genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  298  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92567698--92567832	27	5.0	28	83	5	145	37	20	24	18	1.94
92567676--92567835	54	2.9	55	77	7	168	36	19	24	20	1.95
92567892--92567982	27	3.4	27	72	6	85	39	20	24	15	1.91
92568021--92568086	26	2.5	27	75	5	71	43	18	19	18	1.88
92577089--92577264	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
92577086--92577256	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
92580213--92580292	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
92580204--92580291	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
92582207--92582382	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
92582204--92582374	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
92586252--92586348	27	3.6	27	77	1	95	26	23	14	35	1.93
92590845--92590962	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92590813--92590976	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
92598422--92598539	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92598390--92598553	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
92615334--92615441	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
92621625--92621676	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
92626529--92626554	10	2.6	10	100	0	52	0	11	0	88	0.52
92627144--92627174	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
92632346--92632394	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
92632358--92632403	25	1.9	23	86	8	65	63	8	0	28	1.24
92632500--92632538	10	3.5	11	89	6	53	64	5	2	28	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92640919--92641085	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92648835--92649001	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92660691--92660844	42	3.5	42	83	5	164	31	14	26	27	1.95
92660691--92660787	48	2.0	48	95	0	176	31	16	24	26	1.96
92665131--92665402	47	5.8	46	76	10	218	29	18	29	23	1.98
92665178--92665402	93	2.4	93	79	10	226	28	19	29	23	1.98
92665136--92665399	140	1.9	141	83	5	347	29	18	28	23	1.98
92666849--92666976	47	2.7	47	78	4	143	32	18	26	22	1.97
92676716--92676790	25	3.2	24	64	28	63	21	48	8	22	1.76
92676716--92676804	44	2.0	44	95	0	160	22	46	8	22	1.80
92681624--92681648	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
92692653--92692823	46	3.7	46	79	7	193	28	20	30	21	1.98
92692647--92692863	46	4.7	46	75	14	171	29	18	29	23	1.98
92704366--92704489	46	2.6	47	80	10	137	25	17	30	25	1.97
92709161--92709272	42	2.7	43	81	5	149	33	12	25	29	1.92
92711278--92711565	40	7.2	40	86	1	353	25	23	25	25	2.00
92741673--92741796	40	3.1	40	84	4	135	20	23	30	25	1.98
92744446--92744577	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
92752382--92752513	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
92755139--92755184	19	2.4	19	100	0	92	45	4	8	41	1.55
92755149--92755184	11	3.5	11	78	21	51	44	5	8	41	1.58
92756281--92756319	20	2.0	20	100	0	78	25	7	15	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92762405--92762429	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
92763937--92764254	48	6.6	48	97	0	600	33	7	27	31	1.85
92764299--92764420	37	3.3	37	97	1	228	25	18	31	23	1.97
92766334--92766677	40	8.6	40	83	9	317	24	20	28	26	1.99
92766854--92766903	24	2.0	25	88	3	75	30	8	32	30	1.86
92768817--92768841	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
92770348--92770808	48	9.6	48	96	0	852	33	8	27	31	1.86
92770348--92770809	239	1.9	239	97	0	879	33	8	27	31	1.86
92770853--92770975	37	3.3	37	98	0	237	25	19	31	23	1.98
92778792--92778820	15	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
92788447--92788633	47	4.0	47	91	0	302	32	12	28	25	1.93
92788522--92788597	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
92788796--92788904	37	2.9	37	91	0	164	22	19	32	26	1.97
92791396--92791442	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
