genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75259194--75259264	37	1.9	37	94	0	124	25	30	19	23	1.98
75259309--75259982	48	14.0	48	90	0	1060	30	27	6	35	1.82
75265322--75265448	40	3.2	40	83	4	157	33	23	14	29	1.94
75268328--75268365	18	2.1	19	90	5	60	39	0	10	50	1.37
75273719--75273788	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
75273719--75273800	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
75281487--75281556	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
75281487--75281568	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
75283279--75283379	50	2.0	50	100	0	202	39	7	11	40	1.71
75283602--75283713	35	3.2	35	82	2	118	18	11	32	37	1.87
75285391--75285446	21	2.7	21	74	0	58	12	37	32	17	1.88
75293382--75293553	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
75293374--75293549	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
75296298--75296337	21	1.9	21	89	0	62	45	10	7	37	1.66
75299053--75299275	40	5.6	40	85	7	301	26	26	22	24	2.00
75299053--75299275	82	2.8	80	87	6	301	26	26	22	24	2.00
75299053--75299275	122	1.8	119	88	4	340	26	26	22	24	2.00
75307178--75307278	40	2.5	40	93	1	168	25	25	23	24	2.00
75318459--75318636	40	4.5	40	81	12	208	26	27	21	24	1.99
75318461--75318628	77	2.1	79	83	7	209	26	27	21	25	1.99
75319970--75320046	39	2.0	39	100	0	154	38	15	28	16	1.90
75322500--75322529	14	2.1	15	93	6	53	53	6	13	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75328928--75328954	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
75343063--75343178	44	2.5	46	82	6	139	24	28	18	28	1.98
75343388--75343419	17	2.0	17	88	11	50	46	18	3	31	1.65
75358989--75359174	84	2.2	84	98	0	354	32	19	20	26	1.97
75369079--75369210	44	3.0	45	84	2	167	36	23	12	28	1.90
75380465--75380492	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
75380965--75381065	28	3.5	28	85	6	105	28	13	26	30	1.94
75388724--75388824	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
75388753--75388824	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
75397024--75397393	47	7.8	47	77	14	318	26	18	30	24	1.98
75398021--75398120	49	2.0	49	100	0	200	30	10	29	31	1.89
75398286--75398370	43	2.0	43	90	0	134	14	28	37	20	1.91
75398625--75398688	28	2.3	28	77	0	74	15	31	17	35	1.91
75406767--75407036	27	9.6	27	78	8	207	29	22	7	40	1.82
75406866--75406947	38	2.2	38	86	0	110	23	31	7	37	1.82
75406838--75406964	65	2.0	65	88	0	191	27	27	6	38	1.81
75406809--75406992	92	2.0	92	86	0	260	27	25	7	40	1.81
75406782--75407028	119	2.1	119	83	1	307	27	23	8	40	1.83
75406771--75407036	146	1.8	146	88	0	406	29	22	7	40	1.82
75407015--75407238	27	8.2	27	75	11	145	40	20	8	30	1.82
75406907--75407164	81	3.2	81	78	6	209	35	21	8	34	1.83
75407030--75407184	81	1.9	81	89	7	244	40	20	9	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75406988--75407240	27	9.3	27	75	9	129	38	20	8	32	1.83
75408702--75408907	40	5.2	39	81	5	193	25	26	22	25	2.00
75408702--75408906	78	2.6	80	80	7	213	25	26	22	25	2.00
75412637--75412738	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
75414925--75414972	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
75415016--75415099	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
75415020--75415094	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
75415146--75415338	25	8.0	24	88	6	252	27	20	23	27	1.99
75415146--75415310	49	3.4	49	89	5	257	26	20	24	28	1.99
75415530--75415591	30	2.1	31	84	6	83	38	14	22	24	1.91
75416837--75416894	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
75421344--75421412	28	2.5	28	95	0	120	28	30	15	24	1.96
75421400--75421493	40	2.3	40	83	0	116	34	30	14	20	1.93
75423947--75424030	30	2.8	30	92	0	141	27	27	10	34	1.90
