Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  342  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
105877418--105877459
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1.9
22
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33
0
4
61
1.17
105878515--105878571
6
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0
51
19
17
14
49
1.80
105878732--105878776
18
2.5
18
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0
54
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15
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19
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0
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2.2
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6
0
6
0.70
105888564--105888619
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2.1
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105894753--105894798
21
2.1
22
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2.4
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2.2
22
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3
55
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2
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40
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2.1
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0
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4.7
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60
51
0
2
46
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5.2
26
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2.1
136
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24
18
25
31
1.98
105911769--105911903
26
5.2
26
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227
33
5
25
36
1.78
105913684--105913970
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137
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0
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0
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25
0
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1.53
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2.8
15
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18
0
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1.48
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126
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0
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17
26
1.90
105920051--105920090
14
2.9
14
80
0
53
50
0
12
37
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
105927171--105927213
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2.4
18
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0
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20
1.81
105929886--105929928
22
2.0
21
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4
59
23
4
4
67
1.28
105931315--105931365
11
4.6
12
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22
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41
0
31
27
1.56
105931315--105931365
21
2.3
21
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16
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41
0
31
27
1.56
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82
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2
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19
1.9
19
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0
0
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23
0
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1.12
105938055--105938114
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2.4
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8
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28
0
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5
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0
4
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2
94
0
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50
2
0
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1.15
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15
53
38
0
5
56
1.22
105958882--105959122
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2.1
116
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466
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10
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2.2
18
86
9
53
28
5
7
57
1.49
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4.0
119
93
0
773
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16
18
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1.94
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83
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0
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32
19
20
27
1.97
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84
2.3
84
92
1
317
32
20
18
27
1.96
105970492--105971083
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2.1
285
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0
1004
32
19
18
28
1.96
105972806--105972883
15
5.6
13
72
21
54
29
3
1
65
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
105973097--105973135
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2.6
15
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38
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5
56
1.22
105973228--105973268
21
1.9
21
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5
55
34
2
0
63
1.08
105975470--105975500
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2.8
11
100
0
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38
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25
29
1.81
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5
100
0
72
61
0
0
38
0.96
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18.0
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100
0
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0
0
50
1.00
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38
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24
22
1.91
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4.7
40
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227
25
26
21
26
1.99
105980279--105980463
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2.3
80
82
11
229
25
26
21
26
1.99
105992783--105992830
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1.9
25
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16
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1.87
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22
22
27
1.99
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2.0
72
89
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222
28
22
22
27
1.99
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0
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0
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15
22
27
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1.94
106020195--106020334
27
5.2
28
87
5
157
33
22
25
19
1.97
106020195--106020334
54
2.6
55
86
2
185
33
22
25
19
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106020437--106020512
26
2.8
27
88
4
100
32
13
19
34
1.90
106021953--106022062
26
4.2
26
95
2
177
36
24
4
34
1.76
106032880--106032939
28
2.2
28
90
3
95
43
5
0
51
1.23
106033986--106034020
3
11.7
3
87
0
52
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0
28
0
0.86
106033986--106034020
15
2.3
15
100
0
70
71
0
28
0
0.86
106034382--106034413
9
3.6
9
100
0
64
31
21
12
34
1.91
106043802--106043839
15
2.5
15
95
0
67
21
21
28
28
1.98
106043949--106043989
6
7.2
6
86
8
50
19
2
0
78
0.87
106043949--106043989
17
2.4
16
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11
55
19
2
0
78
0.87
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2
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2
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0
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0
0
1.00
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0
167
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25
18
26
1.98
106054857--106054897
2
20.5
2
94
0
73
48
0
0
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1.00
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17
2.0
17
100
0
68
41
11
23
23
1.87
106063398--106063454
28
2.1
28
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9
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49
14
14
22
1.79
106063581--106063616
17
2.1
17
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10
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36
11
2
50
1.53
106073340--106073382
18
2.3
18
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4
2
58
1.32
106076204--106076261
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2.0
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10
13
36
1.79
106078275--106078361
24
3.6
24
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0
156
20
17
26
35
1.95
106078275--106078383
48
2.3
48
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3
166
23
17
24
33
1.96
106090631--106090756
55
2.3
55
75
4
121
29
26
27
16
1.97
106099792--106099819
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2.2
13
100
0
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14
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28
17
1.89
106118633--106118708
36
2.1
36
97
0
143
21
18
19
40
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106125399--106125427
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
106130916--106131073
30
5.3
30
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0
163
21
31
29
17
1.96
106132055--106132192
3
46.0
3
71
18
85
27
3
5
63
1.34
106132052--106132192
60
2.4
60
95
1
248
26
4
5
63
1.36
106132055--106132134
16
5.2
16
70
22
57
28
2
5
63
1.28
106132101--106132191
38
2.3
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82
14
109
27
4
5
62
1.36
106132365--106132393
8
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8
100
0
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0
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0
0
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0.97
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2.0
15
100
0
60
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6
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2.4
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80
9
55
28
26
28
18
1.98
106169398--106169441
22
2.0
23
81
4
54
38
27
9
25
1.86
106170214--106170759
285
1.9
288
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4
911
43
4
17
34
1.69
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3.7
12
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13
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0
6
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1.26
106170739--106170772
13
2.6
13
95
0
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41
0
8
50
1.34
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24
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0
77
51
9
5
32
1.58
106177075--106177152
40
2.0
40
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0
102
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32
1.94
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100
20
15
29
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1.94
106189498--106189525
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2.0
14
100
0
56
21
7
7
64
1.43
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27
3.3
28
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6
105
38
18
10
32
1.84
106199211--106199317
54
2.0
54
83
7
137
37
20
10
31
1.86
106199235--106199310
27
2.8
26
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7
80
38
19
10
31
1.86
106199213--106199329
54
2.2
53
80
10
130
37
21
11
29
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106199313--106199786
27
17.6
27
87
0
552
27
22
8
41
1.82
106199684--106199935
27
9.3
27
78
9
118
36
18
9
36
1.82
106199306--106199785
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5.9
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2
698
27
23
7
41
1.82
106199658--106199830
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2.1
81
78
4
179
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19
9
41
1.83
106199994--106200058
27
2.4
27
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5
87
35
20
24
20
1.96
106201211--106201258
25
1.9
25
91
0
78
35
25
14
25
1.94
106201295--106201365
20
3.5
20
92
0
115
35
12
21
30
1.91
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7.1
23
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2
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27
22
21
28
1.99
106201412--106201579
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3.6
47
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0
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27
22
22
27
1.99
106201410--106201577
70
2.4
71
91
2
268
27
22
21
27
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425