genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  247  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75712874--75712921	17	2.9	16	78	9	53	45	2	4	47	1.33
75713094--75713196	30	3.6	29	78	7	120	30	42	1	25	1.66
75713094--75713191	7	13.4	7	72	15	74	30	41	1	26	1.62
75713094--75713190	15	6.6	14	74	15	81	30	42	1	25	1.62
75713032--75713199	81	2.1	81	79	7	182	31	40	1	26	1.66
75713193--75713232	21	1.9	21	84	0	53	37	40	2	20	1.66
75713213--75713250	14	2.6	14	95	4	67	50	28	0	21	1.49
75713422--75713584	15	11.1	15	70	11	61	35	43	0	20	1.56
75713485--75713545	7	8.6	7	76	8	61	34	42	0	22	1.54
75713485--75713588	14	7.3	13	76	9	55	39	38	0	22	1.54
75713516--75713555	21	1.9	21	94	0	71	42	40	0	17	1.49
75713519--75713589	21	3.3	21	82	2	70	43	35	0	21	1.53
75713963--75714233	111	2.4	113	84	4	343	29	20	18	30	1.97
75714166--75714337	40	4.3	41	77	5	154	27	18	19	34	1.95
75714189--75714336	80	1.9	80	85	0	206	27	19	17	35	1.94
75716574--75716626	27	2.0	27	92	0	88	30	11	22	35	1.89
75717334--75717369	18	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
75720553--75720592	20	2.0	20	90	0	62	45	25	5	25	1.73
75722609--75722652	21	2.1	21	86	0	61	40	0	25	34	1.56
75724442--75724706	48	5.6	48	76	11	160	26	17	29	26	1.98
75724476--75724706	48	4.8	49	77	10	197	26	17	29	26	1.97
75732373--75732442	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75732373--75732454	27	3.0	27	82	8	69	28	15	25	30	1.96
75734033--75734085	25	2.2	24	82	3	61	18	22	18	39	1.92
75737089--75737819	70	10.4	70	78	3	409	25	16	25	32	1.96
75737080--75737826	140	5.3	140	75	5	614	25	16	25	31	1.97
75740608--75740644	9	4.3	9	86	13	60	54	0	10	35	1.36
75740608--75740644	16	2.2	18	90	9	60	54	0	10	35	1.36
75751755--75751785	16	1.9	16	100	0	62	48	6	0	45	1.28
75751770--75751802	11	3.1	11	86	4	50	48	12	3	36	1.56
75755705--75755737	5	6.6	5	86	13	50	81	0	3	15	0.80
75756103--75756130	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
75757554--75757797	40	6.2	40	87	4	327	25	20	24	29	1.99
75764290--75764317	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
75765740--75765945	40	5.2	40	89	5	303	25	20	25	28	1.99
75772355--75772402	13	3.7	13	85	0	60	37	0	25	37	1.56
75774244--75774373	24	5.4	24	70	9	70	19	24	20	36	1.95
75775893--75775946	24	2.2	24	80	0	63	25	3	24	46	1.69
75784348--75784477	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
75784364--75784515	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
75784364--75784513	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
75799734--75799863	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
75799750--75799901	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
75799750--75799899	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75801596--75801740	55	2.7	53	75	6	139	39	18	23	18	1.92
75801649--75801753	53	2.0	53	86	0	147	37	17	25	20	1.94
75804206--75804320	43	2.7	43	75	12	101	28	24	20	26	1.99
75811114--75811242	55	2.3	55	81	4	143	17	26	27	27	1.98
75814703--75814736	18	1.9	18	88	5	52	47	17	2	32	1.63
75814993--75815046	23	2.3	23	83	3	63	46	12	5	35	1.66
75820278--75820326	18	2.5	20	77	12	57	22	2	2	73	1.04
75821665--75821703	17	2.2	18	90	4	62	43	12	5	38	1.65
75829371--75829540	43	4.0	42	74	15	150	28	27	18	24	1.98
75834981--75835034	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
75837259--75837430	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75837252--75837427	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75841788--75842037	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
75850741--75850841	29	3.5	29	79	2	105	20	15	32	30	1.94
75857547--75857725	40	4.5	40	87	1	207	24	28	21	25	1.99
75857520--75857727	80	2.6	78	82	6	238	25	27	21	24	1.99
75875951--75876002	20	2.6	20	90	0	86	13	32	28	25	1.93
