genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  180  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54456047--54456103	30	1.9	30	89	7	89	22	24	8	43	1.81
54457447--54457471	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
54458353--54458420	27	2.5	28	90	2	111	25	13	27	33	1.93
54462811--54462845	12	2.7	13	91	8	54	65	0	17	17	1.27
54463202--54463260	21	2.8	21	86	0	73	37	28	6	27	1.82
54465482--54465746	40	6.7	40	83	6	281	25	28	22	23	1.99
54465526--54465747	120	1.9	120	89	0	345	25	27	22	24	2.00
54473377--54473523	40	3.7	40	89	0	224	23	19	30	27	1.98
54478040--54478189	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
54478064--54478247	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
54496396--54496571	50	3.5	49	85	3	199	28	25	18	27	1.98
54496396--54496580	101	1.8	99	84	2	253	28	25	18	27	1.98
54500459--54500715	40	6.5	39	88	2	295	23	23	28	24	1.99
54500459--54500689	120	1.9	119	87	4	340	22	23	29	24	1.99
54502764--54502870	39	2.7	37	84	9	117	20	29	26	23	1.99
54513505--54513574	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
54524267--54524320	6	8.5	6	76	11	54	9	18	0	72	1.11
54524241--54524321	18	4.3	18	81	9	92	14	16	1	67	1.29
54524268--54524321	20	2.8	20	89	10	85	11	18	0	70	1.16
54524327--54524359	17	1.9	17	93	0	57	0	21	0	78	0.75
54526115--54526164	20	2.3	23	83	13	61	44	14	8	34	1.74
54528926--54529001	37	2.1	37	92	0	125	30	18	7	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54536749--54536786	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
54547318--54547397	25	3.2	25	67	22	60	25	12	16	46	1.82
54551394--54551438	23	2.0	23	82	8	56	37	6	11	44	1.66
54561172--54561222	20	2.4	22	83	6	70	49	1	0	49	1.12
54565463--54565516	22	2.5	22	81	0	63	59	9	12	18	1.60
54565998--54566031	8	4.2	8	92	0	50	41	0	2	55	1.15
54568339--54568414	24	3.2	24	96	0	134	34	3	40	21	1.71
54569842--54569952	27	4.1	27	87	4	145	16	23	21	38	1.92
54581967--54582065	30	3.3	30	84	1	126	14	28	33	24	1.94
54587351--54587541	40	4.8	40	76	6	129	24	23	28	23	1.99
54587350--54587501	79	1.9	80	82	6	193	25	22	28	23	1.99
54590342--54590383	17	2.5	17	96	0	75	42	9	19	28	1.82
54594719--54594787	30	2.3	30	80	7	79	57	15	15	10	1.64
54594719--54594783	15	4.4	15	73	9	62	60	12	16	10	1.59
54599356--54599466	27	4.1	27	88	5	154	36	21	24	17	1.94
54599570--54599644	26	2.8	28	80	15	79	28	12	21	38	1.89
54607266--54607376	27	4.1	27	87	5	154	37	22	23	16	1.93
54607476--54607554	26	3.0	26	82	10	74	27	12	22	36	1.91
54608569--54608594	12	2.2	12	100	0	52	61	15	0	23	1.33
54619989--54620239	39	6.5	39	92	0	405	29	28	23	19	1.98
54619989--54620239	116	2.2	117	91	3	416	29	28	23	19	1.98
54622222--54622261	18	2.2	19	86	4	55	37	10	0	52	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54625493--54625560	28	2.4	28	82	0	91	23	14	35	26	1.94
54626818--54626851	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
54643770--54643994	40	5.6	40	83	5	274	23	22	28	26	1.99
54643770--54643994	83	2.8	80	83	8	269	23	22	28	26	1.99
54648064--54648089	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54649484--54650202	144	4.7	146	73	15	625	37	5	24	32	1.79
54649828--54649857	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
54649492--54649831	48	7.0	48	96	1	608	36	6	25	31	1.81
54649730--54649959	120	1.9	120	97	0	433	39	4	20	34	1.74
54649634--54650053	222	1.9	216	93	2	714	38	5	23	33	1.77
54649848--54650199	50	7.1	50	90	5	561	36	5	25	32	1.79
54649850--54650199	98	3.5	98	93	3	567	36	5	25	32	1.79
54650313--54650421	37	2.9	37	93	0	173	22	19	31	26	1.98
54652953--54653136	79	2.3	80	80	8	214	23	27	23	24	2.00
54652946--54653137	40	4.8	39	74	8	154	23	28	23	24	2.00
54654078--54654141	31	2.1	31	96	0	119	34	23	7	34	1.84
54659099--54659197	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
