genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  198  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60317814--60317972	43	3.7	43	77	9	164	24	18	25	31	1.97
60327201--60327240	20	2.0	20	100	0	80	50	10	25	15	1.74
60330974--60331125	50	3.0	50	81	6	191	28	25	19	26	1.98
60331100--60331271	68	2.6	64	77	9	193	26	27	15	30	1.96
60333760--60333909	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
60333740--60333909	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
60342095--60342241	42	3.6	41	73	14	126	23	21	27	27	1.99
60346066--60346230	40	4.1	40	83	6	201	26	27	21	24	2.00
60347988--60348024	15	2.4	16	86	13	51	35	13	2	48	1.57
60348019--60348055	18	2.1	18	100	0	74	24	27	10	37	1.88
60349420--60349639	46	4.8	46	82	7	257	31	28	18	21	1.97
60351871--60352053	50	3.7	50	82	3	217	28	24	18	28	1.98
60353174--60353263	27	3.3	27	86	6	128	28	26	6	37	1.82
60353253--60353496	27	9.2	25	76	9	193	38	22	9	29	1.85
60353294--60353495	27	7.6	27	78	7	209	40	22	7	29	1.82
60353262--60353496	54	4.4	52	78	6	215	39	21	9	30	1.85
60353473--60353558	27	3.1	27	77	8	75	39	13	9	37	1.78
60354480--60354563	25	3.4	24	85	8	107	27	22	23	26	2.00
60354698--60354825	42	3.0	42	93	0	211	32	14	17	35	1.90
60354855--60354969	31	3.7	31	94	1	196	27	17	26	27	1.98
60357745--60357862	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
60357768--60357862	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60358054--60358220	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
60358053--60358220	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
60358271--60358330	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
60358373--60358420	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
60359579--60359634	27	2.1	27	86	6	78	21	23	23	32	1.98
60359697--60359748	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
60359780--60359857	26	2.9	27	74	11	79	30	7	20	41	1.80
60359705--60359952	27	9.1	27	79	6	108	35	9	18	36	1.83
60359850--60360241	27	14.6	27	85	1	419	41	8	22	28	1.82
60359851--60360248	81	4.9	81	86	4	509	40	8	22	28	1.82
60360245--60360343	27	3.7	27	79	5	103	31	10	19	39	1.85
60360237--60360341	54	2.0	53	83	9	133	31	10	20	37	1.87
60360253--60360358	27	3.9	27	74	9	74	34	9	17	37	1.83
60361346--60361462	27	4.3	27	83	4	146	30	23	5	39	1.79
60361346--60361462	54	2.2	54	87	0	162	30	23	5	39	1.79
60361494--60361590	27	3.6	27	81	0	113	39	20	9	30	1.84
60361461--60361620	54	3.0	54	71	5	135	38	18	13	30	1.89
60361611--60361684	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
60361624--60361688	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
60362500--60362577	25	3.2	24	85	7	95	28	21	23	26	1.99
60362717--60362844	42	3.0	42	93	0	211	32	14	17	35	1.90
60362874--60363019	31	4.7	31	95	0	258	28	17	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60365269--60365385	27	4.3	27	88	4	164	29	25	5	38	1.80
60365384--60365543	54	3.0	54	77	5	162	38	20	12	29	1.89
60365417--60365513	27	3.6	27	90	0	140	39	22	8	29	1.83
60365538--60365589	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
60366435--60366492	25	2.3	25	91	5	91	22	29	22	25	1.99
60366435--60366505	25	2.9	24	85	10	90	26	25	22	25	2.00
60368012--60368176	40	4.2	40	89	3	246	27	26	21	23	1.99
60368012--60368188	79	2.2	80	86	7	247	27	26	22	24	2.00
60369553--60369578	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
60376088--60376213	40	3.2	40	91	1	200	26	26	23	23	2.00
60377928--60378055	42	3.0	42	96	0	229	31	14	19	35	1.91
60378085--60378199	31	3.7	31	88	1	169	29	14	25	30	1.95
60379616--60379676	30	2.0	30	93	0	104	31	24	3	40	1.71
60383695--60383819	60	2.1	60	100	0	250	32	8	20	40	1.81
60385597--60385983	47	8.1	47	87	4	504	32	10	29	27	1.90
60385597--60385983	98	4.0	97	88	4	554	32	10	29	27	1.90
