genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17423391--17423423	7	4.6	7	96	3	57	15	0	0	84	0.61
17424018--17424060	15	3.0	15	83	6	54	46	30	0	23	1.52
17424084--17424109	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
17424227--17424272	14	3.3	14	78	0	56	43	34	2	19	1.63
17424267--17424310	14	3.1	14	83	0	52	31	47	0	20	1.50
17424519--17424605	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
17424831--17424999	41	4.1	41	90	3	243	18	19	25	36	1.95
17424931--17425064	65	2.1	65	88	2	198	17	17	25	38	1.92
17424893--17425104	106	2.0	105	88	4	311	18	19	24	37	1.94
17424850--17425145	147	2.0	145	85	5	400	19	19	23	37	1.95
17425001--17425181	41	4.5	39	79	8	166	20	20	20	38	1.93
17425333--17425565	79	2.9	80	88	3	351	29	9	13	47	1.75
17426543--17426568	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
17426977--17427059	43	1.9	43	92	0	139	24	28	20	26	1.99
17427189--17427242	6	8.7	6	82	8	63	74	1	1	22	1.02
17427189--17427257	19	3.7	19	80	3	70	71	1	2	24	1.09
17427200--17427277	16	4.6	18	68	25	53	67	2	3	25	1.20
17431604--17431725	7	17.1	7	69	13	70	37	41	0	20	1.53
17431604--17431705	36	2.8	36	82	8	102	36	43	0	20	1.52
17431763--17431814	7	7.4	7	80	0	50	50	25	0	25	1.50
17431971--17432148	41	4.4	40	92	4	270	16	22	22	38	1.93
17431971--17432178	41	5.1	41	90	5	250	17	21	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17432202--17432227	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
17435262--17435312	15	3.5	15	74	12	52	43	0	1	54	1.11
17435209--17435347	58	2.4	58	77	10	142	41	0	4	53	1.26
17435325--17435395	26	2.8	25	81	8	72	47	2	0	49	1.16
17435246--17435381	61	2.3	57	81	6	146	46	0	2	50	1.22
17435344--17435395	26	2.0	26	88	3	79	50	3	0	46	1.20
17448272--17448322	25	2.0	25	96	0	93	47	15	19	17	1.83
17452889--17452919	12	2.6	12	100	0	62	6	48	19	25	1.72
17455139--17455191	21	2.5	22	75	9	65	35	3	15	45	1.64
17456816--17456970	51	3.0	51	95	0	265	30	16	23	29	1.96
17459070--17459099	7	4.3	7	100	0	60	13	0	40	46	1.43
17459497--17459615	27	4.4	27	83	0	130	39	12	20	27	1.88
17467083--17467449	96	3.8	92	80	7	344	24	27	17	30	1.97
17467080--17467449	144	2.6	142	77	8	383	24	27	17	30	1.97
17467083--17467449	48	7.6	49	74	8	281	24	27	17	30	1.97
17474825--17475301	48	10.0	47	75	8	340	24	27	18	29	1.98
17474827--17475301	144	3.3	143	84	2	578	24	27	18	29	1.98
17477825--17477935	45	2.5	45	87	0	159	40	15	18	25	1.90
17478141--17478227	40	2.2	40	82	0	102	39	18	10	32	1.84
17479306--17479366	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
17479314--17479393	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
17484114--17484153	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17486150--17486175	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17486423--17486579	84	1.9	84	90	0	251	35	8	25	30	1.87
17489674--17489736	30	2.1	30	88	5	92	26	4	11	57	1.53
17490673--17490712	5	8.0	5	94	0	71	42	0	0	57	0.98
17490741--17490827	30	3.3	25	75	15	77	67	3	25	3	1.22
17491238--17491325	35	2.5	34	87	7	106	30	1	19	48	1.56
17491260--17491318	18	3.3	18	67	21	52	25	1	22	50	1.58
17491258--17491327	35	2.0	35	97	0	131	25	1	20	52	1.54
17497458--17497486	4	7.2	4	100	0	58	24	0	27	48	1.51
17504109--17504157	23	2.1	24	96	3	91	18	16	12	53	1.73
17505652--17505685	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
17505755--17505780	11	2.4	11	100	0	52	76	0	23	0	0.78
17507074--17507107	17	1.9	18	88	5	52	32	8	20	38	1.84
17516956--17517052	50	1.9	50	97	0	185	31	15	9	43	1.78
17524382--17524807	48	8.8	48	71	4	214	26	21	26	25	1.99
17524375--17524807	96	4.5	96	77	6	376	27	21	26	25	1.99
17528508--17528623	43	2.7	44	78	4	137	27	14	26	31	1.95
