genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  233  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71007611--71007704	42	2.2	42	96	0	170	34	20	15	29	1.94
71007839--71007896	25	2.4	24	83	11	73	27	24	17	31	1.97
71007854--71007921	25	2.7	26	86	4	86	25	23	25	26	2.00
71008731--71008795	27	2.4	27	82	5	78	23	24	16	35	1.95
71008829--71009095	108	2.5	108	81	3	295	30	10	19	40	1.84
71008827--71009062	27	8.7	27	78	6	172	31	8	19	41	1.80
71008829--71009062	54	4.3	54	77	4	200	30	8	19	41	1.81
71008922--71009095	81	2.1	81	81	9	203	30	10	18	39	1.86
71009098--71009210	27	4.2	27	86	2	129	39	7	24	28	1.81
71013132--71013393	40	6.6	40	91	1	420	24	22	25	27	2.00
71018138--71018305	27	6.3	27	88	2	223	41	19	7	31	1.79
71018137--71018305	53	3.2	53	91	1	266	41	18	7	31	1.79
71018155--71018402	27	9.3	27	80	5	121	39	19	8	31	1.83
71018355--71018755	54	7.5	53	83	6	463	27	23	8	39	1.84
71018328--71018781	27	16.9	27	83	3	387	29	23	8	38	1.85
71018732--71018818	27	3.2	27	79	8	88	40	25	6	27	1.81
71018825--71018880	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
71018934--71018998	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
71020214--71020272	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
71020323--71020465	24	6.0	24	90	4	200	29	22	21	26	1.99
71020323--71020465	47	3.0	47	89	5	198	29	22	21	26	1.99
71020323--71020466	71	2.0	72	87	4	211	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71020657--71020751	31	3.1	31	96	0	172	38	15	21	24	1.92
71023134--71023304	27	6.3	27	89	0	243	40	20	7	30	1.80
71023133--71023305	54	3.2	54	92	0	283	40	20	7	31	1.80
71023133--71023374	54	4.5	54	83	3	254	39	20	8	31	1.83
71023354--71023754	27	14.9	27	86	3	441	28	23	8	40	1.83
71023327--71023780	54	8.4	54	84	3	439	29	23	8	38	1.84
71023138--71023817	27	25.2	27	81	5	221	33	22	8	36	1.84
71023354--71023754	81	5.0	81	86	6	490	28	23	8	40	1.83
71023824--71023879	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
71023933--71023997	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
71024622--71024663	14	3.1	14	83	12	52	40	14	26	19	1.89
71025153--71025200	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71025244--71025302	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
71025353--71025519	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
71025353--71025520	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
71025711--71025805	31	3.1	31	96	0	172	38	15	21	24	1.92
71027853--71027992	37	3.8	37	95	0	235	24	31	19	25	1.98
71028133--71028518	48	8.0	48	94	0	664	31	27	6	34	1.82
71031224--71031371	40	3.7	39	83	5	154	24	27	22	25	2.00
71038689--71038873	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
71038688--71038894	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
71038687--71038894	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71047107--71047278	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
71047100--71047275	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
71060093--71060178	40	2.2	40	91	0	136	23	30	25	20	1.99
71060109--71060218	40	2.7	41	84	8	129	20	28	26	24	1.99
71064536--71064841	27	11.4	27	75	11	211	33	8	18	39	1.82
71064537--71064845	54	5.7	54	79	11	285	33	9	18	39	1.82
71064535--71064831	81	3.7	82	79	8	295	34	9	17	39	1.82
71071100--71071246	40	3.7	40	79	0	141	26	27	21	25	1.99
71079163--71079315	40	3.8	38	77	8	137	24	28	22	24	2.00
71084689--71084717	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
71092971--71093042	35	2.1	35	100	0	144	31	11	23	33	1.90
71096058--71096087	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
71096287--71096530	49	4.9	49	76	7	204	31	24	18	26	1.97
71096292--71096481	50	3.8	48	78	6	182	28	24	20	26	1.99
71096285--71096483	49	4.0	50	79	4	213	28	24	19	27	1.99
71096297--71096526	50	4.6	50	76	5	151	31	25	17	25	1.97
71100516--71100698	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
