genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  141  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42628268--42628455	50	3.8	48	79	7	189	28	28	17	25	1.98
42628268--42628466	101	2.0	99	84	3	256	28	29	17	25	1.97
42635915--42635953	21	2.0	21	85	10	55	25	2	12	58	1.47
42639241--42639283	16	2.7	16	92	0	68	55	18	16	9	1.67
42639496--42639556	28	2.1	29	91	8	99	27	13	29	29	1.94
42643399--42643576	40	4.5	40	93	2	288	24	27	23	24	2.00
42651325--42651541	40	5.5	40	94	2	368	25	28	22	23	1.99
42654475--42654564	29	3.1	28	87	7	128	28	13	27	30	1.94
42656846--42656870	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
42657599--42657695	48	2.0	48	100	0	194	30	10	26	31	1.90
42658457--42658658	27	7.5	27	80	8	168	39	20	10	29	1.86
42658456--42658658	80	2.5	81	87	2	275	39	20	10	29	1.86
42658466--42658658	54	3.6	53	81	6	228	38	20	10	30	1.87
42658480--42658702	27	8.3	27	77	7	100	37	19	13	30	1.90
42661700--42661805	45	2.3	47	80	9	137	37	19	19	22	1.94
42661691--42661804	23	4.9	23	75	13	81	37	19	20	22	1.94
42661659--42661816	68	2.2	71	79	12	173	31	22	20	25	1.98
42665401--42665587	50	3.8	48	81	8	205	31	24	17	26	1.97
42668980--42669109	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
42676923--42677073	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
42676960--42677089	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
42681995--42682119	29	4.5	29	88	10	199	22	25	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42681995--42682119	53	2.3	54	90	8	191	22	25	15	36	1.93
42691411--42691556	40	3.7	40	82	7	172	23	21	26	27	1.99
42691411--42691579	80	2.1	80	80	7	184	25	21	26	27	1.99
42693173--42693237	13	4.9	13	81	18	64	43	1	18	36	1.60
42704073--42704260	39	4.8	39	94	1	315	23	30	20	25	1.98
42712083--42712192	39	2.8	39	95	2	195	23	32	20	22	1.98
42714585--42714685	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
42714614--42714685	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
42721714--42721814	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
42721743--42721814	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
42738879--42738905	13	2.1	13	100	0	54	55	14	14	14	1.70
42740459--42740815	47	7.6	45	71	13	208	28	20	28	22	1.98
42740459--42740818	94	3.9	91	79	10	365	28	20	28	22	1.98
42741725--42741844	43	2.8	41	79	13	118	26	17	24	31	1.97
42741755--42741844	43	2.1	42	87	2	126	25	16	25	32	1.96
42743002--42743067	30	2.2	30	97	0	123	24	22	30	22	1.99
42751868--42752144	47	5.9	46	72	15	128	29	20	27	22	1.99
42751915--42752136	93	2.4	94	80	8	247	28	19	28	22	1.98
42756518--42756590	35	2.1	35	94	0	128	24	19	23	32	1.97
42763651--42763903	139	1.8	140	79	5	298	29	17	29	23	1.97
42764781--42764858	41	1.9	41	84	5	104	23	21	39	15	1.91
42770188--42770441	47	5.5	46	72	14	137	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42777984--42778253	95	2.8	95	82	6	285	25	29	18	27	1.98
42777984--42778262	145	1.9	147	83	6	370	24	29	18	27	1.98
42777984--42778263	50	5.7	50	72	8	236	25	29	18	27	1.98
42792060--42792122	24	2.6	24	94	0	108	36	26	14	22	1.92
42800109--42800171	24	2.6	24	94	0	108	36	26	14	22	1.92
42809549--42809758	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
42817685--42817894	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
42827443--42827513	26	2.7	26	84	0	97	25	25	28	21	1.99
42836222--42836291	23	3.0	23	80	2	86	42	14	10	32	1.78
42839073--42839239	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
42847084--42847212	40	3.2	40	81	5	156	24	27	24	23	2.00
42850609--42850816	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
42850611--42850816	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
42858739--42858945	40	5.2	40	85	0	227	26	22	26	25	2.00
42858741--42858945	80	2.6	80	85	2	252	25	22	26	25	2.00
