genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  266  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81723373--81723444	27	2.7	27	80	4	74	40	18	11	30	1.85
81723468--81723705	27	8.8	27	88	1	282	29	24	6	39	1.80
81724948--81724995	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
81725034--81725110	9	7.9	9	70	16	55	33	9	22	35	1.85
81725032--81725122	20	4.6	20	92	0	155	34	10	21	32	1.89
81725043--81725117	11	7.4	11	68	17	63	34	12	21	32	1.90
81725169--81725284	23	5.0	23	92	6	189	26	21	23	28	1.99
81725169--81725284	48	2.5	46	92	5	189	26	21	23	28	1.99
81725475--81725538	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
81728235--81728335	27	3.7	27	80	5	116	38	19	9	31	1.85
81728332--81728562	27	8.6	27	86	4	240	28	23	6	41	1.79
81728330--81728562	54	4.4	54	83	6	287	28	23	6	41	1.79
81728330--81728562	107	2.2	107	83	6	287	28	23	6	41	1.79
81728330--81728562	80	2.9	81	84	6	305	28	23	6	41	1.79
81728317--81728575	80	3.2	81	82	6	260	30	23	6	38	1.80
81729796--81729843	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
81729880--81729954	9	7.9	9	69	16	53	34	8	21	36	1.83
81729878--81729966	20	4.6	20	90	5	146	34	10	21	33	1.87
81729885--81729959	38	2.0	38	97	0	141	34	10	20	34	1.87
81730013--81730176	23	7.1	23	93	4	287	28	20	21	29	1.98
81730013--81730176	45	3.6	46	94	4	287	28	20	21	29	1.98
81730012--81730176	68	2.4	71	94	5	302	29	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81737634--81737689	28	2.0	28	96	0	103	33	32	8	25	1.87
81739325--81739357	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
81740759--81740863	29	3.6	28	84	5	122	26	29	16	27	1.97
81744193--81744258	29	2.3	28	87	7	89	45	12	7	34	1.70
81744287--81744405	34	3.5	34	83	0	148	46	19	2	31	1.63
81754763--81754982	45	5.0	45	86	3	279	25	26	20	26	1.99
81755771--81755912	47	3.0	47	92	1	241	44	14	13	27	1.83
81762192--81762365	45	4.0	44	85	6	221	26	28	22	22	1.99
81763163--81763304	47	3.0	47	90	1	223	44	13	13	28	1.81
81767763--81768361	27	22.1	27	84	5	654	28	21	9	41	1.84
81768374--81768700	27	12.0	27	73	7	230	32	20	20	26	1.97
81768366--81768561	54	3.6	54	84	2	259	36	19	18	25	1.94
81768458--81768737	140	2.0	139	96	0	515	28	21	21	28	1.99
81768899--81768981	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
81769483--81769669	6	30.8	6	75	16	163	20	16	13	49	1.80
81769483--81769669	85	2.2	85	95	0	329	20	16	13	49	1.80
81769483--81769669	30	6.4	30	83	11	235	20	16	13	49	1.80
81772512--81772650	28	4.9	29	81	12	146	25	33	14	27	1.94
81772514--81772650	57	2.4	57	82	12	167	24	33	14	27	1.94
81774112--81774181	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
81774190--81774296	42	2.5	42	96	0	196	23	33	13	29	1.92
81778804--81779020	46	4.7	46	77	10	147	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81778896--81779020	48	2.7	46	81	8	153	23	28	20	28	1.98
81778855--81779020	46	3.6	47	80	11	155	22	28	19	28	1.98
81780977--81781021	23	1.9	24	86	4	65	66	11	13	8	1.44
81780976--81781026	23	2.2	23	79	6	59	70	9	11	7	1.33
81781759--81781818	28	2.1	29	84	9	79	41	3	0	55	1.16
81782021--81782115	3	31.7	3	97	0	181	32	0	1	66	0.99
81798521--81798693	45	3.9	44	79	4	177	30	17	23	28	1.97
81799426--81799478	24	2.2	24	83	9	72	73	9	9	7	1.25
81800444--81800675	3	77.3	3	87	3	306	31	3	2	62	1.25
81800765--81800806	11	3.5	12	79	20	52	21	7	0	71	1.09
81803298--81803397	40	2.5	40	86	0	137	34	28	20	18	1.95
81806555--81806602	17	2.8	17	75	12	53	37	0	14	47	1.44
81806619--81806685	35	1.9	35	93	0	116	34	5	11	47	1.65
81807434--81807495	31	2.0	31	100	0	124	19	12	12	54	1.70
81810971--81811098	39	3.3	39	82	5	152	22	24	28	25	2.00
81812592--81812669	39	2.0	39	100	0	156	20	23	17	38	1.93
81819034--81819163	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
81821572--81821635	29	2.3	27	91	5	101	29	15	29	25	1.96
