Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  150  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45621779--45621933
38
4.0
38
93
1
247
25
20
31
21
1.98
45621798--45621977
38
4.6
40
87
1
145
22
22
32
22
1.98
45637616--45637838
39
5.6
40
82
9
285
24
29
22
23
1.99
45645464--45645685
39
5.6
40
87
7
328
26
27
22
22
1.99
45647785--45647817
16
2.1
16
94
0
57
42
18
24
15
1.88
45648038--45648100
29
2.2
29
86
8
85
22
15
33
28
1.95
45649772--45649979
40
5.2
40
84
2
249
24
21
26
26
1.99
45651828--45651861
18
1.9
18
88
5
52
41
11
17
29
1.85
45653845--45653887
20
2.0
20
86
8
59
23
4
27
44
1.73
45665171--45665237
33
2.1
33
88
8
102
26
23
25
23
2.00
45669071--45669115
2
22.5
2
86
0
63
44
4
2
48
1.35
45676310--45676353
23
1.9
23
86
9
63
56
4
0
38
1.20
45679011--45679068
30
2.0
29
93
3
98
24
17
27
31
1.97
45695812--45695950
40
3.5
40
84
4
140
23
28
23
25
1.99
45695787--45696003
79
2.7
81
77
9
205
24
26
22
25
2.00
45707168--45707197
7
4.3
7
100
0
60
56
0
0
43
0.99
45708225--45708287
27
2.3
28
81
8
76
33
3
3
60
1.28
45713116--45713245
65
2.0
65
98
0
251
41
20
14
23
1.89
45715412--45715591
68
2.8
63
79
10
175
25
28
16
30
1.96
45728147--45728200
22
2.4
21
82
11
72
33
9
14
42
1.78
45734361--45734386
13
2.0
13
100
0
52
15
7
0
76
0.99
45734368--45734474
51
2.1
52
85
5
155
29
15
7
46
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45735437--45735480
22
2.0
21
91
4
70
38
38
0
22
1.55
45736667--45736707
22
1.9
21
90
5
64
31
0
7
60
1.24
45736819--45736937
37
3.2
36
78
10
114
33
5
4
57
1.40
45736845--45736913
26
2.7
25
80
8
77
31
1
1
65
1.11
45737070--45737108
21
1.9
20
89
5
60
28
5
7
58
1.47
45740950--45741051
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
45743875--45743919
22
2.0
22
91
0
72
26
20
6
46
1.75
45745926--45746108
39
4.7
39
93
0
312
22
29
21
26
1.99
45755634--45755860
73
3.1
71
83
8
269
28
19
20
31
1.97
45755706--45756262
158
3.5
157
88
6
760
28
18
20
32
1.96
45755777--45756352
88
6.9
82
72
18
295
28
18
19
33
1.96
45756012--45756178
75
2.2
75
83
8
196
26
19
19
34
1.96
45756033--45756178
75
1.9
75
86
5
206
26
19
21
31
1.98
45756253--45756287
14
2.5
14
90
0
52
20
17
2
60
1.49
45755939--45756399
254
1.8
254
87
3
694
28
18
18
33
1.95
45756089--45756363
88
3.1
89
83
5
331
27
19
17
36
1.94
45758121--45758289
3
55.0
3
66
16
62
33
5
4
56
1.42
45758183--45758281
24
4.3
23
73
15
73
29
7
3
60
1.38
45758439--45758500
25
2.5
25
84
7
83
33
1
1
62
1.14
45758470--45758501
14
2.1
16
88
11
50
37
0
0
62
0.95
45758436--45758523
36
2.4
37
81
9
99
32
4
3
59
1.35
45758544--45758580
2
19.5
2
83
10
51
45
0
2
51
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45758660--45758698
21
1.9
20
89
5
60
28
5
7
58
1.47
45763307--45763608
23
13.2
23
80
6
299
31
26
19
22
1.98
45763317--45763609
46
6.4
46
88
4
389
30
26
20
22
1.98
45763307--45763615
69
4.5
68
85
6
372
31
25
19
22
1.98
45770982--45771191
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
45773688--45773720
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
45773951--45774003
18
2.9
19
75
8
56
66
1
1
30
1.13
45774262--45774544
72
4.1
70
66
24
154
60
1
3
35
1.21
45774452--45774616
3
53.7
3
71
20
94
63
0
1
35
1.07
45774461--45774623
12
13.7
12
71
22
105
63
0
1
33
1.09
45774264--45774544
16
17.2
16
72
22
148
60
1
3
35
1.21
45777066--45777224
54
3.0
54
88
6
225
40
19
7
32
1.80
45777072--45777295
81
2.8
80
78
3
234
39
20
8
31
1.82
45777072--45777295
27
8.3
27
81
5
204
39
20
8
31
1.82
45777273--45777564
27
10.8
27
86
2
381
28
23
8
39
1.85
45778806--45778855
25
2.0
26
84
4
66
30
24
20
26