92792487--92792524	20	1.9	20	94	0	67	18	21	23	36	1.95
92794645--92794692	24	2.0	24	91	0	78	50	10	31	8	1.66
92795099--92795175	27	2.9	27	86	0	100	38	16	18	25	1.92
92795166--92795409	27	9.0	27	80	7	221	26	13	19	40	1.88
92795168--92795411	81	3.0	79	83	2	281	27	13	18	40	1.88
92795733--92795807	18	4.1	18	72	6	71	21	17	13	48	1.81
92796661--92796718	28	2.1	28	100	0	116	22	6	20	50	1.72
92796668--92796730	28	2.2	28	86	5	83	22	7	23	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92797788--92797836	22	2.3	22	92	3	82	57	4	0	38	1.18
92801428--92801466	5	7.6	5	94	5	69	17	0	0	82	0.68
92806950--92807010	30	2.0	30	93	0	104	55	11	3	29	1.51
92807032--92807080	22	2.4	20	87	12	73	69	4	8	18	1.30
92807036--92807083	23	2.1	22	88	3	69	70	4	8	16	1.27
92809598--92809735	6	23.0	6	100	0	276	16	33	33	16	1.92
92828511--92828598	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
92828704--92828771	28	2.4	28	95	0	118	32	5	26	35	1.81
92836323--92836437	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
92836348--92836437	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
92836543--92836610	28	2.4	28	95	0	118	32	7	26	33	1.84
92845235--92845279	23	1.9	23	90	4	72	20	6	0	73	1.05
92857467--92857641	51	3.5	50	87	7	239	28	14	28	28	1.95
92860083--92860170	40	2.2	40	83	4	106	36	27	12	23	1.91
92860579--92860644	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
92863758--92863860	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
92869527--92869552	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
92876522--92876602	29	2.8	29	92	0	135	25	33	13	27	1.94
92876522--92876638	58	2.0	58	80	3	128	28	30	13	27	1.94
92878060--92878098	16	2.4	17	91	4	62	12	2	33	51	1.54
92880903--92880936	16	2.1	16	100	0	68	26	0	23	50	1.50
92880993--92881092	29	3.4	29	90	0	146	27	31	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92881056--92881112	29	2.0	29	89	0	87	28	26	14	31	1.94
92884809--92884891	21	3.8	21	67	14	60	21	14	24	39	1.91
92884814--92884905	45	2.0	45	87	0	130	23	15	25	35	1.94
92894324--92894443	46	2.7	44	84	8	161	27	21	28	22	1.99
92894471--92894595	47	2.6	48	78	6	137	26	18	28	27	1.98
92898456--92898492	18	2.1	18	89	0	56	51	16	0	32	1.45
92898596--92898632	17	2.1	18	85	14	51	0	27	0	72	0.84
92898800--92898826	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
92911879--92911917	18	2.2	18	90	0	60	7	10	0	82	0.86
92923488--92923516	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
92924195--92924238	15	2.9	15	79	0	52	56	18	11	13	1.66
92928166--92928214	26	1.9	25	95	4	89	51	24	18	6	1.69
92928193--92928448	41	6.3	41	89	5	378	30	25	24	20	1.98
92928193--92928448	81	3.2	80	90	3	379	30	25	24	20	1.98
92928193--92928449	122	2.1	121	89	3	401	30	24	24	20	1.98
92928752--92928824	28	2.6	28	78	8	85	16	0	36	46	1.47
92928808--92928855	14	3.3	14	75	11	51	20	2	29	47	1.61
92929270--92929421	72	2.1	72	86	3	209	34	12	24	28	1.92
92934204--92935452	514	2.4	514	97	0	2347	35	12	11	39	1.81
92935544--92935611	24	2.8	24	89	8	111	27	20	7	44	1.78
92935788--92935843	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
92935948--92936379	27	15.9	27	82	5	368	47	15	1	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92935976--92936379	9	44.4	9	78	5	330	48	14	0	36	1.50
92935973--92936379	18	23.4	18	78	10	382	47	14	0	36	1.50
92936055--92936403	114	3.0	114	83	5	357	47	14	0	36	1.49
92942657--92942825	40	4.2	40	80	3	171	26	26	22	25	2.00
92942672--92942821	80	1.9	80	83	5	196	23	26	24	26	2.00
92942657--92942863	40	5.2	40	76	5	161	26	25	21	26	2.00
92945371--92945432	21	3.0	21	88	4	90	29	20	50	0	1.49
92945805--92945971	43	3.9	43	97	0	316	21	30	22	25	1.99
92952813--92952913	50	2.0	50	100	0	202	37	15	19	26	1.92
92952808--92952890	22	3.5	22	66	23	60	37	16	20	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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