Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5746378--5746406
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6
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2.0
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26
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5746861--5746975
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2.0
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10
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0
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34
80
10
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1
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1.24
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20
2.6
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80
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1
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51
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2.0
15
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0
0
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52
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2
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2.0
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0
2
74
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3.2
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13
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20
2
2
73
1.08
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0
2
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0
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2.4
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5762988--5763049
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3.0
21
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9
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58
1
1
38
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5762988--5763153
22
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20
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1
1
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1.15
5763072--5763165
12
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11
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20
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0
1
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1.06
5763110--5763172
20
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19
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0
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1.09
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5.0
33
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1
1
40
1.14
5763097--5763165
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4.8
14
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26
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56
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1
42
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5762972--5763214
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10.8
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1.20
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23
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23
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42
1.17
5763231--5763264
9
3.8
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0
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2.5
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2.0
20
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2.4
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35
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2.0
13
100
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1.49
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2.5
14
100
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20
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1.60
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6.9
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15
278
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17
30
1.94
5770578--5770612
14
2.5
14
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0
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1.52
5770505--5770685
87
2.1
87
89
0
272
38
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1.90
5770200--5770811
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2.6
235
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33
20
17
29
1.95
5770592--5770811
73
3.0
73
90
4
343
33
21
17
27
1.96
5770592--5770811
75
3.0
75
89
4
340
33
21
17
27
1.96
5779372--5779436
32
2.0
32
96
0
121
32
6
23
38
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
20
85
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2
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1.41
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2
16.5
2
93
0
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3
0
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1.17
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2.4
25
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8
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1
3
35
1.23
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0
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48
0
0
52
1.00
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17
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2
1.48
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2
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0
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0
0
50
1.00
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13
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1.56
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206
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1533
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19
22
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1.98
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2.2
45
83
7
133
31
14
28
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1.94
5807450--5807490
15
2.5
17
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7
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4
2
1.37
5807578--5807656
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24
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8
1.32
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1.35
5807551--5807639
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4.1
22
94
2
146
37
52
0
10
1.35
5808080--5808121
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4
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2
2
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1.13
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2.3
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13
0
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2.2
17
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0
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137
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471
17
27
13
41
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5814400--5814435
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0
54
25
22
5
47
1.73
5821103--5821277
71
2.5
70
85
1
235
28
14
22
34
1.93
5821277--5821442
72
2.3
71
87
4
235
22
15
20
41
1.89
5821375--5821721
140
2.5
140
94
0
604
24
15
21
37
1.93
5821600--5821825
122
1.8
123
86
2
330
26
15
22
35
1.94
5821573--5821838
122
2.1
123
81
4
320
25
15
20
37
1.93
5821857--5822003
74
2.0
75
87
2
215
28
19
23
28
1.98
5821989--5822015
14
1.9
14
100
0
54
14
14
7
62
1.51
5821990--5822023
14
2.4
14
90
0
50
17
20
5
55
1.62
5821769--5822634
167
5.3
168
75
13
583
30
17
19
32
1.95
5822184--5822389
82
2.4
83
83
10
233
31
16
18
34
1.93
5822349--5822500
72
2.1
72
95
2
270
31
16
17
34
1.93
5822022--5822586
162
3.5
154
77
10
451
31
16
18
33
1.93
5822425--5822647
81
2.7
81
83
6
265
33
15
18
31
1.93
5823404--5823428
10
2.5
10
100
0
50
92
0
8
0
0.40
5823388--5823454
34
1.9
35
87
6
100
77
13
2
5
1.07
5823649--5823687
17
2.3
17
86
8
53
17
10
0
71
1.12
5826583--5826655
28
2.6
28
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6
76
30
10
5
53
1.58
5827603--5827660
24
2.3
26
85
5
75
62
1
8
27
1.35
5828531--5828581
18
2.8
18
79
11
50
43
19
15
21
1.88
5828835--5828876
19
2.2
20
91
4
68
69
2
0
28
1.01
5828846--5828883
19
2.0
19
89
0
58
73
5
0
21
1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5828901--5828986
9
9.6
9
84
0
109
24
10
19
45
1.82
5834837--5834906
6
10.3
6
74
19
50
35
2
1
60
1.21
5834858--5834906
21
2.3
20
83
10
62
36
2
0
61
1.08
5834878--5834906
14
2.0
15
93
6
51
44
0
0
55
0.99
5846767--5847187
136
3.1
136
97
0
781
31
25
18
24
1.98
5848969--5849076
26
4.2
26
94
2
184
37
25
4
33
1.76
5852857--5853278
136
3.1
136
97
0
781
31
25
18
24
1.97
5855062--5855171
26
4.2
26
92
0
193
37
24
4
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1.76
5855841--5855885
22
2.0
24
82
8
58
31
4
2
62
1.27
5855848--5855909
16
3.9
15
72
16
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32
1
3
62
1.20
5855848--5855911
24
2.8
21
80
17
65
31
1
3
64
1.19
5855935--5855969
12
2.9
12
91
8
54
37
0
0
62
0.95
5856409--5856507
52
1.9
52
83
4
128
29
13
3
54
1.53
5856664--5856698
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
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1.00
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3.7
11
100
0
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0
7
56
1.27
5861793--5861868
38
2.0
38
100
0
152
39
21
18
21
1.93
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14
3.8
13
85
9
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47
5
9
37
1.60
5868209--5868248
15
2.7
15
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3
64
47
5
7
40
1.54
5868208--5868261
14
3.8
13
81
11
54
46
3
11
38
1.57
5868411--5868445
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
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22
4.0
22
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13
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44
22
5
27
1.75
5869774--5869847
32
2.5
32
85
10
95
50
17
4
28
1.64
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5871340--5871364
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
5879779--5880064
136
2.1
137
96
0
520
32
25
18
24
1.97
5880312--5880365
26
2.1
27
82
6
67
24
14
24
37
1.93
5881844--5881927
26
3.2
26
91
0
132
36
22
5
34
1.79
5882965--5883002
19
2.0
19
89
0
58
31
13
23
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1.93
5883889--5883920
2
16.0
2
100
0
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0
0
50
1.00
5883918--5883957
19
2.0
20
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2
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1.04
5884204--5884247
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16
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3
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6
9
0
84
0.79
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2.1
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0
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1.80
5886591--5886617
7
3.9
7
100
0
54
14
0
44
40
1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425