75878980--75879163	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
75879020--75879208	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
75887070--75887243	40	4.4	39	75	7	136	27	22	27	22	1.99
75892528--75892628	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
75892528--75892678	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75892524--75892695	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
75894243--75894415	46	3.7	46	78	10	199	21	21	27	28	1.99
75894240--75894410	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
75901495--75901595	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
75901524--75901595	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
75909306--75909376	29	2.5	29	90	6	110	28	14	28	29	1.95
75913434--75913459	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
75917003--75917128	42	2.9	42	75	10	112	26	16	23	32	1.96
75916992--75917153	43	3.8	42	75	3	144	25	17	25	32	1.97
75921434--75921467	18	1.9	17	94	5	59	47	2	0	50	1.16
75922544--75922719	86	2.0	86	97	0	334	35	18	15	31	1.92
75924536--75924631	48	2.0	48	100	0	192	20	22	35	20	1.96
75927117--75927147	10	3.0	10	90	9	53	61	0	0	38	0.96
75934153--75934282	29	4.5	29	86	1	181	25	16	23	34	1.95
75934154--75934285	58	2.3	58	89	2	203	25	16	22	34	1.95
75938287--75938506	46	4.8	46	79	10	243	31	28	18	21	1.97
75942280--75942481	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
75942279--75942430	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
75950298--75950499	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
75950297--75950448	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
75954145--75954354	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75962280--75962489	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75965155--75965245	45	2.0	45	93	0	155	19	29	25	25	1.99
75982868--75982903	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
75990134--75990173	6	6.3	6	91	8	62	77	0	2	20	0.88
75990295--75990341	23	2.0	23	100	0	94	29	21	21	27	1.98
75997246--75997420	46	3.8	45	75	7	172	22	29	20	28	1.98
75997158--75997424	94	2.8	92	78	10	238	24	28	17	29	1.98
76001977--76002015	20	2.0	20	90	5	62	46	0	2	51	1.14
76003055--76003085	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
76007079--76007117	6	6.5	6	100	0	78	15	48	17	17	1.81
76008992--76009020	6	4.8	6	100	0	58	48	17	0	34	1.47
76010055--76010106	26	1.9	28	84	7	72	65	0	5	28	1.16
76010138--76010183	24	1.9	24	82	8	58	69	0	6	23	1.11
76010125--76010190	31	2.1	31	86	11	89	68	0	4	27	1.09
76010708--76010744	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
76011952--76012030	27	2.8	27	73	21	72	62	2	2	32	1.22
76011952--76012028	28	2.7	28	74	22	70	62	2	2	32	1.23
76012449--76012488	18	2.2	20	82	13	50	35	2	0	62	1.09
76017557--76017634	37	2.1	37	97	0	147	20	30	19	29	1.97
76017737--76017859	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
76020839--76020937	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
76021421--76021842	29	14.6	29	97	0	763	24	33	17	25	1.96
76023848--76023925	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76024028--76024150	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
76027296--76027354	10	5.9	10	84	7	84	67	1	10	20	1.28
76027983--76028014	10	3.1	11	91	8	50	6	9	0	84	0.78
76028022--76028199	99	1.8	98	87	1	266	32	24	13	30	1.93
76029306--76029380	8	10.3	7	74	25	59	73	0	2	24	0.96
76029314--76029391	29	2.8	29	83	16	103	75	0	2	21	0.92
76029306--76029391	44	2.0	43	90	6	138	74	0	3	22	0.97
76029324--76029394	16	4.7	15	71	22	51	76	0	2	21	0.92
76029531--76029616	21	3.9	21	75	19	93	20	26	12	39	1.89
76029514--76029608	47	2.0	47	100	0	190	21	24	14	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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