Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  389  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119444622--119444688
10
6.5
10
71
19
57
34
0
1
64
1.03
119447168--119447200
2
16.5
2
93
0
57
45
0
3
51
1.16
119455208--119455256
25
1.9
26
84
12
66
57
4
2
36
1.30
119455285--119455327
19
2.3
18
80
11
50
60
0
0
39
0.97
119455893--119455925
11
2.9
12
86
13
52
33
0
0
66
0.92
119456049--119456111
30
2.1
31
88
8
94
60
7
3
28
1.40
119456148--119456188
11
3.7
11
83
0
55
53
9
14
21
1.70
119456580--119456622
21
2.0
22
86
4
61
48
0
2
48
1.14
119456788--119456840
26
2.0
26
82
7
63
52
3
1
41
1.30
119457253--119457285
17
1.9
17
88
11
50
66
3
24
6
1.28
119468637--119468687
26
2.0
26
96
0
93
17
23
21
37
1.94
119471447--119471554
26
4.2
26
91
0
180
32
6
24
37
1.81
119474663--119474732
26
2.8
26
85
10
85
18
22
22
35
1.95
119475524--119475600
25
3.2
25
82
8
81
40
18
19
22
1.92
119479633--119479668
14
2.6
14
95
0
63
0
25
0
75
0.81
119481642--119481678
14
2.6
14
91
0
56
32
5
29
32
1.80
119482671--119482696
13
2.0
13
100
0
52
0
0
7
92
0.39
119483228--119483266
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
119483660--119483693
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
119487676--119487741
33
1.9
35
81
6
82
39
3
3
54
1.31
119487990--119488024
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
119488501--119488544
23
1.9
23
86
9
63
54
0
15
29
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119495255--119495355
51
2.0
52
94
2
177
35
25
5
32
1.80
119495255--119495355
26
3.9
26
94
2
177
35
25
5
32
1.80
119499508--119499560
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
119501042--119501151
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
119501578--119501678
39
2.6
39
88
1
141
37
22
25
13
1.92
119501594--119501659
20
3.3
20
70
20
57
40
19
25
13
1.89
119504308--119504409
26
3.9
26
97
0
177
36
25
5
32
1.80
119504749--119504802
18
2.8
20
75
13
58
37
24
24
14
1.93
119504852--119504893
20
2.1
20
100
0
84
47
19
19
14
1.82
119505886--119505924
20
2.0
20
100
0
78
30
20
15
33
1.94
119508285--119508541
141
1.8
141
89
0
406
21
28
24
26
1.99
119514393--119514487
36
2.7
34
76
12
86
61
8
6
24
1.48
119517947--119517973
1
27.0
1
100
0
54
0
0
0
100
0.00
119521447--119521472
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
119533191--119533241
25
2.0
25
100
0
102
19
3
31
45
1.69
119533502--119533562
25
2.3
28
77
11
74
50
1
3
44
1.28
119537260--119537324
26
2.4
27
82
12
73
49
4
3
43
1.39
119542081--119542116
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
119542443--119542483
21
2.0
21
90
4
66
14
2
12
70
1.26
119545671--119545704
18
1.9
18
88
5
52
29
0
5
64
1.17
119547675--119547715
18
2.2
19
91
4
66
4
9
7
78
1.10
119548493--119548875
26
14.6
25
72
14
238
30
6
2
60
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119548496--119548695
50
3.9
50
84
7
215
31
6
2
61
1.32
119548617--119548673
16
3.7
16
72
15
57
33
1
0
64
1.04
119548575--119548731
80
2.0
79
81
9
185
33
5
0
59
1.25
119548762--119548874
53
2.2
51
84
6
138
26
7
3
62
1.37
119556293--119556334
22
1.9
22
100
0
84
35
4
0
59
1.19
119558801--119558840
2
20.0
2
94
0
71
47
0
0
52
1.00
119559503--119559534
2
16.5
2
93
6
57
53
0
0
46
1.00
119560895--119560934
20
2.0
21
90
5
64
40
2
0
57
1.12
119566446--119566486
3
13.7
3
100
0
82
0
31
0
68
0.90
119568581--119568624
19
2.2
20
84
8
54
50
0
29
20
1.49
119568548--119568639
47
1.9
49
85
12
129
46
0
31
21
1.52
119568579--119568626
20
2.3
21
75
13
55
50
0
31
18
1.48
119571397--119571578
46
4.0
46
89
1
258
41
14
21
21
1.89
119574115--119574310
70
2.8
70
84
2
225
31
26
13
29
1.94
119574185--119574310
35
3.6
35
94
0
216
30
27
13
27
