genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  188  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57064062--57064161	44	2.3	42	83	5	119	34	22	20	24	1.97
57067262--57067433	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57067255--57067430	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57074830--57075001	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57074823--57074998	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57079331--57079391	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57082622--57082720	27	3.5	28	88	4	128	28	14	27	30	1.95
57082651--57082731	27	3.0	27	92	3	128	28	13	24	33	1.93
57090554--57090623	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
57090554--57090635	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
57095175--57095261	36	2.4	36	100	0	174	40	5	17	36	1.73
57101987--57102152	80	2.1	80	81	3	192	26	28	19	25	1.99
57101987--57102152	40	4.2	40	77	6	158	26	28	19	25	1.99
57108729--57108877	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57108770--57108877	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57116848--57116996	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57116889--57116996	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57120202--57120240	21	2.0	20	85	14	55	76	0	15	7	0.99
57121576--57121678	29	3.5	29	94	2	179	36	15	24	23	1.93
57121546--57121678	59	2.2	60	89	1	196	35	15	24	24	1.94
57128084--57128124	22	2.0	21	86	13	59	78	0	14	7	0.96
57129460--57129562	29	3.5	29	94	2	179	36	15	24	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57129430--57129562	59	2.2	60	89	1	196	35	15	24	24	1.94
57138714--57138744	16	1.9	16	93	0	53	41	12	3	41	1.59
57140042--57140072	9	3.4	9	100	0	62	45	0	0	54	0.99
57151477--57151516	14	3.0	14	82	10	57	20	5	0	75	0.99
57160202--57160315	24	4.8	24	95	2	203	20	17	26	35	1.94
57160202--57160315	47	2.4	48	95	1	203	20	17	26	35	1.94
57160206--57160337	71	1.9	71	87	3	194	22	18	25	34	1.96
57163293--57163423	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
57163292--57163423	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
57170563--57170665	29	3.6	28	78	5	98	28	33	17	21	1.96
57180506--57180632	45	2.9	45	83	8	138	23	29	22	24	1.99
57180961--57181061	43	2.3	43	96	0	184	30	33	24	10	1.90
57182415--57182703	40	7.3	41	82	6	294	25	27	22	24	2.00
57182483--57182704	120	1.9	120	88	0	336	25	27	22	24	2.00
57190630--57190917	40	7.3	40	80	8	268	25	27	22	24	2.00
57190698--57190918	120	1.8	119	88	2	336	25	27	22	24	2.00
57196480--57196622	44	3.1	44	65	14	110	21	29	23	25	1.99
57196498--57196642	45	3.2	45	67	18	127	21	31	24	23	1.99
57196475--57196647	93	1.9	93	92	4	296	21	30	23	24	1.99
57197719--57197845	45	2.9	44	81	8	118	25	27	21	25	1.99
57198162--57198329	43	3.9	43	89	0	255	30	32	23	13	1.93
57198327--57198401	38	2.0	38	86	0	105	32	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57200083--57200253	92	1.8	93	89	1	272	28	29	20	21	1.98
57200076--57200250	46	3.8	46	74	14	171	29	29	20	20	1.97
57206270--57206312	22	1.9	22	85	4	59	20	2	53	23	1.57
57207046--57207071	13	2.0	13	100	0	52	30	0	46	23	1.53
57221774--57221922	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57221815--57221922	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57229885--57230033	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57229926--57230033	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57235411--57235525	24	4.8	24	97	0	212	20	17	26	35	1.94
57235411--57235547	72	1.9	72	87	3	204	22	17	25	34	1.96
57243294--57243432	24	5.8	24	98	0	260	20	17	26	35	1.94
57243293--57243454	72	2.2	72	90	2	245	22	17	25	34	1.96
57251201--57251339	24	5.8	24	98	0	260	20	17	26	35	1.94
57251200--57251361	72	2.2	72	90	2	245	22	17	25	34	1.96
57253329--57253476	27	5.5	27	76	7	122	39	19	8	32	1.83
