genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9009733--9009883	71	2.1	71	93	0	257	51	2	2	43	1.29
9009941--9010000	8	7.0	8	82	14	66	50	0	1	48	1.11
9009969--9010114	77	1.9	79	84	5	199	47	3	5	43	1.43
9012314--9012417	30	3.5	30	85	2	138	25	25	21	27	1.99
9013098--9013170	37	2.0	37	97	0	137	38	21	6	32	1.80
9015761--9015802	21	2.0	21	85	4	57	54	0	0	45	0.99
9015783--9015864	32	2.6	32	94	0	137	47	3	6	42	1.45
9015841--9015931	29	3.1	29	79	19	91	56	1	0	42	1.06
9015884--9015931	10	5.1	9	78	16	53	58	0	0	41	0.98
9015893--9015924	11	3.0	11	95	4	57	56	0	0	43	0.99
9016016--9016053	17	2.2	17	100	0	76	65	0	0	34	0.93
9016199--9016282	35	2.4	35	84	7	107	75	4	8	11	1.18
9024916--9026586	749	2.2	748	89	2	2530	34	15	12	36	1.86
9026873--9026914	21	2.0	21	90	0	66	19	23	0	57	1.41
9027101--9027148	17	2.7	19	81	12	57	25	31	0	43	1.55
9027101--9027149	18	2.8	17	79	14	55	26	30	0	42	1.55
9030512--9030677	35	4.8	34	79	10	183	32	25	12	30	1.92
9030514--9030677	70	2.3	70	90	0	247	32	25	11	30	1.91
9032277--9032440	70	2.3	70	90	0	247	31	25	11	31	1.91
9032277--9032440	35	4.7	35	86	1	222	31	25	11	31	1.91
9038058--9038133	18	4.3	17	77	14	73	22	6	0	71	1.09
9038109--9038162	27	2.0	26	86	10	74	27	5	0	66	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9038289--9038327	19	2.1	19	90	0	60	28	2	2	66	1.18
9044300--9044349	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
9055730--9055861	51	2.6	51	73	13	130	40	6	3	49	1.45
9058058--9058188	67	2.0	67	83	6	167	40	11	23	24	1.87
9059534--9059559	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
9059884--9059969	42	2.0	42	100	0	172	36	9	11	43	1.73
9063010--9063106	40	2.6	37	79	10	124	13	13	27	45	1.81
9070093--9070211	40	3.0	40	91	0	184	14	16	26	42	1.87
9072531--9072688	42	3.7	43	82	9	191	31	26	17	24	1.97
9078557--9078593	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
9078646--9078676	9	3.4	9	90	0	53	38	25	9	25	1.86
9081160--9081209	20	2.4	21	77	12	59	36	22	4	38	1.73
9081403--9081675	43	6.2	44	76	12	242	30	23	18	28	1.97
9081401--9081673	131	2.1	131	97	0	510	30	23	18	28	1.97
9082261--9082303	20	2.2	20	100	0	86	41	20	4	32	1.73
9086026--9086058	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
9086354--9086663	46	6.7	46	92	0	460	22	22	14	40	1.90
9094315--9094379	26	2.5	26	82	7	71	23	21	21	33	1.97
9094428--9094484	26	2.2	26	87	6	80	14	21	22	42	1.88
9098174--9098236	30	2.1	30	82	2	74	60	4	0	34	1.18
9110177--9110212	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
9120737--9120765	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9125005--9125067	31	2.0	31	100	0	126	33	3	12	50	1.56
9125154--9125207	23	2.4	22	79	14	56	55	0	0	44	0.99
9125703--9125755	23	2.3	23	74	3	54	47	1	3	47	1.31
9128079--9128133	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
9128189--9128263	22	3.3	22	78	10	78	61	5	4	29	1.36
9128195--9128405	25	8.4	25	71	14	130	57	4	5	33	1.40
9128208--9128315	27	4.0	28	76	15	86	59	4	4	31	1.38
9128696--9128734	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
9128892--9128990	30	3.3	30	90	2	146	20	6	48	25	1.72
9129682--9130190	91	5.7	89	80	11	442	35	19	17	27	1.94
9130015--9130047	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
9129672--9131084	148	8.4	172	79	13	912	35	19	17	28	1.94
9130118--9130727	73	8.3	74	85	6	794	33	19	16	30	1.94
9130118--9130707	220	2.7	222	92	2	942	32	20	16	30	1.95
9130897--9130943	13	3.5	13	82	5	67	68	2	10	19	1.30
9130725--9131014	100	2.9	101	88	3	417	39	18	17	24	1.92
9130910--9131084	89	2.0	89	87	4	257	36	20	18	24	1.95
