genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24201521--24201591	16	4.4	16	90	0	106	33	7	28	30	1.84
24202463--24202585	65	1.9	65	94	0	219	36	24	5	33	1.79
24206928--24207112	40	4.7	40	83	7	218	24	22	27	25	2.00
24206928--24207110	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
24206962--24207145	79	2.3	77	80	10	201	27	21	26	25	1.99
24209226--24209255	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
24209958--24210013	25	2.2	25	75	9	60	30	1	3	64	1.21
24212932--24213051	43	2.8	42	78	2	132	26	22	16	34	1.95
24217075--24217120	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
24218553--24218772	40	5.6	40	80	7	236	24	23	26	25	2.00
24222669--24222712	5	9.4	5	80	14	58	84	0	15	0	0.63
24222669--24222712	23	1.9	23	95	0	79	84	0	15	0	0.63
24222671--24222710	9	4.4	9	87	6	55	87	0	12	0	0.54
24224281--24224317	20	1.9	18	89	10	56	40	5	5	48	1.49
24228914--24229120	53	3.8	53	74	1	153	21	23	18	37	1.94
24230897--24232424	381	4.0	381	99	0	3002	39	16	21	21	1.91
24238533--24238740	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
24238535--24238740	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
24246416--24246623	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
24246418--24246623	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
24250411--24250456	24	1.9	24	90	0	74	21	13	21	43	1.86
24251892--24252022	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24251891--24252022	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
24257074--24257376	47	6.5	46	72	17	214	27	19	29	23	1.98
24257030--24257336	94	3.3	94	80	10	328	27	19	29	23	1.98
24259156--24259338	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
24266966--24267148	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
24291009--24291110	52	2.0	52	88	0	150	35	25	17	21	1.95
24291068--24291251	44	4.1	45	82	4	214	32	28	16	22	1.96
24291087--24291258	89	1.9	89	92	0	290	33	28	17	20	1.96
24291702--24291752	20	2.7	18	82	14	59	37	19	0	43	1.51
24294115--24294149	12	2.9	12	100	0	70	8	25	40	25	1.84
24294153--24294192	13	3.1	13	92	0	71	30	35	25	10	1.88
24296318--24296498	40	4.6	40	75	8	129	24	25	26	22	2.00
24296382--24296455	38	1.9	39	86	2	105	27	25	27	20	1.99
24298906--24298946	20	2.0	20	90	0	64	48	7	9	34	1.64
24318307--24318344	11	3.7	10	86	13	51	68	2	0	28	1.03
24318354--24318405	26	2.0	26	100	0	104	46	7	15	30	1.74
24325887--24325911	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
24327193--24327358	40	4.2	40	78	3	149	22	27	22	26	1.99
24327209--24327318	39	2.8	39	84	4	132	23	30	23	22	1.99
24328180--24328225	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
24340063--24340165	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
24342352--24342452	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24350249--24350349	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
24354692--24354740	24	2.0	24	96	0	89	46	12	10	30	1.74
24355136--24355189	23	2.3	23	83	6	63	35	20	25	18	1.95
24355109--24355231	25	4.9	25	75	11	85	35	17	23	22	1.95
24355167--24355247	27	3.1	24	80	7	72	39	14	23	22	1.91
24355305--24355360	24	2.3	25	81	9	62	30	19	28	21	1.98
24359454--24359610	44	3.7	43	76	9	178	23	15	26	34	1.94
24364245--24364611	47	7.8	47	89	0	518	31	11	29	27	1.92
24364312--24364387	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
24364500--24364575	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
24364254--24364611	94	3.8	94	90	0	581	31	12	29	26	1.93
24364254--24364611	141	2.5	141	90	0	572	31	12	29	26	1.93
24364254--24364653	141	2.8	140	86	4	456	31	11	29	27	1.92
24364774--24364881	37	2.9	37	91	2	173	22	18	31	27	1.97
24366424--24366478	17	3.4	16	78	16	60	34	1	0	63	1.05
