genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20808525--20808718	39	4.9	39	89	0	253	23	20	31	23	1.98
20808542--20808756	78	2.7	78	84	5	218	24	21	31	22	1.98
20816552--20816708	39	4.0	39	90	4	235	26	19	31	22	1.98
20816554--20816732	39	4.6	38	89	2	214	24	19	32	24	1.98
20819688--20819726	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
20819794--20819835	19	2.3	19	91	4	68	66	0	33	0	0.92
20820910--20820936	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
20827123--20827233	39	2.8	39	90	1	177	25	31	19	23	1.98
20835124--20835234	39	2.8	39	93	1	186	25	32	19	22	1.98
20837323--20837364	19	2.3	19	91	4	68	66	0	33	0	0.92
20838354--20838453	51	1.9	53	84	10	134	20	18	23	39	1.93
20838438--20838464	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
20838596--20838638	18	2.4	18	80	0	50	34	13	18	32	1.90
20840660--20840706	24	1.9	24	86	4	67	25	2	2	70	1.10
20844859--20844940	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
20851862--20851969	26	4.2	26	93	0	189	37	26	6	29	1.82
20862822--20862951	47	2.8	47	85	4	181	30	28	16	24	1.96
20880216--20880346	47	2.8	47	88	0	181	33	26	16	22	1.96
20884980--20885110	47	2.8	47	84	3	183	33	25	14	25	1.94
20895777--20895937	29	5.6	29	82	2	182	25	32	16	24	1.96
20903007--20903166	29	5.6	29	82	4	182	25	32	16	25	1.96
20906160--20906363	52	3.9	54	82	7	240	22	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20906342--20906462	46	2.6	47	94	1	208	25	22	13	38	1.90
20907218--20907275	29	2.0	29	86	0	80	32	25	6	34	1.83
20912868--20913025	55	2.9	55	82	4	196	23	24	17	34	1.95
20912872--20913038	54	3.1	54	81	4	203	23	25	15	35	1.94
20913011--20913132	47	2.6	47	94	0	208	25	22	13	37	1.92
20916315--20916382	34	2.0	34	85	5	93	20	22	22	35	1.96
20917839--20917955	29	4.0	29	88	0	144	27	30	14	27	1.95
20918171--20918206	8	4.5	8	89	0	54	11	25	13	50	1.75
20921128--20921230	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
20929121--20929223	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
20935863--20935964	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
20943716--20943817	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
20951633--20951672	3	13.3	3	94	0	71	62	0	2	35	1.09
20953943--20953984	15	2.8	16	82	10	52	66	2	2	28	1.16
20954093--20954178	21	3.6	22	74	18	66	60	0	5	33	1.21
20956824--20956879	29	1.9	29	85	0	76	42	16	8	32	1.79
20960345--20960428	41	2.0	41	95	0	150	23	19	22	34	1.96
20964501--20964587	30	2.9	31	82	3	106	22	26	34	16	1.95
20964471--20964595	30	4.2	30	76	4	90	22	25	33	18	1.96
20964919--20964953	6	5.7	6	90	6	52	17	11	0	71	1.14
20964900--20964929	9	3.2	9	95	4	51	20	0	0	80	0.72
20964950--20965018	6	11.7	6	92	3	113	1	1	14	82	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20964944--20965025	12	6.8	12	83	4	94	3	2	12	81	0.91
20964925--20965000	18	4.2	18	82	0	62	6	6	9	77	1.12
20967566--20967616	17	3.1	17	88	8	70	29	0	1	68	1.00
20967586--20967637	9	5.7	9	73	13	52	25	1	1	71	1.07
20967566--20967617	16	3.4	14	82	17	52	28	0	1	69	0.99
20967697--20967733	14	2.7	14	87	4	58	29	2	0	67	1.04
20968135--20968188	22	2.5	21	77	11	56	31	0	3	64	1.11
20968371--20968445	30	2.4	32	84	13	102	22	9	8	60	1.54
20971862--20971964	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
20975265--20975314	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
20978279--20978409	27	4.9	27	84	11	180	18	25	22	33	1.96
20978276--20978409	54	2.5	54	96	1	243	17	26	22	33	1.96
20979401--20979437	19	2.0	19	85	15	51	64	10	2	21	1.37
20985297--20985437	27	5.2	27	82	11	182	18	24	23	34	1.96
20985294--20985437	54	2.7	54	94	2	245	18	24	23	34	1.96
20985297--20985455	81	2.0	79	83	10	198	20	24	21	33	1.97
