genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  75  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21093041--21093124	24	3.7	23	75	15	75	60	0	5	33	1.21
21093018--21093077	31	2.0	30	83	9	77	58	3	6	31	1.40
21093118--21093182	26	2.5	26	78	14	71	52	1	3	43	1.26
21093118--21093197	27	3.0	27	73	14	67	45	1	5	48	1.32
21094814--21095535	206	3.5	206	90	0	1070	28	22	18	31	1.97
21097453--21097636	78	2.3	80	80	7	205	24	23	26	25	2.00
21097454--21097634	40	4.6	40	77	8	165	24	24	26	24	2.00
21105449--21105650	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
21105448--21105599	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
21117977--21118020	22	2.0	22	100	0	88	18	27	13	40	1.88
21118491--21118528	17	2.2	18	86	9	53	60	2	0	36	1.11
21118541--21118578	19	2.0	19	100	0	76	57	15	0	26	1.38
21118542--21118605	19	3.5	18	80	16	69	60	10	0	28	1.30
21121080--21121365	136	2.1	137	94	1	504	31	24	18	24	1.97
21121612--21121663	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
21123144--21123227	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
21127896--21127949	15	3.6	15	100	0	108	22	33	24	20	1.97
21127941--21128227	137	2.1	137	94	0	502	34	24	17	24	1.96
21129932--21130098	40	4.2	40	79	5	160	23	26	22	26	2.00
21129948--21130096	80	1.9	79	83	6	194	22	26	23	26	2.00
21137931--21138097	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
21137947--21138056	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21141221--21141304	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
21145179--21145203	10	2.5	10	100	0	50	40	28	0	32	1.57
21150002--21150133	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
21157950--21158138	29	6.6	29	93	1	308	26	32	14	26	1.95
21160139--21160177	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
21160884--21160909	8	3.2	8	100	0	52	50	0	11	38	1.39
21162393--21162488	48	2.0	48	95	0	174	35	10	21	32	1.88
21164657--21164688	16	2.0	16	100	0	64	37	0	25	37	1.56
21173409--21173547	52	2.7	52	95	0	251	36	15	23	25	1.93
21173409--21173559	28	5.7	27	82	13	197	35	14	24	25	1.93
21173582--21173782	51	3.9	51	91	1	305	30	13	25	29	1.94
21176124--21176282	29	5.6	29	81	5	173	25	16	32	25	1.96
21183349--21183509	29	5.6	29	82	2	182	24	16	32	25	1.96
21186865--21187025	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
21194808--21194952	29	5.0	29	85	1	175	26	31	15	26	1.96
21203924--21204033	26	4.2	26	97	0	193	36	23	5	34	1.78
21208202--21208254	26	2.0	26	82	7	63	26	16	20	35	1.94
21209734--21209843	26	4.2	26	97	0	193	36	23	5	34	1.78
21213288--21213344	22	2.6	22	77	2	62	29	22	26	21	1.99
21215940--21215979	20	2.0	20	90	9	64	70	0	2	27	1.01
21217138--21217186	17	2.7	18	81	15	57	51	14	12	22	1.75
21219644--21219748	19	5.3	19	69	21	63	60	1	5	32	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21219737--21219804	17	4.3	17	70	24	51	64	4	1	29	1.21
21219851--21219895	16	2.7	17	83	13	58	55	0	6	37	1.26
21229754--21229779	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
21237245--21237393	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
21237286--21237393	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
21244549--21244697	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
21244590--21244697	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
21252405--21252478	27	2.8	27	91	2	114	37	20	24	17	1.93
21252607--21252666	27	2.3	27	82	8	70	30	11	20	38	1.88
21252594--21252666	27	2.8	26	79	10	69	30	9	23	36	1.87
21259482--21259571	43	2.1	43	84	8	114	54	10	2	33	1.46
21259318--21259529	111	1.8	111	81	6	253	51	11	4	32	1.58
21259974--21260048	33	2.2	33	86	6	98	62	2	2	32	1.23
21259994--21260052	21	2.9	21	82	9	61	66	1	3	28	1.18