57253302--57253474	54	3.2	52	77	10	179	39	19	8	32	1.81
57253333--57253528	27	7.3	26	78	9	117	38	20	7	33	1.81
57253384--57253543	54	3.0	53	78	14	134	35	21	8	35	1.83
57253454--57253693	27	8.9	27	88	0	320	31	22	7	39	1.81
57253441--57253728	27	10.7	27	85	3	179	34	21	6	37	1.80
57253686--57254230	27	20.2	27	86	3	640	33	19	20	26	1.96
57253694--57254213	81	6.4	82	88	3	707	33	19	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57254431--57254512	27	3.1	26	84	5	101	19	21	19	39	1.93
57254600--57254658	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
57254823--57254896	27	2.8	26	83	6	85	17	22	21	37	1.94
57255039--57255115	6	12.8	6	81	15	97	20	15	12	50	1.77
57255014--57255115	30	3.4	30	87	6	143	20	16	12	50	1.78
57255014--57255136	30	4.1	30	82	7	133	20	17	13	49	1.79
57258839--57258871	16	2.1	16	94	0	57	6	33	6	54	1.50
57260059--57260165	27	3.9	27	82	11	121	18	25	20	35	1.95
57262669--57262728	28	2.1	28	90	6	95	30	36	5	28	1.78
57265970--57266152	67	2.8	64	78	9	203	29	16	30	23	1.97
57274787--57274931	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
57277828--57278128	46	6.4	46	77	15	189	28	18	30	22	1.97
57277828--57278232	47	8.6	49	74	15	281	27	18	30	23	1.98
57283054--57283199	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
57283086--57283237	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
57291162--57291307	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
57291194--57291345	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
57293817--57293859	22	2.0	22	90	0	68	41	11	25	20	1.86
57296971--57297095	47	2.7	44	79	16	137	28	17	28	24	1.97
57298322--57298461	43	3.3	44	76	7	128	27	23	19	29	1.98
57298323--57298423	42	2.4	43	81	6	116	29	21	18	29	1.97
57315105--57315180	27	2.8	27	86	4	100	27	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57315121--57315591	27	17.7	26	81	6	246	30	11	19	38	1.87
57315147--57315591	53	8.3	54	84	5	455	31	10	19	38	1.86
57319880--57319918	19	2.1	19	100	0	78	41	10	15	33	1.81
57322788--57323107	40	8.0	40	81	3	331	35	16	27	20	1.94
57322899--57323084	20	9.3	20	65	13	78	35	17	28	18	1.94
57322788--57323105	120	2.7	120	83	3	372	35	16	27	20	1.94
57322788--57323107	80	4.0	80	83	2	401	35	16	27	20	1.94
57324539--57324643	54	1.9	54	96	0	192	34	12	20	33	1.90
57336205--57336406	42	4.6	42	74	10	190	28	23	18	28	1.98
57340442--57340824	49	7.9	49	95	1	621	33	9	27	28	1.89
57340820--57340967	48	3.1	48	95	0	251	33	6	28	32	1.82
57341012--57341097	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
57342989--57343099	27	4.2	26	86	5	141	37	22	23	16	1.93
57343514--57343545	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
57344514--57344584	24	3.0	24	89	2	108	22	42	4	30	1.73
57347631--57347764	43	3.1	43	76	14	109	30	23	20	26	1.98
57347631--57347764	42	3.1	43	76	16	118	30	23	20	26	1.98
57357285--57357352	26	2.6	26	88	2	91	32	25	23	19	1.97
57364942--57365060	43	2.8	41	81	7	139	28	22	16	31	1.96
57373234--57373411	52	3.5	50	83	4	205	29	13	28	29	1.94
57376482--57376632	27	5.6	27	91	0	221	39	19	18	23	1.93
57378504--57378713	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57386639--57386848	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
57389511--57389547	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
57389546--57389574	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
57391940--57392010	26	2.8	25	85	4	106	26	25	21	26	1.99
57392230--57392343	31	3.7	31	90	1	176	35	15	23	24	1.94
57393751--57393873	42	2.9	43	78	7	126	30	26	20	21	1.98
57393756--57393877	43	2.8	43	80	7	124	31	27	20	21	1.98
57396875--57396917	19	2.3	18	84	15	52	34	18	2	44	1.63
57398117--57398275	23	7.0	23	69	9	128	34	16	21	27	1.95
57398117--57398287	46	3.7	46	73	8	143	33	16	21	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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