1.98
45778892--45778948
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
45778890--45778960
20
3.5
20
94
0
124
35
11
21
32
1.89
45778901--45778955
11
5.4
11
70
16
55
36
12
20
30
1.90
45779007--45779173
23
7.1
23
93
2
271
28
22
21
28
1.99
45779006--45779195
24
8.0
23
90
4
274
28
22
22
27
1.99
45779005--45779194
47
4.0
47
91
5
276
27
22
22
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45779386--45779480
31
3.1
31
98
0
181
38
15
22
23
1.92
45780192--45781114
205
4.5
205
92
0
1488
28
22
19
29
1.98
45783442--45783511
27
2.5
28
86
2
106
28
28
12
30
1.93
45796048--45796106
18
3.2
19
76
7
59
64
1
1
32
1.13
45796352--45796645
3
96.7
3
64
23
68
61
0
5
32
1.23
45796355--45796463
35
3.2
35
74
19
104
62
0
4
33
1.16
45796382--45796532
13
11.8
13
65
25
65
60
0
3
34
1.20
45796351--45796609
19
13.5
19
69
23
95
59
0
5
34
1.24
45796391--45796577
48
3.8
49
75
16
122
59
1
4
34
1.25
45796544--45796606
22
3.0
21
80
15
67
58
0
4
36
1.19
45796355--45796608
7
36.1
7
64
24
74
59
0
5
34
1.25
45796355--45796608
14
18.1
14
66
22
99
59
0
5
34
1.25
45796352--45796598
29
8.9
28
65
24
75
60
0
4
34
1.24
45797476--45797505
15
2.0
15
100
0
60
20
26
6
46
1.75
45800993--45801217
51
4.4
50
74
12
158
34
5
31
28
1.81
45803771--45803934
40
4.1
40
80
6
170
25
21
28
25
1.99
45806904--45806987
43
2.0
43
87
0
123
28
33
16
21
1.95
45807586--45807611
8
3.2
8
100
0
52
26
26
0
46
1.53
45811603--45811788
39
4.8
39
93
0
327
22
31
24
21
1.98
45817554--45817827
39
7.1
39
90
1
435
22
29
24
23
1.99
45817554--45817827
77
3.5
77
90
0
440
22
29
24
23
1.99
45817549--45817827
116
2.4
116
93
1
497
22
29
23
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45832970--45833012
10
4.1
10
80
11
50
53
27
2
16
1.55
45833762--45833827
31
2.2
31
91
2
107
34
19
16
28
1.94
45833815--45833933
44
2.7
44
89
0
193
29
26
19
24
1.98
45837276--45837385
43
2.6
42
80
5
141
30
18
23
27
1.97
45842019--45842090
34
2.1
34
84
5
92
29
22
18
30
1.97
45846882--45847143
100
2.6
100
84
3
321
33
11
16
38
1.85
45846882--45847154
50
5.5
50
81
5
291
33
12
16
37
1.86
45854536--45854938
49
8.3
49
95
1
715
31
8
29
30
1.86
45858599--45858811
50
4.3
50
81
4
232
30
11
19
38
1.86
45873451--45873509
27
2.2
28
82
11
70
33
3
1
61
1.23
45880869--45881102
6
38.8
6
73
18
193
48
13
17
20
1.80
45880831--45881063
30
7.9
30
77
12
110
50
13
16
19
1.78
45881220--45881285
27
2.5
27
80
11
82
37
21
22
18
1.94
45881238--45881293
27
2.1
27
83
6
69
37
21
23
17
1.94
45881244--45881301
27
2.1
27
81
6
64
37
27
18
15
1.92
45881458--45881516
22
2.7
22
81
0
64
32
22
25
20
1.98
45881603--45881685
27
3.1
26
87
5
112
37
21
21
19
1.94
45881884--45882160
27
10.3
27
83
0
329
26
18
18
36
1.94
45881887--45882152
81
3.3
81
91
1
390
26
19
18
36
1.94
45882165--45882308
27
5.3
27
84
3
173
42
10
22
24
1.85
45882165--45882308
54
2.7
54
81
8
202
42
10
22
24
1.85
45884233--45884281
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45885097--45885263
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
45892226--45892274
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
45893136--45893244
38
2.8
37
83
8
128
22
22
30
24
1.99
45893096--45893260
40
4.2
40
78
9
162
25
21
27
24
1.99
45894595--45894877
47
6.0
47
91
4
426
32
8
30
29
1.87
45894595--45894866
144
1.9
145
91
2
449
31
8
30
29
1.88
45897036--45897240
41
5.5
33
89
8
162
24
19
27
27
1.99
45897057--45897257
37
5.2
39
94
4
338
25
20
28
25
1.99
45897057--45897242
81
2.4
76
95
4
327
25
19
28
26
1.99
45900895--45901306
47
8.7
47
93
3
655
32
7
30
29
1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425