genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  289  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89577595--89577651	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
89577591--89577653	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
89578905--89578998	27	3.5	26	90	7	136	21	25	20	32	1.97
89579027--89579326	27	11.0	27	77	7	160	34	8	18	38	1.82
89579140--89579290	81	1.9	81	83	2	196	31	5	21	41	1.77
89579259--89579522	27	9.8	27	87	0	350	40	8	21	28	1.83
89579528--89579617	27	3.3	27	89	3	128	33	10	16	40	1.82
89579259--89579576	81	3.9	81	83	1	262	39	9	21	30	1.84
89579528--89579632	27	3.9	26	83	7	111	35	9	16	39	1.81
89589487--89589518	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
89589945--89590177	24	9.9	24	75	11	205	23	12	28	35	1.92
89589945--89590177	48	4.9	48	79	7	244	23	12	28	35	1.92
89589945--89590177	72	3.3	71	80	3	258	23	12	28	35	1.92
89590075--89590139	20	3.0	20	82	8	67	20	13	29	36	1.91
89590042--89590163	44	2.7	44	87	5	136	21	14	30	33	1.93
89591189--89591364	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
89591186--89591357	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
89594552--89594577	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89595367--89595450	28	3.0	28	80	1	107	17	23	20	38	1.93
89600612--89600764	43	3.7	40	81	7	157	26	15	26	32	1.96
89603666--89603811	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
89603698--89603849	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89612565--89612594	14	2.1	14	100	0	60	43	13	13	30	1.82
89613515--89613622	43	2.5	43	77	7	121	31	15	22	30	1.95
89621043--89621112	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
89621043--89621124	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
89627338--89627407	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
89627338--89627419	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
89635275--89635344	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
89635275--89635356	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
89646300--89646342	10	4.4	10	94	5	79	62	0	9	27	1.25
89646300--89646342	19	2.2	20	95	4	79	62	0	9	27	1.25
89646684--89646853	43	4.0	43	76	9	159	27	13	24	34	1.93
89651483--89651601	24	4.6	26	79	8	84	33	13	23	29	1.93
89651527--89651600	24	3.1	24	90	0	112	31	13	25	29	1.94
89651498--89651600	48	2.1	49	83	7	127	33	13	24	29	1.93
89658667--89658834	40	4.2	40	79	4	160	25	22	27	25	2.00
89661953--89661977	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
89662688--89662810	47	2.6	46	84	12	153	29	18	29	22	1.98
89662685--89662886	46	4.4	45	76	12	180	29	17	28	23	1.97
89663957--89664016	21	2.9	21	97	2	113	10	38	30	21	1.86
89668943--89669153	47	4.7	47	80	10	260	29	14	23	31	1.94
89669037--89669198	38	4.0	38	80	13	189	29	14	25	30	1.95
89668988--89669191	85	2.4	85	95	0	363	28	14	24	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89682602--89682643	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
89685119--89685499	47	8.7	47	75	15	384	30	14	22	31	1.94
89685213--89685544	38	8.0	38	74	16	268	30	14	23	31	1.94
89685164--89685537	85	4.4	85	94	0	622	29	14	23	32	1.94
89686049--89686085	19	1.9	19	88	0	56	62	0	5	32	1.18
89694669--89694753	24	3.5	24	88	0	125	36	29	12	21	1.91
89696007--89696042	15	2.5	14	86	8	54	22	11	0	66	1.22
89701045--89701214	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
89709140--89709349	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
89713992--89714085	24	3.9	24	88	0	134	36	30	12	20	1.90
89713949--89714082	48	2.8	48	82	0	142	35	28	12	23	1.91
89715327--89715362	15	2.5	14	86	8	54	22	11	0	66	1.22
89717236--89717260	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
89718063--89718236	46	3.7	45	82	10	165	29	18	28	22	1.98
89721086--89721268	24	7.6	24	94	0	294	34	25	18	21	1.96
89721064--89721268	48	4.3	47	87	3	266	34	24	18	22	1.96
89721718--89721747	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
89724368--89724548	24	7.7	23	91	4	238	34	25	18	21	1.96
89724350--89724548	47	4.3	47	87	4	262	34	25	18	22	1.96
89724999--89725025	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
89732094--89732276	24	7.6	24	94	0	294	34	25	18	21	1.96
89732072--89732276	48	4.3	47	87	3	266	34	24	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89732727--89732754	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89741442--89741511	22	2.8	25	71	20	67	62	0	0	37	0.95
89741462--89741512	19	2.7	20	75	6	61	62	0	0	37	0.95
89741515--89741544	8	3.8	8	95	0	51	50	0	0	50	1.00
89749432--89749570	24	5.8	24	96	0	242	34	27	17	20	1.95
89749553--89749626	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
89753334--89753445	59	1.9	59	85	5	154	26	27	20	25	1.99
89761617--89761655	3	12.7	3	83	5	51	33	7	0	58	1.26
89762054--89762189	3	45.7	3	70	10	82	32	5	4	57	1.43
89762153--89762203	21	2.4	22	80	9	70	27	3	3	64	1.28
89769748--89769851	55	1.9	55	82	4	129	21	31	23	24	1.98
89775726--89775766	21	2.0	21	90	0	64	21	2	2	73	1.07
89786869--89786986	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
89786837--89787000	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
89794447--89794564	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
89794415--89794578	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
89797992--89798547	206	2.7	206	92	1	882	31	17	22	28	1.97
89800220--89800284	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
89800603--89800646	23	1.9	23	90	0	70	20	2	2	75	1.03
89803684--89803740	26	2.2	26	83	3	69	26	17	19	36	1.94
89804021--89804059	20	1.9	21	94	5	71	23	25	20	30	1.98
89804890--89804928	18	2.1	18	85	4	51	71	0	25	2	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89805980--89806023	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
89830296--89830320	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
89830570--89830609	13	3.1	13	96	0	71	20	40	25	15	1.90
89836966--89837066	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
89836966--89837148	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
89844991--89845091	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
89844991--89845173	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
89850501--89850537	18	2.0	19	85	15	51	72	0	24	2	0.97
89851838--89852036	40	5.0	40	84	4	190	28	20	23	27	1.99
89855330--89855502	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
89855327--89855497	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
89862595--89862765	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
89862599--89862770	46	3.7	46	79	13	208	21	22	28	27	1.99
89879123--89879182	26	2.4	26	86	5	88	23	26	16	33	1.96
89879353--89879396	20	2.2	20	87	0	61	36	2	18	43	1.63
89881576--89881743	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
89886387--89886435	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
89887255--89887405	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
89887291--89887421	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
89894392--89894440	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
89895258--89895424	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
89898392--89898492	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89906339--89906439	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
89908739--89908816	34	2.3	35	89	6	117	28	26	24	20	1.99
89908704--89908816	34	3.4	34	80	8	115	30	26	22	21	1.99
89911670--89911716	19	2.6	18	77	12	51	38	19	6	36	1.77
89912890--89912979	28	3.2	28	88	3	126	27	27	13	31	1.94
89919375--89919491	34	3.4	34	86	0	162	24	26	22	26	2.00
89922382--89922554	56	3.1	56	88	3	240	27	13	24	34	1.93
89922959--89922986	13	2.2	13	100	0	56	28	0	32	39	1.57
89926646--89926715	22	3.3	21	70	20	56	25	4	2	67	1.23
89932177--89932322	76	1.9	76	92	0	247	30	24	28	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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