genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  205  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62604926--62605220	47	6.3	47	93	0	500	33	8	30	27	1.86
62609322--62609349	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
62610087--62610208	45	2.7	45	83	5	156	40	16	21	21	1.91
62610182--62610342	45	3.6	44	73	8	135	47	10	21	21	1.80
62610181--62610379	45	4.4	45	74	3	130	47	10	21	21	1.80
62610186--62610386	90	2.2	91	81	2	226	45	9	21	22	1.81
62610734--62610782	21	2.3	21	85	0	62	16	34	30	18	1.93
62617297--62617523	46	4.9	46	91	1	312	23	24	12	40	1.89
62620599--62620700	42	2.4	43	78	3	116	26	22	17	33	1.96
62635195--62635226	12	2.7	12	100	0	64	25	40	18	15	1.90
62638364--62638539	46	3.8	45	78	12	187	21	20	28	29	1.98
62638361--62638532	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
62645158--62645402	40	6.2	40	94	2	415	22	22	26	28	1.99
62645158--62645402	79	3.1	80	94	1	431	22	22	26	28	1.99
62645158--62645402	119	2.1	119	94	1	429	22	22	26	28	1.99
62652365--62652609	40	6.2	40	92	2	397	22	22	26	28	1.99
62652353--62652609	79	3.2	79	90	2	399	22	22	26	28	1.99
62652365--62652609	119	2.1	119	92	1	411	22	22	26	28	1.99
62656393--62656599	53	3.8	53	76	3	144	20	24	16	37	1.93
62666601--62666641	10	4.1	10	80	20	50	53	29	0	17	1.44
62674811--62674985	40	4.4	40	96	0	323	29	29	19	21	1.98
62682927--62683136	40	5.2	40	97	0	402	27	29	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62692557--62692751	49	3.9	49	77	6	196	25	18	27	28	1.98
62697135--62697304	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
62697135--62697554	48	8.8	48	90	2	317	33	8	28	29	1.86
62697282--62697549	48	5.6	48	93	0	428	34	8	27	29	1.86
62697598--62697683	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
62699856--62699920	15	4.4	15	75	22	66	10	13	12	63	1.53
62708282--62708453	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
62708274--62708449	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
62712331--62712377	23	2.0	23	95	0	85	25	25	6	42	1.78
62715614--62715717	40	2.5	44	84	12	130	34	28	10	25	1.90
62716343--62716385	20	2.4	17	81	14	50	62	20	4	11	1.46
62719241--62719268	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
62719640--62719797	39	4.1	39	91	0	253	26	23	22	27	1.99
62726461--62726618	43	3.7	43	76	5	142	25	19	26	28	1.99
62736770--62736917	43	3.5	44	77	10	155	27	19	25	27	1.99
62736770--62736936	43	3.9	41	77	9	140	26	19	25	29	1.98
62736770--62736925	85	1.8	85	83	5	208	26	19	25	27	1.99
62740405--62740502	43	2.3	43	80	7	110	25	16	24	33	1.96
62741296--62741396	43	2.3	43	86	3	132	18	28	28	23	1.98
62742909--62742941	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
62746315--62746355	21	2.0	21	85	0	55	31	26	26	14	1.95
62748216--62748262	6	7.8	6	85	0	58	14	2	6	76	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62749435--62749490	26	2.2	26	100	0	112	17	3	23	55	1.58
62751818--62751860	18	2.4	18	81	11	54	4	18	9	67	1.36
62759607--62759707	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62768868--62768893	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
62775238--62775277	21	2.0	21	85	5	55	32	20	20	27	1.97
62778714--62778896	40	4.6	39	74	7	129	27	22	27	22	1.99
62786500--62786683	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62786540--62786728	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62790459--62790629	93	1.8	93	91	0	279	29	27	21	22	1.99
62790452--62790621	46	3.7	46	74	10	175	30	28	20	21	1.98
62793338--62793394	30	1.9	29	89	3	87	56	14	15	14	1.68
62795753--62795841	40	2.2	40	94	4	153	37	19	12	31	1.88
62796408--62796577	92	1.8	92	88	2	261	30	28	19	21	1.98
62796400--62796574	46	3.8	46	75	14	164	30	28	18	21	1.97
62798237--62798452	56	3.9	56	92	1	353	32	23	15	28	1.95
62798237--62798454	111	2.0	112	92	0	366	32	23	15	28	1.95