24366422--24366497	30	2.5	28	75	21	82	34	1	0	64	1.02
24366461--24366490	12	2.4	13	94	5	53	36	0	0	63	0.95
24366422--24366499	14	5.3	16	73	21	73	34	1	0	64	1.02
24366625--24366657	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
24366613--24366726	12	9.1	12	70	24	67	28	6	0	64	1.24
24366682--24366731	26	2.0	25	88	4	73	30	6	0	64	1.18
24378992--24379075	44	1.9	44	92	0	141	29	13	27	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24379407--24379471	28	2.3	30	82	15	93	30	4	0	64	1.14
24379438--24379470	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
24379407--24379540	12	10.3	12	71	24	78	28	5	0	64	1.22
24379496--24379545	26	2.0	25	88	4	73	30	6	0	64	1.18
24383134--24383196	29	2.2	29	97	2	119	30	3	28	38	1.73
24383584--24383725	48	3.0	48	100	0	284	38	3	28	29	1.74
24384910--24385004	31	3.1	31	87	0	145	22	32	26	18	1.97
24387978--24388060	43	1.9	43	87	0	121	28	33	20	16	1.95
24389504--24389583	29	2.7	30	80	7	92	45	8	23	22	1.80
24389579--24389644	30	2.2	30	94	0	114	36	13	21	28	1.91
24392193--24392231	12	3.2	12	81	3	51	20	25	0	53	1.45
24398566--24398664	29	3.4	29	76	2	83	30	30	15	24	1.95
24398660--24398749	43	2.1	43	97	0	171	23	35	11	30	1.89
24400965--24401174	76	2.7	75	78	7	188	22	15	20	40	1.90
24400967--24401254	156	1.8	157	81	5	359	21	14	21	42	1.89
24400966--24401263	27	11.3	27	83	5	245	21	14	21	41	1.89
24403978--24404021	19	2.3	19	96	0	79	43	9	25	22	1.82
24404182--24404321	40	3.4	40	77	7	122	25	15	26	32	1.95
24405359--24405384	13	2.0	13	100	0	52	30	30	30	7	1.85
24406815--24406852	20	1.9	20	100	0	76	47	18	0	34	1.49
24414805--24414853	20	2.5	20	96	0	89	22	32	28	16	1.95
24422696--24423004	27	11.4	27	76	4	183	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24422739--24422919	81	2.2	81	83	5	224	44	20	5	28	1.74
24423242--24423364	41	3.0	41	87	0	174	21	21	28	27	1.99
24426157--24426319	41	4.0	41	93	0	263	22	20	30	26	1.98
24431230--24431515	137	2.1	136	94	0	491	32	24	18	24	1.97
24433266--24433374	26	4.2	26	89	2	148	37	22	5	33	1.78
24433266--24433374	51	2.1	52	87	1	157	37	22	5	33	1.78
24438243--24438285	12	3.6	12	100	0	86	13	51	25	9	1.71
24439546--24439831	137	2.1	136	93	0	482	32	24	17	24	1.97
24441581--24441625	14	3.4	14	71	22	51	40	24	4	31	1.75
24441585--24441690	26	4.1	26	93	0	158	37	23	5	33	1.78
24442200--24442403	40	5.1	40	90	2	286	25	29	23	22	1.99
24442200--24442403	80	2.5	80	88	3	320	25	29	23	22	1.99
24448626--24448777	39	3.9	39	92	1	243	23	20	32	23	1.98
24448627--24448807	39	4.6	39	88	1	238	23	21	31	23	1.98
24456710--24456823	39	2.9	39	94	1	192	22	20	32	24	1.98
24456717--24456853	39	3.5	40	88	1	143	22	22	32	22	1.98
24459505--24459558	20	2.6	20	88	5	72	14	31	29	24	1.95
24460819--24460999	48	3.9	46	73	11	156	28	22	20	27	1.99
24467556--24467774	43	5.1	43	78	3	199	31	18	24	26	1.97
24467569--24467685	42	2.7	44	84	3	141	37	17	19	25	1.93
24467765--24467799	18	1.9	18	88	0	52	11	25	20	42	1.85
24467869--24467935	31	2.2	31	86	0	89	56	16	8	17	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24468630--24468658	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
24473730--24474044	9	36.1	9	68	11	95	35	1	15	47	1.54
24473837--24473904	33	2.1	33	85	0	91	32	1	11	54	1.46
24473766--24473931	85	1.9	88	83	3	221	37	0	15	46	1.50
24473967--24474032	33	2.0	33	90	0	105	31	1	13	53	1.49
24473758--24474053	130	2.3	130	95	0	538	36	1	15	47	1.53
24477403--24477437	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
24477791--24477881	36	2.5	36	94	1	155	36	45	0	18	1.50
24477870--24478007	7	18.7	7	69	14	55	47	33	1	18	1.57
24477862--24477957	15	6.4	14	74	15	50	42	37	2	17	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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