genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  232  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70719588--70719781	49	4.0	49	76	7	151	36	15	21	26	1.94
70719725--70719831	49	2.2	49	84	1	135	33	14	22	29	1.93
70721742--70721827	41	2.1	40	82	2	100	65	10	3	20	1.38
70721898--70721929	10	3.2	10	90	0	55	0	25	56	18	1.42
70725906--70726113	40	5.2	39	83	4	222	25	28	22	24	1.99
70725906--70726113	80	2.6	80	82	3	249	25	28	22	24	1.99
70733515--70733543	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
70735823--70735847	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
70736193--70736218	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
70739453--70739624	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
70739445--70739620	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
70742000--70742088	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
70742000--70742079	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
70742011--70742088	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
70745040--70745211	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
70745032--70745207	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
70746974--70747004	16	1.9	16	100	0	62	12	3	0	83	0.75
70747521--70747590	25	2.8	25	82	0	86	25	22	18	32	1.97
70747645--70747678	13	2.6	13	90	0	59	38	0	23	38	1.55
70749951--70749991	21	2.0	21	85	9	57	36	21	7	34	1.82
70752057--70752260	40	5.1	39	82	4	221	25	26	22	25	2.00
70753851--70754160	40	7.8	40	89	0	422	35	18	30	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70760233--70760414	77	2.3	80	83	8	221	24	21	27	25	2.00
70760233--70760414	40	4.6	40	86	8	223	24	21	27	25	2.00
70767747--70767849	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
70770451--70770704	49	5.3	49	95	2	453	33	7	28	29	1.85
70775371--70775553	40	4.7	39	86	8	239	24	21	27	26	1.99
70775371--70775553	77	2.3	80	85	8	241	24	21	27	26	1.99
70781017--70781085	34	2.0	34	97	0	129	20	10	23	46	1.80
70781404--70781452	21	2.4	21	80	13	57	18	20	6	55	1.64
70782686--70782726	21	2.0	21	85	0	55	43	14	12	29	1.82
70788380--70788750	27	13.8	27	87	1	494	34	15	14	36	1.88
70788740--70788858	54	2.2	54	83	3	159	38	21	20	20	1.93
70788740--70788858	27	4.4	27	83	2	132	38	21	20	20	1.93
70788893--70788942	23	2.2	23	86	13	68	28	14	16	42	1.86
70789190--70789248	18	3.3	18	73	0	64	28	20	15	35	1.93
70789238--70789351	34	3.4	34	83	2	140	35	23	18	22	1.96
70789249--70789369	34	3.6	34	82	1	100	33	23	21	20	1.97
70792269--70792473	27	7.6	27	87	1	268	32	15	15	37	1.89
70792266--70792500	81	2.9	81	82	5	278	33	16	15	34	1.90
70792465--70792579	27	4.3	27	87	2	142	40	20	20	19	1.91
70792924--70792977	18	3.0	18	81	10	74	25	18	14	40	1.89
70792967--70793088	34	3.6	34	90	0	172	28	20	23	27	1.99
70795162--70795220	32	1.9	29	83	10	73	49	6	8	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70795374--70795413	20	2.0	20	85	4	55	10	7	0	82	0.84
70801644--70801713	36	1.9	36	94	0	122	37	15	17	30	1.91
70804439--70804501	31	2.0	31	100	0	126	25	26	25	22	2.00
70808565--70808614	20	2.3	21	86	10	66	58	12	4	26	1.51
70809683--70809744	27	2.3	27	94	0	106	40	8	14	37	1.76
70815051--70815216	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
70815067--70815178	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
70815067--70815216	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
70816038--70816083	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
70827201--70827404	40	5.2	40	81	7	200	26	22	25	25	2.00
70827200--70827404	80	2.6	76	82	6	221	26	21	25	25	2.00
70830976--70831143	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
70836780--70837001	40	5.6	40	90	1	322	24	22	25	28	1.99
70845158--70845218	2	30.5	2	80	6	61	45	3	4	45	1.41
70846366--70846497	39	3.4	38	83	6	167	25	19	29	25	1.99
