3.7	39	93	0	234	24	31	19	24	1.98
97135567--97135738	39	4.4	39	89	0	245	25	30	19	24	1.98
97138224--97138407	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
97138264--97138452	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
97141329--97141363	18	1.9	18	88	0	52	25	5	14	54	1.62
97143148--97143261	27	4.2	28	84	3	137	18	22	21	36	1.95
97147308--97147442	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
97147254--97147443	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
97149940--97149964	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
97168303--97168371	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
97169985--97170022	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
97174589--97174657	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
97176266--97176303	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
97185434--97185562	54	2.4	53	80	3	132	30	22	7	39	1.82
97185457--97185564	27	4.0	27	85	0	135	31	21	6	40	1.78
97185487--97185761	27	10.1	27	77	5	153	40	19	7	32	1.80
97185555--97185732	80	2.2	80	81	1	203	44	17	7	29	1.77
97185548--97185734	54	3.5	53	77	4	187	43	18	8	30	1.78
97185689--97185770	27	3.0	27	78	7	92	47	14	6	31	1.69
97185556--97185808	107	2.4	107	78	6	255	41	17	9	32	1.81
97185847--97185906	27	2.2	27	93	0	102	35	20	28	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97185855--97185938	27	3.1	27	89	3	116	32	21	25	21	1.98
97186747--97186815	25	2.8	24	84	4	93	28	26	20	24	1.99
97186747--97186828	24	3.4	24	83	6	94	31	23	19	25	1.98
97187748--97187796	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
97188619--97188785	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
97195757--97195805	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
97196628--97196794	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
97198250--97198327	31	2.5	31	89	2	122	28	17	24	29	1.98
97207823--97208032	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
97215958--97216167	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
97218284--97218346	31	2.0	31	93	0	108	36	14	12	36	1.84
97227554--97227604	20	2.5	21	73	20	54	37	11	13	37	1.82
97235542--97235660	43	2.8	43	75	6	116	20	17	31	31	1.96
97244815--97244852	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
97248502--97248577	38	2.0	38	100	0	152	31	18	7	42	1.79
97257381--97257544	39	4.2	39	91	3	276	14	25	21	38	1.91
97269674--97269793	31	3.8	31	76	12	109	30	18	26	25	1.98
97269816--97269909	46	2.0	47	81	4	109	23	14	30	30	1.95
97271708--97271887	39	4.6	39	92	2	281	14	26	21	37	1.92
97273198--97273317	31	3.8	31	80	8	134	31	19	25	24	1.98
97275230--97275409	39	4.6	39	88	0	252	14	25	22	38	1.92
97275226--97275393	78	2.2	78	94	0	291	15	24	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97276716--97276836	31	3.8	31	78	10	127	31	18	25	24	1.97
97278747--97278926	39	4.6	39	82	2	218	16	25	20	37	1.93
97278747--97278914	78	2.2	78	86	2	248	17	25	19	37	1.93
97280745--97280774	15	2.0	15	100	0	60	26	6	6	60	1.47
97283580--97283617	19	2.0	19	94	0	67	10	18	15	55	1.68
97285229--97285265	15	2.5	15	90	0	56	21	0	2	75	0.92
97285229--97285265	19	1.9	19	89	10	58	21	0	2	75	0.92
97288459--97289749	491	2.6	491	87	4	1775	29	23	17	29	1.97
97293885--97294015	47	2.8	47	89	3	192	22	17	27	32	1.97
97298898--97299143	39	6.2	40	80	8	240	24	21	29	23	1.99
97298898--97299107	77	2.7	79	84	8	277	24	22	29	23	1.99
97302057--97302209	44	3.6	43	74	11	143	24	15	25	33	1.95
97302057--97302227	43	4.0	43	73	8	159	23	15	27	33	1.95
97313066--97313489	54	7.9	54	85	1	519	23	24	15	36	1.94
97313244--97313332	29	3.2	29	64	23	82	16	25	17	39	1.91
97317915--97317983	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
97321797--97321837	17	2.3	18	87	4	57	0	14	4	80	0.87
97328433--97328600	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
97329839--97329875	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
97330862--97330886	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
97331599--97331729	47	2.8	47	88	3	183	22	16	27	32	1.96
97335470--97335533	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97335724--97335842	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
97335724--97335842	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
97335893--97335952	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
97335893--97335947	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
97335995--97336042	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
97343534--97343597	31	2.1	31	91	2	103	23	23	15	37	1.93
97343789--97343907	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
97343789--97343907	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
97343958--97344017	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
97343958--97344012	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
97344060--97344107	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
97353302--97353431	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
97353302--97353469	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
97356707--97356970	24	11.1	24	95	2	444	36	25	18	20	1.95
97356707--97356970	143	1.9	143	92	2	451	36	25	18	20	1.95
97364818--97364966	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
97364859--97364966	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
97367658--97367756	33	3.0	33	96	0	180	25	23	21	30	1.99
97367941--97368019	27	2.9	27	78	0	68	34	17	24	24	1.96
97368161--97368250	27	3.4	26	81	4	90	24	21	16	37	1.93
97368177--97368250	27	2.8	27	85	2	96	21	20	20	37	1.94
97371279--97371446	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97376139--97376173	17	2.0	18	94	5	63	40	28	2	28	1.71
97378018--97378060	21	2.0	21	82	8	52	34	6	6	51	1.56
97385515--97385564	26	1.9	26	83	0	64	22	16	20	42	1.89
97389317--97389358	22	1.9	22	95	0	75	28	23	14	33	1.94
97391068--97391227	52	3.1	52	82	7	198	27	16	25	30	1.96
97391139--97391248	53	2.2	51	82	10	131	30	15	24	30	1.96
97391179--97391278	46	2.1	47	76	8	105	26	16	28	30	1.96
97394039--97394276	39	6.2	39	88	3	315	19	23	28	27	1.98
97398425--97398595	92	1.9	92	97	0	324	28	28	21	21	1.99
97398418--97398592	46	3.8	46	81	11	223	29	28	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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