54668065--54668257	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
54668095--54668257	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
54671032--54671210	38	4.6	40	80	7	188	24	26	25	24	2.00
54671919--54671944	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54677427--54677594	40	4.2	40	83	5	198	26	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54677443--54677591	80	1.9	80	88	5	230	24	28	23	22	1.99
54682295--54682438	40	3.6	40	85	6	193	22	26	25	25	2.00
54686526--54686596	28	2.5	28	83	2	88	61	1	0	36	1.05
54686579--54686687	34	3.0	36	71	20	93	59	3	4	32	1.35
54686623--54686694	29	2.4	29	82	11	76	61	2	5	30	1.33
54686772--54686811	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
54689072--54689101	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
54691703--54691872	89	1.9	90	82	3	218	25	14	29	30	1.95
54694537--54694579	22	2.0	22	95	0	77	37	32	16	13	1.88
54699751--54700081	47	7.2	47	86	6	466	34	11	27	26	1.91
54699751--54700081	94	3.6	94	93	4	538	34	11	27	26	1.91
54699993--54700055	22	3.1	22	63	32	59	34	9	25	30	1.88
54699979--54700055	38	2.0	38	100	0	154	35	10	25	28	1.89
54699985--54700077	38	2.4	38	85	7	109	35	8	26	29	1.86
54705159--54705222	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
54705438--54705556	23	5.1	23	94	3	195	29	21	21	27	1.98
54705607--54705673	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
54705607--54705662	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
54705710--54705757	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
54706916--54706993	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
54707011--54707263	27	9.3	27	78	3	175	31	9	20	38	1.85
54707011--54707263	54	4.6	54	77	7	197	31	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54707011--54707248	81	2.9	81	79	2	244	31	9	19	39	1.84
54707241--54707452	27	7.9	27	84	8	234	40	8	23	28	1.83
54707215--54707375	54	3.0	54	83	3	164	40	8	19	30	1.82
54707458--54707547	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
54707441--54707547	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
54707114--54707506	81	4.8	80	72	8	231	35	9	22	32	1.86
54707458--54707562	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
54725795--54725853	18	3.3	18	79	9	75	38	16	20	23	1.92
54726112--54726161	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
54726251--54726596	27	12.8	27	85	2	435	36	17	13	32	1.89
54738054--54738148	29	3.3	28	79	5	100	29	32	15	22	1.95
54740181--54740220	21	1.9	21	100	0	80	15	30	30	25	1.95
54742431--54742615	54	3.4	54	91	0	289	34	25	17	22	1.96
54749532--54749601	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
54760802--54760904	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
54763864--54764031	40	4.2	40	86	3	223	23	22	27	26	1.99
54767251--54767290	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
54786830--54787025	40	4.9	39	87	7	252	25	28	22	23	1.99
54786830--54787021	80	2.4	80	91	3	298	25	29	22	22	1.99
54792811--54792966	40	3.9	40	86	6	235	23	28	23	24	1.99
54798745--54798940	40	4.9	40	88	5	272	24	28	22	25	2.00
54806168--54806278	28	3.9	28	89	2	152	27	15	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54806166--54806276	56	2.0	57	89	5	172	27	15	29	27	1.96
54820724--54820760	18	2.1	18	89	0	56	29	29	18	21	1.97
54820742--54820904	27	6.1	27	81	2	186	32	20	24	22	1.98
54828894--54828988	34	2.8	34	85	1	120	29	22	21	27	1.99
54831526--54831626	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
54836674--54836712	19	2.1	19	100	0	78	20	5	48	25	1.70
54842562--54842593	13	2.5	13	94	0	55	31	21	25	21	1.98
54854441--54854533	30	3.1	31	92	6	163	23	21	15	39	1.91
54854725--54854843	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
54854725--54854843	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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