genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  93  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26950284--26950440	54	2.9	53	90	3	226	40	24	9	26	1.85
26950285--26950483	27	7.4	27	85	2	170	39	22	12	26	1.88
26950284--26950467	81	2.3	80	86	3	244	39	23	10	26	1.87
26950285--26950464	54	3.3	53	87	4	202	40	22	10	26	1.86
26952282--26952402	43	2.9	41	78	10	127	29	24	15	29	1.96
26953780--26953921	64	2.2	64	98	0	275	22	19	21	35	1.96
26953780--26953948	64	2.6	63	89	3	205	23	20	21	34	1.96
26957048--26957110	31	2.0	31	100	0	126	33	15	12	38	1.86
26963005--26963271	133	2.0	133	98	0	516	36	20	12	30	1.90
26965388--26965543	43	3.7	43	76	8	167	30	27	16	26	1.96
26968592--26968631	21	1.9	21	89	0	62	57	7	12	22	1.60
26970329--26970361	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
26970875--26971055	45	4.0	45	95	0	326	27	28	22	22	1.99
26973120--26973200	30	2.7	30	81	11	103	40	11	20	27	1.86
26973181--26973390	30	7.1	30	72	6	167	40	15	22	20	1.90
26973191--26973259	29	2.3	30	85	2	86	44	14	26	14	1.83
26973158--26973390	89	2.6	89	88	0	340	40	15	22	21	1.90
26980540--26980641	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
26988614--26988715	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
26991479--26991536	20	2.9	20	94	0	98	34	13	18	32	1.91
26991588--26991752	24	7.0	24	88	6	239	29	20	21	29	1.98
26991588--26991752	46	3.5	47	90	5	244	29	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26991946--26992009	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
27004257--27004300	23	1.9	23	85	0	61	29	2	4	63	1.26
27008277--27008351	6	12.3	6	75	13	73	52	13	16	18	1.75
27008574--27008625	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
27008871--27009094	54	4.1	54	82	5	247	24	20	17	37	1.94
27008874--27009092	81	2.7	81	88	2	298	24	21	17	36	1.94
27008874--27009084	27	7.9	27	81	4	221	24	21	18	36	1.95
27009124--27009444	27	11.9	26	79	5	219	30	9	20	39	1.84
27009075--27009337	81	3.2	81	79	5	201	31	7	21	39	1.82
27009185--27009444	27	9.6	27	84	0	331	30	9	20	39	1.84
27012124--27012403	27	10.4	27	87	0	346	30	21	7	41	1.80
27012383--27012494	27	4.2	26	79	5	102	37	22	8	31	1.85
27012381--27012508	54	2.4	54	88	1	177	38	19	9	32	1.84
27012395--27012508	27	4.2	27	80	2	113	41	18	8	31	1.81
27012395--27012545	54	2.8	54	82	5	155	41	19	9	29	1.83
27012537--27012752	27	8.0	27	92	0	315	32	20	22	24	1.98
27018318--27018343	13	2.0	13	100	0	52	46	15	38	0	1.46
27020085--27020132	21	2.3	21	86	10	64	39	2	18	39	1.63
27020791--27020840	23	2.2	23	82	3	66	28	24	14	34	1.93
27039140--27039186	21	2.3	21	85	10	62	40	2	19	38	1.63
27041228--27041258	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
27041506--27041570	28	2.3	28	97	0	121	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27041686--27041757	27	2.6	27	84	4	90	23	25	18	33	1.97
27041676--27041765	28	3.2	27	82	4	99	21	23	22	33	1.97
27041686--27041767	27	2.9	28	81	5	85	23	24	19	32	1.97
27041676--27041790	55	2.1	56	82	8	137	20	23	20	35	1.96
27042750--27042864	23	5.1	23	74	11	103	22	20	20	36	1.95
27042786--27042860	22	3.4	22	78	10	89	26	20	20	33	1.97
27042740--27042864	45	2.7	46	74	8	121	22	20	20	37	1.94
27047343--27047400	30	1.9	30	89	6	91	20	29	29	20	1.98
27050927--27050952	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
27058761--27058920	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
27058761--27058920	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
27062561--27062770	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
27074939--27075082	39	3.7	40	89	0	175	23	31	21	22	1.98
27074969--27075082	39	2.9	39	94	1	192	24	32	20	22	1.98
27076973--27077135	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
27076973--27077166	39	4.9	39	90	0	253	23	21	31	23	1.98
27076990--27077204	78	2.7	78	84	5	218	24	22	30	22	1.99
