genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  207  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63251005--63251063	18	3.3	18	78	0	64	23	20	15	40	1.90
63252140--63252204	9	7.0	9	81	13	78	44	18	0	36	1.50
63255720--63255775	29	2.0	28	86	10	78	39	5	26	28	1.78
63259801--63259982	28	6.5	28	81	5	125	32	28	13	25	1.93
63259801--63259982	56	3.2	56	80	0	220	32	28	13	25	1.93
63263256--63263282	13	2.1	13	100	0	54	29	11	14	44	1.80
63263974--63264022	20	2.4	21	83	6	57	40	0	4	55	1.19
63264427--63264466	10	3.8	10	87	12	62	67	0	25	7	1.16
63264423--63264477	22	2.6	21	94	2	92	60	0	29	10	1.31
63264423--63264477	11	5.1	11	76	12	60	60	0	29	10	1.31
63265883--63266039	46	3.4	46	77	10	151	40	12	26	20	1.88
63266912--63266957	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
63266924--63266967	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
63268175--63268462	27	10.7	27	81	7	230	37	21	11	29	1.89
63268346--63268621	27	10.3	27	89	0	410	34	20	21	23	1.97
63269063--63269127	22	3.0	22	82	8	87	21	21	21	35	1.96
63269286--63269387	27	3.8	27	84	5	125	18	22	21	37	1.94
63269519--63269606	6	14.3	6	73	17	65	20	18	13	47	1.82
63269519--63269597	31	2.5	31	89	0	113	20	18	12	48	1.81
63270001--63270070	20	3.2	20	65	27	52	42	28	2	25	1.69
63270168--63270533	27	13.6	27	82	4	436	26	19	17	36	1.94
63270168--63270533	54	6.8	54	90	0	518	26	19	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63270518--63270615	27	3.6	27	87	2	135	25	7	24	42	1.80
63282546--63282724	28	6.4	28	81	1	180	31	25	14	27	1.95
63285215--63285304	29	3.1	29	90	1	146	27	14	28	28	1.95
63290459--63290510	26	2.0	27	84	3	70	19	21	19	40	1.92
63291962--63292034	36	2.1	35	92	2	119	31	6	9	52	1.60
63295217--63295289	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
63296686--63296998	43	7.2	43	86	10	413	11	23	32	31	1.91
63296688--63296998	83	3.6	84	83	12	410	11	23	32	31	1.91
63296846--63296933	27	3.3	27	90	3	135	11	23	30	34	1.90
63297155--63297312	29	5.5	28	70	12	115	22	20	27	29	1.98
63297152--63297319	58	2.9	58	94	1	286	22	19	29	28	1.98
63301269--63301341	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
63304370--63304467	34	2.9	34	90	3	144	25	24	22	27	2.00
63311874--63312001	46	2.8	45	81	11	154	23	20	26	29	1.99
63312225--63312262	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
63315754--63315803	23	2.2	23	82	13	59	40	18	16	26	1.90
63315839--63315958	27	4.5	27	81	5	118	21	21	15	40	1.90
63315866--63315980	53	2.1	54	85	4	153	20	17	17	45	1.86
63315866--63315980	27	4.3	27	81	8	137	20	17	17	45	1.86
63315972--63316080	54	2.0	54	89	7	168	34	15	16	33	1.91
63315975--63316100	27	4.7	27	83	3	146	34	17	16	31	1.93
63322656--63322785	40	3.2	40	75	6	138	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63322673--63322823	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	1.99
63322673--63322821	80	1.9	80	83	8	196	22	26	23	27	1.99
63324595--63324624	13	2.3	13	94	0	51	23	33	30	13	1.93
63345914--63346122	40	5.2	40	82	5	228	24	21	27	26	1.99
63347517--63347648	50	2.6	52	84	6	180	34	14	12	37	1.84
63347533--63347655	52	2.4	52	86	5	153	32	13	13	39	1.85
63349077--63349134	29	2.0	29	96	0	107	39	10	24	25	1.87
63351734--63351758	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
63356852--63356982	40	3.3	40	75	10	142	25	22	27	24	2.00
63358347--63358987	47	13.6	47	93	0	1066	33	8	28	28	1.87
63360944--63361056	38	3.0	38	81	5	138	30	16	28	24	1.97
63360944--63361086	38	3.8	38	81	1	108	28	15	27	27	1.96
63361114--63361260	40	3.7	40	96	0	258	20	23	29	25	1.99
63361433--63361486	25	2.2	25	90	3	83	29	12	29	27	1.94
63365158--63365256	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
63371441--63371538	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
