genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97988390--97988808	140	3.0	140	83	3	486	28	21	20	30	1.98
97991193--97991425	35	6.5	35	81	7	243	24	24	13	37	1.92
97991193--97991393	73	2.8	72	86	3	269	26	23	12	37	1.91
97991183--97991437	108	2.3	109	83	7	306	25	23	14	37	1.92
97991669--97991730	31	2.0	31	96	0	115	53	8	3	35	1.47
97994630--97994687	27	2.1	27	84	6	73	36	22	17	24	1.95
97995489--97995617	26	4.9	26	83	5	143	31	10	19	38	1.86
97995491--97995617	27	4.8	27	84	3	143	31	11	18	39	1.85
97997005--97997063	31	1.9	30	83	16	77	37	35	1	25	1.66
97999345--97999446	27	3.8	27	85	7	145	28	8	23	39	1.85
97999343--97999446	53	2.0	53	88	3	156	28	9	23	38	1.86
98003488--98003633	68	2.2	67	94	1	256	23	30	14	30	1.94
98005486--98005535	22	2.3	22	78	0	55	38	24	20	18	1.93
98005919--98006024	54	2.0	54	88	7	162	32	12	16	38	1.86
98005907--98006030	27	4.6	25	83	12	140	31	10	18	39	1.85
98007202--98007240	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
98007541--98007735	49	3.9	49	81	2	237	28	20	24	27	1.99
98007543--98007730	100	1.9	100	93	0	322	27	20	23	28	1.99
98011039--98011081	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
98011173--98011198	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
98015586--98015853	47	5.7	48	75	13	213	25	28	18	27	1.98
98029375--98029414	19	2.0	20	86	13	57	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98031188--98031226	20	1.9	21	84	5	53	35	5	2	56	1.35
98031371--98031404	18	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
98031395--98031428	18	1.9	17	94	5	59	41	0	2	55	1.15
98035367--98035420	27	2.0	27	96	0	99	12	16	7	62	1.51
98042678--98043049	27	13.7	27	77	7	340	30	11	20	37	1.88
98042678--98043049	53	6.8	53	79	8	356	30	11	20	37	1.88
98042896--98042972	35	2.2	35	88	4	111	31	12	15	40	1.85
98042869--98042987	61	2.0	61	89	0	184	29	14	19	36	1.91
98042816--98043041	114	2.0	114	85	5	305	30	13	19	37	1.90
98043366--98043457	28	3.3	28	89	0	112	28	35	14	21	1.92
98044814--98044897	35	2.4	35	88	4	116	38	11	23	26	1.90
98047744--98047924	90	2.0	90	93	0	308	30	20	13	35	1.91
98047969--98048133	82	2.0	84	88	4	246	20	10	12	56	1.64
98047969--98048133	42	4.0	42	84	4	228	20	10	12	56	1.64
98049808--98049991	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
98049848--98050036	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
98051449--98051550	45	2.3	44	91	1	159	22	9	10	56	1.62
98051440--98051521	24	3.5	24	69	15	73	25	12	9	52	1.69
98052231--98052297	21	3.2	21	77	8	73	22	7	13	56	1.62
98052237--98052445	45	4.8	42	79	9	188	20	10	11	58	1.61
98052243--98052445	88	2.3	87	82	0	244	20	10	10	58	1.60
98055804--98055855	16	3.3	16	81	2	61	53	19	15	11	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98056063--98056177	29	4.0	29	84	2	135	26	14	27	30	1.95
98058066--98058193	47	2.7	47	82	2	141	32	27	15	25	1.96
98060772--98060847	39	1.9	39	94	0	134	30	11	15	42	1.83
98065674--98065715	22	2.0	22	86	9	61	0	66	0	33	0.92
98066550--98066602	20	2.7	19	74	8	52	22	11	1	64	1.36
98079225--98079379	73	2.1	76	83	7	201	31	16	20	31	1.95
98079151--98079538	163	2.4	161	92	3	654	29	17	21	31	1.96
98079415--98079808	145	2.7	146	80	6	451	30	17	22	28	1.97
98079415--98079806	219	1.8	212	85	7	545	30	17	22	29	1.97
98079415--98079808	74	5.4	75	81	8	386	30	17	22	28	1.97
98089722--98089748	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
98099054--98099301	49	5.2	48	75	10	213	28	16	30	25	1.97
98103710--98103766	26	2.2	26	83	0	69	54	3	1	40	1.28
98107348--98107391	21	2.1	21	100	0	88	31	15	34	18	1.92
98109402--98109435	18	2.0	18	88	11	54	17	20	17	44	1.87
98113485--98114914	298	4.8	298	87	2	1901	30	18	18	32	1.95
98113505--98114914	597	2.4	590	86	3	1936	30	18	18	32	1.95