42861827--42861978	43	3.6	43	75	7	132	27	24	19	28	1.99
42868634--42868852	47	4.8	45	73	11	149	28	20	28	22	1.98
42870577--42870780	86	2.4	86	88	3	304	29	29	16	24	1.97
42870577--42870780	43	4.7	43	86	6	270	29	29	16	24	1.97
42883651--42883953	49	6.1	50	80	3	292	31	25	17	25	1.97
42883695--42883949	99	2.6	98	87	0	357	33	25	16	24	1.95
42883668--42884104	25	17.6	25	71	12	210	31	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42883944--42884128	100	1.9	100	83	2	246	32	22	17	28	1.96
42885918--42886071	42	3.7	41	81	6	184	32	13	22	31	1.93
42893460--42893519	31	1.9	31	86	10	86	76	1	6	15	1.06
42898166--42898214	21	2.3	21	96	0	89	20	14	26	38	1.91
42901542--42901650	42	2.6	42	91	0	173	30	14	33	22	1.94
42901659--42901728	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
42912224--42912387	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
42912224--42912421	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
42924998--42925179	40	4.6	40	85	6	212	26	28	20	24	1.99
42925026--42925177	79	1.9	80	86	6	220	26	27	20	25	1.99
42929539--42929563	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
42932213--42932287	35	2.2	35	95	2	134	28	22	28	21	1.99
42933946--42934132	79	2.4	79	95	1	331	24	22	27	24	2.00
42933946--42934165	79	2.8	79	89	6	322	25	22	27	24	2.00
42933946--42934132	39	4.7	40	92	5	317	24	22	27	24	2.00
42942033--42942179	79	1.9	79	90	5	235	25	22	27	24	2.00
42942033--42942179	40	3.7	40	90	6	237	25	22	27	24	2.00
42942033--42942211	79	2.3	78	84	7	229	26	21	27	24	1.99
42947948--42948013	6	11.3	6	90	3	91	78	4	0	16	0.90
42950274--42950299	13	2.0	13	100	0	52	23	46	15	15	1.83
42952815--42952877	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
42960078--42960107	14	2.1	14	100	0	60	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42960077--42960114	14	2.8	14	88	4	51	28	2	2	65	1.19
42975819--42975881	24	2.6	24	97	0	117	36	26	15	20	1.93
42989964--42990094	66	1.9	69	81	9	160	33	15	30	20	1.93
42995019--42995131	27	4.2	27	86	5	149	34	21	24	19	1.96
42995019--42995132	55	2.1	55	87	9	164	35	21	24	19	1.96
42995237--42995293	26	2.2	26	84	6	80	29	8	24	36	1.86
42998486--42998693	40	5.2	39	81	2	209	25	26	22	25	2.00
42998486--42998691	80	2.6	81	81	7	233	25	27	22	24	2.00
43006472--43006641	45	3.7	45	80	8	161	26	16	31	25	1.97
43006423--43006833	47	8.7	47	73	14	215	27	17	29	26	1.97
43010541--43010662	43	2.9	42	85	2	163	29	24	16	29	1.96
43012624--43012715	44	2.1	44	97	0	175	31	9	11	46	1.73
43013328--43013427	31	3.3	30	75	8	112	41	3	4	52	1.36
43013317--43013433	61	1.9	61	92	0	198	41	3	4	51	1.38
43015696--43015753	28	2.0	30	83	6	75	48	10	8	32	1.68
43018739--43018781	22	2.0	22	85	0	59	41	0	27	30	1.56
43021069--43021221	27	5.7	27	83	2	137	38	20	11	29	1.88
43021176--43021720	27	20.3	27	87	1	727	34	20	20	24	1.96
43022147--43022211	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
43022369--43022471	27	3.8	27	85	5	109	20	23	20	35	1.96
43022370--43022471	54	1.9	53	83	2	132	19	23	20	36	1.95
43022619--43022676	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43022608--43022727	6	19.3	6	69	19	68	19	15	15	50	1.79
43022608--43022718	31	3.5	31	91	1	150	18	16	14	50	1.78
43024701--43024855	27	5.7	27	83	3	152	40	21	10	28	1.86
43024810--43025328	27	19.3	27	89	1	756	33	21	21	23	1.97
43025755--43025819	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
43025978--43026079	27	3.8	27	83	5	107	18	23	21	36	1.95
43026227--43026284	19	3.4	19	67	30	58	18	15	17	48	1.82
43026216--43026335	6	19.3	6	71	19	86	19	16	15	49	1.80
43026216--43026326	31	3.5	31	92	1	159	18	17	14	49	1.80
43030872--43030901	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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