60385597--60385983	145	2.7	144	85	7	561	32	10	29	27	1.90
60385957--60386093	46	3.0	46	84	0	175	37	8	29	25	1.84
60394960--60395011	26	2.0	26	96	0	95	38	9	11	40	1.74
60397279--60397366	45	2.0	44	86	2	122	35	23	15	25	1.95
60405216--60405300	45	1.9	44	90	2	134	36	22	14	27	1.92
60410351--60410464	43	2.7	42	77	11	117	27	21	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60412453--60412507	21	2.6	21	94	0	92	23	30	29	16	1.96
60416238--60416352	31	3.7	31	89	1	169	29	26	14	29	1.95
60416571--60416640	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
60417447--60417512	27	2.4	27	82	5	80	21	22	18	37	1.94
60417565--60417785	27	8.1	27	75	9	135	32	8	18	40	1.81
60417550--60417780	54	4.2	54	76	5	214	31	9	18	41	1.81
60417550--60417770	81	2.7	81	74	10	200	31	9	18	40	1.83
60417773--60417901	27	4.8	27	90	0	197	37	8	23	30	1.84
60417773--60417920	54	2.8	54	87	1	199	37	8	21	33	1.83
60417773--60417924	81	1.9	80	86	1	214	36	7	22	32	1.83
60417743--60417912	27	6.3	27	83	4	155	35	8	22	34	1.84
60417767--60417939	81	2.2	80	77	1	193	36	7	20	35	1.81
60421629--60421677	24	2.0	24	84	8	62	26	14	24	34	1.94
60421602--60421956	94	3.8	94	98	0	674	28	12	20	38	1.89
60423695--60423868	40	4.4	40	75	11	162	26	21	25	25	2.00
60425323--60425386	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
60430918--60430990	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
60441431--60441503	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
60454352--60454591	94	2.6	94	95	0	435	28	11	21	38	1.88
60454626--60454689	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
60460777--60460839	27	2.2	29	83	5	76	69	0	11	19	1.17
60461878--60461926	24	2.0	24	84	8	62	26	14	24	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60461851--60462090	94	2.6	94	96	0	444	28	12	20	38	1.89
60462125--60462188	24	2.7	24	87	4	85	21	15	29	32	1.95
60462777--60462818	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
60463161--60463275	31	3.7	31	95	1	205	28	26	16	27	1.97
60463495--60463564	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
60464372--60464434	27	2.3	27	81	5	74	22	23	17	36	1.95
60464493--60464745	27	9.3	27	75	10	131	32	7	20	39	1.80
60464474--60464704	54	4.2	54	75	7	189	31	7	18	42	1.79
60464466--60464694	83	2.8	82	77	4	230	31	8	20	40	1.81
60464442--60464703	81	3.2	80	71	10	224	30	8	19	41	1.82
60464670--60464790	54	2.2	53	83	2	143	38	6	20	33	1.79
60464696--60464792	27	3.6	27	84	2	124	40	7	20	31	1.80
60464733--60464858	66	1.9	66	88	3	191	41	9	19	30	1.83
60464799--60464865	27	2.5	27	87	0	98	38	10	23	26	1.87
60470702--60470874	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	28	1.99
60470699--60470869	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
60473112--60473159	19	2.5	19	80	10	53	37	25	27	10	1.88
60476847--60476944	6	18.8	5	79	14	78	75	2	3	19	1.03
60476847--60476945	12	8.9	11	79	9	89	75	2	3	19	1.03
60476848--60476949	10	10.6	9	72	25	61	75	1	2	19	1.03
60476847--60476944	25	3.7	25	77	17	92	75	2	3	19	1.03
60482304--60482336	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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60489443--60489621	40	4.4	40	84	2	207	26	23	26	22	2.00
60497503--60497681	40	4.4	40	81	2	171	26	23	26	23	2.00
60505522--60505786	40	6.7	40	84	6	290	24	27	23	23	2.00
60505566--60505783	120	1.8	120	89	0	346	25	27	23	23	2.00
60512517--60512800	40	7.2	39	79	9	231	24	27	23	23	2.00
60512557--60512804	40	6.2	40	83	9	276	24	27	23	25	2.00
60512585--60512805	119	1.9	119	89	1	345	25	27	23	24	2.00
60512557--60512804	79	3.1	79	83	8	288	24	27	23	25	2.00
60524164--60524194	16	1.9	16	93	0	53	25	16	35	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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