genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  211  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64509254--64509292	19	2.1	19	85	4	53	35	7	2	53	1.43
64511756--64511868	57	2.0	57	85	1	156	28	13	15	42	1.85
64518413--64518473	30	2.0	30	87	0	86	39	4	24	31	1.77
64518972--64519134	67	2.4	68	80	11	174	31	15	29	23	1.96
64524413--64524447	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
64524656--64524714	31	1.9	31	86	13	86	61	5	0	33	1.18
64525320--64525353	12	2.9	12	91	4	52	58	0	0	41	0.98
64525339--64525387	22	2.2	23	79	17	59	65	2	4	28	1.22
64532170--64532265	42	2.3	42	85	3	122	32	12	23	31	1.92
64534366--64534457	33	2.8	33	80	11	100	29	20	23	26	1.99
64541375--64541474	40	2.5	40	83	4	114	22	27	22	29	1.99
64547633--64547798	46	3.6	45	76	12	167	30	28	18	22	1.97
64547632--64547804	93	1.9	93	90	2	276	30	28	19	21	1.98
64564251--64564368	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
64564274--64564368	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
64564560--64564702	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
64564560--64564701	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
64564559--64564702	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
64564752--64564811	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
64564854--64564901	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64572403--64572466	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
64572679--64572798	23	5.1	23	94	2	186	27	20	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64572658--64572799	24	6.0	24	91	5	209	26	21	22	28	1.99
64572657--64572799	71	2.0	71	89	5	218	26	21	22	29	1.99
64572658--64572799	47	3.0	47	90	6	207	26	21	22	28	1.99
64572850--64572907	20	3.0	20	90	5	93	32	20	12	34	1.90
64572950--64572997	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64576508--64576569	26	2.3	27	91	2	99	32	19	22	25	1.97
64576853--64576939	34	2.6	34	94	1	149	26	21	25	26	2.00
64584305--64584378	26	2.8	27	84	12	107	33	20	17	28	1.95
64586891--64586916	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
64591164--64591304	24	5.8	24	68	9	72	23	14	28	34	1.93
64599039--64599179	24	5.8	24	68	9	63	23	13	29	34	1.93
64605701--64605841	57	2.5	57	87	4	187	31	24	16	26	1.96
64606204--64606237	2	16.5	2	87	6	50	47	0	2	50	1.16
64609070--64609241	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
64609063--64609238	46	3.8	46	76	12	198	30	29	19	20	1.97
64616158--64616329	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
64616151--64616326	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
64622202--64622351	39	3.8	40	81	7	164	25	23	27	24	2.00
64622202--64622379	40	4.5	40	81	7	193	25	24	26	23	2.00
64622203--64622419	79	2.7	79	78	7	215	26	23	26	23	2.00
64622322--64622405	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
64628455--64628542	5	17.4	5	72	17	58	4	17	2	76	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64628475--64628567	17	4.9	18	73	18	66	6	17	1	75	1.07
64628481--64628532	18	2.8	20	77	11	56	5	15	1	76	1.05
64628503--64628542	11	3.8	11	84	15	50	2	15	0	82	0.77
64628475--64628544	31	2.2	32	85	14	92	4	14	1	80	0.94
64628500--64628542	5	8.4	5	87	10	61	2	16	0	81	0.79
64633653--64633741	30	3.0	31	78	4	94	29	24	16	29	1.97
64633783--64633825	17	2.5	18	81	11	54	30	2	9	58	1.42
64635386--64635436	23	2.3	23	83	9	63	43	41	0	15	1.47
64638909--64639150	40	6.1	40	93	3	375	25	29	23	21	1.99
64642991--64643135	79	1.9	77	81	5	175	22	30	24	22	1.99
64643000--64643140	40	3.6	39	82	5	135	22	28	24	24	2.00
64650941--64651148	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
64651041--64651148	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
64655335--64655379	22	2.0	22	95	0	81	42	6	22	28	1.79
64655606--64655692	43	2.0	43	84	0	111	26	12	22	37	1.90
64669536--64670313	48	16.0	48	91	2	1196	31	26	6	35	1.83
