genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  271  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83329477--83329546	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
83329477--83329558	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
83331857--83331916	27	2.3	26	85	2	75	36	18	21	23	1.95
83332635--83332954	81	4.0	81	88	2	455	25	22	17	35	1.95
83332631--83332954	27	12.0	27	86	2	400	25	21	17	35	1.95
83332946--83333138	27	7.2	27	71	8	115	32	7	22	37	1.83
83332945--83333103	54	3.0	53	75	8	135	33	7	20	38	1.81
83341213--83341312	28	3.5	28	86	5	121	29	14	27	30	1.95
83349013--83349113	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
83349042--83349113	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
83352088--83352265	39	4.5	40	84	11	199	25	26	22	25	2.00
83352128--83352265	39	3.4	40	88	8	208	26	26	23	24	2.00
83354075--83354257	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
83362162--83362307	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
83362194--83362345	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
83368235--83368303	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
83370089--83370132	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
83372504--83372572	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
83374368--83374411	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
83379933--83380136	27	7.6	27	83	7	204	30	11	20	38	1.87
83383585--83383652	34	2.0	34	100	0	136	32	20	20	26	1.97
83383843--83383967	46	2.7	46	82	6	146	24	28	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83389940--83390020	27	3.0	26	80	7	99	24	18	19	37	1.94
83390012--83390214	27	7.6	27	84	1	104	30	9	21	38	1.85
83389983--83390215	54	4.3	53	78	4	218	30	9	21	39	1.85
83389989--83390215	81	2.8	80	82	4	226	30	10	19	39	1.85
83391787--83391957	87	2.0	87	92	0	288	23	11	28	36	1.89
83392851--83392930	27	2.9	27	81	5	90	38	17	10	33	1.83
83392860--83392958	27	3.7	27	78	5	103	40	19	10	30	1.84
83392955--83393246	27	10.8	27	87	2	365	28	24	8	39	1.84
83393198--83393395	27	7.3	27	82	3	157	37	20	9	32	1.84
83393160--83393364	54	3.8	54	81	2	142	35	20	8	35	1.84
83393198--83393395	81	2.4	80	76	8	193	37	20	9	32	1.84
83393239--83393392	54	2.8	54	83	9	181	40	20	8	29	1.82
83393403--83393454	27	1.9	27	84	7	70	38	11	13	36	1.81
83393508--83393572	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
83394731--83394778	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
83394817--83394873	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
83394815--83394885	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
83394826--83394880	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
83394932--83395097	23	7.1	23	88	2	251	28	22	21	27	1.99
83394932--83395099	47	3.6	47	91	0	266	28	22	22	27	1.99
83394930--83395097	70	2.4	71	89	2	259	28	22	21	27	1.99
83395239--83395330	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83396438--83396467	12	2.4	13	88	11	53	50	10	6	33	1.62
83401979--83402126	47	3.2	47	88	0	199	31	25	16	27	1.96
83414924--83415027	51	2.0	51	92	3	174	34	12	18	34	1.88
83430634--83430658	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
83431649--83431713	32	2.0	32	100	0	130	44	27	0	27	1.55
83432429--83432594	42	3.9	44	72	7	112	32	24	16	26	1.96
83441739--83441887	61	2.4	61	80	2	165	27	24	16	32	1.96
83442652--83442707	28	2.0	28	96	0	103	37	14	8	39	1.77
83442655--83442715	28	2.3	26	86	11	79	39	11	8	40	1.71
83443668--83443721	27	2.0	27	85	7	74	38	7	9	44	1.65
83445569--83445608	20	2.0	20	90	0	62	45	0	5	50	1.23
83447069--83447132	27	2.4	26	79	5	74	31	32	18	17	1.94
83447080--83447131	27	1.9	27	88	0	77	34	30	17	17	1.93
83448296--83448364	34	2.0	34	94	0	120	40	10	10	39	1.73
83452316--83452537	45	5.0	45	80	4	213	33	24	17	24	1.96
