genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26307098--26307253	81	1.9	81	86	2	224	30	7	19	43	1.77
26307252--26307392	27	5.2	27	86	3	176	39	8	23	29	1.84
26309182--26309310	43	3.0	42	81	8	136	22	17	29	31	1.96
26309196--26309341	43	3.4	40	75	11	114	25	18	28	28	1.98
26310572--26310601	15	1.9	16	93	6	53	16	0	23	60	1.36
26311977--26312002	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26317684--26317731	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
26319952--26320122	43	4.0	43	74	10	161	24	17	26	30	1.97
26321092--26321136	22	2.0	22	95	0	81	15	13	20	51	1.76
26322539--26322680	53	2.6	53	76	6	133	37	18	23	20	1.94
26330964--26331170	53	3.8	53	77	5	209	37	16	24	21	1.93
26339590--26339749	42	3.8	42	78	8	164	26	24	15	33	1.95
26341379--26341550	46	3.7	46	72	10	161	30	25	20	23	1.98
26341972--26342031	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
26347839--26347893	3	18.7	3	96	3	103	30	0	0	69	0.89
26349214--26349481	49	5.6	48	75	8	192	26	20	27	25	1.99
26349206--26349383	93	1.9	92	85	7	245	25	19	29	25	1.99
26352287--26352422	68	2.0	67	97	1	254	25	19	13	41	1.89
26353843--26353922	39	2.1	39	95	0	142	33	16	12	37	1.86
26370442--26370481	4	10.0	4	100	0	80	50	25	0	25	1.50
26374914--26374975	31	2.0	31	100	0	124	32	19	3	45	1.66
26379063--26379104	22	1.9	22	90	0	66	33	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26379068--26379106	14	2.8	14	80	0	51	33	0	2	64	1.08
26379202--26379236	6	5.8	6	100	0	70	82	0	0	17	0.66
26379232--26379394	86	1.9	85	89	1	254	31	15	10	42	1.80
26383010--26383047	20	1.9	20	100	0	76	42	5	5	47	1.48
26383477--26383527	22	2.3	22	83	6	59	31	0	0	68	0.90
26383474--26383527	20	2.7	20	77	8	56	31	0	0	68	0.90
26387467--26387685	48	4.6	46	75	9	181	29	19	27	23	1.98
26392776--26392802	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
26394803--26395028	46	4.8	48	77	7	230	29	16	30	24	1.96
26394854--26395028	94	1.9	94	88	0	269	28	16	30	24	1.96
26395054--26395175	49	2.5	49	83	4	147	30	20	25	23	1.99
26397081--26397197	61	1.9	61	92	0	198	12	22	13	51	1.75
26399628--26399714	43	2.0	43	97	0	165	20	24	5	49	1.70
26406153--26406256	41	2.5	42	82	4	113	19	34	24	22	1.96
26412453--26412535	35	2.3	35	97	2	157	34	21	13	30	1.92
26413027--26413244	40	5.5	40	89	2	289	24	28	23	22	2.00
26418422--26418459	20	1.9	20	88	0	58	50	2	13	34	1.55
26426844--26426883	19	2.1	19	90	4	62	75	5	2	17	1.10
26428891--26429020	55	2.4	55	81	0	152	15	26	31	26	1.96
26433734--26433891	43	3.7	42	76	5	131	32	24	17	25	1.96
26434266--26434299	8	4.2	8	100	0	68	23	23	0	52	1.47
26442528--26442595	34	2.0	34	100	0	136	44	2	14	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26444486--26444529	17	2.5	19	85	10	58	20	4	2	72	1.13
26444546--26444588	21	2.0	22	81	4	52	18	11	6	62	1.50
26447828--26447902	29	2.6	30	87	8	102	25	26	17	30	1.97
26447916--26447975	15	4.0	15	97	0	111	20	40	18	21	1.92
26455254--26455306	21	2.5	21	96	0	97	16	37	24	20	1.93
26456867--26456900	17	1.9	18	88	5	52	20	0	8	70	1.13
26457339--26457376	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
26458891--26458921	14	2.1	15	94	5	55	41	3	0	54	1.16
26463540--26463736	40	4.9	40	87	4	265	21	20	26	31	1.98
26472172--26472206	17	2.1	17	89	10	54	22	34	0	42	1.54
26477430--26477613	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
26477470--26477658	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
26485549--26485732	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
26485589--26485777	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
26488069--26488118	26	1.9	26	100	0	100	42	18	20	20	1.90
26490887--26490926	20	2.0	20	95	0	71	17	5	37	40	1.72
26493246--26493293	25	2.0	24	91	4	78	33	0	2	64	1.05
26493325--26493394	12	6.0	12	77	11	65	27	0	2	70	1.02
26493325--26493394	33	2.1	34	84	12	101	27	0	2	70	1.02