98115387--98115455	31	2.3	31	97	2	131	42	8	18	30	1.81
98115584--98115703	61	2.0	60	80	8	136	38	5	18	37	1.75
98117010--98117070	32	2.0	32	84	9	83	42	1	1	54	1.20
98121718--98121845	31	4.3	31	80	5	140	27	36	17	18	1.93
98121718--98121845	62	2.1	58	85	5	166	27	36	17	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98126811--98126838	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
98127426--98127645	40	5.6	40	92	2	340	26	24	28	21	1.99
98155160--98155204	16	2.8	17	78	18	51	2	37	8	51	1.46
98157633--98157835	50	4.1	50	75	6	178	42	17	9	30	1.81
98164471--98164495	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
98169538--98169577	16	2.4	16	91	4	62	72	7	0	20	1.08
98169888--98169929	16	2.5	17	76	7	50	66	9	2	21	1.32
98172571--98172615	14	3.2	14	83	0	63	31	0	0	68	0.89
98172578--98172615	7	5.4	7	81	12	51	26	0	0	73	0.83
98179352--98179398	10	4.4	10	82	15	58	51	27	4	17	1.64
98179356--98179398	23	1.9	22	90	4	68	51	27	4	16	1.64
98180083--98180252	43	4.0	43	75	12	136	32	24	17	25	1.97
98180668--98180752	43	2.0	43	95	0	152	29	25	7	37	1.82
98185060--98185087	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
98190238--98190357	41	2.9	40	74	12	116	33	24	16	25	1.96
98198974--98199007	16	2.1	16	88	0	50	23	0	2	73	0.97
98199037--98199102	30	2.2	30	79	17	75	45	0	7	46	1.31
98207457--98207537	36	2.2	37	95	4	146	35	18	7	38	1.79
98218228--98218491	49	5.2	49	86	10	345	29	7	31	31	1.85
98218330--98218425	31	3.2	31	62	24	78	28	8	34	29	1.86
98218313--98218480	59	3.0	59	83	16	266	28	7	33	30	1.84
98218266--98218480	108	2.0	106	97	1	403	29	7	32	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98218546--98218667	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
98229387--98229574	49	3.8	49	83	5	252	28	26	18	26	1.98
98229392--98229575	100	1.8	100	97	0	350	28	27	19	25	1.98
98235420--98235590	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
98235413--98235585	46	3.8	45	75	15	174	30	28	19	21	1.98
98235413--98235606	46	4.2	46	70	16	143	29	28	19	22	1.98
98242983--98243153	93	1.8	93	88	0	261	28	29	19	22	1.98
98242978--98243155	46	3.8	47	74	13	179	28	28	19	23	1.98
98250083--98250194	50	2.2	50	82	3	136	25	15	18	40	1.90
98260721--98260822	35	2.9	35	86	2	116	30	32	22	14	1.94
98269216--98269321	40	2.7	41	78	11	121	22	23	27	26	2.00
98274516--98274697	40	4.7	40	80	10	171	25	27	22	24	2.00
98274516--98274693	76	2.3	80	83	8	224	25	27	21	24	2.00
98283274--98283437	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98283274--98283471	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
98299701--98299892	39	4.9	39	85	5	239	19	21	27	31	1.97
98299701--98299895	77	2.5	78	84	6	236	19	21	27	31	1.97
98305190--98305371	39	4.6	39	91	2	267	18	21	30	30	1.97
98308538--98308585	26	2.0	23	84	12	60	60	0	6	33	1.22
98310164--98310431	40	6.6	41	90	2	357	26	26	22	24	2.00
98313950--98314059	45	2.4	45	98	0	211	23	32	14	29	1.94
98313756--98314014	132	2.0	133	89	2	405	29	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98313844--98314191	177	2.0	177	90	1	554	27	25	17	29	1.98
98320455--98320622	40	4.2	40	80	4	169	23	27	24	24	2.00
98327655--98327822	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
98336157--98336238	3	27.7	3	87	7	123	65	0	1	32	1.00
98350603--98350646	22	2.0	23	82	13	56	43	2	11	43	1.53
98351495--98351560	29	2.3	28	79	7	71	57	6	10	25	1.55
98353660--98353706	18	2.7	17	84	12	60	80	4	2	12	0.94
98353659--98353706	25	2.0	24	84	12	62	81	4	2	12	0.93
98362785--98362817	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
98367547--98368331	388	2.0	389	97	0	1482	17	29	25	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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