83454126--83454319	49	3.9	49	81	6	221	27	27	19	25	1.98
83454137--83454323	50	3.7	50	83	9	220	28	28	18	25	1.98
83454137--83454323	101	1.9	99	87	4	277	28	28	18	25	1.98
83458899--83459101	50	4.0	50	80	4	212	28	27	18	25	1.98
83466780--83466804	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
83471245--83471392	43	3.5	42	74	7	104	28	20	22	28	1.99
83478685--83478735	25	2.0	25	96	0	93	33	3	13	49	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83480400--83480547	43	3.5	43	76	10	142	28	18	25	27	1.98
83484965--83485019	27	2.0	27	100	0	110	29	20	29	21	1.98
83486898--83486927	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
83491417--83491643	27	8.5	26	80	10	244	39	18	10	32	1.84
83491415--83491643	54	4.3	53	85	7	286	39	17	10	32	1.84
83491417--83491651	81	2.9	80	87	4	323	40	17	9	31	1.83
83492045--83492103	22	2.7	22	81	0	64	22	23	22	32	1.98
83492482--83492546	32	2.0	33	85	5	89	15	15	26	43	1.86
83494342--83494380	19	2.2	18	90	9	62	20	23	10	46	1.81
83496883--83496946	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
83497138--83497279	24	6.0	24	86	5	182	27	22	21	28	1.99
83497138--83497278	46	3.0	47	85	9	171	27	22	21	28	1.99
83497329--83497389	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
83497432--83497479	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
83511027--83511065	19	2.1	19	100	0	78	23	15	15	46	1.83
83516291--83516326	11	3.3	11	84	0	54	5	16	0	77	0.94
83518178--83518222	20	2.3	20	85	11	58	66	0	6	26	1.16
83519144--83519176	6	5.5	6	100	0	66	33	15	36	15	1.88
83541497--83541640	40	3.5	40	84	7	184	25	27	22	24	2.00
83553561--83553624	24	2.7	24	87	0	92	21	12	35	29	1.91
83570203--83570234	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
83570444--83570825	50	7.6	50	80	4	374	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83570444--83570825	101	3.8	99	80	4	426	30	26	17	25	1.97
83570565--83570645	24	3.3	24	66	24	69	30	32	13	23	1.93
83570448--83570821	151	2.5	151	81	2	421	31	26	16	25	1.97
83570447--83570823	201	1.9	201	87	0	556	31	26	16	25	1.97
83571409--83571561	75	2.0	75	96	0	279	36	20	7	34	1.82
83573860--83573919	15	4.1	14	80	8	66	53	13	20	13	1.72
83573861--83573919	30	2.0	30	83	6	75	52	13	20	13	1.74
83577335--83577366	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
83577577--83577913	50	6.7	50	78	4	302	31	27	15	25	1.96
83588811--83588895	44	1.9	44	85	0	116	28	30	20	21	1.98
83592087--83592249	39	4.2	39	90	0	254	22	19	33	24	1.97
83592104--83592285	39	4.6	40	87	0	154	21	21	32	23	1.98
83600016--83600178	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
83600016--83600209	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
83603764--83603895	24	5.5	24	81	7	142	21	13	31	33	1.92
83603764--83603876	48	2.3	49	90	3	176	22	13	30	33	1.92
83610165--83610197	16	2.1	16	94	0	57	54	0	6	39	1.25
83612762--83612948	39	4.8	39	95	0	311	24	20	31	24	1.98
83614779--83614870	24	3.8	24	77	5	105	23	14	31	30	1.94
83617600--83617648	20	2.3	22	79	10	57	22	18	8	51	1.72
83628962--83629045	42	2.0	42	92	0	141	15	20	26	38	1.92
83632024--83632191	40	4.2	40	83	5	198	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83632024--83632191	80	2.1	80	86	4	232	26	28	21	23	1.99
83646278--83646406	48	2.7	47	79	5	143	31	27	17	22	1.97
83648193--83648440	40	6.2	40	85	3	304	26	27	21	24	1.99
83648193--83648401	80	2.6	80	95	1	366	26	27	22	23	2.00
83648193--83648440	80	3.1	80	89	1	363	26	27	21	24	1.99
83656279--83656525	40	6.2	40	88	2	338	25	27	22	23	1.99
83656279--83656525	80	3.1	80	92	2	399	25	27	22	23	1.99
83656279--83656525	119	2.1	120	87	3	356	25	27	22	23	1.99
83658088--83658294	40	5.2	39	83	3	218	25	26	23	25	2.00
83658088--83658293	80	2.6	81	84	6	251	24	26	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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