27083639--27083801	39	4.2	39	91	0	254	23	19	31	25	1.98
27083639--27083832	39	4.9	39	89	0	244	23	21	31	24	1.98
27086664--27086835	45	3.7	46	79	11	208	22	20	27	29	1.98
27087059--27087096	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
27089419--27089590	93	1.8	93	85	2	238	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27095488--27095652	24	7.0	24	88	4	228	26	21	23	29	1.99
27095488--27095653	71	2.3	71	90	2	253	25	21	23	28	1.99
27095488--27095652	47	3.5	48	87	4	228	26	21	23	29	1.99
27095710--27095766	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
27095698--27095768	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
27095703--27095757	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
27095805--27095852	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
27097087--27097426	27	12.6	27	84	4	382	40	9	21	27	1.85
27100138--27100280	24	6.0	24	90	5	211	26	21	23	28	1.99
27100138--27100280	47	3.0	48	90	5	220	26	21	23	28	1.99
27100337--27100393	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
27100325--27100395	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
27100330--27100384	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
27100432--27100478	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
27101711--27102046	27	12.6	27	84	5	405	40	9	22	27	1.85
27101711--27102046	53	6.3	54	83	4	405	40	9	22	27	1.85
27101711--27102046	80	4.2	82	85	5	420	40	9	22	27	1.85
27104498--27104560	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
27104749--27104913	23	7.0	24	90	6	248	27	21	22	28	1.99
27104749--27104914	71	2.3	70	92	4	271	27	21	22	28	1.99
27104971--27105027	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
27104959--27105029	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27104964--27105018	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
27105066--27105112	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
27106346--27106683	27	12.6	27	85	5	389	40	8	21	29	1.84
27106346--27106714	80	4.6	80	85	4	340	39	8	22	29	1.85
27106346--27106683	107	3.1	107	82	6	425	40	8	21	29	1.84
27106347--27106683	134	2.5	133	82	7	430	40	8	21	29	1.83
27115597--27115703	55	1.9	55	84	0	142	20	24	27	28	1.99
27118211--27118404	40	4.9	39	87	1	244	24	31	19	24	1.98
27131753--27131887	40	3.4	40	87	4	175	25	26	22	25	2.00
27141375--27141559	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
27141374--27141580	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
27141373--27141580	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
27149361--27149545	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
27149360--27149566	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
27149359--27149566	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
27150944--27151062	40	3.0	40	87	4	152	22	26	25	26	2.00
27153357--27153578	40	5.6	41	91	2	321	26	26	22	23	2.00
27165934--27166036	29	3.6	28	88	5	143	29	16	28	26	1.97
27170659--27170716	29	2.0	29	100	0	116	34	24	6	34	1.82
27175500--27175532	17	2.0	17	88	5	50	12	42	33	12	1.79
27180045--27180232	40	4.7	40	90	3	299	25	27	22	24	2.00
27180012--27180232	119	1.9	119	87	5	331	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27187624--27187799	40	4.5	40	87	4	234	23	27	23	25	2.00
27187624--27187799	78	2.2	80	87	5	243	23	27	23	25	2.00
27198664--27198763	37	2.7	37	93	0	164	25	32	18	25	1.97
27200017--27200055	6	6.2	6	94	5	60	15	0	0	84	0.62
27200019--27200056	7	5.7	7	90	9	62	13	0	0	86	0.56
27200017--27200056	13	3.1	13	89	10	64	15	0	0	85	0.61
27203004--27203036	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
27205153--27205349	108	1.8	110	82	6	258	23	24	17	35	1.95
27215279--27215359	41	2.0	41	100	0	162	34	19	14	30	1.92
27217674--27217855	78	2.3	80	84	6	237	25	21	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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