17530844--17531019	46	3.8	45	76	12	169	22	20	28	28	1.98
17530841--17531011	93	1.8	93	88	2	263	22	21	28	28	1.99
17533681--17533829	62	2.4	62	91	0	244	40	4	5	49	1.46
17534041--17534070	11	2.7	11	94	0	51	43	6	6	43	1.57
17539214--17539320	39	2.7	40	83	9	130	23	26	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17539208--17539336	40	3.3	39	75	3	132	24	24	27	23	2.00
17550627--17550683	15	3.5	15	73	17	60	47	1	1	49	1.22
17550747--17550808	22	2.9	22	85	4	74	48	0	0	51	1.00
17552835--17552869	6	5.8	6	100	0	70	51	14	0	34	1.42
17553703--17553738	19	1.9	19	88	5	56	27	11	2	58	1.46
17555209--17555509	135	2.2	136	83	6	368	27	7	7	56	1.55
17555629--17555653	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
17555729--17556072	139	2.5	138	82	4	404	56	9	7	26	1.57
17556516--17556544	14	2.0	15	93	6	51	31	0	27	41	1.56
17558323--17558636	43	7.4	42	75	8	244	31	27	14	26	1.95
17558323--17558636	85	3.7	84	76	6	262	31	27	14	26	1.95
17559179--17559213	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
17562897--17562932	15	2.5	15	86	4	56	47	33	0	19	1.50
17562957--17563001	14	3.2	14	77	0	54	48	26	0	24	1.51
17563079--17563185	40	2.7	41	88	2	155	28	20	22	28	1.99
17563011--17563335	154	2.1	154	84	5	426	30	22	17	29	1.97
17563237--17563388	38	3.9	38	75	11	139	28	20	17	32	1.96
17563238--17563389	79	1.9	77	84	6	198	28	20	18	32	1.96
17563238--17563389	39	3.9	39	78	8	157	28	20	18	32	1.96
17563472--17563504	3	11.0	3	100	0	66	66	33	0	0	0.92
17566634--17566735	27	3.8	27	86	10	129	33	21	25	19	1.97
17567218--17567271	27	2.0	27	100	0	108	37	37	14	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17568364--17568471	26	4.2	26	89	0	171	37	23	6	33	1.80
17574671--17574800	27	4.9	26	80	11	140	34	21	23	20	1.97
17574699--17574803	54	2.0	53	96	1	192	32	21	25	20	1.97
17576289--17576395	26	4.2	26	92	1	180	35	24	7	32	1.83
17578650--17578725	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
17583290--17583339	15	3.2	15	76	20	57	50	14	0	36	1.43
17589402--17589440	21	1.9	19	85	10	51	53	25	2	17	1.56
17590271--17590405	40	3.4	39	74	7	130	32	23	17	25	1.97
17590540--17590587	11	3.9	12	80	20	55	52	10	0	37	1.36
17590542--17590586	15	3.2	15	78	18	60	51	11	0	37	1.38
17590515--17590593	36	2.3	32	78	20	79	50	12	0	36	1.41
17591366--17591430	8	8.2	8	69	27	50	55	1	0	43	1.09
17591366--17591431	27	2.4	26	79	18	80	56	1	0	42	1.08
17594082--17594118	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
17595468--17595508	21	2.0	21	85	9	57	51	0	0	48	1.00
17597603--17597633	13	2.4	13	100	0	62	22	0	32	45	1.53
17602937--17603019	20	3.9	20	72	14	67	21	13	27	37	1.91
17602941--17603027	45	2.0	44	90	2	138	21	12	27	37	1.90
17603383--17603410	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17609338--17609372	12	2.9	12	91	0	52	31	22	8	37	1.85
17611358--17611429	37	1.9	37	81	10	85	38	0	18	43	1.50
17611819--17612007	94	2.0	93	98	1	369	46	3	24	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17622843--17622917	36	2.1	36	94	0	132	32	20	10	37	1.87
17623232--17623275	6	7.5	6	82	14	56	2	18	0	79	0.83
17623235--17623273	17	2.3	17	86	8	53	2	15	0	82	0.79
17624164--17624196	17	1.9	17	93	0	57	18	0	6	75	1.00
17631407--17631460	28	2.0	27	82	10	65	25	24	27	22	2.00
17631489--17631516	14	2.0	14	100	0	56	14	14	21	50	1.78
17632410--17632453	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
17638461--17638688	49	4.6	51	73	13	174	33	14	23	28	1.94
17639298--17639362	26	2.5	26	92	0	103	29	4	24	41	1.75
17639881--17640019	45	3.1	45	92	0	224	20	17	19	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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