81829402--81829479	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
81831151--81831240	27	3.2	27	84	7	110	32	24	24	18	1.97
81831657--81831688	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
81833380--81833420	18	2.4	17	84	8	55	53	2	0	43	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81834706--81834739	16	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
81835346--81835393	20	2.4	20	79	6	53	56	8	4	31	1.48
81843056--81843094	16	2.4	16	95	0	69	53	0	12	33	1.39
81881233--81881335	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
81883932--81884021	33	2.7	33	96	0	162	33	26	17	22	1.96
81894548--81894600	26	2.0	26	100	0	106	39	18	7	33	1.79
81898384--81898593	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
81906518--81906727	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
81926180--81926280	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
81929642--81929763	41	2.9	42	79	9	142	27	25	16	30	1.97
81929642--81929763	42	2.9	42	81	4	149	27	25	16	30	1.97
81932570--81932599	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
81933213--81933345	44	3.0	45	81	5	135	30	29	15	24	1.96
81933563--81933751	38	4.9	38	90	1	297	32	25	20	20	1.97
81933543--81933751	77	2.7	76	85	5	287	31	26	21	21	1.98
81933699--81933809	58	1.9	58	94	0	195	29	23	23	23	1.99
81936885--81936985	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
81944794--81944894	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
81950438--81950570	44	3.0	45	81	5	135	30	29	15	24	1.96
81950788--81950942	38	4.1	38	90	0	256	33	25	21	20	1.97
81950768--81950942	76	2.3	76	88	1	260	32	25	21	20	1.98
81953651--81953834	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81953691--81953879	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
81973269--81973431	42	3.9	42	91	3	240	25	21	31	21	1.98
81973269--81973431	85	1.9	84	87	6	240	25	21	31	21	1.98
81973994--81974026	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
81976585--81976794	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
81984705--81984914	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
81998866--81999013	40	3.7	40	90	5	212	22	26	29	21	1.99
81998822--81999045	40	5.6	39	81	6	175	25	24	27	22	2.00
81998823--81999054	80	2.9	77	77	9	209	24	24	28	22	2.00
81998906--81999085	80	2.2	80	81	1	191	21	26	29	22	1.99
82006922--82006979	30	1.9	30	89	0	89	32	10	25	31	1.89
82007705--82007829	61	2.0	61	96	0	232	39	8	16	36	1.78
82009313--82009519	53	3.8	53	73	3	171	37	17	22	21	1.94
82017337--82017507	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
82017329--82017504	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
82019883--82019966	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
82019879--82019957	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
82019890--82019966	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
82022918--82023088	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
82022910--82023085	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
82033099--82033269	93	1.8	93	91	2	281	29	27	20	22	1.98
82033094--82033266	46	3.7	46	79	11	192	30	26	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82035811--82036127	48	6.6	48	90	0	456	25	17	28	28	1.98
82038188--82038262	32	2.3	32	95	0	132	25	28	26	20	1.99
82040262--82040321	24	2.5	24	89	5	86	35	28	15	21	1.93
82040346--82040395	24	2.1	24	84	0	64	32	32	10	26	1.89
82043492--82043701	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
82051620--82051844	40	5.6	41	80	5	212	25	24	27	23	2.00
82051620--82051880	80	3.3	80	81	4	251	25	24	26	23	2.00
82051624--82051880	120	2.2	120	81	6	299	25	24	26	23	2.00
82055112--82055221	40	2.8	40	80	5	123	20	21	29	28	1.98
82056884--82056947	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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