20988747--20988801	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
20988862--20988954	24	3.9	24	75	13	84	58	5	6	30	1.46
20988939--20989003	14	4.6	14	75	19	55	56	1	4	36	1.29
20988947--20989078	25	5.6	25	75	12	109	56	3	5	35	1.38
20988945--20989061	50	2.3	50	81	5	130	54	3	5	36	1.39
20989558--20989625	30	2.3	30	94	0	118	17	5	51	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20990399--20990762	90	3.8	97	81	10	309	37	17	16	27	1.92
20990499--20990852	90	3.9	88	83	5	401	36	18	17	27	1.93
20990652--20990687	14	2.6	14	90	0	54	55	5	13	25	1.60
20990501--20990831	180	1.9	177	85	4	468	35	19	17	28	1.94
20990758--20991350	73	8.1	75	84	5	775	33	20	16	30	1.94
20990758--20991350	147	4.0	145	88	4	773	33	20	16	30	1.94
20990758--20991343	219	2.7	217	91	4	885	32	20	16	30	1.94
20991531--20991574	13	3.4	13	81	9	54	70	4	9	15	1.30
20991368--20991646	98	2.8	100	85	4	336	38	17	17	25	1.92
20991544--20991717	90	2.0	90	83	5	223	37	20	17	24	1.94
20992578--20992610	12	2.8	12	86	4	50	0	15	0	84	0.61
20992578--20992610	17	1.9	17	88	11	50	0	15	0	84	0.61
20997649--20997892	40	6.1	40	87	3	325	25	28	22	23	1.99
21004360--21004517	40	4.0	40	91	1	246	23	22	25	28	1.99
21008106--21008268	39	4.2	39	92	0	254	25	31	19	23	1.98
21010899--21010935	16	2.5	14	84	16	56	24	0	2	72	0.97
21011007--21011053	3	16.7	3	78	12	55	31	2	0	65	1.04
21010983--21011048	25	2.7	25	81	11	66	30	6	0	63	1.18
21011015--21011051	14	2.7	14	87	4	58	29	2	0	67	1.04
21011008--21011085	33	2.3	32	81	12	86	30	3	1	64	1.20
21011689--21011763	30	2.4	32	84	13	102	22	9	8	60	1.54
21017066--21017096	16	1.9	16	100	0	62	38	6	25	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21017324--21017371	24	2.0	24	95	0	87	47	4	0	47	1.21
21017789--21017836	19	2.5	20	79	6	53	25	4	4	66	1.27
21017807--21017850	19	2.3	19	81	11	54	18	0	6	75	1.02
21023220--21023253	16	2.1	16	94	0	59	17	14	14	52	1.74
21029373--21029441	30	2.3	30	100	0	138	24	27	30	17	1.97
21037907--21037944	16	2.4	16	82	8	51	28	0	2	68	1.03
21037903--21037949	21	2.2	22	78	17	55	23	0	6	70	1.10
21042261--21042303	20	2.2	20	87	4	61	37	4	0	58	1.19
21042456--21042517	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
21044672--21044708	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
21052037--21052069	14	2.3	15	89	5	50	39	0	3	57	1.14
21054019--21054066	17	2.7	18	70	9	53	60	2	0	37	1.09
21054033--21054089	29	2.0	29	85	0	78	57	3	1	36	1.26
21056287--21056360	22	3.4	22	83	5	89	29	25	32	12	1.92
21061750--21061813	26	2.5	26	79	5	67	26	12	31	29	1.93
21067983--21068022	21	2.0	21	90	5	64	40	2	22	35	1.68
21069560--21069730	45	3.9	45	89	3	224	24	28	23	23	2.00
21072583--21072705	64	1.9	66	84	5	169	52	12	3	31	1.54
21073266--21073315	12	4.4	12	78	14	61	64	0	4	32	1.12
21073273--21073332	28	2.1	30	81	6	70	66	1	5	26	1.21
21073357--21073406	27	1.9	27	92	8	86	72	0	0	28	0.86
21073357--21073393	12	2.9	14	80	19	53	72	0	0	27	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21075059--21075644	45	13.1	45	66	15	275	27	25	15	31	1.95
21075014--21075644	90	7.0	90	89	0	924	27	26	15	31	1.95
21076605--21076705	43	2.3	45	84	8	136	25	30	13	29	1.94
21078712--21078860	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
21078753--21078860	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
21080518--21080633	43	2.6	45	85	10	159	37	13	23	25	1.92
21080612--21080817	55	3.9	54	84	5	240	35	17	24	22	1.95
21086348--21086406	29	2.0	29	86	0	82	33	6	27	32	1.83
21087160--21087281	47	2.6	47	93	2	201	38	13	22	25	1.90
21087254--21087466	54	4.0	54	84	5	252	36	16	24	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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