62811470--62811523	26	2.1	26	100	0	108	38	0	24	37	1.56
62815221--62815269	18	2.7	18	74	0	53	28	16	10	44	1.80
62816588--62816654	27	2.5	27	85	2	100	19	16	20	43	1.88
62825952--62826059	38	2.8	38	92	4	182	24	22	13	39	1.90
62825975--62826076	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
62826267--62826384	23	5.0	24	85	7	152	26	24	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62826267--62826384	47	2.5	47	89	6	168	26	24	21	27	1.99
62826435--62826474	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
62828204--62828229	11	2.4	11	100	0	52	50	7	0	42	1.31
62834065--62834163	31	3.1	31	84	11	144	22	22	16	39	1.92
62834042--62834163	35	3.5	35	87	8	162	21	23	17	37	1.94
62834355--62834472	23	5.0	24	89	7	170	26	22	22	28	1.99
62834355--62834472	47	2.5	47	89	6	168	26	22	22	28	1.99
62834523--62834582	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
62834523--62834577	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
62834625--62834672	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
62836522--62836619	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62844195--62844292	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62851871--62851968	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62855169--62855357	29	6.5	29	84	3	229	26	15	30	26	1.96
62865853--62866139	27	10.6	27	82	7	323	41	9	21	28	1.83
62865855--62866139	81	3.5	81	86	2	378	41	9	21	28	1.83
62869759--62870045	27	10.6	27	82	7	323	41	9	21	28	1.83
62869761--62870045	81	3.5	81	86	2	378	41	9	21	28	1.83
62873000--62873179	84	2.1	84	84	4	229	33	23	18	24	1.97
62873002--62873319	43	7.5	43	84	3	258	32	23	18	26	1.97
62873002--62873318	86	3.7	86	82	5	324	31	23	18	26	1.97
62873046--62873318	86	3.2	86	85	2	345	31	23	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62873616--62873662	21	2.3	21	96	3	87	0	57	19	23	1.41
62874210--62874247	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
62879799--62879840	21	2.0	21	95	0	75	47	11	9	30	1.72
62879440--62881618	471	4.7	467	95	2	3964	41	11	11	35	1.76
62879446--62881618	932	2.3	930	99	0	4280	41	11	11	35	1.76
62883300--62883551	133	1.9	133	97	1	479	51	18	9	20	1.74
62886935--62886985	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
62886974--62887005	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
62887833--62887872	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
62888034--62888374	41	8.4	41	87	3	469	19	22	23	34	1.96
62888034--62888367	162	2.1	162	91	2	546	19	22	23	34	1.97
62888034--62888414	81	4.7	79	84	7	412	18	21	23	35	1.95
62889985--62890084	50	2.0	50	100	0	200	38	18	14	30	1.89
62891375--62891466	42	2.2	42	92	0	148	34	19	14	31	1.91
62891611--62891759	26	5.8	26	87	0	212	27	21	23	27	1.99
62891611--62891759	52	2.9	52	91	2	248	27	21	23	27	1.99
62892561--62892640	27	3.0	27	90	3	108	21	25	21	32	1.98
62892573--62892644	27	2.7	27	93	4	110	20	26	23	29	1.99
62892696--62892748	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
62892705--62893042	27	12.5	27	76	9	114	31	9	20	39	1.83
62892796--62893028	54	4.3	53	79	4	225	29	8	21	41	1.82
62892793--62893028	81	2.9	81	86	4	325	29	8	21	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62893020--62893096	27	2.9	27	92	0	118	41	9	20	28	1.83
62892979--62893107	27	4.8	27	82	0	96	34	8	21	35	1.84
62901884--62901991	42	2.6	41	83	4	119	33	24	13	28	1.94
62923471--62923610	40	3.5	39	82	9	124	25	27	22	24	2.00
62923512--62923663	40	3.8	40	86	5	175	24	26	23	25	2.00
62927210--62927402	40	4.8	40	83	5	178	25	27	23	23	2.00
62927185--62927402	80	2.7	78	73	14	203	25	27	22	24	2.00
62938292--62938679	47	8.3	47	91	1	618	28	29	8	33	1.87
62941762--62941915	28	5.5	28	66	11	109	28	28	20	22	1.98
62941736--62941917	56	3.3	56	95	0	330	28	30	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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