75424990--75425039	25	2.0	25	100	0	100	40	40	0	20	1.52
75426139--75426198	28	2.1	28	100	0	120	21	13	18	46	1.83
75427200--75427240	21	2.0	20	85	4	55	56	0	2	41	1.13
75437281--75437505	40	5.7	39	85	4	263	25	28	23	23	1.99
75437281--75437462	79	2.3	80	88	0	258	25	28	22	23	1.99
75457161--75457239	31	2.4	33	85	8	99	64	2	3	29	1.24
75457235--75457287	15	3.5	15	74	5	61	39	1	3	54	1.29
75457234--75457296	31	2.0	31	100	0	126	42	3	3	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75457625--75457662	18	2.2	18	90	4	60	23	10	7	57	1.58
75463525--75463627	37	2.8	37	90	0	170	24	30	20	25	1.99
75463768--75464454	48	14.3	48	96	0	1221	31	28	5	34	1.81
75467818--75468136	40	8.0	40	94	0	539	27	31	21	19	1.98
75469409--75469547	37	3.8	37	96	1	253	24	32	20	23	1.98
75469409--75469547	73	1.9	73	96	0	260	24	32	20	23	1.98
75469653--75469989	48	7.1	48	96	1	606	29	28	6	35	1.82
75469653--75469990	142	2.4	143	96	1	624	29	28	6	35	1.82
75476993--75477174	40	4.6	40	91	2	296	26	26	23	23	2.00
75484887--75485148	40	6.6	40	91	1	402	27	27	21	23	1.99
75490772--75490802	3	10.3	3	92	0	53	38	0	0	61	0.96
75491729--75491776	13	3.5	13	81	10	60	4	29	0	66	1.10
75504914--75505120	53	3.8	53	77	5	200	38	16	24	20	1.93
75514334--75514647	27	11.6	27	86	0	385	39	19	8	32	1.83
75514334--75514648	54	5.8	54	90	1	443	39	19	8	32	1.83
75514334--75514708	81	4.6	81	81	4	328	38	19	9	32	1.83
75514334--75514702	27	13.7	27	80	5	275	38	20	9	32	1.84
75514740--75514937	27	7.3	27	90	0	270	37	19	18	25	1.94
75515272--75515355	27	3.0	27	79	8	78	23	22	19	34	1.96
75515474--75515561	6	14.3	6	72	17	65	19	17	14	48	1.81
75515474--75515552	31	2.5	31	89	0	113	18	17	13	49	1.80
75515474--75515561	19	4.8	18	71	18	65	19	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75520663--75520726	31	2.1	31	96	0	119	34	6	9	50	1.60
75525065--75525163	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75532736--75532834	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75539318--75539407	37	2.4	36	88	3	135	24	32	17	25	1.97
75539502--75539815	49	6.5	49	95	2	562	30	29	8	30	1.88
75539502--75539815	144	2.2	146	94	1	560	30	29	8	30	1.88
75547755--75547779	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
75554873--75554942	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
75559886--75560041	43	3.7	43	80	5	165	26	16	25	31	1.96
75563343--75563420	33	2.4	33	84	0	102	42	17	20	19	1.90
75565687--75565727	20	2.0	20	95	0	73	31	9	17	41	1.82
75567169--75567235	33	2.0	33	97	0	125	23	19	23	32	1.97
75572070--75572242	43	4.1	42	77	6	161	28	16	24	30	1.96
75572670--75572747	33	2.4	34	86	4	106	44	17	19	17	1.87
75578854--75578894	21	2.0	21	85	0	55	41	21	4	31	1.74
75579309--75579338	13	2.3	13	100	0	60	40	23	0	36	1.55
75579796--75579886	43	2.1	43	87	0	128	37	21	13	27	1.91
75582738--75582869	6	21.3	6	71	17	92	50	15	15	18	1.79
75582758--75582869	31	3.6	31	88	1	152	49	16	16	17	1.81
75583006--75583096	27	3.6	24	77	18	78	36	17	24	21	1.95
75583024--75583068	23	2.0	24	91	8	76	35	17	24	22	1.95
75583261--75583325	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75583724--75583946	27	8.3	26	80	7	207	24	19	19	36	1.95
75583725--75583946	54	4.1	54	86	1	284	24	19	18	36	1.95
75583725--75583946	81	2.7	81	81	2	259	24	19	18	36	1.95
75583930--75584276	27	12.9	27	77	8	122	32	8	20	39	1.82
75584038--75584297	54	4.8	54	87	2	362	31	8	20	40	1.83
75584039--75584297	27	9.6	27	82	2	315	30	8	20	40	1.83
75594149--75594222	27	2.7	27	81	4	78	35	24	18	21	1.96
75594178--75594238	26	2.3	27	83	8	72	36	19	21	22	1.95
75594472--75594527	22	2.5	22	85	0	67	14	25	26	33	1.94
75596520--75596549	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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