26493342--26493403	19	3.5	19	66	20	53	30	0	4	64	1.14
26493419--26493459	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
26493771--26493812	18	2.3	18	80	8	50	26	2	2	69	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26493876--26494009	67	2.0	64	85	4	160	29	5	11	53	1.59
26502981--26503152	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.99
26502974--26503149	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	20	1.98
26503023--26503161	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
26510542--26510713	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
26510535--26510710	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
26515811--26516402	90	6.6	89	90	0	871	31	14	27	26	1.95
26515778--26516402	45	14.0	45	67	13	324	31	15	27	26	1.95
26517001--26517037	20	2.0	19	85	15	51	59	10	13	16	1.61
26517970--26518018	25	2.0	25	91	0	80	32	0	2	65	1.04
26518050--26518100	8	6.2	8	77	4	57	23	0	1	74	0.92
26518050--26518126	13	5.9	13	76	14	70	25	0	2	71	0.99
26518058--26518124	25	2.7	25	84	6	75	25	0	2	71	1.00
26518050--26518126	32	2.4	33	88	2	111	25	0	2	71	0.99
26518151--26518191	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
26518506--26518540	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
26520332--26520375	13	3.5	13	81	3	54	47	11	9	31	1.71
26522210--26522249	21	1.9	21	100	0	80	40	10	2	47	1.50
26538798--26538842	15	3.0	15	96	0	81	22	17	40	20	1.92
26538856--26538930	29	2.6	29	87	8	100	30	17	26	25	1.97
26548408--26548606	51	3.9	51	89	0	299	29	24	14	32	1.94
26548630--26548752	52	2.4	52	90	2	185	24	22	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26548630--26548752	24	4.7	27	78	15	141	24	22	16	36	1.94
26552309--26552342	6	5.7	6	92	0	59	17	26	0	55	1.42
26552309--26552343	18	1.9	18	100	0	70	17	25	0	57	1.40
26558537--26558703	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
26558553--26558703	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
26559529--26559574	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
26566526--26566692	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
26566542--26566692	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
26567517--26567562	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
26569019--26569057	21	1.9	20	89	5	60	48	20	0	30	1.50
26578730--26578823	38	2.4	38	94	1	161	22	23	17	37	1.94
26579015--26579109	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
26579015--26579108	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
26579160--26579219	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
26587003--26587096	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
26587288--26587382	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
26587288--26587381	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
26587433--26587492	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
26587535--26587582	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
26591822--26592041	40	5.6	40	92	2	340	26	23	27	21	1.99
26599934--26600161	79	2.9	79	90	3	361	25	23	27	23	2.00
26599916--26600173	40	6.6	40	91	4	375	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26605789--26606012	40	5.7	38	85	6	225	26	26	21	25	1.99
26605789--26606012	79	2.8	79	82	9	235	26	26	21	25	1.99
26615817--26615917	28	3.5	28	85	6	105	28	27	14	28	1.96
26619223--26619405	40	4.6	39	74	9	147	24	26	25	24	2.00
26627216--26627258	19	2.3	18	81	14	52	18	4	16	60	1.52
26627397--26627603	67	3.2	63	78	10	211	30	16	29	22	1.96
26635552--26635616	34	1.9	33	87	9	96	40	23	9	27	1.85
26646670--26646726	18	3.2	18	92	2	98	14	45	28	12	1.80
26658701--26658767	25	2.7	25	88	0	89	32	17	11	37	1.87
26660140--26660169	7	4.1	7	95	4	51	56	0	3	40	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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