71102460--71102519	15	4.0	15	80	0	66	56	13	16	13	1.67
71108396--71108517	61	2.0	61	93	0	208	35	18	16	30	1.93
71114451--71114541	45	2.0	45	84	0	119	35	26	15	23	1.94
71115088--71115119	15	2.1	15	94	0	55	53	25	0	21	1.46
71117508--71117679	93	1.8	92	86	4	247	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71117502--71117675	46	3.8	46	72	15	153	31	26	18	22	1.98
71117551--71117694	46	3.1	46	69	14	116	29	27	19	23	1.98
71123011--71123179	93	1.8	90	93	3	293	27	30	20	21	1.98
71123003--71123181	43	4.0	44	80	7	207	28	30	20	21	1.98
71128535--71128712	46	3.8	46	80	5	216	28	28	20	21	1.98
71128543--71128714	93	1.8	93	92	2	292	27	29	20	21	1.98
71132981--71133079	28	3.5	29	88	4	123	31	27	14	27	1.95
71139098--71139292	40	4.8	40	78	4	151	24	25	22	27	2.00
71139143--71139292	40	3.7	39	83	4	165	24	26	22	26	2.00
71162403--71162511	40	2.7	41	81	8	134	23	23	27	24	2.00
71165533--71165566	17	1.9	18	88	5	52	44	11	0	44	1.40
71172967--71173039	38	1.9	38	94	0	128	31	15	21	31	1.94
71180933--71181133	47	4.1	52	83	8	226	31	11	28	27	1.92
71181107--71181197	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
71181347--71181454	37	2.9	37	90	0	162	24	17	30	27	1.97
71184007--71184201	51	3.8	51	89	4	295	28	26	12	31	1.93
71184234--71184306	24	3.0	24	94	4	121	26	19	16	38	1.92
71185827--71185974	66	2.2	66	91	0	233	18	12	26	41	1.87
71187926--71187968	22	2.0	22	86	9	61	34	9	11	44	1.73
71188109--71188178	21	3.2	21	66	18	52	22	8	27	41	1.83
71188104--71188236	45	3.0	45	93	0	212	26	9	26	38	1.86
71189746--71189781	10	3.5	10	92	3	54	33	13	11	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71193929--71194136	40	5.2	39	84	1	227	25	26	22	25	2.00
71193929--71194134	80	2.6	81	85	3	256	25	26	22	25	2.00
71201967--71202174	40	5.2	39	83	3	229	25	25	22	25	2.00
71201967--71202173	80	2.6	80	85	2	263	25	26	22	25	2.00
71205544--71205665	37	3.3	37	96	0	217	21	32	19	26	1.97
71205761--71205983	47	4.7	47	91	3	313	29	30	8	30	1.88
71205761--71205984	96	2.3	97	85	6	312	29	30	8	31	1.88
71209414--71209577	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
71209414--71209611	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
71216990--71217153	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
71216990--71217187	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
71224509--71224672	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
71224509--71224706	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
71230814--71230921	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71238876--71239024	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71238917--71239024	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71247789--71248182	204	1.9	204	98	0	761	31	24	15	28	1.96
71259765--71259804	20	2.0	21	85	14	57	25	2	20	52	1.59
71264667--71264700	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
71265299--71265482	40	4.6	40	85	8	232	23	22	27	26	2.00
71269630--71269670	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
71273510--71273683	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71273518--71273688	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
71273515--71273702	46	4.1	45	75	12	168	29	28	21	20	1.98
71276066--71276154	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71276066--71276145	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71276077--71276154	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
71279097--71279270	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
71279105--71279275	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
71284830--71284997	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
71292860--71293026	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
71295854--71296017	43	3.8	42	75	13	138	23	17	26	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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