9139485--9139525	14	2.9	14	88	0	64	43	14	14	26	1.84
9143106--9143160	25	2.3	23	78	12	58	43	5	16	34	1.71
9143223--9143429	25	8.7	24	71	14	126	57	4	5	32	1.42
9143381--9143426	14	3.4	14	85	8	51	60	0	0	39	0.97
9143714--9143752	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9143915--9144038	30	4.1	30	92	0	203	21	6	47	24	1.74
9148621--9148728	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
9154573--9154680	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
9156413--9156465	23	2.3	22	81	15	63	52	1	0	45	1.11
9156999--9157051	23	2.3	23	74	3	54	47	1	3	47	1.31
9163368--9163468	43	2.4	42	80	6	114	25	17	24	31	1.97
9164618--9164711	42	2.2	42	84	0	116	19	24	31	24	1.98
9170617--9170646	14	2.1	14	100	0	60	50	13	13	23	1.77
9171086--9171123	19	2.0	19	85	10	51	23	2	2	71	1.12
9181057--9181282	51	4.3	52	88	7	307	33	14	22	30	1.93
9181101--9181296	58	3.5	58	80	14	239	33	13	23	29	1.93
9181203--9181234	7	4.6	7	96	0	55	40	3	31	25	1.71
9181643--9181692	12	4.2	12	100	0	100	34	10	32	24	1.88
9183795--9183835	20	2.0	20	95	0	73	41	12	14	31	1.83
9196622--9196714	46	2.0	46	100	0	186	10	30	25	33	1.90
9197216--9197352	73	1.9	73	86	8	199	38	10	2	47	1.54
9197538--9197573	16	2.1	18	90	10	58	47	5	2	44	1.41
9203046--9203084	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
9206157--9206195	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
9206247--9206306	21	2.9	21	83	14	79	43	0	3	53	1.17
9209500--9209577	35	2.2	35	97	0	147	26	17	11	43	1.84
9213459--9213498	20	2.0	21	90	5	64	45	0	5	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9213457--9213507	24	2.1	25	82	10	61	49	0	3	47	1.20
9213571--9213633	31	2.0	31	90	0	99	52	1	3	42	1.27
9213582--9213632	15	3.3	15	71	15	50	54	0	3	41	1.19
9214498--9214566	31	2.2	31	92	0	111	43	5	11	39	1.65
9218758--9218876	62	1.9	62	89	3	186	37	1	10	50	1.46
9220121--9220347	106	2.2	106	95	2	404	42	3	19	34	1.67
9221460--9221508	20	2.4	21	76	10	66	61	0	6	32	1.21
9221892--9222082	18	10.6	18	74	10	131	34	13	15	36	1.86
9229186--9229210	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
9236926--9236978	22	2.4	22	96	3	97	58	7	22	11	1.57
9237429--9237481	23	2.2	24	78	18	58	39	9	7	43	1.65
9245675--9245740	21	3.3	21	64	20	59	27	18	16	37	1.92
9245664--9245746	39	2.1	39	97	0	157	32	15	15	36	1.90
9254011--9254046	19	1.9	19	94	5	65	38	8	11	41	1.71
9254309--9254339	6	5.2	6	100	0	62	80	0	0	19	0.71
9254360--9254445	42	2.0	42	97	0	163	31	15	15	38	1.88
9258849--9258906	30	1.9	30	86	6	82	20	31	27	20	1.98
9260450--9260474	9	2.8	9	100	0	50	12	12	24	52	1.72
9262209--9262500	145	2.0	145	100	0	584	26	10	23	39	1.87
9269894--9270087	48	4.0	48	93	0	325	34	5	27	31	1.80
9271125--9271153	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
9276800--9276833	6	5.5	6	89	6	50	82	0	2	14	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9276780--9276833	19	2.8	19	83	5	65	77	0	5	16	0.94
9279773--9279936	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
9279773--9279970	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
9284956--9285007	22	2.4	22	96	0	95	40	15	23	21	1.91
9287708--9287980	46	5.9	46	90	2	370	39	15	24	20	1.91
9291658--9291702	23	2.0	23	82	8	56	42	11	8	37	1.72
9293349--9293434	43	2.0	43	100	0	172	18	20	18	41	1.90
9305315--9305347	14	2.3	15	89	5	50	3	36	0	60	1.12
9307026--9307080	24	2.3	25	81	9	69	14	12	1	70	1.24
9314147--9314350	52	3.9	52	83	1	230	26	14	25	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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