70846366--70846515	78	1.9	77	81	8	178	26	19	29	24	1.98
70849629--70849698	30	2.4	30	90	2	106	25	11	27	35	1.90
70854426--70854518	39	2.4	39	92	0	150	27	20	29	22	1.98
70856895--70856940	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
70862188--70862339	39	3.9	39	92	1	234	23	19	31	25	1.98
70862189--70862370	39	4.6	39	88	1	231	23	21	30	24	1.99
70874037--70874166	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70881731--70881763	14	2.2	16	89	10	52	24	3	18	54	1.57
70882833--70882929	43	2.3	43	77	12	110	28	13	30	26	1.94
70887284--70887384	42	2.4	43	80	5	116	29	17	20	31	1.96
70887284--70887402	43	2.8	42	75	15	111	27	17	23	31	1.97
70887929--70887974	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
70888406--70888462	12	4.8	12	91	8	98	17	40	33	8	1.81
70890597--70890723	40	3.2	40	83	4	159	22	29	25	22	1.99
70901894--70902114	46	4.8	46	77	8	234	21	19	28	30	1.97
70906748--70906801	22	2.5	22	93	0	90	25	5	25	42	1.77
70915984--70916143	37	4.3	37	95	0	284	24	33	18	23	1.97
70916188--70917075	48	18.8	48	86	4	1209	31	26	6	35	1.81
70916188--70917080	96	9.4	96	90	3	1348	31	26	6	35	1.81
70916188--70917075	144	6.3	144	91	3	1399	31	26	6	35	1.81
70916448--70916518	34	2.1	34	94	0	124	39	23	0	36	1.55
70916400--70916566	82	2.0	82	100	0	334	35	25	3	35	1.73
70920895--70921070	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
70920892--70921063	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
70922351--70922523	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
70922348--70922518	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
70929888--70930058	44	3.8	45	78	13	197	22	21	27	29	1.99
70932990--70933093	24	4.4	23	74	13	79	25	21	19	34	1.96
70934186--70934226	20	2.0	20	90	0	64	14	14	43	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70937475--70937637	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
70945016--70945177	71	2.3	69	97	2	306	34	17	28	19	1.95
70948824--70948895	29	2.5	29	86	6	103	30	13	26	29	1.94
70955920--70956107	40	4.7	40	89	0	288	24	26	22	27	2.00
70960919--70960999	28	2.9	28	92	1	126	24	30	17	27	1.97
70962945--70963045	28	3.6	28	79	0	121	25	12	30	30	1.93
70965696--70965779	37	2.3	36	87	2	123	28	16	27	27	1.97
70965768--70966033	48	5.6	48	74	5	207	27	18	28	25	1.98
70969500--70969650	40	3.8	40	80	6	164	22	27	23	27	1.99
70969500--70969650	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
70971437--70971671	117	2.0	117	99	0	461	36	10	22	30	1.88
70972815--70972902	41	2.2	40	81	2	104	27	11	27	34	1.91
70972910--70973008	28	3.6	27	83	4	126	27	12	30	30	1.92
70972961--70973019	28	2.1	28	83	0	73	27	13	30	28	1.94
70975962--70976003	19	2.2	19	95	0	75	45	9	23	21	1.81
70983959--70984025	20	3.3	20	89	0	98	31	11	22	34	1.90
70984077--70984143	23	2.8	24	95	2	118	25	22	22	29	1.99
70984077--70984143	24	2.9	23	93	2	107	25	22	22	29	1.99
70984361--70984424	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
70987814--70987999	40	4.7	40	88	5	243	26	26	21	24	1.99
70991508--70991625	29	4.2	29	77	8	102	27	26	15	31	1.96
70993564--70993666	28	3.7	28	76	0	71	26	12	29	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70996312--70996397	37	2.4	37	88	2	138	26	17	29	26	1.98
70996386--70996652	48	5.6	47	74	5	212	26	17	29	26	1.98
70996381--70996652	96	2.8	97	81	8	290	26	17	29	26	1.98
71000098--71000200	41	2.5	40	80	7	111	25	12	29	33	1.92
71000098--71000200	40	2.5	41	82	1	109	25	12	29	33	1.92
71000188--71000286	28	3.6	27	84	5	110	25	13	32	29	1.93
71001919--71001966	12	3.2	17	67	32	54	31	41	0	27	1.56
71001919--71001974	28	2.0	28	96	3	105	33	41	0	25	1.56
71003268--71003309	19	2.2	19	95	0	75	45	9	23	21	1.81
71007475--71007589	31	3.7	31	97	1	214	27	26	17	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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