64669536--64670313	146	5.3	144	90	2	1196	31	26	6	35	1.83
64669545--64670313	98	7.9	98	93	1	1184	31	26	6	35	1.83
64672361--64672521	57	2.8	57	88	1	225	31	29	16	22	1.96
64672363--64672517	28	5.5	28	72	9	116	31	28	17	22	1.96
64672527--64672802	40	6.9	40	91	1	421	26	30	21	20	1.98
64674080--64674181	37	2.8	37	93	0	168	25	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64674322--64674998	48	14.0	48	92	2	1072	31	27	6	35	1.81
64674322--64674998	98	7.0	96	93	2	1099	31	27	6	35	1.81
64674322--64674998	146	4.7	144	91	2	1090	31	27	6	35	1.81
64686360--64686530	50	3.5	50	80	9	194	22	30	19	26	1.98
64689639--64689836	71	2.8	70	91	3	276	34	17	27	20	1.95
64689705--64689822	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64689673--64689836	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
64697096--64697248	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
64705079--64705231	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
64710042--64710187	40	3.7	40	79	9	138	22	23	27	26	2.00
64712979--64713040	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
64713020--64713099	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
64712995--64713121	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
64713021--64713133	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
64713114--64713432	27	11.8	27	86	2	374	41	8	21	28	1.83
64713114--64713432	54	5.9	54	89	0	433	41	8	21	28	1.83
64713438--64713527	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
64713421--64713527	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
64713438--64713542	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
64722201--64722460	128	2.0	128	96	0	484	34	16	17	31	1.93
64726994--64727072	40	2.0	40	82	5	97	30	21	18	29	1.97
64736666--64736765	40	2.4	43	79	11	118	30	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64737195--64737260	29	2.3	29	81	5	71	30	22	4	42	1.74
64739484--64739557	37	2.0	37	89	0	112	35	5	13	45	1.66
64743302--64743543	51	4.9	51	93	5	433	31	8	28	30	1.86
64743300--64743543	98	2.5	98	93	5	429	31	8	28	31	1.86
64743299--64743550	96	2.6	99	89	7	343	32	7	28	31	1.86
64743557--64743686	48	2.7	48	90	0	197	33	8	27	30	1.86
64743726--64743816	37	2.4	37	92	1	146	24	17	31	26	1.97
64750062--64750086	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
64750247--64750285	2	20.0	2	89	5	62	46	0	0	53	1.00
64761099--64761329	40	5.8	40	90	2	313	23	29	21	24	1.99
64761079--64761324	79	3.1	78	86	2	330	25	30	20	23	1.99
64769262--64769502	40	6.1	39	86	4	306	25	30	20	23	1.99
64769258--64769502	79	3.1	78	86	4	316	25	29	20	24	1.99
64769262--64769502	119	2.0	118	91	2	394	25	30	20	23	1.99
64779322--64779346	13	1.9	13	100	0	50	24	36	24	16	1.94
64781073--64781130	26	2.2	26	96	0	107	48	3	13	34	1.60
64785867--64785983	37	3.2	37	96	0	207	22	34	20	23	1.97
64786085--64786304	49	4.5	49	93	2	345	29	30	9	30	1.88
64789274--64789452	40	4.5	40	79	6	184	25	24	26	24	2.00
64789275--64789452	79	2.2	81	81	5	209	25	24	26	23	2.00
64789395--64789478	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
64797364--64797542	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64797364--64797556	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
64797485--64797568	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
64800250--64800415	73	2.3	73	94	0	296	33	15	24	26	1.95
64800254--64800417	24	6.8	24	70	9	91	34	15	23	26	1.95
64800883--64800945	31	2.1	31	93	3	110	22	11	17	49	1.78
64801677--64801710	17	2.0	17	88	11	52	29	8	11	50	1.69
64801831--64801904	37	2.0	37	94	0	130	43	9	6	40	1.64
64804925--64805118	50	3.9	49	81	6	212	25	18	28	27	1.98
64812286--64812353	27	2.5	27	83	4	75	20	26	33	19	1.96
64812497--64812521	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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