genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  264  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81158610--81158673	28	2.3	28	94	0	110	29	35	15	18	1.92
81159694--81159741	22	2.2	22	100	0	96	27	4	6	62	1.38
81162029--81162101	29	2.6	28	89	6	103	26	26	16	31	1.96
81169841--81169968	46	2.8	46	98	0	247	20	23	28	27	1.99
81172921--81172989	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
81172912--81172999	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
81175294--81175421	46	2.8	46	95	0	220	19	21	29	28	1.98
81179118--81179174	26	2.2	26	81	9	62	28	17	17	36	1.93
81180403--81180461	26	2.2	26	85	11	75	67	0	28	3	1.06
81181418--81181476	25	2.3	26	80	11	68	54	5	1	38	1.33
81189854--81190060	53	3.8	54	76	6	195	37	16	24	21	1.94
81198726--81198756	12	2.6	12	94	0	53	12	25	48	12	1.77
81207773--81207869	37	2.6	37	95	0	167	24	31	18	24	1.97
81208013--81208254	48	5.0	48	96	0	430	31	28	6	34	1.82
81221741--81221802	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
81221782--81221861	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
81221758--81221861	54	1.9	54	84	3	138	28	10	19	41	1.84
81221783--81221873	27	3.4	26	87	3	110	28	6	21	42	1.78
81221757--81221883	54	2.4	53	77	9	132	28	9	18	43	1.81
81221812--81221897	27	3.2	27	85	6	86	29	5	23	41	1.77
81221877--81222194	27	11.8	27	86	0	393	40	8	22	28	1.82
81221877--81222194	54	5.9	54	90	0	438	40	8	22	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81222200--81222288	27	3.3	27	85	3	117	31	10	17	40	1.83
81221877--81222248	81	4.6	81	85	0	296	39	8	21	30	1.83
81222174--81222293	54	2.2	54	77	5	127	30	10	20	39	1.85
81225977--81226038	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
81226018--81226097	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
81225993--81226119	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
81226019--81226131	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
81226085--81226484	27	14.8	27	79	5	281	39	8	21	30	1.84
81226113--81226430	81	3.9	81	88	2	415	41	8	21	28	1.82
81226112--81226430	54	5.9	54	90	0	433	41	8	21	28	1.82
81226419--81226525	27	4.0	27	82	4	119	30	10	20	38	1.86
81226436--81226540	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
81228988--81229047	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
81229693--81229938	49	4.9	50	83	2	307	25	18	26	29	1.98
81233387--81233453	31	2.2	31	84	10	84	20	34	23	20	1.97
81233451--81233513	20	3.2	20	97	0	117	22	38	26	12	1.90
81236779--81237034	27	9.5	27	84	7	324	27	22	9	40	1.85
81236778--81237034	81	3.2	81	86	3	369	28	22	9	40	1.85
81236850--81237124	27	10.2	27	80	3	86	32	23	8	36	1.85
81236839--81237070	81	2.9	81	81	2	180	30	23	8	37	1.84
81237028--81237234	27	7.7	27	84	0	279	39	21	7	30	1.82
81237028--81237259	108	2.1	108	91	0	374	40	21	8	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81237028--81237234	54	3.8	54	94	0	360	39	21	7	30	1.82
81238745--81238842	28	3.5	28	95	1	180	28	11	26	33	1.91
81241497--81241535	20	1.9	21	84	5	53	23	10	5	61	1.48
81246035--81246094	25	2.4	24	75	8	57	26	21	21	30	1.99
81265751--81265788	14	2.7	14	88	8	51	42	2	13	42	1.57
81265772--81265813	19	2.2	20	95	4	77	26	4	14	54	1.59
81267894--81267960	28	2.4	28	92	2	109	19	7	26	46	1.76
81272640--81272704	32	2.1	32	94	2	114	40	20	18	21	1.92
81273010--81273131	40	2.9	44	83	13	166	32	27	14	24	1.95
81272978--81273143	43	4.0	42	80	9	178	31	25	14	27	1.95
81274551--81274597	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
81274994--81275390	50	7.9	50	77	3	402	25	17	25	30	1.98
81274999--81275390	101	3.9	98	76	5	390	26	18	25	30	1.98
81274994--81275389	151	2.6	151	91	0	630	25	17	26	30	1.98
81275593--81275623	16	1.9	16	93	0	53	45	0	19	35	1.51
81275956--81276280	180	1.8	180	89	1	508	38	10	19	31	1.86
