genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20582629--20582690	25	2.7	22	76	23	65	48	1	0	50	1.10
20582663--20582715	26	2.0	26	89	7	81	50	0	0	49	1.00
20582784--20582843	22	2.6	23	82	12	70	45	0	0	55	0.99
20582785--20582843	4	14.0	4	75	21	50	45	0	0	54	0.99
20582782--20582843	30	2.1	30	82	11	74	45	0	0	54	0.99
20601642--20601803	29	5.6	29	93	0	261	33	15	20	30	1.94
20609675--20609836	29	5.6	29	93	0	261	33	15	20	30	1.94
20614200--20614382	40	4.6	41	82	7	216	24	21	27	26	1.99
20614200--20614383	80	2.3	80	85	5	239	23	21	27	27	1.99
20614190--20614409	80	2.7	76	79	11	219	23	20	29	26	1.99
20614202--20614409	40	5.2	39	80	8	170	24	20	28	26	1.99
20622814--20622956	41	3.5	41	88	0	198	25	20	27	26	1.99
20622793--20622991	81	2.5	79	78	8	213	24	21	28	26	1.99
20629758--20629782	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
20632270--20632302	9	3.6	9	95	4	57	60	9	9	21	1.54
20634486--20634522	18	2.1	18	94	0	65	48	0	0	51	1.00
20634489--20634528	18	2.2	18	86	0	53	47	0	0	52	1.00
20634519--20634554	19	1.9	19	88	5	56	38	2	5	52	1.39
20634519--20634567	19	2.7	18	84	9	55	40	2	4	53	1.32
20634546--20634596	21	2.5	20	78	9	59	35	3	5	54	1.43
20634991--20635032	8	5.6	7	84	15	57	0	11	4	83	0.79
20634991--20635037	16	3.1	15	85	11	60	0	12	8	78	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20634985--20635032	23	2.0	24	84	11	64	0	16	4	79	0.89
20634991--20635032	17	2.7	15	89	10	59	0	11	4	83	0.79
20634991--20635032	7	5.4	8	86	8	52	0	11	4	83	0.79
20637778--20637818	21	2.0	21	90	0	64	19	14	36	29	1.92
20641690--20641758	10	7.3	10	75	14	58	31	2	1	63	1.18
20641711--20641735	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
20644165--20644454	41	7.1	41	88	3	381	35	21	24	18	1.95
20644627--20644736	46	2.4	46	95	0	202	29	1	24	44	1.64
20644627--20644737	25	4.8	25	75	12	112	29	1	24	44	1.64
20644612--20644736	14	8.4	14	68	13	61	28	1	24	45	1.62
20644651--20644752	25	4.2	25	74	12	88	30	1	23	44	1.65
20644741--20644769	14	2.0	15	93	6	51	27	0	31	41	1.56
20644748--20644843	7	13.7	7	71	10	54	21	0	38	39	1.54
20645667--20645704	19	2.1	19	85	14	53	71	0	26	2	1.00
20649716--20649903	43	4.3	43	85	3	252	27	19	26	27	1.99
20651138--20651209	30	2.4	30	83	4	92	37	20	8	33	1.83
20655670--20655723	27	2.0	27	85	10	74	46	27	0	25	1.53
20655727--20655756	14	2.1	14	93	0	51	66	6	3	23	1.30
20656622--20656661	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
20657058--20657091	11	3.0	11	83	8	50	35	0	0	64	0.94
20657139--20657188	19	2.5	21	90	9	79	40	0	4	56	1.18
20659610--20659756	37	4.0	37	87	3	226	34	6	14	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20659607--20659756	72	2.1	73	91	5	250	34	6	14	45	1.70
20659667--20659730	20	3.3	20	72	12	71	32	6	15	45	1.71
20659687--20659750	17	3.6	17	70	12	56	32	3	14	50	1.58
20659755--20659910	9	17.4	9	92	1	260	22	12	21	42	1.87
20661560--20661600	21	2.0	21	90	9	66	31	29	14	24	1.95
20663275--20663299	8	3.1	8	100	0	50	52	0	12	36	1.39
20669145--20669187	16	2.7	16	92	0	68	51	18	20	9	1.74
20669400--20669489	29	3.1	28	85	7	119	25	13	31	30	1.94
20671279--20671357	39	2.1	39	85	4	108	32	5	20	41	1.74
20685629--20685702	37	2.0	37	100	0	148	37	8	8	45	1.63
20686592--20686645	11	4.7	11	78	15	56	57	5	0	37	1.22
20686601--20686654	21	2.5	21	81	6	54	59	3	0	37	1.15
20686640--20686677	19	2.1	18	90	5	58	55	2	0	42	1.14
20689750--20689817	33	2.0	34	83	8	86	11	35	22	30	1.90
20691903--20692015	27	4.2	26	76	5	91	38	19	20	22	1.94
20692155--20692430	27	10.3	27	83	3	261	24	19	21	34	1.96
20692155--20692430	54	5.1	54	84	3	306	24	19	21	34	1.96
20692417--20692443	13	2.1	13	100	0	54	29	14	7	48	1.71
20692430--20692629	27	7.4	27	85	0	265	25	20	19	34	1.96