63375753--63375851	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
63378129--63378893	47	16.3	47	93	0	1287	33	9	29	27	1.88
63378367--63378442	22	3.3	22	68	10	71	32	11	27	27	1.92
63378367--63378489	22	5.3	22	63	18	61	33	10	28	27	1.90
63378555--63378677	22	5.3	22	62	18	61	33	9	29	27	1.89
63381001--63381070	19	3.7	19	80	3	70	32	7	0	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63381001--63381070	9	7.4	9	73	7	59	32	7	0	60	1.24
63382399--63382428	14	2.1	14	100	0	60	13	20	36	30	1.90
63389034--63389099	34	1.9	34	93	0	114	43	16	19	19	1.88
63390861--63390912	26	2.0	26	85	7	70	46	19	19	15	1.85
63392348--63392510	42	3.9	42	81	4	202	25	26	16	31	1.97
63392347--63392510	85	1.9	84	83	3	213	26	26	16	31	1.97
63393847--63393971	65	1.9	65	83	0	160	38	18	17	25	1.92
63407997--63408091	27	3.5	26	79	8	100	14	22	23	40	1.91
63415783--63415890	27	4.0	26	83	8	126	16	22	22	38	1.93
63415783--63415890	54	2.0	54	85	7	148	16	22	22	38	1.93
63418557--63418653	40	2.4	40	85	0	122	31	24	18	24	1.97
63418583--63418664	40	2.0	40	88	0	110	36	26	17	19	1.94
63421300--63421522	111	2.0	111	94	0	392	27	13	20	38	1.90
63422761--63422807	23	2.0	23	100	0	94	46	0	25	27	1.53
63425475--63425644	93	1.8	93	89	2	270	30	28	19	21	1.98
63425469--63425639	46	3.7	46	76	13	172	30	27	19	22	1.98
63427276--63427302	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
63430504--63430555	26	2.0	26	96	0	95	53	13	3	28	1.57
63441310--63441547	50	4.8	49	79	4	235	30	26	17	25	1.97
63441310--63441553	49	4.9	49	78	4	229	30	26	17	25	1.97
63441324--63441547	99	2.3	98	81	6	247	31	26	17	25	1.97
63448373--63448403	15	2.1	15	93	0	53	38	16	9	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63457662--63457813	42	3.7	41	76	5	117	30	22	15	31	1.95
63462247--63462335	44	2.0	44	97	0	169	21	25	21	31	1.98
63467402--63467651	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
63471459--63471609	42	3.6	41	83	5	196	27	25	17	30	1.97
63489415--63489498	26	3.3	26	80	9	104	27	23	20	28	1.99
63489550--63489602	20	2.8	20	86	11	67	33	18	9	37	1.83
63489630--63489677	25	1.9	25	82	0	60	29	14	20	35	1.93
63491353--63491635	40	7.2	39	87	4	381	28	26	20	24	1.99
63491353--63491634	119	2.4	119	89	3	417	28	26	20	24	1.99
63491353--63491635	79	3.6	80	87	4	396	28	26	20	24	1.99
63500467--63500683	40	5.5	40	89	3	298	24	29	23	22	1.99
63502445--63502700	79	3.2	80	87	3	358	28	26	20	23	1.99
63502445--63502694	119	2.1	118	88	2	367	29	26	20	23	1.99
63502445--63502700	40	6.5	40	90	3	358	28	26	20	23	1.99
63509336--63509488	40	3.8	40	79	9	152	23	23	28	24	2.00
63509336--63509488	80	1.9	80	81	7	186	23	23	28	24	2.00
63516372--63516524	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
63520187--63520315	64	2.0	64	96	0	240	28	20	17	33	1.95
63534725--63534758	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
63535470--63535638	40	4.2	40	81	5	182	25	24	25	24	2.00
63552471--63552565	45	2.1	45	88	3	138	25	18	29	26	1.98
63552878--63553454	45	12.9	45	90	2	878	24	19	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63553964--63554041	39	2.0	39	100	0	156	30	12	17	38	1.88
63553967--63554028	19	3.2	19	66	20	56	33	12	16	37	1.87
63555841--63556065	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
63563921--63564144	40	5.6	40	84	5	274	23	27	24	25	2.00
63563885--63564144	80	3.3	80	81	6	296	23	26	24	25	2.00
63565907--63565936	14	2.2	13	94	5	51	56	13	0	30	1.37
63572166--63572202	18	2.1	18	89	0	56	10	5	24	59	1.52
63573948--63574012	9	6.8	9	78	13	67	36	10	18	33	1.86
63573952--63574018	20	3.3	20	97	0	125	35	11	19	32	1.88
63573952--63574032	40	2.0	39	86	9	110	35	12	18	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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