81288162--81288414	68	3.8	65	76	10	203	24	28	17	29	1.97
81291703--81291951	48	5.3	48	75	11	205	28	19	28	23	1.98
81304998--81305238	27	9.0	26	77	6	207	33	8	19	39	1.82
81305001--81305238	53	4.5	52	82	6	244	32	8	19	39	1.82
81305000--81305239	107	2.2	106	81	7	281	32	8	19	39	1.81
81305001--81305244	80	3.0	78	82	4	281	31	8	20	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81305691--81305734	17	2.4	18	85	7	54	20	38	25	15	1.92
81311323--81311452	40	3.3	39	84	4	163	26	27	22	23	2.00
81312844--81312879	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
81320067--81320102	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
81321208--81321267	30	2.0	30	90	0	93	28	25	6	40	1.80
81324988--81325158	93	1.8	93	83	0	225	24	19	26	29	1.99
81328364--81328535	48	3.6	46	83	9	197	29	18	28	23	1.98
81328401--81328586	49	3.8	49	84	3	189	30	18	27	23	1.98
81330227--81330443	40	5.4	40	91	2	332	24	22	27	25	2.00
81335607--81335726	28	4.3	28	86	0	114	22	15	33	28	1.95
81336043--81336536	27	18.6	27	81	3	464	39	18	10	31	1.84
81336043--81336536	53	9.3	53	81	5	446	39	18	10	31	1.84
81336043--81336552	106	4.8	105	83	3	495	39	18	10	31	1.85
81336493--81336571	27	2.9	27	83	3	88	40	17	13	27	1.88
81338356--81338419	33	1.9	33	96	0	119	29	4	40	25	1.76
81349155--81349184	13	2.3	13	94	0	51	10	13	23	53	1.69
81359023--81359198	46	3.8	46	78	11	189	21	20	28	28	1.98
81360295--81360516	41	5.4	41	76	8	166	33	17	26	22	1.96
81360287--81360490	82	2.5	83	83	3	243	34	16	26	22	1.95
81360365--81360480	21	5.7	21	69	9	78	33	16	28	21	1.95
81360287--81360516	123	1.9	122	84	4	311	33	16	26	22	1.96
81369669--81369710	18	2.3	18	76	15	50	2	30	0	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81374767--81375010	121	2.0	121	100	0	488	34	20	11	33	1.89
81376826--81376859	2	17.0	2	87	0	50	44	0	2	52	1.16
81378021--81378176	47	3.3	47	83	4	201	33	9	29	27	1.89
81396507--81396549	14	3.0	14	89	3	68	30	0	18	51	1.47
81397637--81397763	45	2.9	43	79	6	128	25	16	25	33	1.96
81404579--81404607	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
81405663--81405799	45	3.0	45	82	6	161	22	13	27	36	1.92
81408030--81408136	49	2.2	47	88	3	151	30	18	28	21	1.97
81410268--81410354	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
81410423--81410783	49	7.4	49	94	0	551	29	29	8	31	1.88
81414617--81414720	40	2.6	40	90	1	156	24	26	23	25	2.00
81414645--81414841	40	4.9	40	79	9	143	27	27	20	24	1.99
81415324--81415427	40	2.6	40	90	1	156	24	26	23	25	2.00
81415352--81415548	40	4.9	40	79	9	143	27	27	20	24	1.99
81414589--81416004	707	2.0	707	100	0	2832	32	25	14	27	1.94
81417405--81417491	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
81417560--81417968	49	8.4	49	94	0	604	29	29	8	31	1.87
81417540--81417955	195	2.1	197	88	1	602	29	30	9	31	1.88
81420750--81420818	28	2.5	28	97	0	129	14	20	46	18	1.84
81421919--81421976	19	3.1	19	100	0	116	36	10	22	31	1.88
81422335--81422497	43	3.9	42	73	14	122	28	11	24	34	1.91
81431534--81431603	21	3.2	21	68	18	61	21	12	24	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81431526--81431613	45	2.0	45	93	0	149	22	12	25	39	1.89
81434318--81434424	49	2.2	49	85	8	139	26	25	20	28	1.99
81434350--81434443	48	1.9	49	91	2	154	23	26	21	28	1.99
81436747--81436818	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
81444656--81444727	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
81449013--81449046	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
81449041--81449100	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
81455874--81455976	29	3.6	28	80	10	111	28	27	15	29	1.96
81460393--81460561	48	3.5	48	78	2	142	26	26	19	28	1.99
81462410--81462434	10	2.5	10	100	0	50	24	12	8	56	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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