20692363--20692497	67	2.0	67	88	2	200	27	18	15	38	1.91
20692310--20692541	121	1.9	121	87	0	338	25	19	18	36	1.94
20692289--20692577	148	2.0	148	87	0	425	24	20	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20696229--20696282	28	1.9	28	84	0	72	27	25	24	22	2.00
20696683--20697038	27	13.1	27	84	0	442	24	23	20	31	1.98
20698907--20699064	79	2.0	79	86	2	219	24	29	22	24	1.99
20698907--20699064	39	4.0	40	83	0	167	24	29	22	24	1.99
20703404--20703611	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
20703406--20703611	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
20711390--20711597	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
20711392--20711597	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
20720225--20720253	14	2.0	15	93	6	51	20	34	10	34	1.87
20721783--20721835	25	2.2	24	82	3	61	56	5	5	32	1.46
20722294--20722350	9	6.1	9	78	11	53	68	1	0	29	1.00
20722291--20722372	10	7.9	10	71	14	51	63	1	1	34	1.10
20722294--20722374	20	3.9	20	77	19	69	64	1	1	33	1.10
20722331--20722425	24	3.9	23	71	20	77	60	3	2	34	1.25
20724170--20724380	45	4.6	44	71	12	133	26	17	32	24	1.96
20731214--20731380	46	3.6	45	79	12	153	28	19	28	23	1.98
20732380--20732446	28	2.4	28	100	0	134	19	22	43	14	1.87
20732380--20732466	28	3.0	28	91	3	111	21	20	42	14	1.88
20734527--20734692	46	3.6	44	78	11	174	28	18	28	23	1.98
20736302--20736458	6	25.8	6	76	16	155	48	14	17	19	1.81
20736281--20736458	30	6.1	30	80	14	194	48	14	17	19	1.81
20736302--20736458	55	2.7	55	90	6	226	48	14	17	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20736576--20736641	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
20736576--20736649	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
20736600--20736657	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
20736960--20737042	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
20737241--20737436	27	7.3	27	85	2	223	26	19	18	35	1.95
20737441--20737852	27	15.3	27	84	4	535	40	9	22	27	1.86
20737446--20737848	81	5.0	81	88	1	594	40	9	22	27	1.85
20741322--20741529	40	5.2	40	89	1	294	23	21	28	26	1.99
20748763--20748964	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
20748762--20748913	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
20752658--20752865	40	5.2	40	90	1	303	23	21	28	26	1.99
20754510--20754666	6	25.8	6	76	16	146	48	15	17	18	1.81
20754489--20754666	30	6.1	30	79	14	185	48	15	17	18	1.82
20754510--20754666	55	2.9	54	89	6	221	48	15	17	18	1.81
20754784--20754857	27	2.8	27	74	13	73	37	21	22	17	1.94
20755022--20755080	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
20755168--20755250	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
20755449--20755644	27	7.3	27	80	2	187	26	18	17	37	1.93
20755451--20755644	81	2.4	81	84	1	237	26	18	17	38	1.92
20755654--20756013	27	13.3	27	85	4	458	40	10	22	26	1.86
20755654--20756013	108	3.3	108	89	3	512	40	10	22	26	1.86
20758624--20758863	89	2.7	90	81	3	252	36	15	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20764927--20765009	25	3.3	25	96	0	157	25	22	19	32	1.97
20770658--20770760	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
20778651--20778753	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
20783958--20784155	40	5.0	41	88	4	248	24	26	21	28	1.99
20786044--20786087	23	1.9	23	90	0	70	13	27	27	31	1.94
20788739--20788795	23	2.5	23	94	0	96	19	24	21	35	1.96
20790643--20790863	48	4.7	48	75	9	213	27	19	24	28	1.98
20792601--20792824	84	2.7	84	97	0	421	31	5	22	40	1.78
20795656--20795878	90	2.5	90	83	1	277	35	15	23	25	1.94
20803503--20803632	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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