1.94
119574999--119575027
8
3.6
8
100
0
58
37
0
0
62
0.96
119575050--119575095
5
9.4
5
95
4
85
41
0
0
58
0.98
119576366--119576422
15
3.9
15
88
2
89
35
0
12
52
1.39
119576792--119576879
21
4.1
21
85
5
104
17
22
25
35
1.95
119576805--119576879
21
3.5
21
90
3
105
14
22
26
36
1.93
119582072--119582171
47
2.1
47
84
0
128
34
25
16
25
1.95
119582124--119582336
53
4.0
53
87
2
295
30
27
16
25
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119582124--119582336
107
2.0
104
86
4
293
30
27
16
25
1.97
119584020--119584073
20
2.6
21
82
11
67
35
0
7
57
1.27
119586167--119586347
46
3.9
46
89
1
238
41
13
23
20
1.89
119588785--119588946
83
2.0
83
97
0
306
28
20
11
39
1.88
119590234--119590272
19
2.1
19
95
0
69
48
15
2
33
1.58
119591084--119591179
48
2.0
48
91
0
156
35
15
14
34
1.88
119594824--119594901
29
2.7
29
83
0
102
26
17
33
21
1.96
119600698--119601210
151
3.4
149
90
3
804
29
6
6
57
1.49
119601248--119601321
16
4.6
16
75
9
78
20
5
2
71
1.18
119601248--119601331
16
5.1
16
76
4
69
21
5
2
70
1.20
119601670--119601724
3
19.0
3
75
20
55
0
29
0
70
0.87
119601672--119601723
21
2.5
20
90
6
77
0
28
0
71
0.87
119601673--119601723
25
2.0
25
85
7
68
0
27
0
72
0.85
119601960--119602010
22
2.3
23
75
18
54
27
9
9
52
1.65
119604567--119604764
3
66.7
3
74
4
150
28
7
3
61
1.38
119604846--119604921
26
2.9
26
72
16
66
22
9
1
67
1.27
119613974--119614105
71
1.9
71
83
0
174
30
11
8
50
1.68
119614097--119614142
18
2.6
18
82
6
58
26
2
2
69
1.11
119614301--119614355
21
2.5
22
91
5
94
36
18
7
38
1.78
119621711--119621749
20
2.0
20
100
0
78
61
17
5
15
1.51
119624416--119624449
16
2.1
16
100
0
68
23
17
5
52
1.66
119625659--119625689
15
2.1
15
93
0
53
67
0
32
0
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119625945--119626040
27
3.6
27
84
2
86
17
20
33
28
1.96
119626330--119626367
19
2.0
20
89
5
60
39
0
5
55
1.23
119629274--119629439
62
2.7
62
91
0
260
36
5
8
50
1.56
119630669--119630695
14
1.9
14
100
0
54
37
3
22
37
1.72
119630670--119630703
14
2.4
14
90
0
50
44
2
17
35
1.64
119636740--119637152
3
136.3
3
68
14
152
29
7
3
58
1.44
119636861--119636919
23
2.6
23
78
10
66
32
11
0
55
1.36
119637960--119638394
130
3.3
132
76
7
356
34
19
17
27
1.95
119639301--119639342
21
1.9
21
90
9
66
64
14
4
16
1.45
119642329--119642407
25
2.9
26
72
25
74
2
31
0
65
1.06
119642793--119642844
27
1.9
27
92
0
86
17
50
15
17
1.79
119643488--119643650
80
2.0
80
97
2
310
31
23
9
35
1.87
119645341--119645385
2
23.0
2
95
4
83
51
0
0
48
1.00
119647838--119648337
251
2.0
251
95
0
892
19
21
33
25
1.97
119661727--119661827
38
2.7
37
74
18
95
39
1
1
56
1.22
119661797--119661841
20
2.2
20
88
0
63
46
0
2
51
1.13
119661778--119661846
23
2.8
26
78
10
65
42
1
1
55
1.18
119662101--119662138
13
2.8
14
84
4
51
76
0
7
15
1.01
119662906--119662984
40
2.0
40
82
0
95
35
8
16
39
1.80
119663195--119663219
12
2.1
12
100
0
50
16
24
20
40
1.91
119663197--119663302
45
2.4
45
85
7
137
20
16
19
42
1.89
119664055--119664088
15
2.4
14
95
5
59
85
0
0
14
0.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119664353--119664607
55
4.8
53
79
8
236
36
16
24
22
1.94
119664360--119664560
108
1.8
109
87
4
298
34
17
24
23
1.96
119664794--119664824
16
1.9
16
93
0
53
41
0
22
35
1.54
119674789--119674826
12
3.2
12
85
3
51
28
0
2
68
1.03
119677908--119677996
2
44.5
2
100
0
178
49
50
0
0
1.00
119678846--119678870
12
2.1
12
100
0
50
60
8
0
32
1.26
119679200--119679240
18
2.2
20
86
8
59
29
4
0
65
1.13
119683993--119684020
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
119695988--119696025
14
2.6
14
87
4
58
42
0
10
47
1.38
119700962--119701004
17
2.6
16
77
3
50
25
0
4
69
1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425