21266103--21266135	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
21266660--21266833	45	3.9	45	90	3	239	24	28	22	24	2.00
21269513--21269550	14	2.5	15	87	8	51	50	7	2	39	1.46
21270129--21270176	24	2.0	24	100	0	96	45	12	8	33	1.72
21273956--21274203	40	6.2	39	83	3	237	25	22	27	25	2.00
21273958--21274187	80	2.9	81	84	3	272	25	23	27	23	2.00
21273956--21274203	120	2.1	119	82	6	304	25	22	27	25	2.00
21278942--21279169	40	5.7	40	88	4	291	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21278942--21279166	79	2.8	77	84	9	276	24	28	24	23	2.00
21287062--21287289	40	5.7	40	87	4	282	24	28	23	23	2.00
21287062--21287246	79	2.3	80	90	0	282	24	28	24	22	2.00
21287062--21287286	79	2.8	77	83	9	267	24	28	24	23	2.00
21298122--21298181	31	1.9	31	83	6	77	51	0	13	35	1.41
21299003--21299061	23	2.6	23	86	2	84	32	23	16	27	1.96
21303996--21304066	33	2.2	31	76	11	72	29	4	28	38	1.76
21305097--21305156	31	1.9	31	83	6	77	51	0	13	35	1.41
21306017--21306104	23	3.8	23	76	13	74	27	25	17	30	1.97
21306037--21306119	24	3.5	24	83	8	89	28	25	13	32	1.93
21310431--21310595	43	3.8	43	76	13	144	29	22	17	30	1.97
21312321--21312350	15	2.0	15	93	0	51	73	10	10	6	1.25
21312412--21312506	47	2.0	47	93	0	163	27	15	20	36	1.93
21316340--21316392	26	2.0	26	85	7	72	45	1	3	49	1.31
21316703--21316741	19	1.9	19	85	10	51	46	0	5	48	1.24
21318080--21318134	19	2.9	20	78	13	71	47	0	20	32	1.50
21324289--21324335	18	2.5	20	80	16	64	53	0	0	46	1.00
21326002--21326168	40	4.2	40	83	5	187	26	26	22	23	2.00
21326002--21326168	80	2.1	80	85	4	221	26	26	22	23	2.00
21328637--21328680	18	2.4	18	92	0	70	50	0	22	27	1.50
21328637--21328680	12	3.7	12	84	0	61	50	0	22	27	1.50
21330627--21330820	60	3.2	60	82	6	225	46	11	16	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21330657--21330820	31	5.4	31	72	17	121	46	10	17	25	1.79
21332809--21332868	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
21333795--21333838	20	2.2	20	84	8	54	29	2	2	65	1.16
21334640--21334715	39	1.9	40	86	2	109	39	32	13	14	1.85
21337561--21337642	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
21338517--21338579	31	2.0	31	100	0	126	38	6	19	36	1.77
21343008--21343053	19	2.4	19	82	17	51	39	0	13	47	1.42
21351679--21351808	50	2.6	49	87	3	181	30	29	16	23	1.97
21351679--21351863	101	1.8	99	83	4	246	28	28	17	25	1.98
21354745--21354794	16	3.3	16	67	16	52	34	22	4	40	1.72
21354743--21354807	29	2.2	29	100	0	130	33	20	3	43	1.67
21362777--21362819	23	1.9	22	85	4	59	39	2	13	44	1.57
21367008--21367046	19	2.0	20	85	14	55	28	0	20	51	1.48
21367722--21367836	43	2.7	42	82	7	137	20	16	23	39	1.92
21367699--21367836	41	3.3	39	80	9	134	19	16	24	39	1.92
21371300--21371486	27	6.9	27	83	1	232	39	20	9	29	1.85
21371304--21371486	54	3.4	54	89	4	264	40	21	9	28	1.84
21371300--21371486	81	2.3	81	85	1	259	39	20	9	29	1.85
21372122--21372176	28	2.0	28	96	0	101	47	20	10	21	1.80
21376695--21376734	19	2.0	20	86	13	57	30	0	20	50	1.49
21377387--21377524	41	3.3	41	84	7	181	20	19	23	36	1.95
21381895--21381925	16	1.9	16	93	0	53	58	0	3	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21383830--21383864	18	1.9	18	94	0	61	42	11	14	31	1.81
21384252--21384284	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
21387709--21387859	40	3.8	40	86	5	182	24	23	27	24	2.00
21390626--21390817	72	2.7	71	89	4	296	23	4	16	55	1.60
21390696--21390941	125	2.0	125	83	3	316	26	4	14	54	1.59
21392308--21392343	3	12.0	3	87	0	54	30	2	36	30	1.72
21392600--21392651	20	2.5	20	84	3	77	50	11	13	25	1.75
21393415--21393520	40	2.6	40	82	8	126	33	7	4	54	1.49
21397038--21397077	21	1.9	21	85	10	55	37	2	32	27	1.70
21400043--21400068	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425